genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29876231--29876384	42	3.7	41	80	3	182	31	14	23	30	1.94
29883772--29883831	32	1.9	31	86	10	86	78	1	5	15	1.00
29889601--29889784	40	4.6	40	81	6	212	25	22	26	25	2.00
29889601--29889820	80	2.8	79	84	4	257	25	22	26	25	2.00
29895345--29895404	13	4.6	13	71	8	50	36	23	6	33	1.81
29895622--29895692	26	2.7	26	82	0	97	25	23	28	22	2.00
29898665--29898720	29	2.0	28	89	3	85	21	5	1	71	1.15
29904388--29904457	23	3.0	23	76	2	77	40	17	12	30	1.87
29906800--29906980	20	9.1	20	85	2	247	12	24	28	34	1.91
29906987--29907066	26	3.1	26	83	3	99	21	20	23	35	1.96
29907533--29907565	17	1.9	17	88	11	50	57	6	6	30	1.47
29912546--29912610	13	4.9	13	81	18	64	43	1	18	36	1.60
29925702--29925774	35	2.1	36	97	2	139	41	19	13	26	1.88
29926725--29926892	43	3.8	43	77	14	196	29	28	20	22	1.98
29926730--29926896	92	1.8	90	94	2	298	28	29	20	21	1.98
29927313--29927368	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
29975126--29975337	47	4.5	45	74	14	160	29	18	28	23	1.98
29975126--29975483	94	3.8	91	78	11	334	29	19	28	22	1.98
29976393--29976506	42	2.7	41	75	15	106	27	16	23	32	1.96
29976424--29976512	43	2.1	42	85	2	115	25	15	24	33	1.95
29977671--29977736	30	2.2	30	97	0	123	24	22	30	22	1.99
29982126--29982419	150	2.0	142	87	9	421	38	6	16	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29986564--29986830	47	5.7	45	73	13	161	31	19	26	22	1.98
29994071--29994139	35	2.0	35	94	0	120	23	18	24	33	1.97
29998318--29998385	34	2.0	34	83	11	86	30	20	23	25	1.98
30001169--30001276	46	2.3	47	84	9	134	31	18	25	24	1.97
30001171--30001341	47	3.7	45	80	9	150	30	17	28	23	1.97
30002204--30002284	41	2.0	42	82	4	103	24	23	38	13	1.91
30004306--30004710	47	8.6	47	94	1	666	28	29	8	33	1.86
30004356--30004434	25	3.3	24	66	16	65	31	30	5	32	1.79
30012754--30012884	46	2.8	45	83	8	140	32	18	26	22	1.97
30020426--30020791	50	7.6	47	77	10	289	24	30	17	26	1.97
30020426--30020789	98	3.8	97	79	9	331	24	30	17	26	1.97
30020426--30020791	144	2.5	143	82	10	399	24	30	17	26	1.97
30023655--30023680	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
30024254--30024309	28	2.0	28	100	0	112	32	14	21	32	1.93
30039847--30040031	40	4.6	40	80	3	167	25	24	25	23	2.00
30039847--30039995	80	1.9	81	87	4	221	25	24	25	24	2.00
30039847--30040031	80	2.3	81	82	4	214	25	24	25	23	2.00
30047946--30048097	79	1.9	80	85	4	209	25	23	24	26	2.00
30047930--30048149	40	5.6	40	78	4	205	25	24	24	25	2.00
30047967--30048149	79	2.3	79	81	4	192	25	24	25	24	2.00
30053303--30053402	42	2.3	44	79	6	107	30	24	14	32	1.94
30055626--30055857	49	4.7	49	80	3	257	30	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30055626--30055857	100	2.3	99	82	2	286	30	27	16	25	1.97
30056104--30056157	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
30069746--30069773	10	2.8	10	100	0	56	10	0	17	71	1.14
30072822--30072908	43	2.0	43	95	0	156	32	28	18	20	1.96
30078107--30078295	101	1.9	99	84	4	254	28	29	16	25	1.97
30085758--30085796	21	2.0	21	85	10	55	25	2	12	58	1.47
30089307--30089594	47	6.1	47	92	0	441	32	11	29	27	1.91
30089328--30089638	141	2.2	139	84	5	354	33	11	28	27	1.91
30089802--30089909	37	2.9	37	95	0	189	23	19	31	25	1.98
30092947--30092990	16	2.8	16	89	0	70	56	18	13	11	1.66
30093203--30093292	29	3.1	28	85	7	128	28	13	28	28	1.94
30097104--30097298	27	7.3	27	81	6	121	38	20	10	30	1.86
30097125--30097305	80	2.2	81	89	0	274	37	18	11	32	1.87
30097125--30097305	27	6.7	27	83	5	224	37	18	11	32	1.87
30097127--30097349	27	8.3	27	78	8	102	36	19	13	30	1.90
30097125--30097335	54	3.9	54	79	8	216	36	19	12	31	1.89
30100355--30100429	23	3.3	23	75	14	75	34	20	20	25	1.96
30100352--30100440	45	2.0	45	86	4	126	34	20	21	23	1.96
30100340--30100453	23	4.9	23	73	13	72	37	18	20	23	1.94
30103994--30104231	50	4.8	49	77	8	212	32	23	17	26	1.97
30106108--30106195	12	7.9	11	78	12	67	77	2	17	3	1.01
30106108--30106195	15	5.7	14	73	21	63	77	2	17	3	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30106111--30106190	21	4.0	18	74	19	61	76	2	17	3	1.05
30106109--30106190	31	2.7	30	88	9	121	76	2	17	3	1.03
30106117--30106196	10	8.0	9	75	20	70	77	1	17	3	0.98
30110434--30110558	45	2.8	45	82	2	162	26	14	24	34	1.94
30110434--30110648	45	4.9	45	76	11	160	27	16	24	31	1.96
30121032--30121136	45	2.3	45	85	0	138	22	16	27	33	1.95
30122932--30123026	46	2.0	47	82	6	113	33	10	9	46	1.71
30122952--30123055	47	2.2	46	81	1	109	29	12	12	45	1.79
30129006--30129187	28	6.5	28	97	0	321	31	28	13	25	1.94
30136172--30136236	21	3.2	21	74	12	82	43	21	23	12	1.86
30136154--30136254	39	2.6	39	96	0	184	38	23	24	12	1.90
30142523--30142564	6	7.0	6	81	10	50	78	2	0	19	0.86
30147657--30147918	40	6.7	39	87	7	322	27	20	26	24	1.99
30147671--30147918	77	3.2	78	91	5	378	27	20	27	25	1.99
30147618--30147918	117	2.6	119	87	6	425	26	21	26	24	1.99
30155662--30155926	40	6.7	39	86	3	327	27	20	26	25	1.99
30155676--30155926	79	3.2	79	92	4	391	27	20	26	25	1.99
30155626--30155926	119	2.5	120	86	4	405	26	20	26	25	1.99
30155626--30155926	40	7.6	39	81	10	264	26	20	26	25	1.99
30155676--30155959	79	3.6	78	88	5	335	27	20	26	25	1.99
30168020--30168100	32	2.5	32	90	4	128	27	1	19	51	1.54
30169043--30169079	19	1.9	19	88	0	56	29	5	21	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30169590--30169629	14	2.9	14	92	3	64	35	22	7	35	1.82
30171391--30171452	31	2.0	31	93	0	106	20	20	4	53	1.64
30171940--30171969	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
30174133--30174178	17	2.8	17	75	24	53	69	2	6	21	1.22
30175880--30175926	23	2.1	23	84	7	62	40	0	2	57	1.11
30176381--30176426	24	2.0	24	86	4	67	54	10	2	32	1.47
30176814--30176848	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
30183881--30184484	69	8.8	69	76	2	446	22	19	21	36	1.95
30183939--30184310	206	1.8	207	82	1	478	23	17	20	38	1.93
30196715--30196927	93	2.3	93	89	0	327	46	15	22	16	1.84
30201818--30201889	36	2.0	36	97	0	135	54	12	11	22	1.69
30207707--30207731	3	8.3	3	100	0	50	36	0	64	0	0.94
30208985--30209020	18	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
30211044--30211111	32	2.2	32	97	2	129	35	8	17	38	1.81
30211529--30211558	15	2.0	15	93	0	51	36	6	0	56	1.26
30214376--30214535	39	4.1	39	91	0	239	25	28	23	23	2.00
30217873--30218059	29	6.5	29	77	4	191	29	37	15	17	1.90
30217889--30218057	86	2.0	85	94	3	295	30	36	15	16	1.91
30220268--30220418	39	3.9	39	89	0	232	25	28	23	23	1.99
30222360--30222772	205	2.0	205	98	0	790	46	20	9	24	1.79
30223504--30223573	25	2.8	25	82	2	77	32	22	15	28	1.95
30225471--30225622	45	3.4	45	93	1	252	22	18	15	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30225516--30225585	21	3.2	21	62	18	52	20	20	14	45	1.85
30225456--30225672	45	4.8	44	80	7	179	23	18	15	42	1.88
30225456--30225672	90	2.4	90	82	5	260	23	18	15	42	1.88
30232346--30232486	43	3.3	44	72	14	132	24	18	28	29	1.98
30237980--30238004	11	2.3	11	100	0	50	56	0	0	44	0.99
30247232--30247394	42	3.9	42	83	6	188	29	16	25	28	1.97
30247283--30247394	43	2.6	42	83	2	134	30	16	25	28	1.96
30248198--30248289	42	2.2	42	96	0	166	21	28	31	18	1.97
30251018--30251321	47	6.4	47	94	3	511	27	31	7	33	1.85
30251018--30251321	96	3.2	96	95	1	533	27	31	7	33	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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