genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75512466--75512636	93	1.8	93	89	1	272	28	28	21	22	1.99
75520070--75520121	19	2.7	20	90	3	79	46	23	23	7	1.78
75521996--75522166	93	1.8	93	92	2	290	29	28	21	21	1.98
75521991--75522163	46	3.7	46	79	11	201	30	27	20	21	1.98
75531557--75531599	16	2.7	16	81	0	50	48	18	20	11	1.79
75531810--75531899	29	3.1	29	87	1	119	25	16	30	27	1.97
75531823--75531924	29	3.6	28	83	9	102	25	17	30	26	1.97
75531823--75531933	58	1.9	57	83	1	141	26	17	30	26	1.97
75553100--75553141	21	2.0	21	95	0	75	26	11	19	42	1.85
75553326--75553371	23	2.0	23	84	12	60	43	13	2	41	1.55
75558938--75559162	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
75559094--75559171	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
75566463--75566687	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
75566619--75566696	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
75569735--75569823	43	2.1	42	80	2	97	26	17	28	26	1.98
75580311--75580396	43	2.0	43	83	0	109	26	15	25	32	1.95
75581797--75581835	19	2.1	19	85	0	51	23	23	35	17	1.95
75585185--75585221	18	2.1	19	90	10	60	35	27	8	29	1.85
75589227--75589253	8	3.4	8	100	0	54	37	0	11	51	1.37
75594828--75594870	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
75601997--75602161	39	4.2	39	88	0	249	31	19	26	23	1.98
75601997--75602181	78	2.4	77	84	5	212	30	20	26	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75609106--75609169	24	2.6	25	87	4	87	32	31	15	20	1.94
75609193--75609242	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
75613652--75613814	77	2.1	77	88	0	236	38	21	11	28	1.87
75614305--75614334	14	2.1	14	100	0	60	36	20	13	30	1.90
75618382--75618419	18	2.1	19	90	9	62	39	26	5	28	1.78
75623650--75623679	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
75624405--75624429	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
75641648--75641672	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
75649095--75649130	17	2.1	18	89	5	56	13	25	38	22	1.91
75673103--75673245	27	5.3	27	84	5	96	32	11	16	39	1.83
75673119--75673321	54	3.8	53	82	8	223	30	11	19	38	1.88
75673120--75673274	81	1.9	81	86	5	224	31	10	18	40	1.84
75673143--75673321	27	6.7	27	83	8	206	30	12	20	36	1.89
75674804--75674828	10	2.5	10	100	0	50	20	0	8	72	1.10
75676903--75677028	46	2.7	46	86	4	173	24	29	16	29	1.97
75680079--75680112	16	2.1	16	100	0	68	44	38	11	5	1.65
75682939--75683019	27	3.0	27	81	0	99	25	18	19	35	1.95
75682983--75683215	27	8.7	27	75	8	190	29	9	22	38	1.85
75682981--75683215	54	4.4	53	79	5	233	29	9	22	38	1.86
75682981--75683215	81	2.9	81	78	6	221	29	9	22	38	1.86
75690639--75690816	47	3.8	47	82	2	207	31	23	16	28	1.96
75703505--75703611	51	2.1	51	96	0	196	32	12	20	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75719225--75719249	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
75720978--75721137	42	3.8	42	73	9	128	32	26	15	25	1.96
75721066--75721152	44	2.0	43	86	6	122	32	26	16	25	1.96
75730185--75730408	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
75730327--75730478	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
75734162--75734201	20	2.0	20	95	0	71	45	0	7	47	1.31
75735662--75735725	27	2.4	26	79	5	74	31	32	18	17	1.94
75735673--75735724	27	1.9	27	88	0	77	34	30	17	17	1.93
75736937--75736971	17	2.1	17	100	0	70	42	5	11	40	1.65
75740919--75741140	45	5.0	45	79	4	231	33	23	17	24	1.96
75742740--75742917	50	3.6	50	81	7	184	26	28	19	25	1.99
75742740--75742926	101	1.9	99	84	4	250	27	28	18	25	1.98
75750607--75750650	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
75762532--75762582	25	2.0	25	100	0	102	31	3	15	49	1.63
75764286--75764463	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75764307--75764462	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75772373--75772520	43	3.5	43	75	9	117	27	18	25	28	1.98
75778057--75778258	108	1.9	108	79	4	228	28	22	13	35	1.92
75778484--75778539	27	2.1	27	96	0	103	33	21	5	39	1.76
75783498--75783763	27	9.9	27	78	6	236	39	19	9	31	1.84
75783491--75783732	80	3.0	77	84	8	308	40	19	9	30	1.83
75783495--75783732	54	4.4	54	84	4	277	40	18	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75783495--75783763	54	5.0	54	81	3	274	39	19	10	30	1.85
75783689--75783776	27	3.3	27	75	3	70	40	18	11	29	1.85
75784137--75784186	22	2.3	22	78	0	55	24	24	20	32	1.98
75784565--75784629	32	2.0	33	85	5	89	15	15	26	43	1.86
75786449--75786489	19	2.2	19	100	0	82	21	21	9	46	1.80
75800106--75800144	19	2.1	19	100	0	78	23	15	15	46	1.83
75802597--75802773	40	4.5	40	86	4	218	23	23	28	25	2.00
75810655--75810900	40	6.5	40	83	12	288	22	23	28	26	1.99
75810655--75810866	79	2.8	76	88	8	294	21	23	28	26	1.99
75818557--75818740	40	4.6	40	81	6	187	23	20	27	28	1.99
75818557--75818737	80	2.3	81	83	9	212	23	20	27	28	1.99
75827143--75827483	37	9.1	37	89	2	495	36	25	21	17	1.94
75827143--75827483	75	4.6	74	91	1	513	36	25	21	17	1.94
75829651--75829740	23	3.7	23	75	12	74	25	20	18	35	1.95
75829734--75829784	22	2.3	22	86	0	66	27	23	17	31	1.97
75829703--75829811	45	2.4	44	79	8	114	25	22	16	34	1.95
75842186--75842301	44	2.7	43	78	14	130	28	26	19	25	1.99
75844269--75844719	27	16.7	27	83	2	494	40	19	7	31	1.80
75844269--75844716	54	8.3	54	85	2	569	41	19	7	31	1.80
75844269--75844797	81	6.6	80	78	3	490	40	20	8	31	1.82
75844755--75844920	27	6.3	27	84	6	205	34	20	19	25	1.96
75844269--75844797	54	9.8	52	77	8	445	40	20	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75844763--75844894	52	2.5	53	88	4	196	34	21	18	25	1.96
75845347--75845411	22	3.0	22	75	8	69	20	24	21	33	1.97
75845570--75845671	27	3.8	27	85	5	134	18	22	21	37	1.94
75845570--75845671	54	1.9	53	87	2	150	18	22	21	37	1.94
75845808--75845920	6	18.3	6	68	21	56	20	15	14	49	1.79
75845808--75845880	31	2.3	31	92	2	119	20	13	13	52	1.75
75845837--75845903	24	2.8	24	86	2	89	19	16	14	49	1.80
75847871--75848186	27	11.7	27	85	0	407	41	20	6	31	1.78
75847871--75848202	54	6.1	54	88	0	493	41	20	6	31	1.79
75847861--75848186	108	3.0	108	96	0	589	41	20	6	31	1.78
75848223--75848441	27	8.3	27	84	5	277	34	19	20	25	1.96
75848223--75848441	79	2.7	79	83	8	257	34	19	20	25	1.96
75848232--75848423	106	1.8	105	90	3	314	34	20	20	24	1.97
75848868--75848932	22	3.0	22	75	8	69	20	24	21	33	1.97
75849091--75849192	27	3.8	27	81	5	89	19	22	20	37	1.95
75849352--75849432	6	13.3	6	71	17	51	19	17	14	48	1.82
75849329--75849401	31	2.3	31	92	2	119	19	15	15	50	1.78
75849358--75849424	24	2.8	24	86	2	89	19	16	14	49	1.80
75851726--75851851	56	2.2	56	80	0	135	26	12	26	34	1.92
75853250--75853286	17	2.2	17	90	9	58	35	0	18	45	1.50
75861235--75861267	8	4.1	8	100	0	66	51	24	0	24	1.48
75861997--75862077	41	2.0	42	85	2	110	23	20	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75863454--75863499	21	2.3	20	85	7	58	15	13	39	32	1.85
75866827--75866881	21	2.6	22	75	16	62	18	20	36	25	1.94
75872142--75872208	21	3.2	21	66	26	61	37	20	7	34	1.81
75872126--75872209	41	2.0	41	100	0	168	38	21	7	33	1.81
75892562--75892746	39	4.7	40	89	7	290	25	27	22	24	2.00
75892529--75892746	117	1.9	118	86	6	318	24	27	22	26	2.00
75900628--75900815	40	4.7	40	90	3	299	25	27	23	24	2.00
75900595--75900815	119	1.9	119	86	7	324	24	26	23	25	2.00
75919132--75919279	43	3.5	41	70	19	108	26	18	25	30	1.98
75921561--75921630	28	2.5	28	88	4	97	28	28	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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