genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64927819--64927930	46	2.4	46	89	0	161	19	16	23	40	1.91
64927820--64927925	23	4.6	23	71	4	97	18	16	24	39	1.91
64934191--64934235	18	2.5	18	100	0	90	57	0	6	35	1.25
64939443--64939484	19	2.2	20	95	4	77	52	4	4	38	1.44
64941447--64941506	29	2.1	29	96	0	111	43	15	13	28	1.84
64942764--64942799	10	3.7	10	96	3	65	63	8	0	27	1.23
64942764--64942825	10	6.1	10	83	9	54	58	8	0	33	1.28
64942764--64942820	22	2.7	22	84	12	68	59	7	0	33	1.24
64946752--64946836	26	3.2	26	81	3	98	38	29	18	12	1.88
64955357--64955508	40	3.8	40	93	1	261	22	29	23	24	1.99
64959748--64959846	37	2.7	37	88	0	135	24	19	29	27	1.98
64959751--64959858	37	2.9	37	87	2	128	25	17	27	29	1.97
64961134--64961660	40	13.2	40	94	0	847	23	24	28	24	1.99
64965761--64966025	47	5.7	47	93	2	423	33	11	29	26	1.91
64966189--64966300	37	3.1	37	92	2	181	23	18	30	27	1.98
64966191--64966300	36	3.0	36	93	1	175	23	18	30	27	1.97
64972037--64972240	27	7.6	27	85	4	250	26	15	27	30	1.96
64980096--64980300	27	7.6	27	85	5	252	26	15	28	30	1.96
64980097--64980300	109	1.9	108	88	3	311	25	15	28	30	1.96
64981654--64981752	28	3.5	28	88	4	128	28	15	26	30	1.96
64988763--64988861	28	3.5	28	84	4	110	28	15	26	30	1.96
64990528--64990750	40	5.6	40	85	7	301	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64990528--64990750	82	2.8	80	87	6	301	26	26	22	24	2.00
64990528--64990750	122	1.8	119	88	4	340	26	26	22	24	2.00
64998432--64998517	43	2.0	43	93	0	145	27	31	20	19	1.97
65000177--65000463	96	3.0	96	81	2	299	26	28	16	28	1.97
65000179--65000450	48	5.7	48	69	10	187	25	29	17	28	1.97
65004216--65004273	28	2.1	28	100	0	116	20	6	20	51	1.70
65015948--65016083	41	3.3	41	86	0	182	36	24	19	19	1.95
65018754--65018793	17	2.4	17	100	0	80	10	40	35	15	1.80
65019014--65019095	26	3.1	26	65	16	69	30	21	19	28	1.98
65019014--65019118	53	2.0	53	88	0	156	30	20	19	30	1.96
65019457--65019504	18	2.7	18	90	0	69	22	22	8	45	1.79
65020944--65021038	33	2.9	33	87	0	127	27	26	21	25	1.99
65021418--65021495	27	2.9	26	88	7	111	24	17	21	35	1.95
65021421--65021507	27	3.2	27	88	0	84	26	16	19	37	1.92
65021489--65021596	27	4.0	26	75	5	108	30	9	20	39	1.84
65025119--65025325	53	3.8	54	77	1	191	38	18	22	20	1.94
65040000--65040035	12	2.9	12	91	4	54	19	13	16	50	1.79
65050409--65050554	37	3.9	37	87	5	197	26	29	18	25	1.98
65050427--65050565	74	1.9	74	96	0	260	25	29	17	26	1.98
65050701--65050940	48	5.0	48	94	2	399	30	27	7	35	1.83
65050701--65050940	98	2.5	96	93	1	399	30	27	7	35	1.83
65073036--65073349	46	6.6	46	71	11	156	27	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65073287--65073453	82	2.0	82	91	2	273	23	17	27	31	1.97
65076687--65076747	29	2.1	29	100	0	122	36	22	16	24	1.94
65082054--65082092	20	1.9	21	84	5	53	15	15	28	41	1.87
65084074--65084154	28	2.9	28	81	3	74	29	12	30	27	1.93
65088956--65089160	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
65088957--65089160	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
65097118--65097322	27	7.6	27	83	3	223	26	15	29	29	1.96
65097119--65097322	54	3.8	54	84	3	257	25	15	29	29	1.96
65103059--65103110	26	2.0	26	88	0	77	42	21	19	17	1.89
65105598--65105640	18	2.2	20	84	15	56	18	4	16	60	1.52
65106340--65106461	43	2.9	42	83	4	138	27	17	24	31	1.97
65113338--65113460	43	2.9	42	86	4	158	25	17	26	30	1.97
65113902--65113943	19	2.1	19	86	8	57	52	2	4	40	1.35
65119235--65119268	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
65119393--65119441	17	2.9	17	96	0	89	22	28	12	36	1.90
65120522--65120561	21	1.9	21	84	0	53	35	25	10	30	1.88
65123644--65123822	47	3.8	47	73	7	150	35	18	23	21	1.96
65123787--65123983	54	3.6	54	79	6	202	36	18	23	21	1.95
65129898--65129930	13	2.5	13	100	0	66	15	6	21	57	1.59
65130456--65130612	53	2.9	53	77	2	170	37	15	23	22	1.93
65131453--65131482	15	1.9	16	93	6	53	56	0	26	16	1.40
65146066--65146118	3	17.7	3	96	0	88	37	32	30	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65146119--65146150	3	10.7	3	93	0	55	0	0	62	37	0.95
65152302--65152364	16	3.9	16	77	8	56	38	7	26	26	1.84
65152520--65152569	26	2.0	26	88	4	75	42	0	6	52	1.26
65152666--65152708	14	3.1	14	75	24	54	51	0	4	44	1.22
65152654--65152708	28	2.0	26	93	6	92	50	0	3	45	1.19
65167113--65167220	29	3.8	29	79	3	121	25	33	14	26	1.95
65186123--65186196	34	2.2	34	85	0	103	29	21	21	27	1.99
65202178--65202262	33	2.5	34	82	3	109	28	25	23	22	1.99
65212267--65212459	40	4.8	40	92	1	298	23	21	30	24	1.99
65261719--65261751	7	4.7	7	100	0	66	30	0	54	15	1.41
65261719--65261758	14	2.9	14	92	0	53	32	0	50	17	1.47
65261719--65261758	21	1.9	21	89	0	62	32	0	50	17	1.47
65263130--65263282	43	3.6	43	73	15	136	25	13	25	35	1.93
65267226--65267307	27	3.0	26	83	3	101	24	18	21	35	1.96
65268705--65268861	56	2.8	53	80	9	154	19	18	33	28	1.95
65273764--65273810	22	2.1	22	84	0	58	44	21	21	12	1.85
65274007--65274071	22	3.0	22	77	8	69	32	23	24	20	1.98
65274217--65274335	41	2.9	41	80	0	130	27	25	20	26	1.99
65274612--65274863	27	9.3	27	81	3	148	30	7	17	43	1.78
65274653--65274842	54	3.5	52	79	8	166	30	8	17	43	1.79
65274656--65274853	81	2.4	81	81	5	222	30	8	18	42	1.79
65274685--65274881	81	2.4	81	79	1	189	30	8	17	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65276987--65277078	27	3.4	27	89	0	139	25	20	20	33	1.97
65279938--65280237	39	7.7	39	90	1	395	20	23	28	29	1.98
65279944--65280241	118	2.5	117	90	1	436	19	22	28	28	1.98
65279938--65280237	79	3.8	78	85	3	379	20	23	28	29	1.98
65291476--65291520	24	1.9	23	82	13	56	33	6	26	33	1.83
65295605--65295658	27	2.0	27	92	0	90	24	16	27	31	1.96
65295609--65295666	27	2.1	27	84	6	73	29	17	24	29	1.97
65296686--65296741	16	3.7	16	75	22	66	35	8	10	44	1.71
65296701--65296749	15	3.3	15	74	25	59	34	12	10	42	1.76
65296691--65296749	29	2.0	29	100	0	118	35	10	10	44	1.72
65298326--65298458	49	2.7	49	83	6	180	25	27	18	28	1.98
65298516--65298649	46	2.9	45	80	7	137	24	29	17	28	1.97
65301358--65301427	35	2.0	35	100	0	140	37	8	17	37	1.80
65307014--65307176	42	3.9	42	74	1	130	28	23	15	31	1.96
65307014--65307167	84	1.8	84	83	2	202	27	24	16	31	1.97
65308518--65308629	44	2.6	43	82	9	122	21	18	25	34	1.96
65317250--65317310	30	2.0	30	84	6	79	29	24	6	39	1.80
65322135--65322324	50	3.8	50	78	4	175	26	15	25	32	1.96
65322131--65322361	100	2.3	101	81	3	270	26	15	25	32	1.96
65334084--65334137	28	1.9	28	84	0	72	22	16	37	24	1.94
65334463--65334749	27	10.7	27	84	4	307	38	19	9	32	1.84
65334463--65334749	80	3.6	80	83	4	355	38	19	9	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65334463--65334775	107	2.9	107	84	4	380	38	20	10	31	1.86
65334714--65334792	27	2.9	27	88	0	77	37	18	16	26	1.92
65343699--65343849	42	3.5	43	69	10	121	28	15	23	32	1.95
65347682--65347724	22	2.0	22	90	0	68	25	16	23	34	1.95
65352316--65352345	15	2.0	15	100	0	60	33	6	6	53	1.53
65356682--65356734	13	4.0	13	75	2	52	39	0	3	56	1.17
65357122--65357152	16	1.9	16	93	0	53	32	0	3	64	1.09
65360448--65360503	26	2.3	23	81	9	67	64	7	26	1	1.29
65374440--65374607	46	3.6	45	77	16	164	28	20	27	22	1.99
65374440--65374790	49	7.4	49	75	10	216	28	20	26	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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