genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70254225--70254310	25	3.7	24	73	20	83	19	22	12	45	1.84
70260288--70260337	18	2.8	18	93	3	84	26	16	6	52	1.66
70262576--70262920	138	2.5	139	81	7	382	24	29	18	26	1.98
70262576--70262920	46	7.5	45	73	14	206	24	29	18	26	1.98
70272334--70272480	56	2.6	58	78	6	165	34	18	17	30	1.94
70275433--70275483	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
70275355--70275576	103	2.2	103	93	1	374	18	18	31	31	1.95
70275496--70275645	70	2.1	71	92	1	248	23	16	30	30	1.96
70275606--70275657	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
70282678--70282901	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
70282820--70282969	69	2.1	71	90	3	232	23	17	29	30	1.97
70282929--70282979	27	1.9	26	88	4	75	15	23	33	27	1.95
70288723--70288871	31	4.8	31	89	0	235	27	18	27	26	1.98
70288941--70289111	49	3.7	47	83	9	194	29	14	27	28	1.95
70289032--70289129	42	2.3	42	89	3	144	31	13	27	27	1.94
70290268--70290292	10	2.5	10	100	0	50	32	28	12	28	1.92
70291344--70291417	19	4.4	18	67	22	54	33	6	28	31	1.83
70291325--70291421	48	2.0	48	93	0	167	35	8	25	30	1.85
70297057--70297170	28	4.1	28	82	0	147	29	29	12	28	1.93
70297061--70297170	56	2.0	56	92	0	184	29	30	12	28	1.93
70298489--70298562	31	2.4	31	90	0	112	21	36	27	14	1.93
70298822--70298858	5	7.6	5	87	6	58	21	0	2	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70298822--70298858	15	2.6	14	91	8	65	21	0	2	75	0.92
70299858--70299887	14	2.1	14	93	0	51	10	6	10	73	1.25
70301277--70301402	48	2.6	48	89	0	180	23	14	29	33	1.94
70305750--70305922	46	3.7	46	75	13	183	21	19	28	30	1.97
70305744--70305915	93	1.8	93	93	0	299	21	20	28	29	1.98
70311076--70311104	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
70321416--70321459	15	2.9	15	86	0	61	56	13	11	18	1.66
70335041--70335164	47	2.6	48	83	3	144	25	17	27	29	1.98
70336356--70336397	22	1.9	22	85	9	59	42	2	21	33	1.66
70337881--70337936	25	2.2	25	81	12	62	37	5	5	51	1.47
70342636--70342669	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
70342657--70342704	6	7.8	6	82	13	62	45	16	20	16	1.85
70342657--70342732	31	2.5	31	88	0	107	46	14	18	21	1.84
70342846--70342928	27	3.1	26	81	8	85	38	19	21	20	1.93
70343086--70343144	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
70343523--70343683	27	6.0	27	88	1	225	24	19	18	37	1.93
70343510--70343686	54	3.3	54	87	1	257	24	19	18	37	1.94
70343510--70343686	81	2.2	81	91	0	282	24	19	18	37	1.94
70343723--70343984	27	9.7	27	82	3	251	31	8	21	39	1.82
70343682--70344335	27	24.3	27	81	4	243	35	8	21	35	1.83
70343844--70344009	80	2.1	81	80	3	183	34	7	19	37	1.80
70343976--70344292	54	5.9	54	88	0	454	39	8	22	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70343976--70344292	81	3.9	81	86	0	429	39	8	22	29	1.83
70348131--70348169	19	2.0	20	85	5	53	53	2	7	35	1.43
70356400--70356432	16	2.1	16	94	0	57	30	12	30	27	1.92
70361470--70361771	27	11.2	27	83	5	342	30	20	7	42	1.79
70361470--70361771	54	5.6	54	85	3	383	30	20	7	42	1.79
70361470--70361771	81	3.7	81	84	4	387	30	20	7	42	1.79
70362276--70362400	6	20.3	6	66	16	60	19	16	12	51	1.76
70362276--70362377	31	3.3	31	84	0	132	19	17	12	50	1.78
70376419--70376452	18	1.9	17	88	5	50	2	17	0	79	0.86
70376475--70376514	15	2.7	14	85	11	53	2	32	0	65	1.06
70383241--70383365	43	2.9	43	89	0	187	29	31	24	15	1.95
70383363--70383465	38	2.7	38	84	0	116	28	26	24	21	1.99
70395354--70395414	27	2.3	27	82	0	68	32	27	9	29	1.89
70395369--70395845	27	17.7	27	81	2	501	29	21	8	41	1.82
70395369--70395845	81	5.9	80	83	3	569	29	21	8	41	1.82
70395837--70396034	27	7.3	27	80	4	193	36	18	18	25	1.94
70395837--70396036	54	3.7	54	83	2	258	37	19	18	25	1.94
70395836--70396033	81	2.4	81	87	0	261	37	18	18	25	1.93
70396236--70396314	27	3.0	26	81	5	86	24	17	20	37	1.93
70396384--70396442	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
70396607--70396680	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
70396796--70397005	6	34.8	6	78	13	227	19	18	14	47	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70399018--70399508	27	18.2	27	83	5	562	27	22	9	40	1.84
70399018--70399508	81	6.1	81	84	3	632	27	22	9	40	1.84
70399521--70399708	27	7.0	27	81	0	214	36	20	18	24	1.95
70399513--70399709	54	3.6	54	84	2	252	37	19	17	24	1.94
70399513--70399706	81	2.4	81	85	1	237	37	19	18	25	1.93
70399907--70399989	27	3.1	27	84	8	107	20	20	21	37	1.95
70400059--70400117	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
70400282--70400350	27	2.6	27	86	4	86	18	24	20	36	1.95
70400473--70400730	6	42.5	6	72	17	187	20	17	13	48	1.81
70400473--70400624	73	2.1	73	84	9	195	21	17	14	46	1.83
70400498--70400730	85	2.7	85	95	0	412	21	17	13	48	1.80
70406163--70406230	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
70406226--70406298	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
70406239--70406299	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
70407248--70407336	22	4.0	22	73	15	83	28	5	20	46	1.73
70407251--70407399	68	2.2	68	87	2	210	28	6	20	45	1.74
70407792--70407858	14	4.7	14	88	3	98	38	16	5	38	1.73
70410032--70410186	43	3.7	43	72	8	129	23	16	29	30	1.97
70411233--70411280	20	2.3	21	75	10	53	35	2	12	50	1.52
70413215--70413531	45	7.1	45	91	3	455	26	29	20	23	1.99
70416811--70416845	18	1.9	18	88	11	54	20	34	28	17	1.95
70417436--70417467	13	2.5	13	94	0	55	21	15	9	53	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70417687--70417755	36	1.9	36	96	0	129	24	17	17	40	1.90
70419687--70419721	18	1.9	18	88	0	52	57	5	28	8	1.52
70423032--70423082	26	2.0	26	92	0	84	27	5	11	54	1.59
70423094--70423138	19	2.4	19	96	3	83	28	20	0	51	1.48
70435080--70435125	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
70435153--70435266	60	1.9	61	83	5	151	29	20	23	26	1.99
70435543--70435615	34	2.1	34	97	0	137	21	5	16	56	1.61
70439209--70439254	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
70439276--70439395	60	2.0	62	85	6	165	29	20	24	26	1.99
70453618--70453678	9	6.6	9	77	7	50	26	36	1	36	1.66
70454793--70454986	98	2.0	98	98	0	379	39	10	8	42	1.69
70458473--70458513	21	2.0	21	85	9	57	34	17	12	36	1.87
70461657--70461826	46	3.7	46	95	0	295	40	17	23	18	1.91
70461657--70461864	46	4.5	46	90	1	290	42	15	22	18	1.88
70464308--70464652	169	2.0	169	98	0	665	33	19	26	20	1.96
70472245--70472297	27	2.0	27	82	10	65	45	1	3	49	1.31
70474173--70474209	15	2.4	16	86	9	58	45	0	0	54	1.00
70477208--70477488	142	2.0	142	97	0	526	22	10	22	44	1.83
70487410--70487486	39	2.0	39	97	0	145	28	10	29	31	1.90
70488954--70489015	29	2.1	31	82	11	76	37	0	19	43	1.51
70489349--70489414	33	2.0	33	100	0	132	27	6	15	51	1.66
70491097--70491224	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70491097--70491224	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
70499151--70499276	29	4.4	28	85	3	90	30	11	25	33	1.90
70499151--70499278	28	4.5	28	86	2	166	29	11	25	32	1.91
70499151--70499278	57	2.2	57	87	2	177	29	11	25	32	1.91
70499553--70499579	13	2.1	13	100	0	54	48	7	22	22	1.75
70503627--70503949	50	6.4	50	80	1	342	25	16	27	31	1.96
70503625--70503949	100	3.2	99	85	2	409	25	16	27	31	1.97
70504115--70504144	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
70515513--70515537	12	2.1	12	100	0	50	24	20	32	24	1.98
70515811--70515881	27	2.6	27	84	0	97	36	12	14	36	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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