genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76376691--76376906	67	3.3	64	76	9	220	32	15	29	22	1.95
76382484--76382515	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
76382726--76383102	50	7.5	50	75	6	359	30	24	18	26	1.98
76382776--76382957	101	1.8	101	88	0	283	29	24	19	26	1.98
76382718--76383107	150	2.6	151	94	0	674	30	24	18	26	1.98
76387841--76388024	39	4.6	39	84	5	219	24	22	27	25	2.00
76387842--76388057	79	2.7	78	83	7	215	25	21	27	25	2.00
76395810--76395994	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
76395811--76395994	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
76395863--76396027	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
76406412--76406441	8	3.8	8	90	0	51	50	13	23	13	1.77
76406698--76406797	25	3.9	26	83	11	134	37	24	10	29	1.87
76406683--76406795	52	2.2	52	96	0	208	37	24	8	29	1.86
76406898--76406982	28	3.1	28	87	1	127	20	23	18	37	1.94
76407515--76407580	33	2.0	33	93	0	114	50	18	12	19	1.78
76414542--76414607	26	2.5	27	90	9	109	36	25	12	25	1.91
76414704--76414820	27	4.3	26	86	5	144	18	23	19	37	1.94
76417432--76417488	30	1.9	30	100	0	114	33	24	15	26	1.95
76420150--76420489	48	7.1	48	97	0	635	34	5	28	31	1.80
76420619--76420732	37	3.1	37	89	5	160	27	16	28	27	1.97
76427543--76427616	35	2.1	35	82	5	87	29	20	25	24	1.99
76427637--76427746	35	3.1	35	82	0	112	32	20	22	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76428638--76428694	22	2.6	22	91	0	87	22	24	33	19	1.97
76439452--76439627	27	6.5	27	81	5	176	30	26	15	27	1.96
76439452--76439627	55	3.3	53	81	6	201	30	26	15	27	1.96
76447617--76447821	27	7.6	27	84	3	223	30	26	15	27	1.96
76462781--76463105	47	7.0	47	93	3	534	31	9	31	28	1.88
76463224--76463302	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76464517--76464782	40	6.7	40	89	1	399	23	21	28	26	1.99
76464960--76465014	25	2.2	25	77	6	58	34	10	27	27	1.90
76468190--76468268	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
76468177--76468412	47	5.0	47	93	0	391	31	9	30	27	1.88
76468531--76468609	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
76471963--76472178	46	4.6	45	78	10	186	27	18	30	24	1.97
76478820--76478991	93	1.8	93	88	2	265	29	29	19	21	1.98
76478812--76478987	46	3.8	45	75	14	162	31	28	19	21	1.97
76483490--76483518	9	3.2	9	100	0	58	44	0	34	20	1.52
76495399--76495458	30	2.0	30	83	0	75	28	21	10	40	1.85
76497375--76497431	30	1.9	30	85	0	78	36	8	22	31	1.85
76497775--76498037	46	5.6	45	75	13	203	29	18	28	23	1.98
76497776--76498037	140	1.9	140	83	7	345	29	18	27	23	1.98
76505258--76505288	14	2.2	14	100	0	62	51	19	6	22	1.69
76506672--76506732	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76509017--76509187	43	4.0	43	75	8	177	25	14	27	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76509031--76509191	85	1.9	85	83	3	207	24	14	27	32	1.95
76519730--76519781	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
76520432--76520546	27	4.3	27	77	4	88	26	18	19	36	1.94
76520433--76520550	54	2.2	54	84	0	155	26	19	17	36	1.94
76520450--76520550	27	3.7	27	83	0	121	24	17	19	37	1.94
76527808--76527859	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
76528515--76528629	54	2.1	54	88	4	171	26	21	17	34	1.95
76528511--76528629	27	4.4	27	83	0	148	26	21	18	34	1.96
76533398--76533531	27	5.0	26	80	10	144	37	21	9	31	1.86
76533377--76533531	81	1.9	80	80	8	181	39	21	9	29	1.85
76533377--76533543	54	3.1	54	77	7	178	41	19	8	29	1.82
76533523--76533931	27	15.2	27	86	1	482	31	21	6	40	1.79
76534450--76534541	31	3.0	31	80	0	103	21	23	11	42	1.86
76558526--76558710	40	4.7	40	80	8	191	23	20	28	27	1.99
76558579--76558743	79	2.1	79	80	6	183	25	19	28	26	1.99
76566675--76566859	40	4.6	40	81	7	157	23	22	27	27	1.99
76566675--76566892	79	2.7	78	75	12	203	25	21	26	26	2.00
76572528--76572572	20	2.2	20	92	0	72	46	2	11	40	1.52
76573570--76573650	23	3.4	23	83	6	92	28	19	24	27	1.99
76573592--76573650	23	2.6	22	85	15	93	32	16	23	27	1.96
76577905--76577948	19	2.3	19	88	7	63	47	4	15	31	1.66
76581290--76581343	11	5.4	10	78	12	58	35	11	18	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76581391--76581485	25	3.8	25	81	12	97	28	22	24	25	1.99
76588691--76588724	8	4.2	8	96	0	59	41	23	20	14	1.89
76589304--76589373	25	2.8	25	84	0	95	28	25	20	25	1.99
76589354--76589400	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
76594052--76594131	20	4.0	20	71	12	65	40	16	10	33	1.82
76594303--76594378	23	3.3	23	81	7	84	32	19	22	25	1.97
76594299--76594402	23	4.5	23	77	8	77	36	19	21	23	1.95
76594318--76594412	23	4.1	24	73	11	74	33	21	23	22	1.97
76594289--76594412	45	2.7	47	78	8	146	34	17	23	24	1.96
76594545--76594603	23	2.6	24	84	10	72	47	15	0	37	1.45
76598708--76598745	18	2.1	18	90	0	58	39	18	2	39	1.65
76603465--76603510	24	1.9	24	82	8	58	43	4	10	41	1.59
76622167--76622247	24	3.3	23	78	11	74	30	17	24	27	1.97
76622164--76622232	24	2.9	23	79	10	77	33	17	24	24	1.96
76622253--76622319	30	2.3	30	92	2	109	29	20	10	38	1.86
76625184--76625375	40	4.8	40	90	1	287	23	21	29	25	1.99
76632418--76632609	40	4.8	40	90	1	296	23	22	29	23	1.99
76637603--76637668	33	2.0	33	100	0	132	30	6	15	48	1.69
76637976--76638192	46	4.6	46	80	7	206	27	19	30	22	1.98
76637976--76638192	94	2.3	94	83	9	257	27	19	30	22	1.98
76639155--76639212	28	2.0	28	87	9	82	18	20	43	17	1.89
76643579--76643754	50	3.5	49	79	7	167	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76643579--76643765	101	1.9	99	83	6	243	27	28	18	25	1.98
76648933--76649062	50	2.6	49	89	3	181	30	28	17	23	1.97
76648933--76649119	101	1.9	99	84	6	252	27	28	18	24	1.98
76665855--76665982	39	3.3	39	84	0	175	32	19	25	22	1.98
76665854--76666008	78	2.0	76	81	5	177	30	20	26	21	1.98
76667064--76667201	54	2.6	54	91	2	224	34	22	23	18	1.96
76667046--76667201	27	5.8	26	82	7	170	34	21	23	20	1.97
76668826--76668907	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
76676993--76677116	39	3.2	39	82	4	160	33	17	25	23	1.97
76688332--76688379	23	2.1	23	84	7	62	2	16	0	81	0.79
76692194--76692221	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
76697192--76697309	47	2.5	47	83	8	143	25	33	16	25	1.96
76700341--76700372	11	2.9	11	100	0	64	37	0	0	62	0.95
76700487--76700561	35	2.2	35	90	7	118	21	8	6	64	1.44
76720727--76720839	27	4.2	28	89	3	153	34	20	24	20	1.96
76720727--76720840	55	2.1	54	87	6	160	35	20	24	20	1.96
76727480--76727625	40	3.7	40	81	10	156	24	22	26	26	2.00
76727487--76727649	80	2.0	80	80	9	181	27	20	25	26	1.99
76735415--76735600	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
76735468--76735633	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
76756239--76756349	27	4.1	26	86	6	134	34	23	22	19	1.97
76762720--76762944	40	5.6	40	84	4	283	23	27	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76770460--76770684	40	5.6	40	81	2	263	23	26	24	26	2.00
76772477--76772523	23	2.0	23	100	0	94	27	21	4	46	1.69
76776856--76776922	7	9.9	7	77	16	54	2	23	0	73	0.97
76777472--76777716	63	3.9	63	81	2	215	21	18	26	33	1.96
76778106--76778145	21	1.9	21	84	0	53	27	22	37	12	1.90
76779101--76779388	143	2.0	142	94	0	504	37	22	9	30	1.86
76779480--76779758	96	2.9	95	84	4	364	25	29	18	27	1.98
76779485--76779768	144	2.0	144	85	5	387	25	29	17	26	1.98
76779485--76779768	48	5.9	48	81	5	297	25	29	17	26	1.98
76782422--76782469	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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