genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91743677--91743719	18	2.3	19	80	4	52	39	23	4	32	1.75
91751733--91751924	40	4.8	40	88	2	244	28	29	20	21	1.98
91751707--91751924	80	2.7	79	84	4	262	27	28	21	22	1.99
91751938--91751980	18	2.3	19	80	4	52	39	23	4	32	1.75
91754275--91754307	12	2.6	13	85	4	50	6	39	30	24	1.79
91756067--91756198	49	2.7	49	80	9	155	26	29	17	26	1.97
91756257--91756384	47	2.7	47	85	3	170	25	28	17	28	1.98
91761193--91761229	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
91762921--91762947	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
91763594--91763661	32	2.1	33	97	2	129	38	19	20	22	1.94
91786949--91786998	23	2.2	23	81	0	55	34	26	28	12	1.92
91789263--91789288	13	2.0	13	100	0	52	38	46	15	0	1.46
91798400--91798501	24	4.1	24	86	9	141	39	16	19	24	1.92
91798392--91798508	24	4.4	27	79	16	129	36	16	21	25	1.94
91798392--91798508	52	2.2	52	89	3	173	36	16	21	25	1.94
91798536--91798785	51	4.9	51	89	1	358	33	12	23	30	1.92
91804614--91804673	27	2.3	27	88	2	86	38	25	20	16	1.93
91804625--91804678	27	2.0	27	100	0	108	37	22	22	18	1.95
91804771--91804851	40	2.0	40	85	0	108	62	9	2	24	1.38
91804837--91804911	20	3.9	19	73	16	57	64	0	2	33	1.08
91804879--91804913	17	2.1	17	89	10	54	68	0	0	31	0.90
91804873--91804918	23	2.0	23	91	0	74	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91805484--91805515	11	2.9	11	95	0	55	87	0	9	3	0.64
91807993--91808047	27	2.0	28	86	10	78	60	0	0	40	0.97
91807995--91808054	27	2.2	27	82	11	70	61	0	1	36	1.06
91808390--91808431	20	2.1	20	100	0	84	16	9	14	59	1.60
91811781--91811867	45	1.9	45	95	0	156	25	13	25	35	1.93
91814308--91814438	46	2.8	48	77	14	157	22	19	27	29	1.98
91822793--91822860	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
91822683--91823182	173	2.9	173	96	0	901	31	24	14	30	1.94
91822966--91823033	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
91823135--91823213	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
91825906--91826122	46	4.6	45	77	11	197	23	30	17	27	1.97
91825953--91826143	46	4.1	45	74	11	152	24	30	18	26	1.98
91827440--91827563	43	2.9	42	81	3	142	32	32	17	17	1.94
91827819--91827904	43	2.0	43	97	0	163	37	16	15	31	1.89
91836736--91836821	43	2.0	43	90	0	136	29	29	20	20	1.98
91845436--91845658	40	5.6	40	86	3	236	24	20	28	26	1.99
91845511--91845693	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
91853342--91853564	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
91853417--91853599	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
91855258--91855344	45	1.9	45	90	0	138	25	14	24	35	1.94
91859365--91859413	21	2.4	20	79	3	53	36	26	8	28	1.85
91859909--91860132	40	5.6	40	76	10	192	35	15	28	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91859929--91860132	79	2.6	80	88	2	286	34	15	28	22	1.94
91867454--91867486	14	2.3	15	94	5	59	42	18	21	18	1.89
91869155--91869251	25	3.9	25	86	0	122	21	26	20	30	1.98
91869245--91869305	25	2.5	25	78	19	67	37	21	14	26	1.92
91882976--91883147	93	1.8	93	93	0	299	27	26	21	23	1.99
91882972--91883144	46	3.7	46	79	10	208	28	26	21	23	1.99
91883571--91883630	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
91890508--91890629	46	2.7	46	93	0	199	30	27	20	22	1.98
91891055--91891114	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
91892161--91892185	6	4.2	6	100	0	50	64	0	16	20	1.30
91893733--91893908	46	3.8	46	78	3	192	22	19	28	29	1.98
91893729--91893900	93	1.8	93	90	2	274	22	20	29	28	1.98
91905885--91905922	19	2.0	19	85	10	51	50	2	5	42	1.39
91907759--91907893	67	2.0	67	100	0	270	45	11	16	26	1.82
91912951--91913120	37	4.7	35	67	20	100	43	1	6	48	1.39
91913009--91913054	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
91912944--91913159	107	2.0	109	96	1	400	43	1	5	49	1.36
91913116--91913157	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
91913107--91913148	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
91913092--91913330	79	3.1	74	62	18	162	46	3	4	46	1.38
91913091--91913404	157	2.0	154	93	1	538	47	4	3	44	1.42
91913527--91913578	16	3.2	16	94	0	95	38	38	0	23	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91914864--91914901	18	2.1	18	90	0	58	42	21	15	21	1.89
91915231--91915300	9	7.8	9	96	0	113	22	10	28	38	1.87
91918814--91918926	55	2.0	55	93	1	190	50	6	8	34	1.59
91922992--91923049	31	1.9	30	82	10	73	62	10	5	22	1.47
91923463--91923526	27	2.3	28	84	12	80	60	1	0	37	1.06
91923749--91923883	10	13.5	10	68	13	64	32	5	0	61	1.20
91923778--91923826	19	2.6	18	84	12	71	28	4	0	67	1.09
91923780--91923884	30	3.5	30	77	10	106	32	3	0	63	1.12
91929853--91930070	79	2.7	79	82	7	255	24	21	27	26	1.99
91929853--91930056	40	5.1	40	84	7	254	24	22	27	25	1.99
91945675--91945809	72	1.9	72	84	3	182	31	16	25	26	1.96
91945748--91945968	48	4.6	47	78	10	214	27	18	28	25	1.98
91945748--91945968	96	2.3	97	85	3	293	27	18	28	25	1.98
91946039--91946078	21	1.9	21	85	10	55	45	0	15	40	1.46
91950218--91950265	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
91950302--91950366	20	3.2	20	88	0	103	35	12	20	32	1.89
91950418--91950558	23	6.0	24	90	5	209	28	20	21	29	1.98
91950757--91950820	31	2.1	31	84	0	83	37	12	21	28	1.90
91959834--91959993	43	3.8	42	78	9	146	27	15	25	31	1.95
91961452--91961480	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
91967726--91967750	8	3.1	8	100	0	50	40	12	0	48	1.40
91973318--91973423	56	1.9	56	90	0	167	26	13	26	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91973925--91973969	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
91978068--91978289	40	5.6	40	86	0	282	18	20	28	32	1.96
91984244--91984389	40	3.7	40	86	7	165	25	22	26	25	2.00
91987478--91987522	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
91990088--91990184	42	2.3	42	84	7	117	34	14	20	30	1.93
91992975--91993282	40	7.7	40	94	0	526	31	20	26	21	1.98
91996145--91996192	25	1.9	25	86	0	69	33	25	14	27	1.94
91996236--91996289	20	2.7	20	97	0	99	35	11	20	33	1.88
91996239--91996293	11	5.4	11	70	16	55	34	10	20	34	1.87
91996346--91996418	23	3.1	23	92	3	119	28	20	19	31	1.97
91996345--91996439	24	4.0	24	86	6	131	28	21	21	29	1.98
91996635--91996696	31	2.0	31	90	0	97	33	16	24	25	1.95
92004278--92004335	18	3.1	18	83	9	80	32	10	22	34	1.88
92004278--92004335	9	6.2	9	74	7	53	32	10	22	34	1.88
92004277--92004341	20	3.3	20	87	6	98	33	10	21	33	1.88
92004399--92004568	23	8.0	23	76	22	160	29	19	22	28	1.98
92004413--92004568	43	3.7	43	77	18	152	29	19	21	29	1.98
92004757--92004819	31	2.1	31	90	3	101	38	15	22	23	1.93
92005707--92005749	21	2.0	21	82	8	52	32	0	20	46	1.51
92008472--92008926	47	9.6	47	91	2	721	28	29	9	32	1.88
92008472--92008926	144	3.2	143	93	1	761	28	29	9	32	1.88
92019051--92019506	47	9.6	47	92	1	714	32	8	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92019051--92019506	96	4.8	96	92	2	735	32	8	29	28	1.88
92023180--92023243	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
92023437--92023644	23	9.0	24	88	8	299	28	21	20	29	1.98
92023477--92023644	90	1.9	90	96	2	311	27	21	19	30	1.98
92023702--92023754	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
92023694--92023760	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
92023706--92023749	15	2.9	15	81	18	56	34	20	9	36	1.84
92026333--92026401	34	2.0	34	100	0	138	33	11	28	26	1.91
92027254--92027336	43	1.9	43	97	0	157	25	14	26	33	1.94
92043866--92043911	23	2.0	23	100	0	92	60	21	8	8	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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