genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34581739--34581768	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
34581751--34581816	27	2.4	27	80	14	66	53	1	1	43	1.19
34602010--34602034	12	2.1	12	100	0	50	0	8	8	84	0.79
34603108--34603150	18	2.3	18	92	4	68	39	2	11	46	1.53
34605217--34605294	33	2.4	32	80	6	84	32	16	24	26	1.96
34607769--34607946	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
34607769--34607946	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
34607790--34607945	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
34616036--34616213	27	6.6	27	83	3	124	29	28	15	26	1.96
34616036--34616213	54	3.3	54	84	3	214	29	28	15	26	1.96
34622184--34622381	38	5.2	38	87	3	231	21	22	25	30	1.99
34622184--34622381	76	2.6	75	87	4	263	21	22	25	30	1.99
34622374--34622546	45	3.9	45	77	8	158	24	21	27	26	1.99
34628916--34629093	40	4.5	40	88	2	252	24	28	23	24	2.00
34636898--34637060	40	4.1	40	90	1	247	23	28	24	23	2.00
34642018--34642156	43	3.3	43	78	11	151	27	24	19	28	1.98
34644925--34644967	21	2.0	21	100	0	86	32	27	13	25	1.94
34646655--34646761	52	2.1	52	96	0	196	47	9	3	39	1.54
34646810--34646868	27	2.2	27	93	0	100	44	5	11	38	1.63
34647946--34648181	134	1.8	127	87	6	346	47	9	4	38	1.55
34665792--34665860	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
34665783--34665870	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34665782--34665885	45	2.3	45	77	11	113	10	16	16	56	1.66
34668252--34668433	46	3.8	46	77	12	195	21	20	28	29	1.98
34670634--34670702	31	2.2	32	92	2	113	36	5	2	55	1.39
34674984--34675096	40	2.8	40	87	2	156	27	20	23	28	1.99
34677751--34677809	29	2.1	28	81	15	68	59	5	5	30	1.41
34680217--34680305	45	2.0	45	84	4	117	28	25	15	30	1.96
34681113--34681213	53	1.9	53	87	0	148	14	29	17	37	1.90
34686869--34687087	46	4.7	46	84	7	291	22	19	27	31	1.98
34694937--34694986	20	2.5	20	96	0	91	48	4	20	28	1.67
34697556--34697596	21	2.0	21	90	9	66	43	4	2	48	1.37
34698843--34698900	20	2.9	19	73	16	55	67	1	5	25	1.21
34699268--34699319	24	2.1	26	82	13	65	44	0	15	40	1.46
34704267--34704443	46	3.8	47	79	13	188	29	27	20	22	1.98
34704274--34704443	93	1.8	93	92	2	288	29	27	20	22	1.98
34706349--34706507	27	5.9	27	82	10	182	34	22	23	18	1.96
34706349--34706507	54	3.0	54	88	2	232	34	22	23	18	1.96
34706873--34706950	27	2.9	26	86	7	111	34	23	24	17	1.96
34706430--34707316	443	2.0	443	98	0	1729	32	22	16	28	1.96
34708572--34708679	26	4.2	26	93	0	189	35	24	8	32	1.85
34713305--34713411	28	3.8	28	87	0	142	33	9	25	31	1.88
34721391--34721496	27	4.0	26	89	6	131	33	22	24	18	1.97
34723116--34723222	26	4.2	26	92	1	162	36	24	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34729736--34729784	25	2.0	25	83	0	62	51	0	24	24	1.49
34730189--34730236	23	2.1	23	92	0	78	45	18	8	27	1.78
34741050--34741215	40	4.2	40	89	2	228	24	21	26	28	1.99
34744247--34744300	24	2.2	24	84	12	67	16	16	38	27	1.90
34756116--34756140	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
34757444--34757608	40	4.2	40	92	1	262	23	21	27	27	1.99
34757444--34757608	79	2.1	79	90	2	260	23	21	27	27	1.99
34760606--34760776	93	1.8	93	93	2	299	28	28	21	21	1.99
34760598--34760773	46	3.8	46	80	14	209	28	28	21	21	1.98
34762325--34762392	33	2.1	33	100	0	136	30	26	8	33	1.87
34766852--34766932	38	2.1	38	97	0	153	27	18	19	34	1.95
34779135--34779222	45	2.0	45	97	0	167	38	25	12	23	1.90
34779135--34779201	21	3.0	21	66	26	57	38	25	11	23	1.89
34779151--34779227	21	3.5	21	70	16	66	38	25	12	22	1.90
34804176--34804351	46	3.8	46	80	10	214	21	21	28	28	1.98
34804173--34804344	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
34807260--34807328	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
34807251--34807338	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
34809711--34809886	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
34809707--34809878	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
34812308--34812357	21	2.4	21	96	0	91	28	12	26	34	1.92
34819900--34820053	40	3.8	40	93	0	263	25	25	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34828006--34828186	40	4.6	40	86	2	240	27	25	22	24	2.00
34832043--34832118	21	3.5	21	68	18	57	39	25	13	22	1.90
34841089--34841176	45	2.0	45	93	0	149	25	13	23	37	1.92
34842593--34842763	93	1.8	93	92	2	290	30	29	19	20	1.97
34842585--34842760	46	3.8	46	79	14	200	31	29	18	20	1.97
34845118--34845185	30	2.3	30	94	0	118	25	32	20	22	1.98
34847001--34847378	48	7.8	48	91	4	614	36	5	26	31	1.80
34847001--34847394	148	2.7	145	87	5	587	35	5	26	31	1.80
34847525--34847596	37	1.9	37	88	0	108	23	19	29	27	1.98
34848852--34849237	40	9.7	40	90	0	576	23	20	28	27	1.99
34849413--34849463	25	2.0	25	84	0	66	35	13	29	21	1.92
34849448--34849550	28	3.6	28	77	11	86	24	14	31	30	1.95
34851842--34852219	48	7.8	48	90	4	605	36	5	25	31	1.80
34851842--34852216	148	2.5	148	91	3	607	36	5	25	31	1.80
34852366--34852473	37	2.9	37	92	0	171	25	19	30	25	1.98
34853732--34854118	40	9.7	40	90	1	578	23	21	28	27	1.99
34854294--34854344	25	2.0	25	84	0	66	33	13	29	23	1.93
34854332--34854431	28	3.6	27	77	8	83	24	17	29	30	1.97
34856722--34857003	48	5.8	48	88	6	431	35	5	26	31	1.80
34856722--34857000	148	1.9	150	92	3	474	35	5	26	31	1.80
34856722--34857003	100	2.9	97	91	5	451	35	5	26	31	1.80
34857150--34857258	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34858929--34859032	52	2.0	52	83	3	129	33	32	14	19	1.92
34865908--34865936	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
34867912--34868041	55	2.4	55	81	0	143	16	29	27	26	1.97
34878415--34878515	37	2.7	37	92	0	166	23	33	18	23	1.97
34878648--34878938	48	6.1	48	93	0	465	31	28	6	33	1.83
34881447--34881514	30	2.3	30	100	0	136	20	32	2	44	1.67
34884872--34884993	29	4.3	28	77	13	108	27	13	34	24	1.93
34889168--34889345	27	6.6	27	82	3	115	29	28	15	26	1.96
34889189--34889344	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
34889168--34889344	54	3.3	54	81	6	205	29	28	15	26	1.96
34897243--34897420	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
34897264--34897419	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
34903520--34903553	16	2.2	15	94	5	59	50	23	17	8	1.74
34903826--34903895	28	2.4	30	84	13	94	27	14	35	22	1.93
34904358--34904431	22	3.1	22	71	17	76	37	10	16	35	1.83
34906431--34906495	29	2.2	29	83	0	85	32	16	27	23	1.96
34907052--34907219	40	4.2	40	80	3	126	19	26	20	33	1.96
34907157--34907253	20	4.9	19	70	12	70	15	26	21	36	1.93
34907120--34907253	40	3.4	40	78	10	141	16	26	21	35	1.95
34909156--34909297	48	3.0	48	87	0	212	21	17	30	30	1.96
34918197--34918361	45	3.6	46	76	7	156	28	21	26	23	1.99
34918195--34918392	45	4.3	44	75	6	128	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34932361--34932592	48	4.8	48	77	3	207	32	15	23	28	1.95
34932362--34932591	96	2.4	96	77	1	237	33	16	23	27	1.95
34939015--34939160	37	3.9	37	97	0	256	26	31	19	23	1.98
34939367--34939560	47	4.1	47	88	1	264	26	28	11	33	1.91
34943627--34944008	40	9.6	40	88	0	512	26	27	21	24	1.99
34945285--34945428	37	3.9	37	96	0	254	25	31	19	24	1.98
34945635--34945828	47	4.1	47	89	0	262	26	28	11	34	1.91
34949523--34949581	19	3.3	18	71	20	52	52	11	1	33	1.48
34968740--34968939	50	4.0	50	77	6	199	25	19	25	30	1.98
34968743--34968939	101	2.0	100	90	1	313	24	19	25	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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