genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25432873--25432937	22	3.0	22	77	8	69	20	21	24	33	1.97
25433096--25433197	27	3.8	27	84	5	125	18	24	21	35	1.96
25433345--25433402	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
25433334--25433447	6	18.3	6	68	20	65	19	16	14	49	1.80
25433334--25433405	31	2.3	31	97	2	135	19	15	15	50	1.79
25433363--25433433	25	2.8	25	86	0	106	18	18	15	47	1.82
25435395--25435468	27	2.7	27	85	0	103	37	24	10	27	1.88
25435405--25435727	54	6.0	55	83	5	211	34	19	19	25	1.96
25435450--25435734	27	10.6	27	83	3	331	35	20	21	23	1.96
25435450--25435734	81	3.5	81	86	2	367	35	20	21	23	1.96
25435450--25435734	54	5.3	54	85	3	369	35	20	21	23	1.96
25446034--25446096	31	2.0	31	96	0	117	28	1	28	41	1.65
25450771--25450812	20	2.1	20	86	0	57	42	7	9	40	1.65
25451094--25451309	69	3.1	67	81	7	220	28	22	15	34	1.94
25451084--25451313	92	2.5	90	80	9	225	27	22	15	34	1.94
25451143--25451315	45	3.8	44	72	11	116	27	21	15	35	1.93
25451118--25451313	23	8.6	23	73	15	156	27	21	15	35	1.93
25455993--25456116	46	2.7	46	83	7	144	27	19	28	25	1.99
25467594--25467848	55	4.8	53	75	9	155	36	18	23	21	1.95
25467605--25467801	108	1.8	110	84	6	276	35	17	24	22	1.96
25469916--25469948	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41
25472877--25472914	6	6.2	6	93	6	67	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25472876--25472914	19	2.1	19	95	0	69	82	0	0	17	0.68
25477692--25477745	26	2.0	27	96	3	101	35	12	14	37	1.85
25478399--25478431	13	2.6	13	90	4	50	51	18	0	30	1.46
25487678--25487860	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
25487679--25487862	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
25487731--25487895	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
25490903--25491066	89	1.8	89	92	0	274	38	15	18	27	1.91
25491545--25491595	6	8.5	6	97	0	84	64	0	19	15	1.29
25491738--25491810	26	2.8	25	83	4	74	45	8	13	32	1.73
25492479--25492520	22	2.0	21	85	4	57	30	19	30	19	1.96
25493258--25493310	18	2.9	18	78	10	63	41	20	16	20	1.90
25493572--25493621	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
25493684--25493772	27	3.3	27	85	3	117	24	15	16	42	1.88
25493684--25493783	27	3.7	27	83	2	85	27	15	18	40	1.89
25494048--25494101	20	2.8	20	86	8	67	27	42	14	14	1.85
25494067--25494109	20	2.2	20	86	0	59	25	41	18	13	1.88
25497692--25497872	46	3.8	46	73	18	163	29	30	19	19	1.97
25500076--25500192	27	4.3	27	83	6	123	20	17	18	42	1.89
25504874--25504903	13	2.3	13	94	0	51	23	36	30	10	1.87
25505380--25505972	27	22.0	27	82	5	725	27	22	9	40	1.84
25505990--25506148	27	5.9	27	86	0	219	36	18	19	25	1.94
25505984--25506177	54	3.6	54	85	4	248	35	18	19	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25505984--25506176	27	7.1	27	80	5	203	35	17	19	26	1.94
25505984--25506148	81	2.0	81	89	0	249	36	18	18	26	1.94
25506376--25506458	27	3.1	26	87	5	103	20	22	20	36	1.95
25506546--25506604	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
25506769--25506842	27	2.8	27	83	6	80	18	24	20	36	1.95
25506960--25507108	6	24.8	6	74	17	132	20	16	13	48	1.80
25510469--25510530	19	3.1	19	82	15	72	85	0	6	8	0.74
25510449--25510528	6	13.7	6	77	12	51	82	0	6	11	0.83
25510479--25510542	19	3.3	19	84	4	74	84	0	6	9	0.78
25510474--25510530	1	57.0	1	75	0	51	87	0	5	7	0.66
25517868--25518175	30	10.3	30	72	10	132	38	13	24	23	1.91
25517964--25518028	29	2.2	30	83	2	87	40	15	29	15	1.88
25517890--25518173	119	2.4	119	84	2	372	39	13	23	23	1.91
25517990--25518191	89	2.3	89	80	6	221	39	14	23	21	1.91
25522747--25522816	29	2.4	29	87	0	113	37	14	25	22	1.92
25522793--25522916	29	4.2	29	79	2	113	40	16	21	20	1.91
25527213--25527237	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
25529274--25529357	42	2.0	42	88	0	123	30	10	13	45	1.77
25531702--25531886	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
25531757--25531909	79	1.9	79	84	7	204	25	20	28	26	1.99
25536647--25536766	58	2.1	58	98	0	231	28	19	23	29	1.98
25538036--25538066	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25538033--25538072	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
25538304--25538511	55	3.8	54	82	6	242	22	25	17	35	1.95
25538304--25538504	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	34	1.96
25540264--25540311	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
25540321--25540413	41	2.2	40	79	7	96	34	5	11	48	1.63
25540334--25540416	41	2.0	42	85	2	114	32	9	12	45	1.74
25542925--25542964	21	1.9	21	90	10	64	30	17	15	37	1.90
25556203--25556423	46	4.7	48	78	13	196	24	33	17	25	1.96
25556050--25556418	49	7.8	47	73	15	221	26	30	17	26	1.97
25556204--25556418	93	2.3	92	83	6	245	24	32	17	26	1.97
25562446--25562698	101	2.5	104	92	4	424	29	29	21	19	1.98
25569492--25569543	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
25569356--25569622	104	2.6	104	93	2	448	29	30	20	19	1.97
25576684--25576743	13	4.5	13	83	8	77	15	8	1	75	1.12
25576681--25576743	12	4.9	12	81	14	81	17	9	1	71	1.20
25579928--25580338	47	8.7	47	76	11	276	24	29	19	26	1.98
25579925--25580382	47	9.7	48	76	11	253	24	29	19	27	1.98
25594509--25594689	40	4.6	40	89	2	276	24	24	23	26	2.00
25601604--25601694	44	2.1	44	100	0	182	57	19	8	14	1.63
25604432--25604486	27	2.0	27	83	13	69	32	3	16	47	1.64
25606324--25606579	45	5.8	43	85	7	223	25	30	21	23	1.99
25606366--25606587	45	4.9	45	90	0	336	27	28	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25610027--25610246	46	4.8	45	74	18	168	28	20	28	22	1.99
25628846--25628870	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
25629680--25629831	42	3.6	42	86	1	205	27	17	25	29	1.97
25630643--25630707	28	2.3	29	86	2	87	44	3	23	29	1.68
25631192--25631354	43	3.8	42	76	7	141	27	17	24	30	1.97
25638964--25638990	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
25639087--25639132	19	2.5	18	89	3	65	28	0	0	71	0.86
25639103--25639140	19	2.1	19	85	9	53	34	0	0	65	0.93
25641359--25641403	20	2.2	20	84	7	56	28	0	0	71	0.87
25642504--25642535	14	2.1	16	88	11	50	68	3	3	25	1.18
25661366--25661391	11	2.4	11	100	0	52	50	0	19	30	1.48
25665786--25665833	16	3.0	16	90	0	78	45	22	22	8	1.79
25665790--25665833	8	5.5	8	78	10	54	43	25	25	6	1.79
25666081--25666144	26	2.4	27	82	10	78	34	28	12	25	1.92
25666246--25666360	27	4.3	27	85	3	142	21	21	20	36	1.95
25688335--25688508	46	3.8	46	75	13	167	29	27	20	23	1.99
25696576--25696625	24	2.1	24	100	0	100	32	4	28	36	1.76
25698060--25698215	6	25.8	6	74	15	135	49	14	15	21	1.79
25698060--25698190	30	4.4	30	87	3	192	50	13	14	21	1.77
25698060--25698190	60	2.2	60	92	0	226	50	13	14	21	1.77
25698334--25698404	27	2.7	26	82	10	81	35	21	23	19	1.96
25698358--25698415	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25698572--25698630	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
25698705--25698785	27	3.0	26	85	3	99	35	20	22	20	1.96
25698984--25699142	27	6.0	27	88	5	216	25	23	18	32	1.97
25699131--25699287	27	5.8	27	77	3	129	31	9	19	38	1.84
25699134--25699317	54	3.4	54	73	5	156	30	9	20	39	1.84
25699145--25699337	81	2.4	81	81	6	205	31	9	20	39	1.84
25704763--25704791	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
25704987--25705044	27	2.1	27	81	12	66	51	0	10	37	1.36
25705310--25705340	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
25705903--25706144	41	5.6	44	72	12	155	27	15	26	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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