Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  16  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5037191--5037242
26
2.0
26
96
0
95
28
34
23
13
1.92
5037056--5037320
103
2.6
103
93
2
435
30
30
20
18
1.97
5042302--5042354
24
2.3
23
80
3
61
60
16
1
20
1.45
5045556--5045650
40
2.4
38
78
3
100
14
12
35
36
1.85
5049047--5049265
45
4.9
45
91
0
330
25
19
15
39
1.91
5049047--5049265
90
2.4
90
92
0
375
25
19
15
39
1.91
5052740--5052958
45
4.9
45
93
0
330
25
19
15
39
1.91
5053072--5053103
16
2.0
16
100
0
64
50
25
12
12
1.75
5057900--5057924
12
2.1
12
100
0
50
60
0
8
32
1.26
5057965--5058006
11
3.9
11
81
6
59
71
0
0
28
0.86
5057960--5058005
21
2.2
21
92
0
74
69
2
0
28
1.00
5057960--5058040
25
3.4
24
80
12
80
62
1
1
34
1.11
5059671--5060252
205
2.8
206
95
1
1028
29
20
18
31
1.96
5072379--5072403
12
2.1
12
100
0
50
60
0
8
32
1.26
5072444--5072508
25
2.7
24
86
6
87
61
0
3
35
1.12
5072448--5072544
14
7.4
14
70
19
66
60
0
5
34
1.19
5072548--5072612
26
2.4
27
77
10
71
46
1
4
47
1.32
5075717--5075743
2
13.5
2
100
0
54
48
0
0
51
1.00
5079922--5079976
30
1.9
30
88
7
87
52
1
0
45
1.11
5080012--5080057
19
2.5
19
86
6
60
73
2
15
8
1.16
5089790--5089843
23
2.5
22
87
6
74
59
7
1
31
1.36
5089793--5089862
3
23.3
3
74
11
63
61
5
1
31
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5090417--5090441
8
3.1
8
100
0
50
24
12
52
12
1.72
5091402--5091439
17
2.2
18
85
4
51
26
0
5
68
1.11
5092592--5092636
23
2.0
22
86
4
63
42
0
0
57
0.98
5096775--5096818
20
2.2
20
84
8
54
77
6
13
2
1.07
5108817--5108846
13
2.3
13
94
0
51
6
16
0
76
0.99
5110882--5110968
39
2.2
39
97
0
165
11
27
5
55
1.58
5112123--5112194
28
2.5
29
72
18
78
29
9
12
48
1.73
5122138--5122174
15
2.6
14
87
8
56
0
18
2
78
0.87
5122206--5122256
20
2.5
20
81
15
61
29
5
1
62
1.29
5123526--5123629
51
2.0
51
92
0
172
32
23
10
33
1.89
5132600--5132667
34
2.0
34
88
5
102
66
0
4
29
1.11
5132949--5132976
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
5133545--5133583
19
2.1
19
85
0
51
43
0
0
56
0.99
5133972--5134005
16
2.1
16
88
0
50
29
2
0
67
1.05
5136583--5136615
11
3.1
11
86
4
50
72
0
0
27
0.85
5138048--5138101
22
2.5
22
84
6
74
48
3
1
46
1.30
5141259--5141295
12
3.1
12
100
0
74
59
8
0
32
1.27
5141284--5141340
17
3.2
18
75
9
64
49
3
0
47
1.18
5142903--5142942
20
2.0
20
100
0
80
25
10
15
50
1.74
5157085--5157281
41
4.8
41
91
5
308
28
21
22
27
1.99
5157495--5157591
33
2.8
33
84
7
106
29
10
22
37
1.87
5164756--5164911
41
3.8
41
89
6
226
28
21
22
27
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5165140--5165222
32
2.4
32
86
9
103
28
12
25
33
1.92
5166450--5166497
9
5.3
9
80
7
53
18
31
0
50
1.48
5167451--5167493
19
2.4
19
88
7
63
37
13
11
37
1.82
5167459--5167495
19
1.9
19
100
0
74
37
10
16
35
1.83
5167459--5167518
19
2.8
22
85
9
72
36
8
16
38
1.79
5175345--5175655
47
6.6
47
93
1
496
33
8
29
28
1.86
5175345--5175655
143
2.2
141
94
1
532
33
8
29
28
1.86
5176305--5176388
37
2.3
36
80
8
98
47
13
11
27
1.77
5176334--5176373
17
2.3
18
91
8
66
40
10
12
37
1.77
5176335--5176395
20
3.2
20
82
13
67
37
9
11
40
1.75
5176335--5176396
19
3.3
18
80
14
72
37
9
12
40
1.77
5176405--5176452
17
2.7
18
76
23
57
41
10
16
31
1.82
5177034--5177099
23
2.9
24
84
8
93
0
21
9
69
1.15
5177208--5177272
20
3.3
19
81
12
69
4
18
0
76
0.95
5177207--5177273
21
3.2
20
81
10
73
4
19
0
76
0.96
5177219--5177284
10
6.4
10
83
10
80
1
24
0
74
0.91
5177219--5177284
21
3.2
20
83
10
80
1
24
0
74
0.91
5177805--5177914
30
3.7
30
79
8
100
46
2
21
29
1.65
5177820--5177914
30
3.2
30
86
3
129
46
3
22
28
1.67
5177917--5177951
14
2.4
15
95
4
63
25
0
0
74
0.82
5178193--5178574
54
7.0
54
93
1
640
37
18
14
29
1.90
5178519--5179586
72
14.8
72
93
2
1757
34
18
16
31
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5178519--5179586
217
4.9
216
93
2
1766
34
18
16
31
1.93
5179571--5179603
16
2.1
16
94
0
57
66
6
9
18
1.40
5179587--5179903
122
2.6
122
91
4
503
36
21
15
27
1.93
5179799--5179972
69
2.5
71
85
3
221
32
21
14
31
1.93
5191686--5191769
37
2.3
36
80
8
98
47
13
11
27
1.77
5191715--5191754
17
2.3
18
91
8
66
40
10
12
37
1.77
5191716--5191776
20
3.2
20
82
13
67
37
9
11
40
1.75
5191716--5191777
19
3.3
18
80
14
72
37
9
12
40
1.77
5191786--5191833
17
2.7
18
76
23
57
41
10
16
31
1.82
5192420--5192490
24
3.0
24
83
6
92
0
19
8
71
1.11
5192428--5192476
21
2.4
20
83
6
62
0
20
6
73
1.04
5192608--5192664
10
5.4
10
79
8
60
1
21
0
77
0.86
5192608--5192673
22
3.0
21
80
10
71
1
22
0
75
0.88
5192596--5192665
21
3.3
21
84
6
88
4
17
0
78
0.90
5193201--5193317
30
3.9
30
80
7
105
45
3
21
29
1.68
5193216--5193317
30
3.4
30
86
2
134
45
3
21
29
1.70
5193316--5193348
14
2.3
15
94
5
59
27
0
0
72
0.85
5197079--5197187
50
2.3
49
76
19
113
57
1
5
34
1.32
5197165--5197291
7
17.1
7
67
20
55
59
0
3
36
1.16
5197160--5197291
30
4.4
31
73
13
89
60
0
3
35
1.15
5197213--5197278
20
3.7
18
80
15
75
60
0
3
36
1.12
5197210--5197278
23
3.0
23
73
10
70
62
0
2
34
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5197210--5197282
15
5.2
13
75
16
58
63
0
2
34
1.09
5197213--5197288
20
4.2
18
77
16
68
60
0
3
35
1.15
5200343--5200911
220
2.6
220
93
0
976
32
19
21
26
1.97
5200853--5201208
78
4.4
78
88
6
525
31
19
24
24
1.98
5200868--5201197
165
2.0
165
95
1
590
31
19
24
24
1.98
5200945--5201197
87
3.0
87
86
11
400
32
18
24
24
1.98
5201232--5201328
44
2.2
44
86
1
140
29
16
29
23
1.96
5205139--5205481
88
3.9
85
75
9
280
26
10
13
49
1.74
5205424--5205595
96
1.8
93
85
6
238
26
8
14
50
1.72
5205693--5205903
87
2.4
86
80
6
223
30
9
13
46
1.74
5206223--5206431
85
2.4
86
81
11
214
29
12
11
45
1.78
5215972--5216037
33
2.0
33
100
0
132
33
9
18
39
1.82
5216323--5216355
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
51
1.00
5231284--5231329
22
2.0
22
83
4
56
30
4
10
54
1.55
5231808--5231840
17
1.9
17
88
11
50
33
9
0
57
1.30
5232027--5232056
15
1.9
16
93
6
53
36
6
0
56
1.26
5234147--5234200
20
2.7
20
85
0
72
11
33
35
20
1.88
5235877--5235928
21
2.5
21
87
0
77
34
26
25
13
1.93
5236323--5236362
15
2.7
14
85
11
53
52
12
0
35
1.39
5237433--5237461
13
2.1
14
93
6
51
44
3
0
51
1.18
5237764--5237794
13
2.4
13
94
0
53
54
19
0
25
1.44
5238119--5238217
40
2.6
39
79
9
114
33
29
22
15
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5239196--5239226
16
1.9
16
93
0
53
16
9
0
74
1.07
5239350--5239432
3
27.0
3
73
18
55
57
2
3
36
1.29
5239364--5239454
42
2.1
43
95
2
166
52
4
3
39
1.38
5245182--5245231
3
17.0
3
87
4
75
34
0
2
64
1.05
5246908--5247045
72
1.9
72
85
2
188
39
5
18
36
1.74
5248582--5248636
27
2.0
28
82
3
67
43
7
10
38
1.68
5249223--5249335
60
1.9
60
87
3
165
22
17
12
47
1.81
5249195--5249327
30
4.4
31
70
18
109
24
18
12
45
1.82
5249731--5249867
59
2.3
59
82
3
168
50
11
15
22
1.76
5252921--5252994
31
2.4
31
81
6
87
40
8
14
36
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362