genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.158.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51845253--51845435	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
51846658--51846728	28	2.5	28	90	4	108	32	26	12	28	1.93
51850854--51850981	37	3.7	37	76	21	152	25	29	18	25	1.98
51850902--51850957	27	2.1	27	100	0	112	26	25	21	26	1.99
51851100--51851749	47	13.7	47	97	0	1151	29	29	8	32	1.87
51855569--51855947	77	4.9	77	91	2	566	26	28	21	24	1.99
51855569--51855947	39	9.8	39	90	4	581	26	28	21	24	1.99
51855569--51855947	194	2.0	192	91	3	609	26	28	21	24	1.99
51857206--51857305	35	2.8	36	92	4	166	25	33	19	23	1.97
51857424--51858083	47	13.7	47	92	2	1005	29	29	8	33	1.87
51857424--51858083	96	6.9	94	92	3	1023	29	29	8	33	1.87
51863282--51863512	40	5.8	40	85	1	277	24	22	27	25	2.00
51865421--51865653	118	2.0	118	100	0	466	35	18	21	24	1.95
51882787--51882889	37	2.8	37	95	0	179	25	32	19	23	1.98
51883079--51883180	47	2.2	47	90	0	168	29	29	7	33	1.85
51891995--51892120	39	3.2	39	86	0	171	33	20	23	22	1.97
51891994--51892140	78	1.9	77	80	4	170	33	21	24	21	1.97
51894988--51895111	39	3.2	39	90	2	187	25	26	22	25	2.00
51905978--51906069	27	3.4	27	86	0	121	35	18	20	25	1.95
51906301--51906347	22	2.1	22	88	0	67	14	34	21	29	1.93
51907361--51907385	13	1.9	13	100	0	50	60	32	0	8	1.26
51909736--51909912	47	3.8	48	78	10	204	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51909736--51909956	94	2.3	94	83	5	268	22	28	19	29	1.98
51909736--51909953	47	4.7	46	76	11	198	22	27	19	30	1.98
51911557--51911614	30	1.9	30	83	13	75	20	10	1	67	1.29
51911555--51911614	20	3.0	19	83	9	75	21	10	1	66	1.30
51912344--51912377	17	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
51914501--51914702	42	4.6	42	71	12	147	30	16	23	29	1.96
51919392--51919568	39	4.5	39	83	7	189	25	20	28	24	1.99
51919345--51919568	79	2.8	78	80	9	215	25	21	28	25	1.99
51919425--51919601	79	2.2	80	82	4	200	25	22	28	23	1.99
51926866--51927089	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
51926866--51927089	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
51926946--51927122	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
51942160--51942283	48	2.6	48	78	5	133	26	28	18	26	1.98
51949645--51949753	42	2.6	42	82	2	130	29	23	16	30	1.96
51951286--51951399	43	2.7	43	83	6	135	30	26	19	23	1.98
51955139--51955180	17	2.3	18	80	12	50	54	9	4	30	1.53
51962475--51962535	21	2.8	22	85	7	88	59	19	8	13	1.59
51962501--51962546	21	2.2	21	84	0	56	63	17	8	10	1.51
51964719--51964934	50	4.3	50	79	8	224	30	11	18	39	1.86
51967528--51967638	27	4.1	27	83	5	136	17	22	21	38	1.93
51967528--51967638	54	2.1	53	88	5	161	17	22	21	38	1.93
51975485--51975537	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51978579--51978614	17	2.2	17	90	5	56	33	5	5	55	1.46
51981301--51981706	47	8.6	47	90	2	623	29	29	8	32	1.86
51981301--51981706	96	4.3	94	92	1	607	29	29	8	32	1.86
51981301--51981706	143	2.9	143	90	2	631	29	29	8	32	1.86
51981615--51981690	22	3.3	22	64	10	62	27	31	10	30	1.90
51985747--51985823	28	2.8	28	85	0	118	29	33	14	22	1.93
51985807--51985940	40	3.3	40	86	0	169	35	23	16	25	1.95
51993289--51993385	40	2.4	40	87	0	140	31	24	19	23	1.98
52008497--52008667	40	4.3	40	88	6	208	25	27	22	24	2.00
52008497--52008720	80	2.8	80	83	8	287	25	27	22	24	2.00
52008499--52008720	118	1.9	119	83	6	290	25	27	22	24	2.00
52011305--52011550	45	5.6	45	86	4	290	22	19	30	27	1.98
52013271--52013316	20	2.3	20	84	0	65	34	4	30	30	1.77
52015903--52015967	32	2.0	32	93	0	112	29	13	24	32	1.94
52020389--52020558	40	4.4	40	89	7	278	21	20	29	28	1.98
52020389--52020558	75	2.2	77	91	5	272	21	20	29	28	1.98
52037476--52037514	17	2.3	17	95	0	69	38	20	5	35	1.75
52038474--52038608	35	3.9	35	79	1	137	31	31	5	31	1.80
52043927--52043974	15	3.2	15	74	11	53	60	12	12	14	1.59
52045472--52045655	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
52045472--52045652	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
52045553--52045702	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52053310--52053493	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
52053310--52053490	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
52053391--52053540	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
52059844--52059905	5	12.4	5	76	6	54	40	1	3	54	1.26
52059942--52059972	15	2.0	16	93	6	55	45	6	12	35	1.68
52060071--52060095	10	2.5	10	100	0	50	36	0	8	56	1.29
52061228--52061303	21	3.5	21	80	3	80	17	22	25	35	1.95
52062695--52062737	22	2.0	22	95	0	77	20	30	39	9	1.84
52064146--52064323	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
52064146--52064323	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
52064167--52064322	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
52067291--52067403	46	2.5	45	85	7	140	23	29	19	28	1.98
52068987--52069107	35	3.5	34	86	4	170	31	34	7	26	1.84
52071935--52071960	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
52093865--52093903	20	2.0	20	94	0	69	28	17	15	38	1.91
52095122--52095166	24	2.0	23	91	8	74	66	4	8	20	1.36
52095129--52095175	24	2.0	24	82	0	58	70	2	12	14	1.26
52100965--52101012	20	2.4	20	96	0	87	20	37	31	10	1.87
52103111--52103170	24	2.5	24	81	10	70	70	1	23	5	1.16
52103126--52103162	19	1.9	20	88	5	58	75	0	21	2	0.92
52106419--52106457	20	2.0	20	89	0	60	30	15	15	38	1.88
52109252--52109308	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52109440--52109501	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
52109518--52109568	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
52109821--52110250	27	16.0	27	86	3	449	24	19	18	36	1.94
52109821--52110250	54	8.0	54	83	2	497	24	19	18	36	1.94
52109829--52110243	81	5.1	81	86	0	544	24	19	19	37	1.94
52110235--52110473	27	8.9	27	83	3	137	33	8	19	38	1.82
52110289--52110576	27	10.7	27	85	2	319	30	8	20	40	1.83
52114479--52114520	21	2.0	21	81	9	50	30	19	0	50	1.48
52117877--52118104	48	4.9	48	78	7	216	26	18	25	29	1.98
52117877--52118104	91	2.4	93	82	7	259	26	18	25	29	1.98
52125245--52125381	48	2.9	48	82	2	159	27	24	24	24	2.00
52131224--52131380	56	2.8	54	79	5	172	28	32	17	21	1.96
52151460--52151509	19	2.6	19	83	0	64	46	10	24	20	1.81
52151476--52151543	31	2.2	31	83	0	82	47	11	20	20	1.81
52151759--52151810	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
52152046--52152239	27	7.2	27	92	0	298	41	4	21	32	1.74
52152218--52152364	27	5.5	26	76	9	125	29	8	21	39	1.84
52152219--52152364	54	2.7	54	78	4	159	30	8	21	39	1.84
52152235--52152385	27	5.7	25	73	8	86	27	8	23	40	1.84
52158206--52158264	25	2.4	25	82	2	66	32	11	23	32	1.91
52160585--52160627	11	4.2	11	82	17	65	37	0	0	62	0.95
52160583--52160627	19	2.4	19	96	0	81	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52178389--52178609	78	2.8	77	80	10	234	25	20	28	25	1.99
52178389--52178609	40	5.7	39	81	9	220	25	20	28	25	1.99
52178442--52178607	39	4.3	39	87	6	178	25	21	28	24	1.99
52186309--52186531	39	5.7	40	82	8	242	25	21	27	25	1.99
52186309--52186564	118	2.2	119	79	6	263	26	21	27	24	1.99
52186389--52186564	79	2.3	79	82	5	198	25	21	28	24	1.99
52189236--52189380	65	2.2	63	75	9	139	37	13	20	29	1.90
52193817--52194021	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
52193818--52194021	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
52199397--52199645	48	5.2	48	82	1	268	25	16	28	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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