Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  121  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
40024889--40024948
3
20.0
3
96
0
111
66
1
0
31
1.01
40030987--40031068
42
2.0
42
90
0
128
26
12
24
36
1.91
40030994--40031090
42
2.3
42
81
0
113
29
14
24
30
1.95
40040513--40040548
17
2.1
17
89
5
54
47
0
8
44
1.33
40040513--40040562
15
3.0
17
80
11
59
52
0
6
42
1.26
40043415--40043450
17
2.1
18
89
5
56
36
0
8
55
1.30
40049713--40049780
34
2.0
34
97
0
127
19
11
26
42
1.85
40057946--40058250
40
7.7
40
89
3
420
25
21
27
25
1.99
40061516--40061741
48
4.7
48
74
11
180
26
19
29
25
1.98
40067899--40068163
48
5.7
46
80
10
215
27
19
29
24
1.98
40067899--40068117
46
4.7
45
77
12
178
27
20
29
22
1.99
40069284--40069362
40
1.9
41
85
10
108
24
18
36
20
1.95
40079409--40079625
46
4.6
47
78
11
180
26
18
31
23
1.98
40081773--40081826
22
2.5
21
81
3
63
12
31
38
16
1.87
40082175--40082234
18
3.3
18
81
4
59
53
11
10
25
1.68
40082258--40082366
17
6.4
17
74
4
103
45
14
9
30
1.76
40082258--40082366
51
2.1
51
84
0
137
45
14
9
30
1.76
40083307--40083475
29
6.0
28
79
11
170
47
17
3
31
1.64
40083307--40083468
81
2.0
79
80
9
175
48
17
3
30
1.65
40084371--40084531
78
2.1
78
98
0
313
38
19
7
34
1.80
40086596--40086621
11
2.4
11
100
0
52
53
0
0
46
1.00
40087994--40088031
12
3.2
12
85
7
51
60
0
0
39
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
40095370--40095415
23
2.0
23
100
0
92
43
13
13
30
1.81
40099789--40099864
40
1.9
40
86
0
107
31
11
15
40
1.84
40104184--40104355
93
1.8
93
95
2
310
28
29
20
20
1.98
40104177--40104352
46
3.8
46
79
14
209
29
29
20
20
1.98
40111171--40111342
93
1.8
93
95
2
310
28
29
20
20
1.98
40111164--40111339
46
3.8
46
79
14
209
29
29
20
20
1.98
40132606--40132788
39
4.7
38
83
8
208
25
28
21
23
1.99
40134982--40135008
7
3.9
7
100
0
54
44
11
29
14
1.80
40138001--40138048
24
1.9
26
83
8
64
43
16
8
31
1.78
40144444--40144492
25
2.0
25
88
8
73
59
2
2
36
1.21
40145126--40145167
22
2.1
19
86
13
57
52
0
2
45
1.13
40147487--40147526
20
2.0
20
90
0
62
17
22
17
42
1.89
40148895--40148988
23
3.9
25
78
9
72
32
18
22
26
1.97
40152031--40152220
50
3.8
50
83
2
231
30
28
17
23
1.97
40155101--40155155
26
2.1
27
80
16
62
32
12
9
45
1.74
40159462--40159687
50
4.5
50
82
4
251
30
26
18
25
1.98
40159462--40159687
101
2.3
99
83
6
269
30
26
18
25
1.98
40161137--40161199
32
2.0
32
93
0
108
55
15
4
23
1.59
40165318--40165373
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
40165307--40165373
20
3.3
20
93
0
116
34
11
20
32
1.90
40165422--40165544
25
5.0
24
84
8
151
30
19
21
28
1.98
40165738--40165801
31
2.1
31
90
0
101
37
17
23
21
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
40171353--40171707
47
7.6
47
92
1
570
32
8
29
29
1.87
40171353--40171707
143
2.5
141
92
2
588
32
8
29
29
1.87
40173833--40173907
38
2.0
38
86
5
107
30
18
26
24
1.98
40173961--40174275
40
8.1
40
90
4
482
23
22
28
25
1.99
40173961--40174275
79
4.0
80
92
3
482
23
22
28
25
1.99
40173961--40174275
119
2.7
119
91
3
489
23
22
28
25
1.99
40177758--40178249
47
10.6
47
93
3
834
32
8
29
29
1.87
40177758--40178249
140
3.5
141
93
3
834
32
8
29
29
1.87
40184372--40184427
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
40184361--40184427
20
3.3
20
93
0
116
34
11
20
32
1.90
40184478--40184646
25
6.9
25
93
1
263
28
19
21
30
1.98
40184865--40184928
31
2.1
31
87
0
92
39
17
21
21
1.93
40187566--40187647
41
2.0
41
97
0
155
42
12
13
31
1.81
40190966--40191130
82
2.0
81
94
1
285
25
26
12
36
1.91
40192232--40192282
25
2.0
25
100
0
102
41
15
15
27
1.88
40192929--40193005
39
2.0
39
97
0
145
33
10
11
44
1.75
40195223--40195266
22
2.0
22
90
0
70
56
2
0
40
1.11
40195214--40195265
10
5.1
10
84
11
52
59
3
0
36
1.16
40196337--40196375
14
2.8
13
81
11
51
23
0
2
74
0.94
40198053--40198105
27
2.0
27
100
0
106
60
0
16
22
1.36
40199056--40199166
27
4.2
26
81
12
118
35
21
25
18
1.95
40199056--40199166
26
4.1
27
77
16
106
35
21
25
18
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
40205325--40205495
93
1.8
93
89
2
272
28
26
22
22
1.99
40205318--40205493
46
3.8
46
75
8
178
29
26
21
22
1.99
40206970--40207020
17
2.9
18
82
8
52
41
17
1
39
1.61
40208497--40208611
43
2.7
43
85
8
128
35
25
15
23
1.94
40217556--40217711
27
5.7
27
78
6
145
27
28
16
27
1.97
40217561--40217712
54
2.8
55
80
4
182
26
28
16
28
1.97
40225656--40225810
27
5.7
27
78
7
145
27
28
16
27
1.97
40225661--40225811
54
2.8
55
80
5
182
27
27
16
28
1.97
40227748--40227806
16
3.7
16
75
20
61
54
0
1
44
1.10
40227822--40227876
27
2.0
27
100
0
110
49
10
7
32
1.65
40229528--40229558
16
1.9
16
93
0
53
70
9
9
9
1.33
40231234--40231439
49
4.2
48
74
9
195
33
19
25
21
1.97
40245124--40245161
19
2.0
20
85
15
53
36
0
23
39
1.55
40255916--40256137
104
2.2
102
92
3
365
18
18
31
31
1.95
40256057--40256207
71
2.1
72
91
2
243
23
16
29
30
1.96
40263467--40263690
104
2.2
104
93
1
378
17
19
31
31
1.95
40263609--40263760
71
2.1
72
92
1
252
23
17
29
30
1.97
40267063--40267184
43
2.9
42
82
2
145
30
15
26
27
1.96
40267269--40267315
20
2.3
20
82
7
60
36
2
25
36
1.68
40272067--40272095
13
2.2
13
100
0
58
55
13
0
31
1.39
40277935--40278219
47
6.1
47
94
0
453
33
10
28
28
1.89
40278004--40278125
22
5.3
22
64
24
72
32
13
28
25
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
40278144--40278221
22
3.4
22
68
22
61
33
6
29
30
1.83
40277942--40278265
141
2.3
141
87
2
454
33
10
29
27
1.90
40280635--40280897
40
6.6
40
92
0
427
27
21
28
22
1.99
40283096--40283217
43
2.9
42
86
2
163
29
14
27
28
1.95
40284296--40284331
18
1.9
19
88
5
56
36
25
19
19
1.95
40284314--40284435
39
3.2
39
85
1
174
41
21
22
13
1.88
40289103--40289167
19
3.2
21
73
20
75
40
23
26
10
1.87
40289048--40289184
39
3.5
39
89
1
204
38
22
24
13
1.91
40297871--40297954
31
2.7
31
87
1
116
28
27
15
28
1.96
40297978--40298111
42
3.2
42
96
0
241
33
19
14
32
1.91
40298259--40298328
25
2.8
25
91
4
106
24
24
27
24
2.00
40299138--40299202
27
2.4
27
79
5
69
23
24
16
35
1.95
40299233--40299466
27
8.6
27
79
3
164
30
9
20
39
1.84
40299346--40299502
54
2.9
54
81
3
183
28
12
21
38
1.89
40299346--40299502
81
1.9
81
82
7
194
28
12
21
38
1.89
40299346--40299509
27
6.1
27
79
7
136
27
12
22
37
1.90
40299501--40299676
54
3.3
54
88
1
264
39
6
23
30
1.80
40299501--40299692
81
2.4
81
86
1
260
39
7
22
30
1.81
40299501--40299684
27
6.8
27
83
2
226
39
6
23
30
1.80
40302940--40302978
2
19.5
2
89
0
60
0
43
0
56
0.99
40303305--40303351
20
2.3
20
96
0
85
14
34
29
21
1.93
40308661--40308888
121
1.9
121
85
0
312
35
21
10
33
1.87
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
40310469--40310518
19
2.6
19
96
0
91
42
14
12
32
1.82
40311005--40311134
65
2.0
65
95
3
235
48
25
8
17
1.75
40312695--40312739
23
2.0
23
95
0
81
20
17
17
44
1.87
40314876--40314915
17
2.4
17
87
8
55
40
0
17
42
1.49
40316302--40316358
29
1.9
30
92
3
98
24
14
12
49
1.77
40316297--40316445
58
2.6
57
77
5
138
20
18
10
51
1.75
40316303--40316451
29
5.2
29
77
4
86
18
16
10
55
1.69
40330187--40330234
23
2.0
24
88
4
71
37
10
25
27
1.88
40335885--40335983
28
3.5
28
85
9
121
28
28
16
27
1.97
40341211--40341434
40
5.7
40
86
6
262
25
27
21
25
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362