genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74843960--74844024	30	2.3	27	82	10	69	26	18	18	36	1.94
74847969--74848035	31	2.1	32	97	2	127	37	2	26	32	1.72
74864199--74864235	20	1.9	20	88	5	58	35	5	10	48	1.61
74867156--74867263	43	2.5	43	81	10	139	25	15	25	32	1.96
74869253--74869331	36	2.2	36	88	2	113	13	27	12	45	1.80
74882748--74882898	54	2.8	54	84	6	173	33	9	15	41	1.79
74882721--74882898	81	2.2	80	86	7	236	33	9	14	42	1.78
74882718--74882898	27	6.7	26	78	11	152	33	9	16	41	1.80
74889563--74889655	40	2.3	41	83	3	109	24	16	25	33	1.96
74889661--74889722	30	2.1	30	96	0	115	30	11	24	33	1.90
74892211--74892388	27	6.6	27	83	3	196	27	14	28	29	1.95
74892212--74892367	81	1.9	82	88	3	235	26	14	28	29	1.95
74912373--74912525	53	2.9	52	86	3	207	34	16	27	20	1.95
74912764--74912794	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
74918937--74919050	43	2.7	43	80	5	115	26	16	27	29	1.97
74925577--74925740	43	3.9	42	80	4	168	25	19	25	29	1.98
74925577--74925741	86	1.9	86	82	3	208	24	19	26	29	1.98
74925627--74925761	42	3.2	41	77	9	128	28	17	22	31	1.97
74935059--74935192	27	5.0	26	80	11	137	20	24	19	35	1.96
74935055--74935200	54	2.7	54	88	5	197	19	23	20	35	1.96
74935059--74935218	81	2.0	81	82	7	200	21	24	19	35	1.96
74943042--74943186	54	2.7	54	92	3	229	17	25	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74943045--74943204	27	5.9	27	80	12	168	19	25	20	34	1.96
74943045--74943204	81	2.0	81	82	7	200	19	25	20	34	1.96
74951464--74951533	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
74951464--74951561	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
74956641--74956715	27	2.8	27	85	0	96	34	18	20	26	1.95
74959042--74959070	14	2.1	14	100	0	58	27	31	13	27	1.94
74961945--74961991	13	3.5	13	82	2	58	78	2	2	17	0.94
74977567--74977677	27	4.2	26	88	5	150	36	23	25	15	1.94
74979089--74979137	24	2.0	24	96	0	89	22	40	4	32	1.73
74981477--74981654	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74981498--74981653	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74988538--74988640	27	3.8	26	84	6	125	36	22	24	16	1.94
74990052--74990127	24	3.2	24	92	3	127	21	40	3	34	1.71
74991750--74991910	51	3.2	51	81	1	137	25	18	28	27	1.98
74991786--74991964	51	3.5	51	83	3	173	25	17	29	27	1.98
74994065--74994210	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
74994419--74994562	47	3.1	47	89	0	216	25	29	11	32	1.92
74996757--74996935	85	2.1	85	96	0	331	26	27	8	37	1.85
74998706--74999057	40	8.8	40	92	0	569	25	28	21	23	1.99
74998937--74999003	23	3.2	23	60	24	56	23	25	23	26	2.00
75000326--75000469	37	3.9	37	94	0	236	25	29	19	25	1.98
75000678--75001117	47	9.1	47	84	6	565	26	29	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75000678--75001117	145	3.0	143	84	7	582	26	29	12	31	1.93
75000678--75001117	98	4.5	98	94	2	719	26	29	12	31	1.93
75003306--75003484	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
75010730--75010855	39	3.2	38	86	4	162	22	21	26	30	1.99
75018706--75018830	39	3.2	39	87	2	153	22	24	25	28	2.00
75019783--75019847	25	2.6	25	92	0	103	26	23	24	26	2.00
75020054--75020213	27	5.9	27	82	5	198	26	21	15	36	1.94
75020054--75020217	54	3.0	54	88	1	231	26	21	16	35	1.94
75020202--75020355	27	5.8	27	78	3	152	28	9	21	40	1.85
75022809--75022878	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
75023085--75023299	27	8.0	27	82	4	222	26	21	17	34	1.95
75023085--75023308	54	4.2	54	81	6	267	25	21	16	35	1.95
75023084--75023302	81	2.7	81	85	2	287	26	21	17	34	1.96
75023260--75023455	27	7.3	27	76	9	132	31	10	19	38	1.86
75023286--75023441	81	1.9	80	84	3	206	32	8	19	39	1.81
75030329--75030404	37	2.1	37	100	0	152	27	21	10	40	1.86
75032618--75032774	43	3.7	42	73	7	129	22	19	26	31	1.98
75033757--75033860	55	1.9	55	82	7	131	23	25	32	19	1.97
75037777--75037995	99	2.2	99	81	3	244	31	17	21	28	1.96
75038107--75038165	29	2.0	29	100	0	118	42	10	27	20	1.84
75038617--75038658	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
75040985--75041225	47	5.1	47	92	0	338	32	9	29	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75041014--75041132	22	5.1	22	63	25	66	31	12	30	25	1.93
75040985--75041321	94	3.6	94	82	4	342	32	9	29	28	1.88
75041079--75041153	23	3.2	23	66	23	66	29	10	32	28	1.90
75041195--75041381	48	3.8	48	85	8	268	35	6	26	31	1.82
75041196--75041381	100	1.9	96	87	6	275	36	6	26	31	1.82
75041527--75041671	37	3.9	37	97	0	263	23	19	31	25	1.98
75042942--75043133	40	4.8	40	98	0	366	25	22	28	23	1.99
75044902--75044943	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
75047269--75047509	47	5.1	47	90	0	338	32	10	29	27	1.90
75047298--75047416	22	5.1	22	63	25	66	31	12	30	25	1.93
75047479--75047663	48	3.8	48	87	5	282	35	6	26	31	1.82
75047480--75047677	98	2.0	96	88	3	290	34	7	27	31	1.84
75047474--75047703	98	2.4	95	83	5	266	33	8	27	30	1.87
75047809--75047953	37	3.9	37	94	0	245	23	17	31	26	1.97
75058927--75058970	10	4.4	10	88	5	63	22	9	0	68	1.18
75059709--75059742	17	1.9	18	88	5	52	29	5	5	58	1.45
75062693--75062727	15	2.4	15	90	4	54	11	8	0	80	0.92
75062704--75062770	21	3.1	21	86	2	80	23	4	1	70	1.14
75063580--75063629	10	5.0	10	83	9	66	20	8	4	68	1.32
75064350--75064383	17	1.9	18	88	5	52	26	8	8	55	1.59
75067972--75068029	25	2.3	26	88	11	86	56	0	3	39	1.16
75076749--75076808	30	2.0	29	83	3	75	33	21	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75079927--75079978	23	2.3	23	93	0	86	19	17	19	44	1.87
75084957--75085081	49	2.5	49	84	8	148	29	20	28	21	1.98
75095983--75096046	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
75096259--75096376	23	5.1	23	93	1	200	31	22	20	26	1.98
75096428--75096494	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
75104125--75104188	31	2.1	31	84	0	83	25	21	14	39	1.91
75104403--75104521	23	5.1	23	97	1	220	30	21	21	27	1.98
75104571--75104637	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
75110090--75110116	13	2.1	13	100	0	54	22	29	33	14	1.94
75112939--75113116	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
75112940--75113095	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
75112936--75113116	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
75114872--75114924	18	2.9	18	78	10	63	18	3	0	77	0.92
75114872--75114915	6	7.3	6	80	10	54	18	2	0	79	0.83
75123670--75123731	6	10.3	6	79	6	63	75	0	9	14	1.03
75123670--75123731	24	2.6	23	82	10	70	75	0	9	14	1.03
75125256--75125333	22	3.5	22	71	11	61	62	6	6	24	1.43
75135485--75135696	48	4.5	46	79	8	187	30	19	27	23	1.98
75135485--75135653	46	3.6	46	78	10	173	30	19	27	21	1.98
75135485--75135695	94	2.2	94	86	1	280	29	19	27	23	1.98
75136865--75136899	13	2.7	13	95	0	61	28	22	34	14	1.93
75139040--75139213	27	6.5	26	84	4	186	33	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75139040--75139213	54	3.2	53	83	3	213	33	20	20	25	1.97
75139041--75139194	81	1.9	81	89	0	236	35	21	18	24	1.96
75139044--75139213	81	2.1	81	85	0	223	34	20	20	25	1.96
75141787--75141859	35	2.1	35	97	0	137	26	16	24	32	1.96
75146656--75146828	27	6.4	27	85	0	202	36	19	18	24	1.94
75146656--75146812	54	2.9	54	87	0	224	36	20	17	24	1.94
75151786--75151942	27	5.8	27	84	3	208	31	22	5	40	1.78
75151775--75151942	54	3.1	54	87	0	246	30	22	7	40	1.80
75151941--75152124	27	6.8	26	82	5	181	41	20	8	28	1.82
75151974--75152181	54	3.8	55	80	9	178	40	20	8	30	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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