genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86301730--86301793	24	2.5	25	85	7	76	62	1	3	32	1.20
86303337--86303466	44	3.0	44	82	0	152	29	22	15	33	1.94
86303590--86303816	44	5.1	44	85	3	285	26	25	15	32	1.96
86303337--86304077	350	2.1	350	91	0	1187	28	22	17	31	1.97
86303940--86304077	44	3.1	44	87	5	179	26	25	16	31	1.96
86316001--86316038	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
86316049--86316106	21	2.9	19	75	9	55	62	1	5	31	1.27
86316251--86316311	22	2.5	23	78	21	63	62	3	0	34	1.12
86316327--86316381	20	2.7	21	81	13	71	63	1	7	27	1.31
86316356--86316419	24	2.5	25	85	7	76	62	1	3	32	1.20
86317809--86317983	42	4.0	41	80	12	163	29	26	14	29	1.95
86317878--86317984	49	2.2	49	98	1	205	30	28	13	27	1.94
86318635--86318666	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
86320792--86321981	396	3.0	396	99	0	2335	38	11	21	28	1.88
86327291--86327436	53	2.9	48	80	11	168	31	26	15	27	1.95
86340972--86341080	28	3.9	28	81	4	130	55	5	16	22	1.61
86340973--86341079	56	1.9	55	88	1	160	57	4	15	22	1.57
86345635--86345951	29	11.0	28	80	8	262	39	15	24	20	1.91
86345610--86345950	87	3.9	87	79	6	323	39	14	24	21	1.91
86345635--86345903	116	2.3	116	84	5	337	39	14	24	21	1.91
86349917--86349998	38	2.2	38	93	4	139	31	3	15	48	1.63
86352104--86352185	29	2.8	29	83	7	112	37	13	26	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86352167--86352244	29	2.7	29	84	6	95	38	11	20	29	1.88
86358687--86358734	14	3.6	13	81	18	55	54	8	0	37	1.31
86360582--86360609	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
86362031--86362276	40	6.2	40	93	2	415	23	22	25	28	2.00
86362015--86362276	120	2.2	120	95	2	465	25	22	24	27	2.00
86368773--86368800	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
86370220--86370425	40	5.2	40	85	5	283	26	20	22	29	1.99
86372194--86372269	39	1.9	39	89	0	116	30	5	19	44	1.73
86372197--86372291	39	2.4	39	79	6	111	32	4	20	43	1.71
86379083--86379116	17	2.0	17	100	0	68	11	11	23	52	1.70
86381744--86381802	23	2.6	21	77	15	64	28	22	15	33	1.94
86381755--86381824	23	2.9	24	78	6	79	30	24	17	28	1.97
86384437--86384610	45	3.9	45	87	1	235	25	18	27	28	1.98
86395679--86396373	49	14.3	49	93	3	1117	32	8	29	29	1.87
86396492--86396629	37	3.7	37	92	0	222	25	18	29	26	1.98
86400816--86400854	18	2.1	18	85	4	51	33	15	5	46	1.68
86408614--86408742	49	2.7	48	84	3	163	26	29	20	24	1.99
86408671--86408836	46	3.6	45	79	10	151	21	30	20	27	1.98
86410952--86411061	33	3.2	33	64	16	80	29	20	25	25	1.99
86410951--86411112	69	2.3	69	92	0	279	28	19	26	25	1.99
86410981--86411097	36	3.3	36	65	15	100	29	19	24	25	1.98
86422441--86422520	39	2.1	39	100	0	160	36	26	5	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86423387--86423413	12	2.2	12	100	0	54	66	18	0	14	1.25
86425548--86425684	60	2.3	59	82	9	163	27	26	19	26	1.99
86427177--86427223	18	2.7	18	81	12	55	57	4	25	12	1.54
86427379--86427405	11	2.5	11	100	0	54	11	37	14	37	1.82
86427929--86428214	64	4.4	64	79	6	281	31	15	29	24	1.96
86430478--86430538	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
86433166--86433198	14	2.5	14	90	9	52	24	12	9	54	1.66
86440275--86440639	48	7.6	48	85	2	342	29	19	28	22	1.98
86440278--86440547	95	2.8	96	82	1	326	30	18	28	23	1.98
86440275--86440591	96	3.3	96	82	1	377	30	17	28	23	1.97
86440272--86440638	143	2.6	143	77	7	359	29	19	28	22	1.98
86449714--86449972	39	6.6	39	87	6	298	24	27	22	25	2.00
86457685--86457905	39	5.6	39	85	7	247	24	27	22	24	2.00
86457685--86457906	78	2.8	78	84	8	272	25	27	22	24	2.00
86465645--86465824	40	4.5	40	83	3	202	28	26	21	23	1.99
86477993--86478312	48	6.7	48	77	9	264	27	16	30	25	1.97
86478041--86478309	146	1.8	146	82	6	348	27	17	29	25	1.97
86483612--86483711	51	2.0	50	96	2	182	42	10	9	39	1.70
86484162--86484207	23	2.0	23	82	0	56	69	0	10	19	1.17
86488446--86488633	72	2.6	70	80	8	182	30	28	18	23	1.97
86495283--86495459	72	2.5	72	85	1	239	32	25	18	23	1.97
86496986--86497180	53	3.6	53	77	9	173	36	16	24	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86496986--86497169	54	3.4	54	77	8	205	36	16	23	23	1.94
86500409--86500612	40	5.1	40	81	8	229	25	22	27	25	2.00
86500409--86500591	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
86500462--86500616	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	2.00
86507320--86507504	40	4.7	40	79	8	173	24	21	27	27	1.99
86507373--86507527	79	2.0	79	81	7	181	25	21	27	26	1.99
86514772--86515086	47	6.8	45	73	10	242	26	21	29	22	1.99
86517761--86518015	55	4.8	55	79	9	264	35	18	25	21	1.95
86517768--86517970	108	1.9	110	87	6	306	33	18	25	22	1.97
86518208--86518238	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
86524181--86524248	31	2.1	32	78	8	75	47	5	5	41	1.52
86524188--86524305	31	3.9	31	70	10	82	47	6	5	40	1.52
86524479--86524534	24	2.3	24	75	6	60	33	1	8	55	1.42
86525471--86525536	13	5.1	13	76	7	71	37	22	6	33	1.79
86528736--86528812	25	3.2	24	65	20	61	25	29	14	29	1.95
86528574--86528941	48	7.7	48	81	7	336	22	27	20	29	1.98
86533124--86533295	93	1.8	93	92	0	290	27	28	22	21	1.99
86533117--86533292	46	3.8	46	78	10	196	28	28	21	21	1.98
86535195--86535244	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
86535206--86535253	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
86538156--86538329	46	3.8	44	80	9	206	28	28	21	21	1.99
86538164--86538333	92	1.8	93	94	1	306	27	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86540234--86540283	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
86540245--86540292	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
86543164--86543336	46	3.8	46	76	12	178	28	28	20	21	1.98
86543171--86543339	93	1.8	90	89	3	266	27	28	21	21	1.99
86543212--86543355	46	3.1	45	72	18	127	29	27	20	22	1.99
86547907--86548221	47	6.6	47	92	2	468	33	7	29	29	1.86
86547919--86548210	147	2.0	145	91	1	467	32	8	29	29	1.87
86549354--86549405	15	3.5	15	78	2	52	57	15	17	9	1.64
86552327--86552505	46	3.8	49	75	13	171	27	27	22	21	1.99
86552334--86552505	93	1.8	93	89	0	272	27	27	22	22	1.99
86552378--86552521	46	3.1	45	71	18	127	29	27	20	23	1.99
86557348--86557519	93	1.8	93	90	2	274	27	28	22	21	1.99
86557341--86557516	46	3.8	47	77	10	191	28	28	21	21	1.98
86557392--86557535	46	3.1	45	71	18	127	29	27	20	23	1.99
86566323--86566544	39	5.7	40	84	9	257	25	22	27	24	2.00
86566323--86566577	78	3.3	79	81	11	208	26	21	27	24	2.00
86574366--86574509	40	3.6	39	90	1	198	25	22	27	25	2.00
86574366--86574512	79	1.9	79	84	2	197	25	21	27	25	2.00
86582363--86582514	40	3.8	41	87	3	202	25	21	27	25	1.99
86582363--86582534	80	2.2	80	82	3	204	24	20	27	27	1.99
86585396--86585446	18	2.8	18	96	0	93	15	29	43	11	1.82
86587913--86588030	41	2.9	40	74	12	107	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86594335--86594502	91	1.8	92	93	3	295	21	20	29	27	1.98
86594338--86594507	45	3.7	46	77	16	201	21	20	28	28	1.98
86601908--86602080	45	3.8	46	78	17	198	21	21	28	27	1.99
86601908--86602077	93	1.8	92	94	1	304	21	21	29	27	1.99
86605691--86605735	18	2.5	18	78	7	56	28	26	13	31	1.94
86609976--86610042	29	2.4	28	73	9	64	35	13	5	44	1.68
86610337--86610392	25	2.2	25	93	3	94	37	5	8	48	1.58
86610792--86610835	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
86610848--86610896	13	3.4	14	78	13	55	53	0	0	46	1.00
86610859--86610895	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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