genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21081051--21081082	12	2.7	12	95	0	55	6	25	40	28	1.79
21082135--21082228	40	2.3	40	87	0	134	34	25	14	25	1.94
21089010--21089120	55	2.0	55	82	6	136	20	28	23	27	1.99
21095351--21095444	43	2.2	43	86	3	127	35	25	12	26	1.92
21106065--21106161	40	2.4	41	86	6	128	28	27	16	26	1.97
21110087--21110207	62	2.0	62	96	3	226	51	7	8	33	1.60
21111099--21111199	23	4.4	23	76	8	98	21	23	18	35	1.96
21116502--21116579	27	2.9	28	78	5	88	26	17	29	25	1.98
21117607--21117668	21	3.0	20	71	17	54	50	3	4	41	1.40
21117681--21117723	20	2.3	18	80	11	52	53	2	4	39	1.34
21117723--21117777	26	2.2	24	81	12	65	54	3	1	40	1.28
21121662--21121727	10	6.9	9	73	19	53	43	1	12	42	1.51
21121646--21121836	39	4.9	39	73	21	179	44	3	8	43	1.52
21121661--21121906	115	2.1	114	95	3	440	45	4	7	43	1.50
21121755--21121823	15	4.4	16	72	13	54	46	2	4	46	1.37
21121741--21121917	57	3.1	56	69	19	161	45	3	5	45	1.44
21121808--21121990	66	2.8	66	75	6	174	46	4	6	42	1.49
21125468--21125503	12	2.9	12	91	4	54	55	0	19	25	1.43
21125831--21125863	9	3.7	9	91	0	57	30	18	12	39	1.87
21125829--21125863	18	1.9	18	100	0	70	31	17	11	40	1.85
21130948--21131017	29	2.6	25	82	13	70	37	2	5	54	1.39
21130948--21131005	29	2.0	29	100	0	116	34	3	6	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21131001--21131038	20	1.9	20	84	10	51	39	2	2	55	1.28
21134840--21134887	21	2.3	22	82	10	64	39	2	8	50	1.44
21134883--21134929	14	3.2	15	79	11	53	27	0	2	70	0.99
21137283--21137327	24	1.9	23	86	13	65	37	0	8	53	1.32
21140340--21140372	7	4.7	7	100	0	66	42	0	0	57	0.98
21141932--21142093	43	3.8	42	75	9	157	30	26	18	24	1.98
21159350--21159412	29	2.1	30	85	2	83	57	12	3	26	1.51
21160904--21160966	13	4.8	13	76	0	54	41	1	20	36	1.62
21166181--21166228	25	1.9	25	82	0	60	33	27	14	25	1.94
21166272--21166329	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
21166276--21166329	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
21166381--21166523	24	5.9	24	90	4	209	29	20	21	27	1.98
21166381--21166503	47	2.6	47	93	2	201	30	20	20	29	1.97
21166718--21166781	31	2.1	31	87	0	92	37	12	23	26	1.90
21170833--21170988	81	1.9	80	82	6	190	23	19	28	28	1.98
21171127--21171167	21	1.9	22	85	5	57	39	2	24	34	1.69
21172749--21172773	13	1.9	13	100	0	50	40	32	8	20	1.81
21174807--21174866	24	2.5	24	94	2	104	28	13	5	53	1.60
21180120--21180221	29	3.4	29	69	5	87	24	14	21	39	1.91
21184431--21184515	28	3.1	28	79	1	82	30	20	15	34	1.93
21194145--21194212	33	2.1	32	86	8	93	35	10	20	33	1.87
21200694--21200735	20	2.0	21	90	4	68	50	0	19	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21201351--21201452	33	3.1	32	77	4	105	31	10	22	35	1.89
21201362--21201463	33	3.1	32	76	9	107	31	11	23	33	1.91
21201403--21201470	33	2.1	32	86	8	93	35	10	20	33	1.87
21202512--21202617	30	3.5	30	94	0	185	17	41	30	10	1.83
21202525--21202606	17	5.3	16	67	21	59	18	41	29	10	1.84
21204876--21205049	46	3.8	45	80	10	199	21	20	29	28	1.98
21204870--21205041	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
21256003--21256225	40	5.7	40	82	6	233	25	21	27	25	1.99
21256056--21256225	79	2.2	78	84	3	225	24	21	28	25	1.99
21263888--21264058	39	4.3	39	83	9	204	25	21	28	24	1.99
21263835--21264058	79	2.8	78	81	8	222	25	21	27	25	1.99
21263915--21264091	79	2.2	80	82	4	200	25	22	28	23	1.99
21269934--21270009	40	1.9	40	83	0	98	28	22	17	31	1.96
21270902--21270939	20	1.9	20	88	0	58	39	13	10	36	1.79
21273498--21273656	42	3.8	42	78	3	140	33	13	22	30	1.92
21273740--21273784	22	2.0	22	100	0	90	46	8	22	22	1.79
21279556--21279615	28	2.1	28	100	0	120	46	6	3	43	1.46
21279568--21279614	15	3.3	15	72	22	55	48	6	4	40	1.48
21284732--21284844	40	2.8	40	77	11	115	35	22	23	19	1.96
21285910--21285941	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
21291542--21291582	5	8.4	5	83	5	57	26	0	0	73	0.84
21291497--21291680	62	3.0	60	72	11	185	36	5	2	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21291535--21291582	24	2.0	23	96	4	87	29	0	0	70	0.87
21291547--21291583	19	1.9	19	100	0	74	29	0	0	70	0.88
21291445--21291680	123	1.9	122	90	2	375	36	5	2	55	1.37
21291445--21291638	62	3.1	61	75	10	205	36	5	2	56	1.33
21291564--21291827	98	2.7	98	98	0	510	38	6	3	51	1.47
21291935--21292092	9	17.7	9	70	20	91	44	15	3	36	1.62
21291943--21292054	16	7.1	16	75	13	97	43	16	3	36	1.65
21291943--21292091	79	1.9	79	92	0	253	44	15	3	36	1.63
21292227--21292296	9	8.0	9	79	9	65	47	17	0	35	1.48
21292218--21292292	34	2.2	34	83	4	89	48	16	1	34	1.54
21292340--21292387	23	2.1	23	100	0	96	50	20	8	20	1.74
21297115--21297152	19	2.1	19	85	9	53	42	7	0	50	1.31
21298025--21298090	31	2.1	31	91	0	105	18	9	19	53	1.71
21300161--21300207	22	2.1	21	81	14	51	48	6	6	38	1.54
21300910--21300945	3	11.7	3	94	5	63	33	0	0	66	0.92
21308186--21308399	48	4.6	45	69	14	141	28	26	16	28	1.97
21308149--21308337	90	2.1	90	79	5	204	28	28	16	25	1.97
21318497--21318529	16	2.1	16	100	0	66	48	18	21	12	1.80
21318745--21318818	29	2.6	27	82	14	87	25	8	33	32	1.85
21318745--21318822	28	2.8	29	86	7	99	26	8	32	32	1.87
21318774--21318837	29	2.2	29	83	5	76	32	10	29	26	1.90
21320580--21320813	48	4.8	49	80	7	255	25	27	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21320580--21320813	98	2.4	97	81	5	269	25	27	19	27	1.99
21323886--21323923	19	2.0	19	100	0	76	26	21	10	42	1.85
21324884--21325118	48	4.9	49	80	4	246	25	29	19	25	1.98
21346191--21346251	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
21349688--21349867	68	2.8	63	77	10	175	23	28	16	31	1.96
21352270--21352413	55	2.6	55	80	2	155	15	26	30	27	1.96
21352409--21352434	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
21366115--21366144	12	2.4	13	94	5	53	63	0	6	30	1.20
21369205--21369243	21	1.9	20	85	15	53	38	10	17	33	1.84
21369820--21369857	15	2.5	15	87	8	51	13	18	10	57	1.63
21381041--21381096	22	2.5	22	88	0	76	23	25	23	28	1.99
21402280--21402470	48	4.2	44	72	12	140	28	24	18	28	1.98
21402266--21402470	90	2.3	90	81	3	216	28	25	18	27	1.98
21402352--21402573	48	4.8	48	79	7	208	27	28	17	26	1.98
21402460--21402615	48	3.2	48	84	2	161	25	26	19	28	1.98
21409824--21409969	48	3.0	48	86	2	186	30	30	15	23	1.95
21409827--21409986	48	3.3	48	83	5	180	30	30	15	23	1.95
21410673--21410713	20	2.0	20	86	9	57	41	0	21	36	1.54
21411406--21411534	46	2.7	46	83	5	152	30	20	28	20	1.98
21411366--21411682	49	6.6	49	76	7	210	28	19	28	23	1.98
21413953--21413986	17	1.9	17	88	5	50	55	14	2	26	1.53
21416214--21416242	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21421240--21421299	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
21421338--21421389	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
21430392--21430616	40	5.6	40	79	3	245	27	26	22	24	2.00
21438781--21438997	40	5.6	40	75	12	209	28	27	21	23	1.99
21445234--21445258	11	2.3	11	100	0	50	36	0	28	36	1.58
21445188--21445294	40	3.0	34	73	15	115	39	11	21	28	1.87
21445371--21445461	45	2.1	43	89	4	137	26	13	20	39	1.89
21453374--21453403	11	2.9	10	90	9	51	76	0	0	23	0.78
21468234--21468571	47	7.1	49	90	4	514	32	7	31	28	1.85
21468357--21468439	27	3.3	27	63	27	72	30	4	32	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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