genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71198325--71198519	72	2.7	73	81	5	225	35	22	14	27	1.93
71206890--71206925	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
71206886--71206917	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
71209353--71209404	26	2.0	27	92	3	88	5	1	25	67	1.23
71218714--71219327	221	2.8	221	79	8	553	26	20	15	38	1.92
71218669--71219349	38	18.7	38	78	8	532	25	20	15	38	1.92
71219287--71219373	38	2.3	38	85	0	111	24	24	17	34	1.96
71224956--71224995	20	2.0	20	100	0	80	35	25	10	30	1.88
71231707--71231746	16	2.5	17	80	19	50	35	5	0	60	1.19
71231875--71231942	24	2.7	25	84	11	77	51	2	1	44	1.25
71237366--71237402	10	3.7	10	88	0	56	32	0	0	67	0.91
71237333--71237396	29	2.2	29	86	5	85	32	0	0	67	0.91
71237412--71237631	88	2.5	90	82	5	259	32	8	20	37	1.84
71243916--71243955	20	2.0	21	90	9	66	47	10	5	37	1.59
71248362--71248524	43	3.8	44	77	4	145	29	15	25	29	1.96
71255860--71255902	21	2.0	21	86	0	59	20	18	39	20	1.93
71264097--71264238	46	3.1	44	78	9	133	26	28	16	29	1.97
71266950--71267403	46	9.7	48	76	10	302	28	18	28	23	1.98
71266950--71267248	140	2.1	141	82	6	356	28	18	29	23	1.98
71266996--71267403	187	2.2	186	89	1	611	28	18	28	23	1.98
71272613--71273019	47	8.7	47	78	8	379	28	18	29	23	1.98
71272613--71273019	140	2.9	142	81	8	444	28	18	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71272607--71273020	187	2.2	187	92	0	693	28	18	29	23	1.98
71288294--71288420	43	2.9	44	79	9	145	33	27	14	24	1.95
71301303--71301363	30	2.0	30	90	0	95	37	8	24	29	1.84
71301781--71301951	93	1.8	93	94	0	306	20	20	29	29	1.98
71301785--71301956	46	3.7	46	80	13	208	20	20	29	29	1.98
71317250--71317304	28	1.9	29	88	3	85	25	27	5	41	1.77
71318557--71318621	15	4.4	15	78	16	73	63	13	13	9	1.53
71318557--71318623	30	2.3	30	82	15	86	61	16	13	8	1.56
71321640--71321871	49	4.7	49	83	3	275	29	27	17	25	1.98
71321638--71321864	99	2.3	100	84	2	287	29	27	17	25	1.97
71327396--71327437	19	2.2	19	91	0	66	28	38	23	9	1.86
71358670--71358798	47	2.7	48	85	8	165	27	18	29	24	1.98
71369179--71369236	29	2.0	29	96	0	107	27	18	31	22	1.97
71378769--71378938	35	4.9	35	88	0	241	17	10	29	43	1.81
71378764--71378956	70	2.8	70	85	3	264	17	10	30	42	1.82
71386290--71386461	46	3.7	45	77	13	188	29	29	20	21	1.98
71386297--71386469	93	1.9	93	92	2	294	27	28	21	21	1.99
71391262--71391294	14	2.4	14	95	5	59	30	9	18	42	1.81
71398756--71398795	19	2.1	19	86	9	55	25	10	15	50	1.74
71415160--71415314	44	3.5	44	90	0	238	27	15	27	29	1.96
71420658--71420719	30	2.1	30	87	0	88	30	24	6	38	1.80
71427472--71427695	27	8.3	27	82	3	143	32	12	16	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71427514--71427772	27	9.6	27	80	6	249	31	11	18	38	1.86
71428091--71428152	28	2.2	28	88	0	88	25	38	14	20	1.91
71431416--71431456	21	2.0	21	85	9	57	24	17	31	26	1.97
71443826--71443876	15	3.4	15	76	7	50	9	11	11	66	1.44
71447174--71447718	47	11.6	47	94	1	903	33	8	29	28	1.87
71453367--71453405	19	2.1	19	85	9	53	12	7	38	41	1.72
71460679--71460864	41	4.6	41	90	3	261	25	26	23	24	2.00
71460679--71460864	81	2.3	81	87	3	268	25	26	23	24	2.00
71469141--71469182	21	2.0	21	86	9	59	16	7	2	73	1.15
71469733--71469805	29	2.6	28	79	16	80	49	5	4	41	1.45
71470711--71470738	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
71470583--71470885	159	1.9	158	93	0	516	32	20	20	26	1.97
71472323--71472411	41	2.2	41	86	8	128	32	20	28	19	1.96
71473023--71473071	24	2.0	24	96	0	89	53	2	4	40	1.32
71473351--71473396	7	6.6	7	87	0	56	23	0	23	52	1.48
71473385--71473430	21	2.1	22	88	4	67	15	0	39	45	1.46
71473398--71473445	21	2.3	22	82	7	55	16	0	45	37	1.48
71473787--71473830	21	2.1	21	83	8	54	45	2	2	50	1.27
71473817--71473873	22	2.7	20	77	22	62	63	1	1	33	1.15
71474088--71474123	18	2.0	18	88	0	54	8	41	2	47	1.48
71476373--71476527	68	2.2	68	78	12	156	20	27	16	34	1.95
71487810--71487852	22	1.9	23	85	4	61	58	4	0	37	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71487873--71488023	43	3.5	43	85	1	205	28	18	26	26	1.98
71492687--71493000	46	6.6	47	74	10	239	29	18	28	24	1.98
71493051--71493090	20	1.9	22	85	10	57	35	7	27	30	1.84
71498217--71498552	47	7.1	47	91	2	465	31	11	30	26	1.91
71498338--71498460	24	5.2	24	61	24	64	29	13	31	26	1.93
71498526--71498662	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
71504109--71504287	46	3.8	46	80	9	195	27	20	29	22	1.98
71511941--71512159	47	4.6	48	74	12	168	29	20	26	23	1.98
71526891--71526925	2	17.5	2	93	0	61	48	48	0	2	1.16
71528495--71528684	38	4.9	38	87	2	236	31	25	21	21	1.98
71533491--71533586	40	2.5	40	84	3	115	37	37	14	10	1.81
71534974--71535161	40	4.7	40	88	5	283	26	27	21	24	1.99
71539487--71539662	40	4.3	40	85	9	241	26	27	21	24	1.99
71539458--71539662	80	2.5	80	84	6	247	26	27	20	24	1.99
71543555--71543747	40	4.8	40	81	6	226	26	25	23	23	2.00
71543535--71543747	83	2.6	79	82	5	248	27	25	22	23	2.00
71547647--71547870	40	5.6	40	86	6	310	25	26	23	24	2.00
71547647--71547870	83	2.8	80	88	4	317	25	26	23	24	2.00
71553543--71553680	39	3.6	39	78	7	113	27	28	23	20	1.99
71556256--71556515	49	5.4	49	75	7	212	25	29	19	25	1.98
71556300--71556527	93	2.4	94	82	10	268	25	28	19	26	1.99
71558172--71558198	12	2.2	12	100	0	54	14	14	33	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71561669--71561788	46	2.6	44	89	5	168	27	20	30	22	1.98
71566896--71566994	41	2.5	40	85	3	128	32	27	15	25	1.95
71567463--71567500	19	2.0	19	100	0	76	57	15	0	26	1.38
71572953--71572998	22	2.1	22	100	0	92	45	17	0	36	1.49
71572958--71573004	22	2.3	20	89	10	69	40	14	0	44	1.46
71573138--71573175	19	2.0	19	89	0	58	36	10	21	31	1.87
71579616--71579646	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
71579704--71579751	23	2.1	24	84	7	64	41	0	6	52	1.27
71581962--71582014	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
71583489--71583572	26	3.2	26	94	0	141	38	23	4	33	1.76
71586838--71586890	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
71588374--71588457	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
71594848--71594872	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
71599314--71599374	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
71600326--71600368	15	2.9	15	85	0	59	39	9	27	23	1.85
71600326--71600371	18	2.6	18	85	0	56	39	8	28	23	1.84
71605633--71605691	27	2.1	28	81	9	68	23	20	10	45	1.81
71608703--71608834	40	3.1	42	91	4	196	32	22	18	25	1.97
71611717--71611788	37	1.9	37	91	0	117	27	31	19	20	1.97
71611993--71612233	47	5.1	47	89	0	356	26	29	11	31	1.91
71611993--71612212	94	2.3	94	97	0	413	25	29	12	32	1.92
71620648--71620875	40	5.6	41	87	5	304	30	23	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71620668--71620875	84	2.5	79	88	5	290	32	23	20	24	1.98
71623552--71623677	27	4.7	27	88	2	166	38	16	23	21	1.93
71626800--71626849	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
71626825--71626973	58	2.5	57	82	13	162	42	1	2	53	1.23
71628399--71628496	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
71628399--71628489	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
71628781--71628814	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
71633876--71633916	21	2.0	21	85	9	57	39	4	24	31	1.76
71635193--71635351	39	4.1	39	93	0	237	27	20	28	23	1.99
71635715--71635749	18	1.9	18	94	0	61	28	8	22	40	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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