genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57477979--57478097	43	2.8	43	75	15	113	29	24	15	30	1.96
57479841--57479885	22	2.1	22	83	4	56	20	31	31	17	1.96
57489768--57489832	31	2.1	30	91	2	103	32	24	15	27	1.95
57495850--57496067	40	5.5	40	87	4	284	22	22	28	25	1.99
57498559--57498746	49	3.8	49	83	2	259	26	18	26	28	1.98
57498554--57498741	100	1.9	100	95	0	340	25	19	26	28	1.99
57503371--57503509	60	2.3	60	82	6	156	25	25	20	28	1.99
57505117--57505192	35	2.1	36	87	9	109	42	19	14	23	1.88
57509132--57509163	8	4.0	8	91	0	55	3	25	25	46	1.67
57510917--57511070	43	3.6	43	76	6	143	31	25	16	26	1.96
57510936--57511057	41	2.9	44	81	7	135	34	27	13	24	1.93
57512453--57512679	49	4.6	49	80	3	265	29	27	17	25	1.97
57512453--57512684	100	2.3	98	82	2	284	30	27	17	25	1.97
57515520--57515905	47	8.1	47	91	4	603	31	8	31	29	1.87
57515520--57515905	96	4.0	94	92	3	621	31	8	31	29	1.87
57515520--57515905	143	2.7	143	92	2	625	31	8	31	29	1.87
57516024--57516102	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
57522469--57522506	17	2.2	17	86	9	51	34	2	2	60	1.24
57522722--57523048	176	1.9	174	89	5	516	29	21	7	41	1.79
57523032--57523087	29	1.9	27	86	13	76	23	46	0	30	1.53
57524450--57524487	17	2.2	17	90	9	60	31	0	0	68	0.90
57531807--57531863	23	2.6	22	77	5	62	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57532349--57532422	33	2.2	33	92	0	121	43	17	8	31	1.78
57532514--57532607	7	13.6	7	94	2	163	14	0	11	73	1.10
57532504--57532593	21	4.3	22	91	4	80	16	0	10	73	1.09
57533271--57533316	19	2.4	19	85	0	65	30	2	0	67	1.03
57539826--57539903	3	27.0	3	73	12	56	66	1	28	3	1.17
57539826--57539908	29	2.7	31	87	5	100	67	1	27	3	1.15
57546357--57546442	39	2.3	36	86	6	109	50	11	3	34	1.56
57546354--57546452	36	2.5	39	79	14	123	51	13	3	32	1.56
57546431--57546506	26	3.1	25	77	9	68	68	13	1	17	1.28
57547224--57547261	18	2.1	18	95	0	67	60	0	10	28	1.30
57549353--57549389	19	1.9	19	88	0	56	37	18	5	37	1.74
57552915--57552982	21	3.3	21	85	6	86	22	26	33	17	1.96
57554429--57554531	44	2.3	45	84	3	127	31	22	12	33	1.91
57554448--57554536	46	2.0	44	88	4	133	29	25	12	32	1.92
57561720--57561820	44	2.2	45	84	3	123	30	21	12	34	1.91
57561742--57561827	46	1.9	44	88	4	127	30	24	13	31	1.94
57564619--57564784	23	7.2	23	84	2	208	25	19	24	30	1.98
57564610--57564781	69	2.5	69	89	1	247	25	20	23	30	1.99
57572358--57572408	21	2.3	22	80	10	59	29	33	19	17	1.95
57572368--57572414	21	2.2	21	88	0	67	27	23	27	21	1.99
57574299--57574416	43	2.8	42	81	2	146	30	15	24	29	1.95
57574502--57574548	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57576556--57576595	19	2.1	19	95	0	71	0	17	5	77	0.94
57584623--57584672	13	3.8	13	91	2	73	26	2	22	50	1.60
57588789--57588942	48	3.3	47	81	5	195	22	26	19	31	1.98
57592247--57592296	20	2.6	19	84	9	57	36	22	0	42	1.54
57594131--57594318	40	4.7	40	91	0	306	26	22	27	23	2.00
57606546--57606617	28	2.5	28	81	2	81	61	1	1	36	1.14
57609063--57609092	16	1.9	15	93	6	51	46	16	10	26	1.78
57611702--57611871	89	1.9	90	81	3	209	25	14	28	30	1.95
57614529--57614578	22	2.3	22	89	0	73	36	24	20	20	1.95
57620559--57620882	40	8.1	40	90	1	499	29	27	20	23	1.99
57622304--57622331	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
57625840--57626171	47	7.1	47	91	0	495	31	9	31	28	1.88
57626290--57626368	37	2.1	37	88	4	115	24	17	31	26	1.97
57629994--57630133	42	3.3	43	70	12	126	28	25	18	27	1.98
57641776--57641834	18	3.3	18	79	9	75	38	16	20	23	1.92
57642093--57642142	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
57642232--57642578	27	12.8	27	85	1	435	36	17	12	33	1.88
57646237--57646406	41	4.2	40	76	16	152	29	27	20	22	1.98
57646239--57646384	41	3.5	41	81	10	156	28	28	21	21	1.99
57655323--57655445	48	2.6	48	75	7	124	28	17	26	26	1.98
57658803--57658991	54	3.5	54	89	0	297	33	24	17	23	1.96
57675737--57675780	18	2.4	19	84	3	54	18	11	2	68	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57675753--57675805	20	2.7	21	91	8	85	13	16	0	69	1.18
57675810--57675842	13	2.4	14	85	15	50	0	21	0	78	0.75
57677593--57677642	20	2.3	23	86	13	70	46	14	8	32	1.73
57680416--57680488	37	2.0	37	91	0	119	32	16	8	42	1.78
57688084--57688121	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
57698662--57698714	25	2.2	24	86	10	72	28	11	11	49	1.73
57699766--57699803	20	1.9	20	84	10	51	55	10	5	28	1.56
57702708--57702752	23	2.0	23	82	8	56	37	6	11	44	1.66
57715315--57715393	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
57715512--57716030	47	11.1	47	96	0	943	28	30	9	31	1.88
57722801--57722866	29	2.4	27	78	9	69	37	3	19	39	1.67
57726410--57726439	15	1.9	15	93	6	51	46	6	6	40	1.56
57731089--57731122	8	4.2	8	92	0	50	41	0	2	55	1.15
57733430--57733506	24	3.2	24	96	0	136	33	3	41	20	1.71
57734935--57735045	27	4.1	27	86	4	118	16	22	22	38	1.92
57734935--57735045	54	2.1	53	84	5	143	16	22	22	38	1.92
57742705--57743055	47	7.4	47	92	1	486	34	8	29	27	1.87
57745485--57745558	38	1.9	38	86	5	105	31	18	25	24	1.98
57745619--57745976	40	9.1	40	90	4	534	24	21	28	25	1.99
57749316--57749619	47	6.4	47	91	1	437	34	8	29	27	1.86
57751692--57751800	27	4.0	28	83	3	118	22	23	17	35	1.95
57751686--57751800	55	2.1	54	81	7	135	21	23	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57753811--57753850	21	1.9	21	94	0	71	30	12	10	47	1.74
57754042--57754265	50	4.5	50	75	3	207	29	26	17	26	1.97
57753935--57754124	101	1.9	102	82	5	242	30	23	18	27	1.97
57754081--57754270	101	1.9	101	82	0	236	30	25	18	25	1.98
57753941--57754272	151	2.2	151	88	1	486	30	24	17	27	1.97
57755095--57755152	30	1.9	30	82	6	73	41	3	27	27	1.72
57755802--57756002	49	4.1	49	76	5	224	24	19	26	29	1.98
57755804--57756000	50	4.0	49	76	5	198	24	19	25	29	1.99
57755804--57755997	100	1.9	100	83	2	246	25	20	25	28	1.99
57757349--57757568	79	2.8	79	80	6	205	26	27	20	24	1.99
57757386--57757568	40	4.6	40	80	8	187	27	27	20	24	1.99
57765217--57765379	40	4.1	39	79	9	100	25	28	22	24	1.99
57765279--57765459	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
57765276--57765459	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
57769667--57769741	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
57769795--57770120	39	8.3	39	89	2	449	23	20	29	26	1.99
57770271--57770315	23	2.0	23	83	8	58	31	8	31	28	1.88
57773469--57773767	47	6.3	47	92	0	427	33	8	30	27	1.87
57782354--57782445	31	3.0	31	85	0	139	16	27	34	21	1.95
57787493--57787534	17	2.5	17	96	0	75	42	9	19	28	1.82
57791942--57792010	30	2.3	30	80	7	79	57	15	15	10	1.64
57791942--57792006	15	4.4	15	73	9	62	60	12	16	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57794703--57794728	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
57796108--57796262	40	3.9	40	95	0	283	21	21	26	29	1.99
57796237--57796287	25	2.0	25	100	0	102	15	15	27	41	1.88
57796201--57796324	65	1.9	65	91	3	205	20	20	28	31	1.97
57799933--57800040	27	4.0	27	85	5	139	37	21	24	16	1.93
57799933--57800040	54	2.0	53	89	1	162	37	21	24	16	1.93
57805933--57806043	27	4.1	27	86	5	145	38	22	22	16	1.92
57816474--57816629	43	3.6	44	80	5	167	28	16	25	29	1.97
57818727--57818978	39	6.5	39	94	0	432	28	29	23	18	1.98
57820955--57820995	19	2.2	19	90	0	64	39	9	0	51	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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