genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  177  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58457176--58457233	28	2.1	28	96	0	107	36	3	18	41	1.68
58457269--58457317	25	2.1	22	85	11	62	26	0	4	69	1.06
58463993--58464158	48	3.5	48	78	4	176	23	26	19	30	1.98
58463993--58464207	46	4.6	47	78	8	206	22	26	20	30	1.98
58464024--58464200	94	1.9	93	86	6	250	22	25	20	31	1.98
58469824--58469990	46	3.6	47	81	9	168	28	19	28	23	1.99
58477460--58477631	46	3.7	47	77	13	169	28	18	29	24	1.98
58477559--58477671	46	2.5	44	87	7	147	28	18	29	23	1.98
58482876--58483019	52	2.8	52	86	0	198	21	27	30	20	1.98
58484233--58484333	26	3.9	26	85	3	93	37	20	21	19	1.94
58484248--58484331	26	3.2	26	91	0	132	39	21	20	19	1.93
58485342--58485369	13	2.2	13	100	0	56	14	14	0	71	1.15
58487327--58487357	15	2.1	15	93	0	53	35	12	25	25	1.92
58488680--58488708	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
58497021--58497082	30	2.0	30	87	3	88	50	12	16	20	1.78
58497384--58497427	16	2.8	16	85	0	52	38	6	25	29	1.81
58497565--58497699	58	2.3	58	83	5	166	49	4	0	45	1.22
58503896--58503925	15	2.1	14	93	6	51	56	3	0	40	1.16
58506852--58506894	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
58506860--58506896	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
58506860--58506919	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
58507187--58507222	17	2.1	18	89	5	56	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58518983--58519142	43	3.7	42	76	12	155	30	27	18	23	1.98
58519790--58519836	25	1.9	25	95	4	87	48	21	2	27	1.61
58520281--58520309	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
58525495--58525779	50	5.8	50	83	4	314	29	20	29	21	1.98
58525495--58525736	98	2.4	100	84	4	310	30	20	28	21	1.98
58533324--58533497	45	3.8	45	84	6	192	25	17	29	28	1.97
58535185--58535242	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
58535582--58535888	47	6.6	45	73	13	239	27	20	29	22	1.98
58535586--58535888	94	3.3	92	84	7	348	27	20	30	22	1.98
58541858--58541896	5	7.8	5	82	0	51	74	2	5	17	1.12
58543848--58543948	35	2.9	35	83	4	123	16	12	34	35	1.87
58547563--58547725	43	3.8	43	76	9	163	30	25	19	25	1.98
58547567--58547725	44	3.7	42	74	13	146	30	25	19	25	1.98
58551403--58551480	36	2.2	36	90	0	120	32	25	10	32	1.89
58553746--58553928	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
58553725--58553928	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
58558751--58558933	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
58558730--58558933	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
58566841--58567023	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
58566820--58567023	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
58569059--58569275	40	5.5	40	87	4	289	25	22	28	23	1.99
58581805--58582072	46	5.7	49	78	7	222	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58599424--58599535	59	1.9	59	81	3	136	27	24	11	36	1.90
58600099--58600136	18	2.1	18	90	0	58	36	5	7	50	1.54
58601620--58601678	6	9.8	6	92	0	82	16	22	0	61	1.35
58601620--58601678	18	3.3	18	90	0	91	16	22	0	61	1.35
58601620--58601678	24	2.5	24	97	0	109	16	22	0	61	1.35
58603342--58603462	29	4.2	28	81	4	143	27	32	14	26	1.94
58603342--58603462	57	2.1	57	83	6	147	27	32	14	26	1.94
58603682--58603714	16	2.1	16	94	0	57	15	24	18	42	1.88
58606735--58606772	19	2.1	19	85	5	51	28	15	13	42	1.85
58607884--58607994	29	3.9	28	82	4	123	28	29	15	26	1.96
58607884--58607980	29	3.4	29	84	1	124	29	28	14	26	1.95
58617435--58617710	39	7.1	39	91	0	444	21	25	30	23	1.99
58629048--58629230	48	3.8	47	81	1	186	26	21	29	22	1.99
58638702--58638878	27	6.6	27	83	5	196	29	28	15	27	1.96
58638723--58638877	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	27	1.96
58646683--58646860	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
58646704--58646859	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
58649804--58649988	40	4.6	39	81	6	194	24	22	28	24	2.00
58649804--58649986	79	2.3	81	82	7	214	24	22	27	24	2.00
58649855--58650021	79	2.1	79	79	7	180	26	19	27	26	1.99
58652122--58652221	46	2.1	48	85	9	134	35	21	23	21	1.96
58652122--58652221	24	4.2	24	83	8	109	35	21	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58657437--58657596	42	3.8	42	74	8	110	33	28	16	21	1.95
58657475--58657590	44	2.7	43	80	9	114	33	28	17	20	1.95
58661085--58661217	14	9.3	14	71	10	63	20	1	35	42	1.61
58661123--58661175	22	2.4	22	83	0	70	20	0	30	49	1.50
58661128--58661162	15	2.4	14	86	9	52	22	0	31	45	1.53
58661077--58661168	7	12.9	7	73	13	53	23	1	28	46	1.59
58661138--58661215	22	3.6	22	71	13	63	16	1	41	41	1.57
58662143--58662183	21	2.0	21	90	0	64	29	43	0	26	1.55
58663356--58663427	36	2.0	36	100	0	144	36	11	2	50	1.53
58665009--58665078	31	2.3	31	94	0	122	55	21	8	14	1.65
58665343--58665398	21	2.6	22	83	5	62	5	44	16	33	1.70
58669134--58669168	18	1.9	18	88	11	54	22	28	8	40	1.84
58670962--58671183	9	24.9	9	68	15	88	33	1	18	46	1.58
58670979--58671054	36	2.1	36	90	0	116	34	2	18	44	1.64
58671012--58671176	43	3.5	43	77	19	177	33	0	18	48	1.48
58671082--58671108	13	2.1	13	100	0	54	37	0	11	51	1.37
58671036--58671197	56	3.0	56	90	5	244	34	0	16	48	1.50
58671095--58671189	43	2.2	43	90	3	147	32	1	16	49	1.53
58671348--58671376	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
58671649--58671695	10	5.0	9	80	15	51	51	0	8	40	1.33
58671655--58671709	26	2.1	27	83	10	69	56	0	9	34	1.31
58674585--58674705	58	2.1	59	87	1	172	32	2	42	23	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58674793--58675323	114	4.6	116	84	5	605	39	22	13	24	1.90
58674796--58675321	232	2.3	232	81	6	565	39	22	13	24	1.90
58675728--58675778	14	3.6	15	79	10	54	37	39	0	23	1.55
58675770--58675822	22	2.4	23	81	12	67	45	33	1	18	1.61
58676262--58676302	21	2.0	21	85	0	55	53	26	0	19	1.45
58676357--58676464	38	2.8	40	88	5	159	25	21	22	31	1.98
58676529--58676618	40	2.2	41	84	2	110	23	23	21	32	1.98
58676553--58676652	40	2.5	39	84	9	121	20	21	22	37	1.95
58676565--58676738	81	2.1	82	77	9	178	22	22	18	35	1.96
58678288--58678334	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
58682665--58682797	69	1.9	70	92	1	223	31	13	18	36	1.89
58683572--58683845	40	6.9	39	82	5	309	22	22	27	27	1.99
58683572--58683845	79	3.5	80	84	3	347	22	22	27	27	1.99
58683572--58683866	119	2.5	119	89	0	446	22	22	27	27	1.99
58683833--58683946	39	2.9	39	81	3	122	20	17	25	36	1.94
58686772--58686808	8	4.9	8	87	12	60	51	10	0	37	1.37
58686772--58686808	14	2.5	14	91	8	56	51	10	0	37	1.37
58688281--58688438	44	3.7	43	73	10	135	31	26	19	22	1.98
58693302--58693377	22	3.3	23	80	14	102	36	19	23	19	1.95
58693302--58693377	24	3.3	22	83	10	100	36	19	23	19	1.95
58693302--58693402	46	2.1	48	87	8	145	36	19	21	21	1.95
58705380--58705493	29	3.9	29	86	5	151	28	14	29	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58710247--58710355	37	2.9	37	94	0	182	26	30	18	24	1.98
58710506--58710602	50	1.9	50	89	4	151	29	25	8	36	1.85
58710560--58710846	47	6.1	47	91	1	398	26	29	11	32	1.91
58710674--58710847	25	7.3	25	61	18	75	28	28	9	32	1.89
58716502--58716595	27	3.4	27	82	7	109	36	22	24	17	1.95
58720019--58720167	37	4.0	37	92	0	235	27	33	17	21	1.96
58720333--58720612	47	6.0	47	92	0	443	26	29	11	32	1.91
58720418--58720540	22	5.3	22	64	27	67	25	30	13	31	1.93
58720440--58720613	25	7.3	25	61	18	75	28	28	9	32	1.89
58724619--58724930	40	7.8	40	90	0	426	25	27	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362