genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81857910--81858637	47	15.4	47	84	11	918	29	29	8	32	1.87
81858176--81858216	19	2.2	19	100	0	82	31	19	9	39	1.84
81858130--81858263	66	2.0	66	92	0	223	31	26	8	33	1.86
81858040--81858538	160	3.0	160	85	10	611	30	28	8	32	1.87
81858082--81858301	113	1.9	113	97	0	413	30	28	8	33	1.87
81858196--81858634	228	1.9	234	93	3	775	30	29	8	32	1.86
81860028--81860071	21	2.1	21	83	8	54	50	27	2	20	1.60
81862432--81862555	6	21.3	6	70	18	84	49	12	17	20	1.79
81862432--81862502	11	6.5	11	73	11	65	52	11	15	21	1.74
81862517--81862570	18	3.3	18	71	28	66	46	12	16	24	1.82
81862432--81862570	30	5.0	29	79	17	161	48	11	17	22	1.78
81862712--81862781	26	2.6	25	84	10	86	37	21	24	17	1.94
81862712--81862791	26	3.1	26	84	10	76	37	25	22	15	1.93
81862949--81863006	22	2.6	22	86	0	71	31	22	27	18	1.97
81863094--81863176	27	3.1	26	86	5	103	37	20	21	20	1.95
81863373--81863562	27	7.3	27	79	5	194	26	18	18	36	1.94
81863567--81863813	27	9.2	27	79	7	252	40	10	22	27	1.86
81865822--81866008	6	30.8	6	71	16	136	48	12	17	22	1.80
81865822--81866008	30	6.4	30	82	11	235	48	12	17	22	1.80
81865822--81866008	85	2.2	85	92	0	311	48	12	17	22	1.80
81866126--81866191	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
81866126--81866199	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81866150--81866207	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
81866364--81866422	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
81866509--81866591	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
81866791--81866984	27	7.2	27	83	1	228	28	19	15	36	1.92
81866989--81867236	27	9.2	27	79	5	250	39	9	22	28	1.85
81866994--81867236	54	4.5	54	83	3	283	39	9	23	28	1.85
81866993--81867234	81	3.0	81	81	6	310	40	8	22	28	1.84
81874800--81874964	43	3.8	43	75	10	149	26	17	26	30	1.97
81877291--81877315	12	2.1	12	100	0	50	8	24	36	32	1.84
81877405--81877834	155	2.7	152	82	6	486	30	20	26	22	1.98
81877698--81877809	40	2.8	40	81	8	118	27	22	25	25	2.00
81882471--81882500	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
81882571--81882939	183	2.0	183	95	0	657	27	14	14	43	1.85
81883430--81884105	275	2.5	273	97	0	1280	35	13	13	36	1.84
81884474--81884663	9	20.6	9	73	12	100	46	13	1	37	1.53
81884508--81884663	17	8.9	17	71	11	93	47	12	1	39	1.49
81884447--81884654	96	2.1	96	80	6	224	47	12	1	38	1.53
81890267--81890325	21	2.8	21	94	0	100	27	18	52	1	1.55
81890679--81890773	43	2.2	43	86	0	127	21	24	28	26	1.99
81890698--81890867	43	4.0	44	89	4	249	20	27	21	31	1.98
81890698--81890867	85	2.0	86	88	4	254	20	27	21	31	1.98
81896222--81896276	25	2.2	24	84	12	67	47	3	1	47	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81896716--81896740	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
81919038--81919095	28	2.1	28	96	0	107	24	6	20	48	1.74
81919948--81920153	35	5.9	35	80	0	205	29	8	19	42	1.80
81919948--81920152	105	2.0	105	82	0	248	29	8	19	42	1.80
81927504--81927638	35	3.9	35	88	0	189	26	8	21	43	1.80
81927502--81927717	70	3.1	69	80	5	193	29	9	18	41	1.83
81932282--81932313	6	5.3	6	92	0	55	15	3	0	81	0.82
81935768--81935909	27	5.3	27	86	5	182	33	21	21	23	1.97
81935768--81935905	53	2.6	54	83	5	174	34	21	21	23	1.97
81939026--81939213	50	3.8	50	90	0	279	23	16	29	30	1.96
81939026--81939213	99	1.9	100	87	1	279	23	16	29	30	1.96
81942195--81942261	33	2.0	33	100	0	134	35	2	28	32	1.72
81945491--81945671	101	1.8	100	91	1	299	25	19	25	29	1.98
81945440--81945720	50	5.6	50	79	2	269	24	16	26	32	1.96
81945447--81945763	149	2.1	152	83	3	390	24	16	27	31	1.96
81947456--81947525	32	2.2	32	94	0	122	27	22	28	21	1.99
81949726--81949769	22	2.0	22	100	0	88	45	13	13	27	1.81
81953706--81953842	46	3.0	46	82	0	175	24	31	10	34	1.89
81953850--81954032	47	3.9	47	90	2	278	25	30	10	32	1.90
81953856--81954032	94	1.9	94	93	0	309	25	29	10	33	1.90
81953906--81954027	22	5.3	22	63	24	63	25	31	12	31	1.92
81953965--81954098	66	2.0	66	92	0	223	25	29	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81954031--81954120	47	1.9	47	93	0	153	25	28	11	34	1.90
81956220--81956269	23	2.2	23	82	7	57	28	8	24	40	1.83
81957961--81958047	23	3.8	23	76	0	93	22	14	21	40	1.91
81959771--81959813	20	2.2	20	83	8	52	46	2	16	34	1.60
81969930--81970013	23	3.7	23	84	6	107	21	15	22	40	1.91
81972972--81973228	53	4.8	53	83	1	291	29	23	11	35	1.90
81973535--81973612	39	2.0	39	100	0	156	30	17	10	41	1.83
81975926--81975968	23	2.0	20	86	13	59	37	16	0	46	1.47
81976143--81976360	43	5.1	44	78	8	225	32	26	17	23	1.97
81977777--81977927	55	2.7	57	86	4	200	35	23	15	25	1.94
81977777--81977927	28	5.4	29	74	11	118	35	23	15	25	1.94
81977777--81977904	29	4.6	28	78	9	145	36	24	15	23	1.94
81981384--81981804	27	15.7	27	77	8	394	39	18	9	32	1.82
81981438--81981849	81	5.1	81	77	8	225	39	18	10	31	1.84
81983660--81983741	28	2.9	28	85	3	112	30	32	14	21	1.94
81987436--81987680	48	5.1	48	70	12	162	27	17	24	30	1.97
81991985--81992096	57	2.0	57	82	7	138	37	23	11	27	1.89
81991988--81992145	29	5.3	29	75	11	124	37	22	12	27	1.91
81991996--81992145	62	2.5	59	81	8	171	36	23	12	27	1.91
82003073--82003128	21	2.7	21	88	0	76	37	28	17	16	1.91
82004404--82004458	28	2.0	28	100	0	110	36	14	14	34	1.87
82006137--82006161	11	2.3	11	100	0	50	52	32	0	16	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82010872--82010913	18	2.3	18	80	8	50	21	42	28	7	1.79
82026500--82026763	29	9.1	29	82	6	198	36	21	15	26	1.93
82026479--82026763	58	4.9	58	84	8	296	36	21	15	25	1.93
82026500--82026755	88	2.9	87	83	5	304	37	21	15	25	1.93
82028032--82028078	21	2.2	21	92	7	78	46	4	31	17	1.67
82029475--82029578	54	1.9	55	84	5	140	25	25	27	20	1.99
82031284--82031421	57	2.4	58	80	10	144	30	23	17	28	1.97
82035159--82035376	40	5.5	40	88	2	298	24	28	24	22	1.99
82043258--82043475	40	5.5	40	82	4	246	26	27	23	22	1.99
82049163--82049205	13	3.2	14	86	3	54	32	0	2	65	1.06
82050143--82050185	14	3.0	15	80	19	56	74	2	23	0	0.93
82053196--82053327	42	3.2	42	86	4	196	26	18	21	33	1.97
82053200--82053327	40	3.2	40	86	4	184	25	19	21	32	1.97
82053196--82053362	82	2.0	82	85	6	223	26	19	22	32	1.97
82060858--82060989	42	3.2	42	82	6	171	27	17	21	34	1.95
82060862--82060989	40	3.2	40	82	6	159	26	17	21	33	1.96
82060858--82061013	82	1.9	82	83	10	203	26	19	21	33	1.97
82063454--82063576	46	2.7	46	87	3	149	28	17	30	22	1.97
82063457--82063768	49	6.6	47	76	10	223	27	18	30	23	1.98
82063586--82063765	96	1.8	97	86	8	258	26	18	30	24	1.98
82068773--82069131	180	2.0	180	83	3	454	34	17	8	38	1.80
82069701--82070087	101	3.8	100	78	6	311	30	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82069693--82070088	151	2.6	151	88	0	587	30	26	17	25	1.97
82069690--82070088	50	7.9	50	78	3	424	30	26	17	25	1.97
82077454--82077685	50	4.6	50	87	2	313	31	26	15	25	1.96
82081832--82082145	46	6.6	46	78	12	223	26	17	30	25	1.97
82081926--82082155	48	4.8	47	77	13	204	25	17	30	26	1.98
82087289--82087313	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82088910--82089605	47	14.6	47	94	1	1104	33	8	28	29	1.86
82088910--82089605	96	7.3	94	92	2	1104	33	8	28	29	1.86
82119978--82120006	12	2.4	12	100	0	58	24	41	27	6	1.80
82128228--82128258	12	2.7	12	95	5	55	83	0	16	0	0.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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