genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.304.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101994786--101994822	13	2.8	13	100	0	74	8	45	29	16	1.76
101997248--101997355	29	3.8	29	84	6	139	27	28	15	27	1.96
101997245--101997355	58	1.9	57	88	1	168	27	29	15	27	1.96
102008459--102008508	24	2.1	24	96	0	91	46	4	6	44	1.47
102012587--102012675	40	2.3	39	82	3	108	38	35	11	14	1.82
102047932--102047991	29	2.1	29	96	0	111	20	21	35	23	1.96
102053991--102054052	26	2.3	27	83	10	83	37	25	8	29	1.85
102054158--102054270	27	4.2	26	84	5	136	19	23	21	35	1.96
102054157--102054270	55	2.1	54	87	6	160	19	23	21	35	1.95
102056252--102056490	114	2.1	114	92	1	399	33	21	15	30	1.94
102060158--102060228	28	2.5	28	90	0	124	29	25	9	35	1.88
102060272--102060349	40	2.0	40	86	0	111	37	25	12	24	1.91
102074637--102074681	23	2.0	22	87	12	65	28	8	40	22	1.84
102078093--102078152	23	2.6	23	86	0	84	45	3	21	30	1.68
102079677--102080022	27	12.9	27	88	0	460	25	20	19	34	1.96
102079710--102080020	161	1.9	162	98	0	597	26	20	18	34	1.96
102087638--102087739	25	4.1	24	76	6	105	21	31	13	33	1.92
102088194--102088222	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
102091702--102091745	22	2.0	22	100	0	88	22	4	18	54	1.61
102097169--102097216	21	2.3	21	85	7	62	33	18	25	22	1.97
102097306--102097347	20	2.1	20	100	0	84	45	0	19	35	1.50
102099461--102099512	23	2.3	23	90	3	79	57	5	25	11	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102103716--102103744	14	2.1	14	100	0	58	34	34	0	31	1.58
102105663--102105772	54	2.0	54	98	0	211	40	20	14	23	1.90
102108061--102108128	27	2.6	26	77	11	68	35	7	0	57	1.27
102108086--102108171	27	3.3	25	75	18	79	34	3	1	60	1.21
102108120--102108159	12	3.4	11	89	6	53	30	2	0	67	1.04
102108149--102108188	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
102108491--102108541	17	2.9	17	85	5	66	35	11	0	52	1.38
102108647--102108704	10	5.7	10	80	15	66	29	3	0	67	1.07
102108650--102108707	15	3.7	15	80	13	64	29	3	0	67	1.07
102108648--102108704	5	11.2	5	74	10	53	29	3	0	66	1.08
102114303--102114374	32	2.3	32	95	2	128	25	29	5	40	1.78
102119700--102119749	10	5.0	10	83	9	66	70	0	6	24	1.10
102121472--102121507	18	1.9	19	88	5	56	58	0	8	33	1.28
102122914--102123192	139	2.0	139	90	1	443	25	18	18	37	1.93
102124665--102124726	10	6.3	10	75	7	56	61	9	3	25	1.42
102124653--102124725	39	2.0	36	86	10	103	61	9	2	26	1.40
102124877--102124918	16	2.7	16	77	3	50	23	28	9	38	1.86
102127825--102127879	14	3.6	14	75	17	56	47	1	1	49	1.23
102138882--102138933	22	2.3	22	78	12	52	26	1	3	67	1.18
102141621--102141660	20	2.0	21	85	5	55	65	2	2	30	1.19
102144765--102144808	19	2.3	19	92	0	70	36	13	2	47	1.56
102146603--102146627	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102146787--102146856	9	7.8	9	96	0	113	38	28	10	22	1.87
102157456--102157671	39	5.5	40	90	4	307	22	23	28	25	1.99
102157456--102157671	79	2.7	79	88	5	305	22	23	28	25	1.99
102165605--102165822	40	5.5	40	91	2	316	22	23	28	24	1.99
102172798--102172828	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
102178488--102178535	20	2.4	20	100	0	96	33	10	6	50	1.62
102180544--102180621	34	2.3	34	93	0	129	37	8	15	38	1.79
102182715--102182782	18	3.9	17	78	14	61	64	0	26	8	1.22
102186782--102186835	27	2.0	27	96	3	101	25	16	31	25	1.97
102186811--102187030	46	4.7	46	79	10	205	27	19	30	23	1.98
102194443--102194705	47	5.6	46	76	11	207	29	19	28	23	1.98
102194443--102194705	140	1.9	141	85	8	367	29	19	28	23	1.98
102210658--102210864	68	3.0	68	80	4	247	24	21	16	37	1.93
102210665--102210906	68	3.6	68	78	5	238	25	22	15	36	1.93
102211963--102212342	188	2.0	188	96	0	706	31	22	11	34	1.90
102215633--102215707	20	3.6	21	76	16	68	38	4	4	53	1.39
102221120--102221169	13	3.2	16	70	18	52	48	0	2	50	1.12
102226102--102226277	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
102226099--102226270	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
102241541--102241627	42	2.1	42	97	0	165	39	26	12	21	1.89
102263920--102264086	35	4.6	35	84	8	192	31	10	23	33	1.89
102263920--102264090	75	2.4	74	83	7	208	32	11	23	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102270257--102270689	47	9.1	47	90	3	661	31	9	30	28	1.88
102270257--102270687	96	4.5	96	92	4	680	31	9	30	28	1.88
102270257--102270689	143	3.0	143	92	2	692	31	9	30	28	1.88
102270808--102270886	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
102276020--102276114	35	2.7	35	96	0	172	28	9	26	35	1.88
102276020--102276186	35	4.6	37	82	8	168	32	9	23	34	1.87
102276020--102276190	75	2.4	75	82	9	196	32	9	23	33	1.88
102277566--102277617	27	1.9	27	88	7	79	21	3	0	75	0.97
102282307--102282425	60	2.0	59	82	9	143	28	21	22	27	1.99
102284498--102284568	18	3.9	18	71	14	65	36	15	5	42	1.71
102285530--102285585	23	2.4	23	85	5	69	53	3	0	42	1.18
102296250--102296279	10	3.0	10	100	0	60	50	0	0	50	1.00
102298243--102298395	49	3.1	49	84	7	218	46	12	9	31	1.74
102300295--102300348	27	2.0	27	100	0	108	37	14	14	33	1.88
102304046--102304176	47	2.7	48	84	5	167	25	19	29	25	1.98
102306650--102306689	21	2.0	20	95	5	71	12	40	30	17	1.86
102315545--102315672	43	3.0	43	78	15	138	25	19	25	29	1.98
102316040--102316077	19	2.0	20	84	5	51	36	5	13	44	1.66
102334325--102334362	17	2.2	17	90	0	58	26	26	28	18	1.98
102338206--102338311	28	3.7	28	72	19	92	28	23	17	30	1.97
102338209--102338350	60	2.3	60	85	8	191	28	23	18	29	1.98
102338340--102338385	20	2.3	20	85	3	67	28	32	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102341212--102341315	41	2.5	41	80	1	118	25	14	21	39	1.91
102341234--102341330	42	2.3	41	80	5	106	24	15	19	40	1.90
102345441--102345556	30	3.7	30	71	10	88	31	25	14	29	1.95
102350638--102350805	43	3.9	44	78	6	175	27	13	24	33	1.93
102353703--102353763	32	1.9	32	83	6	79	44	11	3	40	1.57
102354555--102354589	17	2.0	18	94	5	63	71	11	0	17	1.14
102356068--102356230	43	3.8	43	79	5	170	28	15	25	30	1.96
102356068--102356230	86	1.9	84	82	6	202	28	15	25	30	1.96
102369250--102369312	31	2.0	31	100	0	126	3	22	6	68	1.27
102384484--102384624	40	3.5	40	91	0	219	24	26	24	24	2.00
102389164--102389211	23	2.1	23	100	0	96	37	16	8	37	1.79
102389790--102389829	21	1.9	21	94	0	71	17	25	15	42	1.88
102399743--102399774	15	2.1	15	100	0	64	31	18	28	21	1.97
102408959--102409326	182	2.0	181	94	1	639	26	15	18	39	1.90
102410532--102410559	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
102411309--102411375	34	2.0	34	100	0	134	37	2	26	32	1.72
102412586--102412635	24	2.1	24	96	0	91	12	34	16	38	1.85
102412622--102412680	24	2.6	22	77	12	66	22	33	11	32	1.90
102412700--102412742	9	4.8	9	91	0	68	32	32	23	11	1.90
102412978--102413039	33	2.0	30	84	9	79	20	17	40	20	1.92
102415287--102415346	16	3.9	16	72	16	54	43	5	25	26	1.75
102415327--102415416	44	2.0	44	87	8	128	31	2	24	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102421193--102421231	21	1.9	21	89	5	62	46	0	23	30	1.53
102421757--102421793	17	2.1	18	90	5	58	67	0	18	13	1.23
102422035--102422073	20	2.0	19	85	5	51	12	25	53	7	1.65
102422760--102422822	24	2.6	24	80	9	67	25	4	6	63	1.38
102422781--102422837	24	2.4	24	81	0	69	26	3	8	61	1.42
102423023--102423105	2	43.5	2	72	13	50	38	2	2	56	1.25
102423020--102423114	23	4.0	24	72	22	67	37	2	2	57	1.22
102423016--102423104	33	2.8	34	79	14	91	38	2	3	56	1.29
102423025--102423110	25	3.5	25	71	6	77	37	2	2	58	1.24
102424395--102424439	22	2.0	22	100	0	90	37	4	13	44	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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