genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28722935--28722988	23	2.2	25	83	9	76	33	5	0	61	1.19
28723077--28723118	14	3.0	14	83	16	52	38	0	2	59	1.10
28723206--28723271	18	3.3	20	74	19	66	34	3	3	59	1.28
28731903--28731941	15	2.7	14	80	7	51	28	5	0	66	1.12
28731933--28731981	25	1.9	26	84	12	66	32	8	4	55	1.48
28731872--28731993	26	4.6	24	75	15	91	31	6	1	60	1.32
28732175--28732267	46	2.0	46	83	8	118	30	3	6	60	1.38
28732323--28732364	22	2.0	21	85	4	57	30	9	4	54	1.53
28736755--28736854	14	7.0	14	65	15	53	6	19	0	75	1.01
28736753--28736808	29	2.0	28	85	3	76	3	17	0	78	0.89
28736754--28736843	38	2.3	39	81	11	105	5	20	0	74	1.01
28736788--28736852	27	2.5	26	85	7	87	7	18	0	73	1.06
28743743--28743888	40	3.7	40	91	1	222	29	27	20	22	1.99
28754667--28754850	40	4.6	40	84	2	244	24	26	23	25	2.00
28754631--28754850	80	2.8	79	84	4	257	25	26	23	25	2.00
28757272--28757310	18	2.2	18	90	0	60	30	0	17	51	1.46
28761273--28761406	64	2.1	64	92	0	223	37	10	5	47	1.61
28761286--28761420	64	2.1	64	84	4	184	40	8	5	45	1.58
28761454--28761524	24	3.0	24	81	8	90	26	18	7	47	1.74
28761566--28762217	241	2.7	241	95	1	1154	34	17	14	34	1.90
28767098--28767137	17	2.4	16	83	4	53	35	10	0	55	1.34
28768033--28768114	31	2.5	33	82	7	105	14	3	19	62	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28768185--28768305	43	2.8	43	83	0	161	28	27	21	23	1.99
28769241--28769299	27	2.1	28	81	9	68	62	10	0	27	1.27
28778430--28778481	18	2.9	18	75	13	54	63	1	1	32	1.16
28778978--28779056	37	2.1	37	100	0	158	35	7	11	45	1.69
28779285--28779320	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
28781129--28781524	27	14.6	27	81	5	356	38	20	9	30	1.86
28781563--28781731	27	6.3	27	85	2	196	36	17	18	27	1.93
28781561--28781729	81	2.1	81	84	0	221	37	16	18	26	1.92
28781937--28782005	25	2.8	25	90	0	111	23	26	24	26	2.00
28781937--28782018	25	3.4	25	83	9	98	26	23	24	25	2.00
28790966--28790992	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
28791439--28791536	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
28791469--28791549	27	3.0	27	87	5	92	29	12	24	33	1.92
28797564--28797672	42	2.6	42	88	7	150	27	15	23	33	1.95
28797564--28797761	43	4.7	43	81	7	192	26	14	25	33	1.94
28797564--28797741	86	2.1	85	83	5	216	26	14	25	33	1.94
28803750--28803956	55	3.9	54	79	2	211	20	23	17	37	1.94
28808835--28808868	9	3.9	9	88	3	52	32	20	11	35	1.89
28810952--28811012	25	2.4	25	83	5	68	34	9	11	44	1.74
28813521--28813562	22	2.0	21	86	9	59	28	7	4	59	1.44
28851043--28851224	40	4.5	41	86	3	228	28	15	24	32	1.95
28851043--28851266	80	2.8	80	82	8	249	28	14	23	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28851043--28851266	40	5.5	41	83	3	222	28	14	23	33	1.94
28855049--28855109	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
28864837--28864881	23	2.0	23	81	0	54	51	26	4	17	1.65
28870054--28870182	40	3.3	40	85	2	181	28	28	19	23	1.98
28870057--28870234	79	2.3	78	81	10	195	27	28	20	23	1.99
28877778--28877996	40	5.6	40	80	8	200	27	27	20	24	1.99
28885610--28885716	40	2.7	39	81	5	108	25	28	19	27	1.99
28885656--28885836	80	2.3	80	83	9	210	27	28	20	23	1.99
28885653--28885836	40	4.6	40	81	7	187	28	27	20	23	1.99
28889803--28890025	41	5.5	41	83	3	254	23	25	16	34	1.95
28889826--28890026	81	2.5	81	81	2	233	22	24	15	36	1.94
28899137--28899319	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
28899116--28899319	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
28907199--28907381	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
28907178--28907381	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
28909847--28909936	45	2.0	45	91	0	144	36	18	17	26	1.94
28916654--28918715	693	3.0	693	96	0	3761	33	15	16	34	1.91
28948542--28948635	46	2.1	45	88	4	136	30	29	19	20	1.97
28960118--28960305	40	4.7	40	90	3	290	26	27	21	25	2.00
28969319--28969439	57	2.1	57	98	0	233	33	21	24	19	1.97
28969447--28969572	55	2.3	55	78	8	139	24	27	28	19	1.98
28990523--28990563	20	2.0	20	100	0	82	34	4	31	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28990525--28990573	20	2.3	20	89	6	71	38	6	28	26	1.80
28990934--28991116	48	3.8	48	77	0	161	30	19	25	24	1.98
28990946--28991207	96	2.8	96	82	5	277	29	19	25	25	1.99
28990985--28991132	48	3.1	47	74	3	143	30	21	25	22	1.99
28997434--28997494	18	3.5	18	67	24	58	14	21	34	29	1.93
29008930--29009113	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
29008930--29009110	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
29009011--29009160	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
29016784--29016967	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
29016784--29016964	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
29016865--29017014	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
29019509--29019621	23	4.9	23	81	11	124	27	23	16	32	1.96
29021791--29021833	19	2.3	19	92	4	70	18	30	37	13	1.90
29026389--29026553	48	3.4	48	78	0	195	32	17	23	27	1.97
29026401--29026602	96	2.1	96	86	3	273	30	19	23	26	1.98
29026449--29026601	48	3.2	47	75	3	146	28	20	25	26	1.99
29029614--29029698	27	3.1	27	93	0	143	31	11	16	40	1.85
29029627--29029963	27	12.5	27	84	5	339	31	10	18	38	1.86
29030298--29030372	28	2.7	28	91	0	132	28	37	16	18	1.92
29063044--29063112	35	2.0	35	100	0	138	40	14	7	37	1.74
29068630--29068666	14	2.5	15	83	16	51	21	40	0	37	1.54
29071860--29071941	40	2.0	40	83	4	103	28	18	20	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29071877--29071979	40	2.6	40	88	0	143	25	17	24	33	1.96
29071965--29072061	28	3.5	28	85	5	133	23	15	30	29	1.95
29078817--29079010	40	4.9	40	92	0	309	23	27	22	26	1.99
29078790--29079010	80	2.8	80	86	2	313	22	27	23	27	1.99
29086301--29086414	40	2.9	40	90	1	185	21	27	22	28	1.99
29091665--29091767	40	2.6	39	86	9	136	25	19	23	32	1.98
29091753--29091824	28	2.6	28	86	0	99	26	12	31	29	1.93
29098590--29098621	16	2.0	16	100	0	64	31	6	31	31	1.82
29100046--29100270	40	5.7	40	82	6	233	24	28	21	25	1.99
29100202--29100279	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29105190--29105412	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
29105270--29105447	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
29114273--29114309	18	2.1	18	100	0	74	48	5	16	29	1.68
29120236--29120348	29	4.0	29	80	6	115	26	14	30	29	1.95
29124610--29124701	29	3.2	28	85	10	116	27	14	29	29	1.95
29131603--29131688	31	2.7	31	85	3	100	58	19	8	13	1.61
29131921--29131981	21	2.9	21	82	4	61	8	44	14	32	1.75
29137422--29137544	9	13.7	9	84	0	156	28	0	24	46	1.58
29137814--29137874	15	4.2	15	74	14	56	59	0	0	40	0.98
29137812--29137868	29	2.0	29	89	0	87	57	0	0	42	0.98
29137821--29137918	16	6.9	15	69	20	61	55	2	0	42	1.11
29137847--29137937	39	2.3	39	96	0	164	53	4	0	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29137873--29137936	19	3.3	19	68	20	60	54	6	0	39	1.26
29138609--29138746	67	2.1	67	98	0	267	22	15	20	41	1.90
29141657--29141776	26	4.6	26	92	2	197	45	4	6	44	1.49
29141814--29141847	7	4.7	7	85	7	50	32	52	0	14	1.42
29141821--29141849	15	1.9	15	100	0	58	31	48	0	20	1.50
29141887--29141930	7	6.1	7	82	12	54	36	45	0	18	1.49
29141947--29141979	14	2.3	15	94	5	59	48	33	0	18	1.48
29142003--29142051	15	3.3	15	82	2	55	46	34	0	18	1.49
29149832--29149860	13	2.1	14	93	6	51	55	13	31	0	1.39
29155553--29155588	17	2.1	17	100	0	72	41	19	11	27	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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