Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  52  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15549844--15549958
61
1.9
61
92
0
194
25
15
20
38
1.92
15551769--15551806
14
2.8
14
88
4
51
44
0
0
55
0.99
15573352--15573384
15
2.1
16
88
5
50
30
3
15
51
1.58
15575182--15575207
13
2.0
13
100
0
52
0
7
0
92
0.39
15585257--15586381
374
3.0
374
97
0
2081
37
24
10
27
1.88
15586916--15587117
40
5.0
40
87
2
280
21
21
7
49
1.75
15586916--15587117
80
2.5
80
91
1
314
21
21
7
49
1.75
15590149--15590191
18
2.4
18
88
0
59
37
18
9
34
1.83
15592541--15592636
31
3.2
30
68
19
74
27
21
8
42
1.81
15592539--15592707
60
2.8
60
84
3
203
21
21
12
44
1.84
15593185--15593301
32
3.8
32
76
15
95
47
11
17
23
1.80
15593196--15593283
32
2.9
32
83
9
105
44
10
20
25
1.83
15593121--15593301
91
2.0
90
82
3
220
45
12
18
22
1.83
15593121--15593284
31
5.5
30
67
13
97
44
13
19
22
1.85
15593206--15593292
28
3.0
28
74
6
75
49
9
18
22
1.76
15603551--15603642
44
2.1
44
85
4
123
33
23
21
20
1.97
15611937--15612052
40
2.9
41
87
3
155
38
14
9
37
1.79
15612980--15613009
8
3.6
8
95
4
51
60
0
0
40
0.97
15613856--15613899
21
2.1
21
100
0
88
43
4
18
34
1.70
15624833--15624866
17
2.0
17
94
0
59
26
29
8
35
1.87
15626810--15626970
43
3.8
43
76
6
157
26
14
25
33
1.95
15646948--15647068
59
2.1
59
100
0
242
33
16
18
32
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15648654--15648708
22
2.5
22
84
0
74
30
10
18
40
1.85
15650657--15650714
30
1.9
30
86
6
82
18
3
5
72
1.18
15654493--15654535
13
3.3
12
87
9
50
41
0
6
51
1.29
15655705--15655780
15
5.3
15
70
10
61
30
28
19
21
1.97
15655657--15655780
57
2.2
56
82
4
142
27
25
23
23
2.00
15656469--15656501
14
2.4
14
90
5
50
36
0
6
57
1.23
15661608--15661696
25
3.6
25
79
0
97
19
14
28
38
1.91
15661681--15661805
25
5.0
25
76
4
99
20
18
20
40
1.92
15661688--15661805
50
2.4
51
73
4
114
20
18
20
40
1.91
15674680--15674776
30
3.2
30
85
0
122
18
28
26
25
1.98
15681147--15681185
17
2.2
18
86
4
53
53
2
0
43
1.14
15681761--15681796
16
2.2
17
90
5
56
33
5
0
61
1.19
15683889--15683923
11
3.2
11
100
0
70
0
8
0
91
0.42
15684084--15684138
23
2.3
24
81
6
67
38
0
3
58
1.16
15692656--15692688
4
8.2
4
100
0
66
0
24
0
75
0.80
15693635--15693686
11
4.5
11
77
15
52
75
3
3
17
1.11
15693655--15693686
16
1.9
16
93
6
55
78
3
0
18
0.89
15695335--15695384
22
2.2
23
86
10
68
74
2
4
20
1.08
15696418--15696480
6
10.5
6
100
0
126
15
0
0
84
0.63
15698341--15698427
30
2.9
30
80
10
106
19
31
31
18
1.96
15701470--15701522
26
2.0
27
88
3
81
41
5
15
37
1.70
15705181--15705251
37
1.9
37
97
0
133
40
16
9
32
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15705395--15705439
22
2.0
23
83
12
58
40
15
24
20
1.91
15705621--15705706
42
2.0
42
100
0
172
47
17
4
30
1.68
15713624--15713649
6
4.3
6
100
0
52
19
15
34
30
1.93
15723133--15723169
16
2.1
18
85
14
51
51
2
0
45
1.15
15724088--15724166
24
3.2
24
75
8
59
18
8
7
64
1.45
15724107--15724167
26
2.4
25
81
13
79
19
8
6
65
1.41
15730188--15730227
21
2.0
21
90
5
64
12
40
27
20
1.88
15730153--15730303
75
2.0
75
100
0
302
25
31
25
17
1.97
15730263--15730302
21
2.0
21
90
5
64
12
40
27
20
1.88
15734251--15734324
37
2.0
36
82
7
87
47
1
1
50
1.18
15735180--15735227
13
3.7
13
83
8
62
37
29
8
25
1.85
15737764--15737788
13
1.9
13
100
0
50
12
0
0
88
0.53
15759268--15759305
15
2.5
16
87
12
62
39
0
10
50
1.37
15773861--15773920
27
2.2
27
84
0
84
16
28
21
33
1.95
15775403--15775556
40
3.8
40
79
6
141
42
12
6
38
1.69
15775426--15775557
20
6.6
20
69
16
85
40
13
6
39
1.71
15775426--15775557
40
3.3
40
81
8
160
40
13
6
39
1.71
15775390--15775595
20
9.9
20
64
20
68
41
12
6
39
1.68
15775558--15775664
20
5.4
19
74
12
92
38
9
4
47
1.57
15775426--15775672
61
4.0
60
73
14
173
38
11
6
42
1.67
15775560--15775662
39
2.6
38
77
19
104
38
9
4
46
1.58
15775570--15775694
60
2.1
59
80
4
135
37
12
5
44
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15775736--15775801
21
3.1
21
76
10
71
51
13
6
28
1.65
15775797--15775846
20
2.5
20
76
3
55
40
14
10
36
1.79
15775991--15776045
20
2.8
20
77
0
74
34
18
7
40
1.78
15776078--15776228
40
3.8
40
81
5
162
39
14
6
39
1.72
15776078--15776235
20
7.8
20
77
4
104
38
14
6
40
1.71
15776294--15776335
21
2.0
21
86
4
59
47
4
7
40
1.52
15776409--15776465
20
2.8
19
74
10
51
42
15
8
33
1.78
15776475--15776536
30
2.1
30
84
0
79
45
12
4
37
1.64
15778374--15778609
118
2.0
118
87
1
339
30
9
21
38
1.85
15783261--15783804
125
4.3
126
85
2
702
38
16
16
28
1.90
15787378--15787413
18
2.0
18
94
0
63
38
8
27
25
1.84
15788876--15788928
26
2.1
24
82
6
61
67
1
1
28
1.11
15789452--15789497
19
2.4
19
86
13
67
23
4
17
54
1.61
15791643--15791684
6
7.0
6
97
0
57
42
0
57
0
0.99
15792833--15792904
24
3.0
23
76
15
74
40
1
1
56
1.16
15794101--15794139
17
2.4
16
82
4
51
5
12
2
79
1.00
15795779--15795817
21
1.9
20
89
5
60
28
0
25
46
1.53
15796364--15796465
48
2.1
48
94
0
177
15
19
31
33
1.93
15796475--15796722
48
5.2
48
91
0
397
16
20
28
35
1.94
15797320--15797375
27
2.2
25
83
6
67
17
0
32
50
1.47
15799200--15799248
22
2.2
21
79
10
53
26
12
2
59
1.44
15799444--15799511
13
5.3
13
76
13
61
30
7
0
61
1.23
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15800668--15800815
49
3.2
46
83
10
139
29
27
14
29
1.95
15800692--15800862
47
3.6
47
85
6
184
30
25
15
28
1.96
15800891--15801100
31
6.8
31
89
2
307
25
27
20
26
1.99
15804373--15804449
29
2.6
29
87
4
100
49
12
11
25
1.75
15804607--15804656
19
2.5
20
84
9
59
30
4
2
64
1.23
15805005--15805042
15
2.5
15
84
12
51
68
0
0
31
0.90
15815887--15815936
22
2.3
22
79
6
57
58
6
18
18
1.59
15816579--15816608
14
2.1
14
93
0
51
40
3
6
50
1.45
15827680--15827840
71
2.4
68
81
8
186
52
11
4
31
1.59
15827662--15827813
67
2.3
64
82
5
178
52
12
5
29
1.61
15827952--15828000
24
2.0
26
84
11
68
77
4
4
14
1.06
15828251--15828414
17
10.1
17
70
21
61
63
1
3
32
1.17
15828263--15828408
33
4.5
31
75
17
104
63
0
3
32
1.16
15828260--15828415
29
5.8
28
75
17
127
63
0
3
32
1.15
15828329--15828397
23
3.0
23
81
14
79
63
1
2
31
1.18
15828309--15828478
42
4.0
44
73
12
133
60
1
3
35
1.22
15828262--15828414
79
2.0
73
83
9
191
64
0
3
32
1.15
15828402--15828440
21
2.0
21
85
10
55
46
2
2
48
1.29
15828455--15828494
9
4.2
9
81
12
53
67
0
0
32
0.91
15828447--15828503
29
2.0
29
89
0
87
68
0
0
31
0.90
15828455--15828494
20
2.1
18
86
9
53
67
0
0
32
0.91
15828661--15828718
30
1.9
30
82
6
73
56
6
13
22
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15830730--15830779
21
2.3
21
82
6
55
38
14
2
46
1.56
15835935--15835982
25
1.9
25
95
0
87
25
12
12
50
1.75
15837735--15837858
46
2.7
45
82
7
135
29
16
26
26
1.97
15844437--15844495
30
2.0
30
100
0
118
33
16
15
33
1.91
15845103--15845127
8
3.1
8
100
0
50
76
0
0
24
0.80
15845100--15845172
29
2.5
31
78
13
82
60
4
0
35
1.16
15845107--15845178
31
2.4
30
73
22
71
61
2
0
36
1.11
15846661--15846833
46
3.7
48
80
10
182
26
20
30
23
1.98
15853047--15853084
19
2.0
19
85
10
51
18
10
0
71
1.14
15861339--15861365
14
1.9
14
100
0
54
14
14
11
59
1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362