genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15867455--15867519	28	2.3	28	100	0	130	27	23	16	32	1.96
15877095--15877173	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
15885207--15885285	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
15894675--15894737	19	3.3	19	80	14	76	57	1	0	41	1.08
15894683--15894740	27	2.1	27	84	6	73	53	1	0	44	1.10
15895282--15895307	13	2.0	13	100	0	52	0	0	7	92	0.39
15896540--15896596	24	2.4	24	88	8	82	38	5	7	49	1.53
15897314--15897357	18	2.5	18	92	3	72	15	2	20	61	1.45
15898172--15898225	17	3.2	17	78	2	65	37	5	12	44	1.66
15898172--15898259	33	2.6	34	80	10	92	36	7	11	44	1.70
15913678--15913891	39	5.5	39	85	1	295	29	21	24	24	1.99
15913678--15913891	77	2.8	78	88	0	313	29	21	24	24	1.99
15919172--15919284	60	1.9	59	83	1	145	36	20	3	39	1.70
15919759--15919800	7	6.0	7	97	0	75	16	42	11	28	1.84
15924117--15924259	43	3.3	43	88	0	214	24	29	23	23	1.99
15925293--15925544	138	1.8	138	95	0	459	49	12	9	28	1.71
15927173--15927213	7	5.9	7	100	0	82	14	0	0	85	0.60
15927176--15927221	21	2.2	21	88	0	65	19	0	0	80	0.71
15927808--15927850	15	3.0	15	83	6	54	46	32	0	20	1.51
15927813--15927898	22	4.0	22	67	10	52	46	30	0	23	1.52
15927871--15927898	14	2.0	14	100	0	56	42	35	0	21	1.53
15928300--15928386	41	2.2	40	85	2	111	65	6	4	22	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15928588--15928741	41	3.8	41	86	5	195	18	18	25	37	1.93
15928907--15929130	79	2.8	80	91	2	369	29	9	14	46	1.76
15930505--15930611	43	2.5	43	85	0	151	30	26	17	25	1.97
15930740--15930793	6	8.7	6	76	15	56	74	3	1	20	1.07
15935195--15935316	7	17.1	7	71	9	68	36	40	0	22	1.54
15935354--15935451	7	13.4	7	71	8	61	47	23	1	27	1.58
15935359--15935443	21	3.9	21	76	11	98	45	24	1	28	1.60
15935343--15935432	46	2.0	46	95	0	162	43	24	2	30	1.66
15935608--15935786	82	2.2	82	88	5	265	16	20	22	40	1.91
15935608--15935786	41	4.4	40	87	3	234	16	20	22	40	1.91
15935608--15935816	41	5.1	40	85	5	226	17	20	22	39	1.92
15938889--15938940	15	3.5	15	75	12	54	42	0	1	55	1.10
15938953--15939023	26	2.8	25	81	8	72	47	2	0	49	1.16
15938972--15939023	26	2.0	26	88	3	79	50	3	0	46	1.20
15951826--15951876	25	2.0	25	100	0	102	45	15	19	19	1.86
15953182--15953234	19	2.8	19	77	8	63	64	3	0	32	1.12
15960404--15960555	51	3.0	51	93	0	241	30	17	22	29	1.96
15962651--15962680	7	4.3	7	100	0	60	13	0	40	46	1.43
15963079--15963197	27	4.4	27	85	0	139	40	12	19	27	1.88
15970659--15971026	96	3.8	96	80	7	356	24	28	17	28	1.98
15970660--15971026	144	2.5	142	78	8	386	24	28	17	28	1.98
15970658--15971026	48	7.7	48	75	7	309	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15979537--15979998	48	9.6	47	75	8	351	24	27	18	30	1.98
15979537--15980011	144	3.3	144	83	2	535	24	27	18	29	1.98
15982534--15982644	45	2.5	45	80	2	134	41	15	18	25	1.89
15984017--15984077	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
15984025--15984104	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
15988827--15988866	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
15991125--15991281	84	1.9	84	93	0	269	35	8	24	31	1.85
15994377--15994438	30	2.1	30	87	6	90	27	4	9	58	1.50
15995376--15995415	5	8.0	5	100	0	80	40	0	0	60	0.97
15995444--15995524	25	3.1	25	74	12	65	66	3	27	2	1.21
15997389--15997442	22	2.5	22	81	3	65	18	33	31	16	1.93
16002114--16002168	4	13.2	4	88	7	83	25	3	25	45	1.70
16008781--16008830	24	2.1	24	100	0	100	18	16	12	54	1.72
16010326--16010359	5	6.8	5	100	0	68	41	0	0	58	0.98
16011324--16011455	37	3.3	40	73	11	137	27	16	21	34	1.95
16011749--16011782	17	1.9	18	88	5	52	32	8	20	38	1.84
16013899--16013924	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
16017705--16017757	22	2.5	21	77	17	56	49	1	1	47	1.23
16024162--16024258	50	1.9	50	97	0	185	31	15	9	43	1.78
16031749--16032175	48	8.9	48	71	7	265	27	21	25	25	1.99
16031749--16032174	96	4.4	96	79	2	383	27	21	25	25	1.99
16038253--16038310	17	3.2	17	79	13	71	41	1	1	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16038286--16038434	62	2.4	62	97	0	280	42	3	4	50	1.37
16038646--16038675	11	2.7	11	94	0	51	43	6	6	43	1.57
16043185--16043288	52	2.0	52	100	0	208	38	15	13	32	1.86
16044270--16044298	7	4.1	7	100	0	58	41	0	13	44	1.44
16046756--16046808	18	3.2	17	75	22	58	30	3	0	66	1.10
16049882--16049930	21	2.3	21	92	0	80	8	26	18	46	1.76
16051733--16051780	20	2.3	21	78	7	62	37	8	22	31	1.84
16051931--16052157	24	9.4	23	74	11	172	37	13	19	29	1.90
16051932--16052096	74	2.3	72	81	4	197	35	13	22	28	1.93
16052604--16052801	59	3.4	59	83	0	254	36	9	19	33	1.85
16053373--16053440	33	2.1	33	97	0	127	30	20	20	27	1.98
16055023--16055069	21	2.2	22	84	3	60	68	0	2	29	1.02
16055824--16055878	16	3.4	16	78	9	58	58	0	3	38	1.16
16069924--16069980	15	3.5	15	73	17	60	47	1	1	49	1.22
16070017--16070066	22	2.3	22	78	0	55	50	0	0	50	1.00
16072075--16072121	6	7.8	6	100	0	94	51	14	0	34	1.43
16072956--16072991	19	1.9	19	88	5	56	27	11	2	58	1.46
16074473--16074820	137	2.6	136	81	5	377	27	8	8	56	1.57
16074896--16074920	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
16074886--16074987	49	2.2	47	79	10	111	37	3	0	57	1.24
16074998--16075333	139	2.4	138	82	4	381	56	8	7	26	1.57
16075785--16075813	14	2.0	15	93	6	51	31	0	27	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16077583--16077898	42	7.4	43	72	8	189	30	26	14	28	1.95
16082136--16082171	15	2.5	15	86	4	56	47	33	0	19	1.50
16082316--16082422	40	2.7	41	89	2	155	28	20	23	28	1.99
16082476--16082628	39	3.9	39	79	7	175	29	20	18	32	1.96
16082248--16082573	154	2.1	155	84	6	430	30	22	17	30	1.97
16085887--16086027	27	5.2	27	84	11	191	34	23	24	17	1.96
16085887--16086030	54	2.7	54	95	2	254	34	23	25	17	1.96
16087627--16087734	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
16093966--16094106	27	5.2	27	84	11	191	34	23	24	17	1.96
16093966--16094109	54	2.7	54	95	2	254	34	23	25	17	1.96
16095709--16095816	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
16098071--16098146	37	2.1	37	83	14	95	43	23	7	25	1.80
16102717--16102758	21	2.0	21	85	0	57	33	2	16	47	1.60
16105607--16105831	25	9.4	23	82	10	183	19	24	19	36	1.95
16105607--16105831	50	4.7	50	80	10	224	19	24	19	36	1.95
16105631--16105764	72	1.9	72	87	6	200	19	25	20	35	1.96
16105607--16105831	97	2.4	97	88	8	320	19	24	19	36	1.95
16106791--16106894	46	2.2	48	81	5	122	25	15	28	29	1.96
16111365--16111414	15	3.2	15	76	20	57	50	14	0	36	1.43
16112201--16112227	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
16117444--16117482	21	1.9	19	85	10	51	53	25	2	17	1.56
16118313--16118447	40	3.4	39	77	7	148	32	23	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16118582--16118627	11	3.8	12	83	16	51	52	10	0	36	1.37
16118584--16118627	15	3.1	15	78	18	58	52	11	0	36	1.38
16119404--16119473	7	9.3	7	78	18	54	54	1	0	44	1.09
16119392--16119466	34	2.2	34	83	6	98	50	2	0	46	1.15
16119406--16119470	8	8.2	8	69	27	50	53	1	0	44	1.09
16119406--16119471	27	2.4	26	79	18	80	54	1	0	43	1.09
16123460--16123500	21	2.0	21	85	9	57	48	0	0	51	1.00
16130944--16131026	20	3.9	20	72	14	67	21	13	27	37	1.91
16130948--16131034	45	2.0	44	90	2	138	21	12	27	37	1.90
16139356--16139427	37	1.9	37	81	10	85	40	0	16	43	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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