genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60292122--60292166	12	3.8	12	80	11	56	24	8	0	66	1.20
60293752--60293831	6	13.3	6	91	0	106	16	5	2	76	1.07
60294030--60294071	22	2.0	21	86	13	61	23	0	14	61	1.32
60294530--60294588	29	2.0	29	100	0	118	35	13	20	30	1.91
60295998--60296057	30	2.0	30	100	0	120	36	16	10	36	1.82
60301734--60301774	16	2.5	17	80	15	50	43	2	0	53	1.13
60311833--60311874	22	1.9	22	85	0	57	64	9	14	11	1.50
60313222--60313310	16	5.2	17	72	18	78	14	16	2	66	1.35
60314896--60314994	49	2.0	49	100	0	198	37	20	16	26	1.93
60331651--60331831	98	1.8	98	83	2	238	23	24	17	34	1.96
60331771--60331822	27	1.9	27	88	0	77	21	25	21	32	1.98
60331650--60331876	98	2.4	97	79	8	232	24	22	17	35	1.95
60336928--60337139	47	4.6	47	89	1	302	33	8	29	28	1.87
60339402--60339682	40	7.1	40	87	0	366	25	21	27	25	1.99
60342625--60342722	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
60342653--60342734	27	3.0	27	87	5	94	29	12	25	32	1.92
60350463--60350559	27	3.5	28	90	2	133	26	13	27	31	1.94
60350491--60350573	27	3.0	27	87	5	96	31	12	24	32	1.91
60350463--60350574	28	4.0	27	83	6	98	29	12	25	33	1.92
60353966--60354177	47	4.6	47	91	1	311	32	8	30	28	1.87
60361408--60361585	40	4.5	40	87	0	241	25	26	24	23	2.00
60369447--60369622	40	4.4	40	89	0	228	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60378551--60378627	38	2.0	38	100	0	154	28	7	29	33	1.85
60381988--60382088	50	2.0	50	100	0	202	34	17	3	43	1.68
60388232--60388288	21	2.7	21	91	5	89	17	35	31	15	1.92
60390182--60390210	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
60390984--60391023	21	2.0	21	85	14	57	17	25	45	12	1.83
60393873--60394085	49	4.5	49	70	10	156	25	28	19	26	1.99
60402392--60402593	40	5.1	40	79	5	196	24	21	26	27	1.99
60402388--60402593	80	2.6	79	82	3	218	25	21	26	27	1.99
60410592--60410793	40	5.1	40	84	5	250	23	23	27	25	2.00
60413887--60414031	40	3.6	40	83	4	175	26	24	25	24	2.00
60416373--60416544	49	3.5	48	77	5	159	25	27	19	27	1.99
60421720--60421764	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
60423948--60423980	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
60427087--60427157	13	5.5	13	87	0	79	36	28	8	26	1.86
60427087--60427157	26	2.7	26	82	0	88	36	28	8	26	1.86
60427081--60427157	39	2.0	39	86	0	109	33	28	7	29	1.85
60427209--60427501	50	5.8	50	81	2	318	27	17	24	30	1.97
60427213--60427501	101	2.9	99	77	10	291	27	16	25	30	1.97
60427172--60427498	151	2.2	152	92	1	541	26	18	24	30	1.98
60427701--60427732	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
60439607--60439645	21	1.9	20	84	5	51	20	2	28	48	1.62
60444007--60444049	20	2.2	20	86	0	59	32	4	23	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60444015--60444054	20	2.0	20	85	0	53	32	2	20	45	1.64
60448768--60448956	55	3.5	53	80	5	209	22	23	17	36	1.95
60448943--60449064	47	2.6	47	96	0	217	25	25	13	35	1.93
60449204--60449287	44	1.9	44	85	4	116	26	25	11	36	1.90
60462928--60463099	40	4.3	40	91	2	249	22	22	27	27	1.99
60466164--60466317	55	2.8	55	82	2	195	24	24	16	34	1.96
60466296--60466417	47	2.6	47	90	0	199	27	24	13	35	1.92
60470610--60470666	15	3.8	15	70	9	53	35	14	12	38	1.83
60470613--60470674	30	2.1	30	96	0	115	35	14	9	40	1.79
60472392--60472465	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
60474278--60474342	32	2.0	32	100	0	130	43	3	12	41	1.58
60483396--60483507	27	4.2	26	85	7	143	37	24	24	14	1.92
60483396--60483507	54	2.1	54	88	3	163	37	24	24	14	1.92
60491155--60491266	27	4.2	26	83	7	134	38	23	23	15	1.92
60491155--60491266	54	2.1	54	86	3	154	38	23	23	15	1.92
60498609--60498801	40	4.8	40	92	1	323	23	23	29	23	1.99
60501152--60501193	21	2.0	21	85	0	57	42	0	2	54	1.13
60524935--60524978	21	2.1	21	95	0	79	52	18	0	29	1.46
60534500--60534555	20	2.7	21	86	5	78	42	23	23	10	1.85
60534524--60534574	19	2.6	19	87	3	66	45	23	23	7	1.79
60538478--60538521	19	2.3	20	80	11	56	25	2	6	65	1.28
60551175--60551595	48	8.8	48	93	0	680	33	6	27	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60553284--60553349	32	2.1	32	100	0	132	24	6	25	43	1.77
60553684--60553985	40	7.6	40	91	0	478	23	22	29	24	1.99
60557024--60557444	48	8.8	48	94	0	698	34	6	27	31	1.83
60561087--60561130	17	2.6	17	96	0	79	31	15	20	31	1.94
60561610--60561664	22	2.5	22	93	0	92	41	3	27	27	1.72
60566372--60566410	21	1.9	20	89	5	60	28	2	23	46	1.65
60570532--60570766	48	4.9	48	89	3	330	27	31	17	23	1.97
60571177--60571234	29	2.0	29	83	6	73	31	25	1	41	1.66
60579905--60579963	27	2.1	28	96	3	111	22	11	15	50	1.76
60579916--60579974	27	2.1	27	87	3	82	22	15	11	50	1.76
60582445--60582503	30	2.0	29	86	3	82	15	1	18	64	1.37
60582445--60582514	30	2.5	29	79	9	74	15	1	18	64	1.37
60583947--60584006	28	2.1	28	90	0	93	31	15	26	26	1.95
60585654--60585688	17	2.0	18	88	5	54	71	0	20	8	1.11
60600517--60600603	44	2.0	44	82	13	108	37	11	25	25	1.89
60605746--60606031	40	7.3	39	89	4	364	23	20	27	28	1.99
60605745--60606021	117	2.4	118	87	3	380	23	19	28	28	1.98
60605746--60606031	157	1.8	155	86	3	412	23	20	27	28	1.99
60614235--60614525	40	7.3	40	91	2	390	23	19	27	29	1.98
60616675--60616796	47	2.6	47	92	0	208	36	13	23	26	1.93
60616769--60616971	54	3.8	54	80	4	212	36	17	23	22	1.95
60616775--60616971	55	3.6	54	80	4	218	36	18	23	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60616775--60616982	53	3.9	54	81	4	213	35	17	24	22	1.95
60616783--60617006	108	2.1	109	82	2	272	37	17	23	21	1.94
60627436--60627702	133	2.0	133	99	0	525	33	17	15	33	1.91
60633844--60633874	12	2.6	12	94	0	53	0	9	0	90	0.46
60636229--60636284	28	2.0	29	86	10	80	16	42	23	17	1.88
60641439--60642078	47	13.6	47	96	0	1136	29	29	8	32	1.86
60641489--60641567	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
60651440--60651471	11	2.9	11	90	0	55	59	0	3	37	1.13
60655099--60655290	50	3.9	49	82	5	215	29	25	17	27	1.98
60655099--60655290	99	1.9	101	84	4	255	29	25	17	27	1.98
60660674--60660816	72	2.0	72	100	0	286	48	7	25	18	1.74
60664393--60664637	49	4.9	49	80	4	267	28	26	18	25	1.98
60664407--60664637	100	2.3	99	82	4	277	29	26	18	25	1.98
60667790--60667854	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
60669702--60669809	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
60672178--60672318	51	2.8	49	83	9	187	29	25	20	24	1.99
60672466--60672501	18	2.0	18	89	10	56	77	2	0	19	0.88
60677040--60677080	19	2.2	19	100	0	82	48	9	0	41	1.36
60684457--60684510	27	2.0	27	96	0	99	22	16	18	42	1.89
60694201--60694237	18	2.1	18	94	0	65	51	0	5	43	1.24
60695790--60696131	169	2.0	172	95	3	618	49	9	20	20	1.77
60706345--60706380	17	2.2	17	95	5	65	38	38	16	5	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60710694--60710772	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
60710891--60711203	47	6.8	47	93	2	519	29	29	7	33	1.86
60713181--60713337	56	2.8	56	99	0	305	22	22	8	45	1.79
60714647--60714692	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
60725901--60726083	40	4.6	39	81	5	190	25	21	27	25	1.99
60725933--60726116	79	2.3	77	79	10	192	27	21	26	25	1.99
60734474--60734525	21	2.5	21	79	17	63	44	3	13	38	1.62
60739877--60739998	6	19.8	6	68	14	70	50	12	18	19	1.78
60739879--60739998	37	3.4	36	74	13	124	50	12	17	20	1.78
60739882--60739998	31	3.6	31	75	13	108	49	12	17	19	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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