genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63258712--63258792	22	3.7	22	75	16	87	38	3	19	38	1.70
63258698--63258795	45	2.2	45	98	0	187	34	5	22	37	1.76
63259490--63259674	40	4.7	40	82	6	216	24	22	28	25	1.99
63259543--63259707	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
63265378--63265559	40	4.6	40	88	2	260	24	22	25	27	2.00
63267126--63267318	40	4.9	40	89	1	291	23	27	20	27	1.99
63267113--63267318	79	2.6	80	85	3	292	23	27	20	27	1.99
63275139--63275332	40	4.9	40	89	0	282	23	27	22	26	1.99
63275113--63275332	80	2.8	80	84	6	288	22	27	22	27	1.99
63279768--63279893	62	2.0	62	93	0	216	35	15	19	28	1.93
63283826--63283929	52	2.0	52	92	0	172	35	15	3	45	1.64
63286390--63286414	8	3.1	8	100	0	50	12	0	12	76	1.04
63291274--63291411	42	3.2	43	73	9	122	32	23	17	26	1.96
63291286--63291412	44	3.0	42	79	6	112	33	24	16	25	1.96
63297330--63297533	27	7.6	26	83	6	203	29	28	15	26	1.96
63305396--63305599	27	7.6	27	86	4	250	29	27	15	26	1.96
63319786--63320155	42	8.8	42	86	0	490	32	24	19	24	1.98
63325458--63325718	47	5.6	47	94	0	396	33	12	27	26	1.92
63325498--63325572	24	3.2	24	62	24	59	28	13	32	26	1.94
63325475--63325548	23	3.2	23	62	24	55	28	10	29	31	1.91
63325640--63325715	22	3.3	22	66	28	59	35	13	27	23	1.92
63328380--63328614	50	4.7	50	76	8	237	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63328385--63328565	100	1.8	101	88	1	283	27	19	24	29	1.98
63328380--63328660	150	1.9	150	85	3	395	26	18	25	29	1.98
63339257--63339347	47	1.9	47	97	0	173	24	6	24	45	1.77
63345670--63345704	17	2.0	18	88	5	54	20	40	25	14	1.90
63348693--63348877	50	3.7	50	83	1	228	28	25	18	26	1.98
63348693--63348877	101	1.8	99	87	2	271	28	25	18	26	1.98
63354583--63354739	43	3.7	43	74	16	148	28	27	19	24	1.99
63357599--63357661	26	2.5	26	85	12	80	30	20	14	34	1.92
63360611--63360753	46	3.1	45	72	18	125	30	27	19	23	1.98
63368486--63368569	41	2.0	41	95	0	150	39	19	13	28	1.89
63376867--63376965	50	2.0	49	86	2	135	32	17	26	24	1.97
63377106--63377298	29	6.5	29	68	14	106	37	8	24	29	1.86
63377113--63377269	60	2.6	60	84	2	199	35	9	24	30	1.88
63377175--63377448	89	3.1	87	82	3	318	35	12	23	28	1.91
63378239--63378297	29	2.0	29	96	0	109	59	15	13	11	1.62
63383371--63383475	44	2.4	44	80	6	113	47	25	16	10	1.78
63383399--63383475	24	3.4	23	72	20	72	48	25	16	9	1.76
63387220--63387265	22	2.1	22	100	0	92	26	39	23	10	1.88
63388736--63388805	28	2.5	28	86	11	92	30	27	14	28	1.95
63396489--63396559	28	2.5	28	88	8	101	30	26	14	28	1.95
63401023--63401051	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
63402225--63402309	43	2.0	43	81	9	102	25	18	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63409262--63409290	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
63424189--63424234	23	2.0	23	100	0	92	60	13	13	13	1.59
63450740--63450764	13	1.9	13	100	0	50	40	4	24	32	1.73
63451892--63451997	44	2.4	43	73	13	108	24	16	27	31	1.97
63452544--63452651	53	2.0	53	98	0	207	33	9	15	41	1.79
63461463--63461576	27	4.2	26	76	6	93	39	19	18	22	1.92
63461714--63461809	24	4.0	24	89	4	131	27	22	21	28	1.99
63461867--63461919	9	5.4	9	75	16	52	37	20	7	33	1.81
63461859--63461925	20	3.3	20	89	0	107	34	20	10	34	1.87
63461859--63461915	11	5.5	11	74	16	59	35	19	10	35	1.86
63469751--63469845	24	4.0	24	91	2	156	27	18	24	29	1.98
63469751--63469845	47	2.0	48	91	2	156	27	18	24	29	1.98
63469895--63469933	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
63469896--63469940	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
63469977--63470024	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
63477708--63477763	15	3.7	15	74	9	60	58	12	14	14	1.63
63477708--63477767	30	2.0	30	83	6	77	56	16	13	13	1.67
63483890--63484094	27	7.6	27	85	3	214	29	29	14	26	1.95
63483890--63484093	54	3.8	54	84	3	257	29	29	14	25	1.95
63492057--63492261	27	7.6	27	85	3	205	29	29	15	26	1.96
63492057--63492260	54	3.8	54	84	3	257	29	29	15	25	1.96
63492111--63492260	81	1.9	81	88	0	228	27	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63495539--63495669	43	3.0	43	86	2	181	45	2	24	27	1.65
63511355--63511383	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
63519372--63519475	42	2.4	44	79	9	117	25	18	24	32	1.97
63520996--63521066	28	2.5	28	76	0	70	33	19	19	26	1.96
63521251--63521307	23	2.5	23	88	2	80	21	21	17	40	1.92
63521270--63521315	23	2.0	23	86	0	65	23	21	17	36	1.94
63521447--63521509	33	1.9	33	86	0	90	26	25	23	23	2.00
63526873--63527093	39	5.7	40	81	8	222	25	28	21	25	1.99
63526873--63527093	79	2.9	76	81	6	248	25	28	21	25	1.99
63527025--63527102	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
63527222--63527251	13	2.3	13	100	0	60	36	16	10	36	1.82
63534709--63534932	40	5.7	40	82	5	240	26	27	20	25	1.99
63534709--63534932	79	2.8	79	82	4	272	26	27	20	25	1.99
63548875--63548939	31	2.1	31	85	5	87	47	4	7	40	1.53
63549961--63550152	56	3.4	56	86	2	262	26	13	22	37	1.91
63554824--63554854	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
63554821--63554860	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
63555058--63555301	55	4.6	54	80	8	245	22	24	18	34	1.96
63559815--63560026	48	4.4	48	85	0	262	30	23	26	19	1.98
63559815--63559989	96	1.8	96	92	0	296	28	24	27	20	1.99
63569975--63570189	46	4.7	44	74	12	157	26	29	16	27	1.97
63575269--63575375	52	2.1	52	90	0	169	35	27	10	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63576427--63576469	22	2.0	22	85	0	59	27	25	34	11	1.91
63577673--63577892	46	4.8	43	72	11	147	22	28	19	29	1.98
63580820--63581004	48	3.9	48	86	0	226	24	18	30	26	1.98
63582012--63582076	21	3.1	21	86	0	94	12	38	27	21	1.89
63584068--63584158	42	2.2	40	84	3	110	32	20	5	40	1.76
63586279--63586324	23	2.0	23	100	0	92	30	4	26	39	1.75
63588677--63588707	15	2.1	15	93	0	53	19	19	38	22	1.93
63599809--63600059	40	6.3	40	87	5	312	22	20	27	29	1.98
63606067--63606116	17	3.1	15	86	13	64	16	4	0	80	0.87
63606069--63606116	6	8.5	6	84	6	57	14	4	0	81	0.84
63606067--63606116	22	2.3	22	89	6	75	16	4	0	80	0.87
63606680--63606747	34	2.0	34	100	0	136	35	11	20	32	1.89
63610328--63610549	64	3.4	65	72	13	177	25	29	13	30	1.94
63618116--63618335	64	3.4	64	78	10	225	24	28	15	30	1.96
63622799--63623020	64	3.4	65	77	9	227	24	29	15	31	1.95
63622897--63623048	68	2.3	68	80	8	163	26	30	14	28	1.95
63630145--63630240	6	16.0	6	84	10	117	17	2	0	80	0.81
63630150--63630234	36	2.2	40	87	10	133	17	1	0	81	0.76
63637898--63638088	40	4.8	40	90	3	174	27	27	20	24	1.99
63637869--63638087	80	2.8	79	80	5	203	28	26	20	23	1.99
63637942--63638087	40	3.7	40	93	2	224	28	26	20	23	1.99
63645202--63645393	40	4.8	40	90	3	192	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63648317--63648369	21	2.5	21	96	0	97	11	32	41	15	1.82
63650196--63650342	71	2.1	71	97	0	276	32	16	4	46	1.65
63653119--63653143	13	1.9	13	100	0	50	8	48	20	24	1.76
63654651--63654703	23	2.3	24	93	6	92	37	13	7	41	1.72
63657582--63657719	43	3.2	43	75	11	122	29	18	23	28	1.97
63661498--63661665	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
63661521--63661665	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
63669514--63669653	40	3.5	40	82	1	149	25	27	24	23	2.00
63675587--63675646	31	1.9	31	86	0	84	33	3	8	55	1.47
63681703--63681851	46	3.2	46	81	11	162	20	30	20	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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