genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72317593--72317626	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
72317881--72317938	22	2.7	21	76	10	53	41	15	5	37	1.70
72317910--72317961	19	2.9	17	75	10	50	34	11	11	42	1.77
72320528--72320704	40	4.4	40	86	2	223	24	22	25	27	2.00
72333845--72333910	33	2.0	33	91	5	107	25	10	24	39	1.87
72338002--72338039	20	1.9	20	88	0	58	34	13	2	50	1.55
72343779--72343915	56	2.5	56	90	2	224	31	27	18	22	1.97
72346658--72346847	105	1.8	101	85	6	265	32	14	25	27	1.94
72346790--72346868	33	2.4	33	83	8	106	31	13	26	27	1.94
72346654--72346870	105	2.1	101	82	5	256	33	13	25	27	1.93
72349041--72349124	26	3.2	25	86	6	114	35	5	22	35	1.79
72350734--72350873	27	5.2	27	93	0	217	18	25	23	32	1.97
72354844--72354953	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
72356566--72356731	27	6.2	27	89	3	228	18	24	22	33	1.97
72359947--72360079	44	3.0	44	93	0	221	32	30	18	19	1.95
72363377--72363539	43	3.8	43	77	13	156	28	28	18	24	1.98
72365316--72365346	15	2.1	15	93	0	53	64	6	0	29	1.18
72365492--72366040	4	139.8	4	84	5	431	22	49	0	27	1.50
72365667--72365698	2	16.0	2	93	0	55	50	46	0	3	1.17
72366038--72366080	4	10.8	4	89	0	68	2	46	0	51	1.13
72366038--72366080	10	4.3	10	90	0	68	2	46	0	51	1.13
72366309--72366380	21	3.5	20	74	14	56	65	1	2	30	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72366284--72366373	15	5.9	14	77	18	74	65	3	1	30	1.16
72366329--72366371	13	3.4	12	87	9	59	69	0	0	30	0.88
72366295--72366435	11	11.8	11	70	19	56	63	2	4	30	1.25
72366295--72366382	15	6.2	14	77	15	83	64	2	2	30	1.18
72366334--72366437	15	7.4	15	75	18	75	62	0	4	31	1.22
72366439--72366615	4	44.2	4	81	4	142	19	45	0	35	1.51
72366439--72366599	36	4.4	36	80	6	187	18	44	0	36	1.50
72366462--72366603	40	3.5	42	76	15	165	17	44	0	38	1.49
72366497--72366621	44	2.8	44	92	2	196	18	45	0	36	1.50
72366613--72368209	2	828.5	2	72	9	821	3	57	0	39	1.17
72369673--72369704	6	5.3	6	100	0	64	65	0	0	34	0.93
72382136--72382216	27	3.0	28	75	7	78	28	17	29	24	1.97
72387700--72387759	20	2.9	19	75	20	59	48	1	8	41	1.43
72389563--72389735	42	4.1	42	78	4	170	27	12	26	34	1.92
72390329--72390376	24	2.1	22	81	14	53	18	0	33	47	1.49
72393257--72393311	28	1.9	29	88	3	85	14	20	43	21	1.87
72406289--72406404	28	4.4	28	66	20	86	62	5	3	29	1.33
72406301--72406433	8	15.3	9	63	21	52	62	3	3	30	1.30
72406275--72406435	78	2.1	78	100	0	322	62	4	3	29	1.34
72406777--72406824	16	3.2	16	69	19	50	64	2	4	29	1.23
72406772--72406849	28	2.7	29	80	7	88	60	5	2	32	1.32
72406842--72406884	11	3.9	11	76	11	52	69	0	2	27	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72406781--72406918	25	5.7	24	71	18	83	60	2	3	32	1.28
72406842--72406944	47	2.3	44	80	14	104	62	0	5	32	1.19
72406855--72406941	14	6.6	14	68	21	53	59	0	6	33	1.24
72406924--72406987	26	2.5	26	78	14	69	50	1	4	43	1.32
72406955--72407006	26	2.1	26	82	7	63	46	0	7	46	1.31
72408586--72409165	205	2.8	206	92	1	948	29	22	17	29	1.97
72417065--72417114	14	3.5	15	76	15	52	40	16	26	18	1.90
72419764--72419807	22	2.0	22	100	0	88	31	27	13	27	1.94
72421179--72421226	16	3.2	16	69	19	50	64	2	4	29	1.23
72421244--72421318	11	6.5	11	75	20	64	62	0	2	34	1.09
72421244--72421320	25	3.2	24	82	15	81	62	0	2	35	1.09
72421336--72421411	26	3.0	25	75	12	64	47	0	5	47	1.24
72422921--72422961	17	2.5	17	84	11	50	48	4	0	46	1.23
72424539--72424567	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
72434526--72434605	39	2.1	39	92	0	133	35	15	7	42	1.75
72435852--72435882	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
72435849--72435888	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
72435961--72436005	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
72436084--72436328	55	4.6	52	78	11	225	22	23	18	35	1.95
72436121--72436321	108	1.8	110	88	2	307	22	24	18	34	1.96
72436422--72436466	22	2.0	22	100	0	90	40	8	4	46	1.55
72443339--72443405	22	3.0	22	100	0	134	40	8	4	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72445774--72445810	12	3.1	13	92	7	53	51	16	0	32	1.45
72447101--72447147	23	2.0	23	91	0	76	44	14	2	38	1.58
72456401--72456449	20	2.5	18	78	18	53	69	6	4	20	1.27
72457301--72457349	23	2.1	24	92	3	82	42	16	2	38	1.60
72457306--72457355	23	2.2	23	88	0	73	52	12	2	34	1.50
72459567--72459599	15	2.2	15	100	0	66	18	24	15	42	1.88
72462644--72462709	30	2.2	30	88	0	96	21	31	21	25	1.98
72463511--72463621	49	2.3	49	84	6	145	23	23	18	35	1.96
72483535--72483562	6	4.7	6	100	0	56	67	0	32	0	0.91
72493465--72493555	27	3.4	27	84	0	110	26	23	8	41	1.83
72493478--72493570	27	3.4	27	85	4	100	24	21	10	43	1.84
72506653--72506686	13	2.6	13	90	0	50	50	0	2	47	1.16
72510250--72510292	21	2.0	22	86	4	61	32	23	4	39	1.75
72510700--72510778	28	2.8	28	84	0	104	29	25	11	34	1.91
72515589--72515636	19	2.6	19	83	9	55	70	4	2	22	1.15
72523384--72523427	14	3.1	14	83	3	52	25	2	13	59	1.46
72534668--72534821	48	3.3	47	73	12	136	23	27	18	30	1.97
72534702--72534821	47	2.6	46	84	9	154	24	30	16	28	1.96
72535176--72535208	17	1.9	17	93	0	57	36	24	15	24	1.93
72535419--72535449	14	2.2	14	100	0	62	45	19	0	35	1.51
72539281--72539409	42	3.0	42	78	2	132	30	25	15	28	1.96
72542929--72543184	99	2.6	99	80	3	273	28	17	17	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72553186--72553493	47	6.5	47	93	1	508	29	29	8	32	1.86
72558918--72559069	47	3.2	47	95	1	270	32	7	30	28	1.84
72560819--72561094	40	6.9	40	91	0	444	22	23	29	23	1.99
72565251--72565402	47	3.2	47	97	1	279	32	7	30	28	1.86
72567148--72567423	40	6.9	40	93	0	462	22	24	29	23	1.99
72571588--72571739	47	3.2	47	98	0	286	33	7	30	27	1.85
72573779--72573974	40	4.9	40	92	0	311	21	23	30	23	1.99
72578139--72578290	47	3.2	47	94	0	259	33	7	30	28	1.85
72583978--72584016	15	2.6	15	83	0	51	38	0	0	61	0.96
72595853--72595940	6	14.3	6	73	17	74	47	14	18	19	1.82
72595862--72595940	31	2.5	31	91	0	122	48	13	18	18	1.81
72595867--72595913	25	1.9	24	91	4	76	44	14	21	19	1.86
72596058--72596143	27	3.2	26	85	4	100	36	20	22	20	1.96
72596058--72596165	54	2.0	53	80	5	119	36	20	22	21	1.96
72596058--72596165	27	4.0	27	83	5	96	36	20	22	21	1.96
72596754--72596816	27	2.3	27	83	5	83	23	19	19	38	1.93
72596838--72597086	27	9.3	27	83	2	252	31	9	19	39	1.83
72596837--72597050	54	4.0	54	86	2	279	32	9	19	38	1.84
72596837--72597086	81	3.1	80	82	1	302	31	9	19	39	1.83
72598435--72598466	13	2.5	13	94	0	55	28	21	18	31	1.97
72599047--72599140	6	15.3	6	72	16	68	50	14	15	19	1.79
72599056--72599140	31	2.7	31	88	0	125	50	14	16	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72599258--72599365	27	4.0	26	84	5	108	36	21	22	20	1.96
72599258--72599365	54	2.0	53	82	5	128	36	21	22	20	1.96
72599929--72600016	27	3.3	27	85	0	104	23	20	20	35	1.96
72600010--72600286	27	10.3	27	80	0	187	31	8	21	38	1.83
72600038--72600186	53	2.8	53	78	6	156	30	8	20	40	1.83
72600038--72600206	80	2.1	81	84	3	216	28	7	21	41	1.81
72600006--72600268	134	2.0	135	82	0	321	31	9	20	38	1.84
72600037--72600286	54	4.6	54	76	4	227	30	8	20	40	1.82
72600083--72600286	81	2.5	81	83	2	223	31	8	19	40	1.82
72604530--72604602	12	5.8	12	77	6	56	69	4	1	24	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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