genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26392095--26392162	25	2.7	25	91	8	120	22	25	29	23	1.99
26392207--26392245	10	3.8	10	93	6	69	30	17	17	33	1.94
26392207--26392246	21	1.9	21	100	0	80	30	17	17	35	1.93
26392286--26392336	25	2.0	25	84	0	66	29	19	21	29	1.98
26396563--26396610	23	2.0	25	84	8	64	20	18	14	45	1.85
26396681--26396938	55	4.8	54	74	8	181	21	24	17	36	1.94
26399254--26399319	32	2.1	32	94	0	114	18	21	30	30	1.97
26401156--26401208	27	2.0	27	81	7	63	54	5	11	28	1.58
26402378--26402431	25	2.2	24	78	18	58	29	3	18	48	1.65
26403165--26403203	13	3.0	13	96	0	69	23	25	28	23	1.99
26406927--26406964	14	2.6	15	83	8	51	34	5	0	60	1.19
26416233--26416304	35	2.1	35	100	0	144	13	27	33	25	1.94
26421229--26421263	14	2.5	14	90	0	52	34	5	0	60	1.21
26431287--26431370	44	1.9	44	82	4	107	36	11	25	26	1.90
26431510--26431631	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
26431610--26431806	54	3.6	54	83	4	245	35	17	24	22	1.95
26431610--26431818	53	3.9	53	82	5	231	35	17	24	22	1.95
26433763--26433826	20	3.2	20	73	4	74	12	32	18	35	1.89
26433746--26433902	41	3.8	41	87	0	215	17	28	18	35	1.93
26433783--26433850	21	3.3	21	68	4	66	16	30	19	33	1.93
26433745--26433915	82	2.1	82	88	0	252	17	28	18	36	1.93
26434700--26434724	13	1.9	13	100	0	50	8	20	40	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26438749--26438783	17	1.9	19	88	11	56	11	37	0	51	1.38
26440801--26441129	27	12.2	27	81	5	346	26	21	10	41	1.86
26441134--26441328	27	7.2	27	81	2	212	36	18	18	26	1.94
26441134--26441330	54	3.6	54	86	2	270	37	18	18	25	1.94
26441531--26441609	27	2.9	27	86	3	97	20	22	22	34	1.97
26441924--26441989	27	2.4	26	82	9	71	21	21	19	37	1.94
26442137--26442231	6	15.8	6	83	12	124	18	16	14	49	1.80
26442146--26442231	24	3.6	24	93	3	138	18	17	15	48	1.81
26442116--26442214	30	3.3	30	92	1	162	19	17	16	47	1.83
26444247--26444596	54	6.5	54	83	3	418	27	20	10	41	1.84
26444256--26444575	81	4.0	81	83	3	376	27	20	10	42	1.84
26444247--26444601	27	13.2	26	83	7	331	27	20	10	41	1.84
26444606--26444801	27	7.3	27	86	0	257	35	19	19	25	1.96
26445000--26445082	27	3.1	26	87	5	112	19	20	21	38	1.93
26445170--26445228	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
26445609--26445752	6	23.8	6	77	14	145	20	16	13	49	1.79
26445584--26445729	67	2.2	67	96	0	265	20	18	14	46	1.84
26445584--26445773	30	6.1	30	80	10	177	20	17	14	47	1.82
26446787--26446827	21	2.0	21	90	9	66	51	0	41	7	1.30
26447325--26447635	132	2.4	126	79	4	309	31	23	17	27	1.97
26459203--26459385	40	4.6	40	92	1	296	24	28	24	23	2.00
26459203--26459385	79	2.3	80	92	0	296	24	28	24	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26459203--26459426	40	5.6	39	87	4	265	24	28	23	23	1.99
26459203--26459427	79	2.8	79	86	6	278	24	28	23	23	2.00
26467295--26467515	48	4.7	48	83	2	279	28	25	19	27	1.99
26467499--26467583	37	2.3	37	89	0	125	24	23	20	31	1.98
26470002--26470177	48	3.7	48	85	1	210	26	18	28	26	1.98
26470004--26470177	96	1.8	96	84	2	242	26	18	28	27	1.98
26470104--26470212	42	2.4	45	83	8	125	26	13	27	32	1.94
26472616--26472840	40	5.6	40	82	2	272	25	24	26	23	2.00
26472616--26472876	80	3.3	80	81	3	285	26	24	26	23	2.00
26483054--26483088	18	1.9	18	94	0	61	31	20	0	48	1.50
26483321--26483404	41	2.0	42	95	2	152	39	14	4	41	1.67
26487193--26487505	27	11.6	27	87	0	428	39	21	9	30	1.84
26487193--26487560	54	6.8	54	84	3	420	38	21	9	30	1.85
26487193--26487567	81	4.6	80	82	4	401	38	21	9	30	1.85
26487193--26487560	27	13.6	27	81	5	336	38	21	9	30	1.85
26487597--26488142	27	20.3	27	90	0	783	32	20	22	24	1.98
26488569--26488633	22	3.0	22	80	8	78	21	21	23	33	1.97
26488792--26488893	27	3.8	27	84	5	98	18	22	21	37	1.94
26488792--26488893	54	1.9	53	83	2	132	18	22	21	37	1.94
26489029--26489137	31	3.5	31	82	5	130	20	15	11	52	1.74
26499819--26500066	57	4.3	56	74	9	196	34	15	20	29	1.93
26499820--26500136	57	5.5	59	72	11	194	34	15	19	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26499880--26500134	116	2.2	116	88	2	388	34	16	19	30	1.93
26503275--26503326	24	2.2	24	92	0	86	32	3	7	55	1.46
26513329--26513357	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
26514595--26514673	20	4.0	20	77	12	81	40	17	27	13	1.88
26517729--26517768	18	2.2	18	100	0	80	35	5	20	40	1.74
26517901--26518015	43	2.7	41	75	13	108	32	13	24	30	1.93
26525224--26525352	47	2.8	46	80	13	147	28	17	28	24	1.98
26528469--26528550	42	1.9	43	87	2	121	25	13	29	31	1.94
26539155--26539379	40	5.7	40	83	5	260	24	20	28	26	1.99
26539155--26539359	79	2.6	80	80	7	229	24	20	28	25	1.99
26539155--26539412	80	3.2	80	78	7	197	25	20	28	25	1.99
26545070--26545101	13	2.4	14	94	5	57	15	18	21	43	1.87
26548053--26548230	27	6.6	27	83	3	187	29	28	15	26	1.96
26548053--26548230	54	3.3	54	84	3	223	29	28	15	26	1.96
26548074--26548229	81	1.9	82	86	3	226	29	28	15	26	1.96
26554397--26554455	25	2.4	25	83	11	68	66	1	10	22	1.31
26558364--26558452	29	3.1	29	83	1	99	25	14	29	30	1.95
26562865--26562957	29	3.2	29	89	1	143	22	13	33	30	1.93
26570210--26570266	25	2.3	25	78	6	62	35	17	24	22	1.95
26573006--26573075	27	2.6	27	90	0	113	38	22	8	30	1.84
26573058--26573415	27	13.3	27	84	0	421	37	18	18	25	1.94
26573619--26573691	25	3.0	24	78	13	69	30	23	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26575857--26575923	27	2.5	27	87	0	98	38	22	8	29	1.85
26575906--26576253	27	13.2	27	77	7	340	37	16	18	26	1.93
26575879--26576135	54	4.8	54	87	1	275	38	17	17	27	1.91
26576092--26576180	45	2.0	45	95	0	160	39	16	17	25	1.91
26576064--26576199	72	1.9	72	85	0	191	39	16	17	26	1.90
26576037--26576227	99	1.9	99	88	2	285	37	17	18	26	1.93
26576010--26576255	126	2.0	126	85	0	330	37	17	19	26	1.93
26576458--26576530	25	3.0	24	78	13	69	30	23	21	24	1.99
26582039--26582065	8	3.4	8	100	0	54	22	33	14	29	1.94
26592328--26592388	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
26597586--26597768	86	2.1	86	91	0	303	26	31	19	21	1.98
26597586--26597768	43	4.3	43	86	5	253	26	31	19	21	1.98
26598934--26598977	22	2.0	22	86	0	61	56	0	0	43	0.99
26599482--26599543	29	2.1	30	93	3	108	46	12	9	30	1.74
26604539--26604645	7	15.1	7	67	16	51	36	42	0	20	1.52
26604888--26605055	41	4.1	41	86	3	221	20	21	22	35	1.96
26606012--26606074	31	2.1	31	88	8	94	25	3	11	60	1.45
26609748--26609944	42	4.7	42	76	5	166	30	16	23	28	1.96
26623133--26623184	25	2.1	24	89	3	77	19	23	19	38	1.93
26628991--26629031	21	2.0	21	90	9	66	39	21	7	31	1.81
26635851--26635875	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
26640861--26640924	32	2.0	32	100	0	128	34	18	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26642154--26642223	35	2.0	34	94	2	122	40	5	18	35	1.75
26663387--26663444	30	1.9	31	86	10	84	37	5	24	32	1.77
26663742--26663795	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
26664049--26664286	49	4.8	50	82	2	264	26	18	25	29	1.98
26664049--26664286	99	2.4	100	82	2	282	26	18	25	29	1.98
26664045--26664319	150	1.8	150	85	4	385	26	18	25	29	1.98
26667691--26667722	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
26667922--26668315	50	7.9	50	73	8	309	30	24	17	26	1.97
26667974--26668158	101	1.8	101	86	0	271	30	24	17	26	1.97
26667933--26668315	151	2.5	151	91	0	608	31	25	17	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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