genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101116334--101116358	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
101124015--101124072	24	2.5	24	85	2	73	27	17	17	37	1.92
101128542--101128604	32	1.9	33	90	3	101	14	34	28	22	1.93
101130480--101130524	12	3.8	12	82	11	58	53	8	17	20	1.70
101131323--101131381	30	1.9	31	93	3	102	32	0	23	44	1.54
101132121--101132164	23	1.9	23	90	0	70	20	15	13	50	1.78
101144342--101144374	16	2.0	17	88	5	50	27	33	15	24	1.95
101146457--101146514	30	1.9	30	82	0	71	24	1	29	44	1.63
101150627--101150767	39	3.6	39	86	1	194	44	19	5	29	1.74
101153740--101153847	26	4.2	26	91	0	180	35	24	8	32	1.85
101156776--101156881	25	4.2	26	96	3	198	31	7	25	35	1.84
101156776--101156881	51	2.1	51	100	0	212	31	7	25	35	1.84
101164057--101164127	30	2.4	30	87	0	97	38	7	25	29	1.82
101164070--101164130	30	2.0	30	93	0	104	40	6	22	29	1.79
101167415--101167466	23	2.3	22	80	9	59	42	11	15	30	1.82
101179792--101179857	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
101179809--101179906	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
101179809--101179906	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
101180302--101181859	206	7.6	206	93	0	2562	28	21	18	31	1.97
101181829--101182299	44	10.7	44	74	9	334	27	23	17	31	1.97
101181823--101182176	132	2.7	132	94	0	609	27	24	16	31	1.96
101181907--101182299	175	2.2	176	89	1	574	27	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101183152--101183186	16	2.3	15	90	5	52	11	14	0	74	1.08
101183169--101183207	9	4.4	9	87	6	53	7	10	0	82	0.86
101183169--101183216	17	2.8	17	80	3	60	6	10	0	83	0.81
101189486--101189551	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
101189503--101189600	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
101189503--101189600	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
101191625--101191675	23	2.0	24	85	14	68	31	37	3	27	1.75
101194220--101194256	8	4.6	8	100	0	74	37	0	0	62	0.96
101194276--101194321	5	9.2	5	95	0	56	47	0	0	52	1.00
101194276--101194321	15	3.1	15	87	0	65	47	0	0	52	1.00
101195878--101196065	45	4.2	45	93	0	306	19	19	20	40	1.91
101196239--101196333	18	5.3	18	73	14	70	35	11	14	37	1.83
101198419--101198534	45	2.6	45	84	2	135	36	25	13	25	1.92
101198738--101198835	45	2.2	44	90	1	151	35	25	17	21	1.95
101198438--101199034	301	2.0	302	93	0	1016	35	19	13	31	1.90
101210797--101211019	40	5.7	40	83	6	240	25	27	21	25	1.99
101210797--101211019	79	2.8	78	81	5	252	25	27	21	25	1.99
101210951--101211028	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
101218706--101218928	40	5.7	40	83	6	240	25	27	21	25	1.99
101218706--101218928	79	2.8	78	81	5	252	25	27	21	25	1.99
101218860--101218937	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
101221292--101221389	5	19.2	5	69	22	62	17	5	1	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101221294--101221352	14	4.0	15	74	10	59	13	5	0	81	0.85
101221300--101221358	30	2.0	30	86	6	84	13	5	1	79	0.97
101221294--101221389	23	4.4	21	73	14	79	16	5	1	77	1.01
101221320--101221379	17	3.4	17	84	6	66	16	6	1	75	1.10
101221294--101221369	6	13.3	6	76	12	63	14	5	1	78	0.98
101227395--101227512	45	2.6	45	86	0	155	32	23	17	26	1.97
101229558--101229652	40	2.3	42	81	5	113	33	25	12	28	1.92
101239758--101239786	6	4.8	6	100	0	58	82	0	17	0	0.66
101241135--101241179	14	3.1	14	87	3	63	28	28	15	26	1.96
101241282--101241366	22	3.8	22	75	9	91	34	21	10	34	1.88
101241280--101241406	45	2.8	45	85	0	164	33	20	12	33	1.90
101245461--101245497	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
101248030--101248070	13	3.4	13	80	19	52	39	48	2	9	1.49
101248095--101248135	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
101248098--101248137	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
101248155--101248222	9	7.6	9	88	0	91	25	7	22	45	1.77
101248155--101248232	18	4.3	18	86	0	93	25	6	20	47	1.74
101248155--101248232	27	2.9	27	82	0	93	25	6	20	47	1.74
101248163--101248231	9	7.7	9	86	0	57	26	7	20	46	1.76
101249670--101249713	20	2.2	20	91	0	70	40	11	20	27	1.86
101250804--101250882	41	1.9	41	97	0	149	26	15	11	46	1.79
101252932--101252985	24	2.3	23	81	12	65	51	27	1	18	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101256731--101256848	40	3.0	40	89	2	184	24	21	24	29	1.99
101256731--101256878	80	1.8	79	85	8	210	23	22	24	29	1.99
101256732--101256891	40	4.0	39	84	5	137	23	22	23	30	1.99
101265103--101265173	37	1.9	37	88	2	108	36	15	21	26	1.93
101266601--101266656	28	1.9	29	82	13	71	55	10	1	32	1.45
101270675--101270782	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
101273559--101273647	23	3.9	23	77	0	97	35	14	16	32	1.90
101273948--101273995	15	3.2	15	81	0	60	39	4	6	50	1.47
101277166--101277255	45	2.0	45	95	0	162	37	24	10	27	1.87
101280883--101280986	6	17.0	6	73	11	77	50	13	15	21	1.78
101281205--101281255	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
101281491--101281603	27	4.2	28	85	3	81	27	21	20	30	1.98
101281504--101281638	27	5.0	27	88	0	182	26	21	17	34	1.95
101281626--101281891	27	9.8	28	81	4	217	32	7	20	39	1.81
101281489--101281671	81	2.3	79	77	7	181	30	17	19	33	1.95
101281625--101281912	81	3.6	78	78	7	256	32	7	20	39	1.81
101281734--101281912	27	6.6	27	90	2	216	32	7	18	40	1.80
101283842--101283893	18	2.9	18	81	13	54	51	15	11	21	1.74
101283863--101283962	6	16.3	6	76	15	98	48	16	17	19	1.82
101283863--101283962	31	3.3	31	87	6	134	48	16	17	19	1.82
101283872--101283935	25	2.6	24	85	9	85	46	15	18	18	1.84
101284082--101284141	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101284181--101284231	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
101284507--101284587	27	3.0	26	87	3	117	24	19	17	38	1.93
101284571--101284888	27	11.8	26	80	5	267	32	9	19	38	1.84
101284575--101284888	81	3.9	80	80	5	294	32	9	20	38	1.84
101284571--101284888	54	5.9	53	82	5	318	32	9	19	38	1.84
101284684--101284888	27	7.6	27	89	0	311	31	9	19	39	1.83
101287567--101287624	25	2.4	24	94	2	98	13	6	34	44	1.71
101287567--101287632	25	2.7	25	88	6	82	15	7	34	42	1.75
101308652--101308705	23	2.4	23	81	3	56	20	14	18	46	1.84
101308664--101308713	23	2.2	23	92	0	82	20	12	16	52	1.75
101314934--101314978	17	2.7	16	82	6	54	40	4	4	51	1.42
101315047--101315118	19	3.9	18	77	16	76	44	2	0	52	1.15
101315063--101315120	7	7.9	7	88	11	89	44	1	0	53	1.10
101315063--101315128	31	2.2	30	88	2	96	43	3	0	53	1.16
101315047--101315118	17	3.9	19	81	16	89	44	2	0	52	1.15
101315050--101315123	21	3.7	21	80	15	93	44	4	0	51	1.20
101317115--101317222	26	4.2	26	87	0	162	32	8	23	36	1.84
101318846--101318986	27	5.2	26	81	6	156	19	23	21	35	1.96
101318846--101318976	54	2.4	54	91	1	210	19	24	21	35	1.96
101318859--101319003	27	5.4	26	76	12	80	21	24	18	35	1.95
101325621--101325654	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
101332374--101332412	2	20.0	2	89	5	62	0	51	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101333734--101333779	15	3.0	16	87	9	69	45	0	0	54	0.99
101335088--101335122	11	3.4	11	88	11	56	48	0	14	37	1.44
101336273--101336350	30	2.6	30	87	0	120	28	15	25	30	1.96
101341482--101341610	27	4.8	27	83	9	147	37	19	11	31	1.87
101341482--101341610	54	2.4	54	83	6	163	37	19	11	31	1.87
101344869--101344994	27	4.7	26	78	7	101	40	20	7	30	1.81
101344869--101344968	27	3.7	27	82	5	105	41	21	7	31	1.79
101344921--101345012	26	3.5	27	77	7	91	40	17	10	31	1.84
101346577--101346613	16	2.2	18	85	9	51	43	5	5	45	1.49
101347851--101347883	17	1.9	17	93	0	57	51	3	12	33	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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