genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23859671--23859903	100	2.3	98	83	5	297	28	26	18	26	1.98
23860546--23860604	30	2.0	30	83	6	75	28	25	8	37	1.85
23870874--23871090	39	5.6	39	94	0	380	29	28	20	21	1.98
23883669--23883774	39	2.7	39	95	0	185	23	24	22	29	1.99
23890951--23891043	40	2.3	38	77	15	98	26	21	25	25	1.99
23890968--23891051	40	2.1	40	84	8	109	30	21	22	25	1.98
23891002--23891276	101	2.7	100	85	1	361	33	20	20	25	1.97
23891365--23891509	40	3.6	40	87	1	202	29	19	22	28	1.98
23891446--23891737	113	2.6	114	84	4	367	28	19	22	29	1.98
23891687--23891780	40	2.3	40	83	0	125	30	18	21	29	1.97
23891855--23891917	15	4.4	15	82	7	78	19	0	38	42	1.51
23891850--23891989	14	9.8	14	72	10	86	20	0	36	42	1.53
23891905--23891990	22	4.0	21	79	7	84	19	0	39	40	1.52
23891850--23891982	7	18.6	7	73	7	61	21	0	36	42	1.53
23894391--23894418	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
23898009--23898121	27	4.2	26	81	12	120	17	22	22	38	1.94
23900191--23900280	27	3.2	27	82	7	110	31	23	25	20	1.98
23900390--23900450	28	2.2	28	90	0	95	31	6	26	36	1.82
23908037--23908151	55	2.1	56	83	8	146	36	21	22	19	1.95
23908062--23908151	28	3.2	27	86	10	112	33	23	23	20	1.97
23908062--23908151	27	3.2	28	81	13	114	33	23	23	20	1.97
23908257--23908321	28	2.3	28	91	0	103	32	7	26	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23910160--23910255	40	2.4	40	80	5	113	27	15	25	32	1.96
23910954--23910985	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
23911103--23911149	21	2.2	21	85	7	60	42	8	0	48	1.33
23913786--23913821	16	2.2	16	100	0	72	66	0	11	22	1.22
23914456--23914786	47	7.0	47	90	1	450	33	11	28	26	1.91
23914618--23914693	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
23915886--23916031	37	4.0	36	81	5	168	15	46	13	24	1.81
23917506--23917729	45	5.1	43	67	17	147	33	15	11	38	1.84
23917549--23917702	45	3.5	45	72	15	158	35	13	12	38	1.83
23917490--23917729	87	2.7	88	93	0	410	33	15	11	39	1.83
23917990--23918044	25	2.2	26	83	3	67	34	0	1	63	1.05
23918533--23918811	52	5.7	50	80	14	316	46	16	0	36	1.51
23918602--23918829	9	26.0	9	68	13	93	44	18	0	35	1.56
23918559--23918715	43	3.4	43	75	16	163	48	17	0	34	1.47
23918558--23918818	95	2.7	95	85	4	346	45	17	0	36	1.52
23918610--23918811	43	4.4	44	80	12	221	45	17	0	36	1.53
23924676--23924741	31	2.1	31	86	5	89	16	7	21	54	1.66
23924813--23924921	42	2.5	43	85	2	139	25	25	19	29	1.98
23925480--23925583	39	2.6	39	83	7	113	30	16	25	27	1.96
23925630--23925732	40	2.5	40	87	1	134	26	21	23	29	1.99
23925458--23925851	153	2.5	154	82	5	458	27	18	21	32	1.97
23926160--23926374	7	29.4	7	70	10	99	22	0	29	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23926226--23926380	22	7.1	22	71	15	106	21	0	31	45	1.57
23926160--23926374	29	7.4	28	67	10	108	22	0	29	46	1.58
23926165--23926438	7	37.4	7	67	9	55	23	0	32	43	1.59
23926358--23926465	29	3.8	28	80	6	117	27	0	38	32	1.63
23926314--23926432	36	3.3	36	77	5	98	23	0	36	39	1.61
23926330--23926412	22	3.9	21	76	4	76	22	0	36	40	1.55
23929618--23929670	24	2.2	24	96	0	97	43	3	3	49	1.38
23929892--23929921	13	2.3	13	100	0	60	56	6	0	36	1.26
23933665--23933769	53	2.1	48	82	8	120	35	7	4	52	1.51
23934920--23934948	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
23935314--23935353	21	1.9	21	89	0	62	40	20	27	12	1.88
23935556--23935649	47	2.0	47	95	0	170	19	6	23	51	1.70
23936815--23936981	42	4.0	42	85	0	190	22	17	29	29	1.97
23936806--23937088	43	6.6	43	80	4	241	24	18	25	31	1.97
23954643--23954676	17	1.9	18	88	5	52	55	17	8	17	1.66
23957324--23957499	46	3.8	46	73	5	167	21	21	28	28	1.98
23959795--23959940	37	3.9	37	96	0	256	27	30	19	22	1.98
23960087--23960781	48	14.1	48	90	4	1023	32	25	5	36	1.80
23960087--23960778	146	4.7	146	93	3	1134	32	25	5	36	1.80
23960087--23960789	98	7.1	97	89	5	1029	32	25	5	36	1.80
23964141--23964181	16	2.6	16	100	0	82	31	29	29	9	1.89
23964559--23964625	23	3.2	23	64	24	65	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23964208--23964634	40	10.7	40	87	1	595	27	28	20	23	1.99
23965887--23965996	37	3.0	37	93	0	184	28	30	18	22	1.97
23966143--23966799	48	13.1	48	86	8	884	32	26	5	36	1.78
23966143--23966796	155	4.3	153	91	4	964	32	25	5	36	1.78
23973068--23973243	46	3.8	45	75	14	171	22	20	28	28	1.98
23973064--23973235	93	1.8	93	91	2	283	21	20	29	28	1.98
23977301--23977354	26	2.1	26	82	6	65	24	12	24	38	1.90
23978838--23978945	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
23980422--23980448	6	4.5	6	100	0	54	0	33	0	66	0.92
23980691--23980733	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
23985159--23985239	23	3.5	24	74	14	71	27	22	17	33	1.96
23985130--23985239	47	2.3	49	81	9	120	28	20	18	33	1.96
24004008--24004115	43	2.5	43	84	1	128	20	14	30	34	1.93
24004041--24004122	43	1.9	43	94	0	146	18	15	31	34	1.92
24012851--24012897	23	2.0	23	87	8	67	27	25	17	29	1.97
24013054--24013136	19	4.4	19	75	6	78	31	8	19	40	1.81
24021566--24021658	42	2.2	42	83	7	109	18	23	38	19	1.93
24023898--24023937	12	3.5	12	80	13	57	42	0	0	57	0.98
24023890--24023947	22	2.6	22	94	2	98	36	1	1	60	1.17
24027644--24027867	40	5.6	40	87	3	297	24	24	26	25	2.00
24027648--24027867	83	2.7	80	88	5	293	23	24	27	24	2.00
24030560--24030820	27	9.7	27	86	0	360	39	19	9	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24030560--24030879	81	4.0	81	81	4	324	38	20	9	31	1.85
24030771--24030927	27	5.9	27	72	11	110	36	21	10	31	1.87
24030744--24030862	27	4.4	27	78	7	91	38	19	9	32	1.83
24030771--24030927	80	2.0	81	81	6	185	36	21	10	31	1.87
24030914--24031129	27	8.0	27	81	5	242	35	17	20	26	1.95
24030911--24031129	81	2.7	81	85	3	291	36	16	20	26	1.94
24031378--24031428	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
24031646--24031720	6	12.3	6	75	13	73	18	16	13	52	1.75
24054422--24054631	30	7.1	30	71	8	151	20	23	15	40	1.90
24054428--24054654	89	2.6	89	89	0	319	22	23	14	39	1.91
24054612--24054714	30	3.4	30	84	5	136	30	23	9	36	1.87
24054422--24054681	89	2.9	88	80	4	281	22	23	15	39	1.91
24056787--24056923	45	3.0	44	88	2	202	25	21	27	25	1.99
24061236--24061393	43	3.7	43	77	8	180	25	16	27	30	1.97
24063506--24063772	133	2.0	133	97	0	507	31	12	20	35	1.90
24069667--24069729	31	2.0	31	100	0	126	38	12	15	33	1.86
24072786--24072926	65	2.2	62	93	5	246	34	22	19	22	1.96
24074303--24074423	43	2.9	42	80	8	138	29	15	24	29	1.96
24075918--24075949	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
24076405--24076551	42	3.4	43	77	8	147	29	25	19	25	1.98
24076405--24076561	44	3.6	42	76	8	145	30	24	18	26	1.98
24085626--24085748	65	1.9	64	86	4	178	40	6	16	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24100918--24100954	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
24103119--24103426	46	6.7	46	90	1	422	39	14	24	21	1.90
24103119--24103426	137	2.2	138	87	1	440	39	14	24	21	1.90
24108464--24108689	48	4.7	47	74	9	172	28	19	29	23	1.98
24108470--24108737	96	2.8	96	79	3	254	28	19	27	23	1.98
24110930--24110971	17	2.5	17	96	0	75	14	26	42	16	1.86
24111044--24111120	29	2.7	28	82	4	91	31	16	24	27	1.97
24114918--24114972	24	2.3	24	83	0	65	41	18	25	14	1.88
24114918--24114956	8	4.9	8	83	0	51	38	23	25	12	1.90
24115191--24115305	29	4.0	28	84	2	131	27	15	28	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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