genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  218  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73624559--73624584	12	2.2	12	100	0	52	53	30	0	15	1.42
73627103--73627339	39	6.1	39	91	0	393	21	24	30	24	1.99
73636352--73636532	40	4.6	40	84	8	203	24	24	26	24	2.00
73636391--73636568	80	2.3	80	81	4	193	24	24	26	23	2.00
73644418--73644602	40	4.6	39	88	4	235	24	24	26	24	2.00
73644420--73644572	81	1.9	81	89	5	238	24	24	26	25	2.00
73646413--73646476	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
73646583--73646663	27	2.9	27	78	7	83	20	20	23	34	1.97
73648647--73648702	22	2.6	22	80	8	71	55	3	0	41	1.17
73650589--73650671	15	5.4	15	68	20	55	30	2	8	59	1.40
73654013--73654070	29	2.0	29	89	0	89	27	32	6	32	1.83
73654517--73654673	43	3.7	43	83	7	203	31	27	18	22	1.97
73662091--73662193	42	2.4	43	83	3	118	33	21	17	27	1.96
73664213--73664338	44	2.8	45	75	10	123	23	30	20	25	1.98
73664215--73664427	47	4.6	44	77	8	167	23	29	19	27	1.98
73670643--73670951	47	6.6	47	74	11	217	23	28	18	28	1.98
73670742--73670951	94	2.3	93	81	7	241	23	30	19	27	1.98
73674588--73674657	25	2.8	25	84	0	95	28	22	21	27	1.99
73677691--73677738	24	2.0	25	83	4	62	35	4	14	45	1.64
73679229--73679286	30	1.9	30	100	0	116	39	8	17	34	1.80
73680108--73680212	25	4.4	25	84	12	130	27	24	16	31	1.96
73680165--73680208	22	2.0	22	100	0	88	31	27	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73682718--73682776	30	2.0	29	90	3	91	33	35	5	25	1.78
73683974--73684103	48	2.7	48	84	2	145	26	20	23	29	1.99
73684009--73684240	48	4.9	48	72	13	174	25	20	25	27	1.99
73687887--73687976	45	2.0	45	95	0	162	41	10	23	25	1.85
73690553--73690765	46	4.7	44	77	13	177	26	18	31	23	1.97
73702037--73702114	37	2.1	36	86	6	104	25	30	17	25	1.97
73702233--73702692	47	9.7	47	93	2	762	29	29	8	32	1.87
73702233--73702692	186	2.4	187	93	2	760	29	29	8	32	1.87
73702233--73702692	139	3.3	139	93	2	726	29	29	8	32	1.87
73714388--73714503	43	2.7	43	85	4	137	21	14	32	31	1.93
73714418--73714503	43	2.0	43	93	0	145	23	17	30	29	1.97
73716444--73716487	23	1.9	23	85	0	61	36	6	11	45	1.67
73718812--73718959	48	3.1	48	92	0	242	37	8	24	29	1.84
73722026--73722105	35	2.5	31	84	12	90	35	6	13	45	1.69
73722312--73722349	17	2.2	18	90	4	60	21	10	21	47	1.80
73722344--73722424	36	2.2	36	82	4	92	28	2	22	46	1.64
73722357--73722462	18	5.9	18	76	2	97	29	0	22	47	1.58
73722363--73722462	36	2.8	36	89	0	146	28	1	23	48	1.58
73733576--73733727	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
73733576--73733727	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
73749306--73749353	25	2.0	24	88	8	71	60	8	12	18	1.57
73753081--73753253	46	3.8	45	77	10	188	28	30	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73756639--73756728	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
73756834--73756895	28	2.2	28	94	0	106	30	9	29	30	1.89
73762464--73762552	42	2.1	42	83	4	108	31	14	20	33	1.93
73762561--73762655	41	2.3	43	78	7	106	28	12	28	30	1.93
73765235--73765439	42	4.9	42	90	0	275	31	27	17	23	1.97
73768575--73768599	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
73768572--73768640	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
73770525--73770844	64	5.0	64	92	0	532	37	14	16	30	1.89
73773033--73773066	16	2.1	16	100	0	68	29	14	23	32	1.94
73776645--73776872	120	1.9	119	83	7	293	48	4	10	35	1.60
73778386--73778725	27	12.8	27	73	13	242	32	10	17	38	1.85
73779562--73779598	17	2.2	17	100	0	74	45	18	0	35	1.50
73790975--73791152	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
73790975--73791152	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
73790996--73791151	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
73798406--73798530	67	1.9	67	85	4	166	29	17	30	22	1.97
73806424--73806551	58	2.2	58	80	4	152	32	14	21	32	1.93
73813127--73813294	24	7.0	23	74	14	108	33	20	22	23	1.97
73849882--73849921	17	2.4	17	86	0	53	40	15	27	17	1.89
73853118--73853191	28	2.6	29	86	2	96	17	5	31	45	1.71
73855361--73855537	27	6.6	26	80	5	115	28	28	16	26	1.97
73855381--73855536	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73855361--73855537	55	3.3	55	79	9	202	28	28	16	26	1.97
73855381--73855536	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
73863471--73863647	27	6.6	26	80	5	115	28	28	16	26	1.97
73863491--73863646	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
73863471--73863647	55	3.3	55	79	9	202	28	28	16	26	1.97
73863491--73863646	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
73870500--73870672	46	3.7	46	78	11	183	23	19	26	30	1.98
73870897--73870934	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
73879147--73879242	34	2.9	32	81	10	104	25	22	25	27	2.00
73882366--73882418	27	2.0	27	96	0	97	30	30	9	30	1.89
73884414--73884569	43	3.7	42	73	9	147	25	19	24	30	1.98
73892097--73892251	43	3.6	43	78	12	167	23	18	27	31	1.97
73896908--73896998	40	2.3	40	86	0	119	25	27	23	24	2.00
73906444--73906501	25	2.2	25	85	11	73	20	25	18	34	1.96
73906444--73906516	27	2.8	26	81	10	78	19	24	20	35	1.95
73911177--73911220	23	1.9	23	81	9	54	34	0	27	38	1.57
73912108--73912166	30	2.0	30	96	0	109	30	37	22	10	1.87
73913248--73913318	20	3.5	20	80	3	81	39	15	11	33	1.83
73913278--73913437	79	2.0	79	93	0	275	36	15	13	35	1.86
73913583--73913646	22	2.8	23	83	9	87	32	21	26	18	1.97
73913565--73913646	23	3.6	22	79	8	67	35	18	23	23	1.96
73913839--73913894	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73920320--73920395	25	3.0	25	82	0	98	40	22	13	23	1.89
73920375--73920415	20	2.0	20	90	0	64	46	17	14	21	1.84
73925195--73925272	14	5.4	14	80	7	77	58	14	16	10	1.62
73925195--73925281	29	3.0	29	81	6	104	57	16	16	10	1.65
73929730--73929754	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
73935054--73935132	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73935250--73935662	47	8.7	47	98	1	772	29	30	8	31	1.88
73939177--73939452	40	6.9	40	87	0	356	25	28	22	24	1.99
73939177--73939531	80	4.4	80	84	3	387	25	28	22	24	1.99
73939196--73939533	120	2.8	119	84	3	385	25	28	22	23	2.00
73939192--73939531	40	8.5	39	82	6	335	24	28	22	24	2.00
73939837--73939915	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
73939897--73939999	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
73941861--73941939	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
73942057--73942419	47	7.7	47	98	1	683	29	30	8	31	1.88
73949571--73949688	28	4.1	29	80	10	118	27	28	14	28	1.95
73949902--73949963	8	7.8	8	70	0	52	9	19	22	48	1.78
73949902--73949960	16	3.7	16	86	0	91	10	18	20	50	1.75
73950562--73950721	52	3.1	51	77	8	169	31	25	16	26	1.97
73957527--73957557	8	3.8	8	95	4	53	35	0	16	48	1.46
73957745--73957800	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
73960523--73960789	46	5.8	46	70	9	166	24	19	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73960519--73960784	93	2.9	92	86	2	354	24	19	25	30	1.98
73963773--73963909	57	2.4	57	80	6	134	28	24	18	29	1.98
73965484--73965508	11	2.3	11	100	0	50	36	28	16	20	1.93
73968627--73968651	10	2.5	10	100	0	50	16	32	32	20	1.94
73969073--73969106	16	2.0	17	88	11	52	26	29	38	5	1.80
73969361--73969412	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73976190--73976241	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
73976280--73976339	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
73987836--73987958	43	2.9	43	92	0	192	24	27	19	28	1.99
73990151--73990210	27	2.3	26	82	2	66	36	20	20	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362