genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31325783--31325862	34	2.4	34	81	6	92	26	10	23	40	1.86
31335661--31335714	2	27.0	2	96	0	99	48	50	1	0	1.11
31337161--31337193	17	1.9	17	100	0	66	48	6	12	33	1.65
31337235--31337330	50	2.0	48	91	4	156	54	10	5	30	1.56
31339011--31339082	18	3.9	19	77	14	71	11	19	0	69	1.18
31339013--31339082	37	1.9	37	83	13	92	11	18	0	70	1.17
31340982--31341014	17	1.9	17	100	0	66	48	6	12	33	1.65
31341056--31341154	50	2.0	49	88	2	144	55	9	3	32	1.47
31353691--31353756	33	2.0	33	96	0	123	24	22	12	40	1.88
31355601--31355637	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
31360243--31360328	41	2.1	41	86	4	120	26	3	11	58	1.49
31360253--31360348	42	2.3	42	87	3	131	26	4	10	59	1.48
31360269--31360355	41	2.1	41	85	4	113	29	4	9	56	1.51
31363146--31363499	93	3.8	92	77	13	323	28	20	28	22	1.98
31374240--31374272	17	1.9	17	100	0	66	36	18	33	12	1.88
31379334--31379464	50	2.6	50	82	1	154	25	20	24	29	1.99
31379439--31379503	32	2.0	32	100	0	130	24	12	30	32	1.92
31379470--31379808	50	6.8	50	77	4	351	27	19	24	28	1.98
31379338--31379596	133	2.0	132	83	0	329	26	16	26	30	1.97
31379378--31379552	82	2.1	83	84	2	226	25	16	27	30	1.97
31379470--31379815	100	3.4	100	89	2	482	26	19	24	28	1.98
31382780--31382805	8	3.2	8	100	0	52	38	15	0	46	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31384623--31384650	6	4.7	6	100	0	56	67	14	0	17	1.22
31384988--31385266	48	5.9	48	88	0	391	27	32	15	23	1.95
31388645--31388690	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
31393305--31393572	46	5.8	46	76	15	239	24	20	26	28	1.99
31393301--31393565	93	2.9	93	91	1	426	24	20	27	27	1.99
31396535--31396594	15	4.0	15	75	0	66	11	10	18	60	1.58
31396536--31396604	30	2.3	30	85	2	95	10	11	18	59	1.60
31401200--31401292	46	2.0	46	95	0	168	40	31	10	17	1.83
31403176--31403231	29	2.0	28	96	3	103	19	19	28	32	1.97
31413436--31413575	58	2.5	57	82	8	160	27	29	14	28	1.95
31413465--31413577	29	3.9	29	92	0	172	30	26	14	29	1.95
31413647--31413692	19	2.5	19	86	6	60	17	32	21	28	1.96
31413647--31413694	18	2.7	17	84	9	60	18	31	22	27	1.97
31428475--31428633	45	3.4	46	81	10	164	27	17	31	23	1.97
31428430--31428633	46	4.4	46	77	12	179	28	18	30	23	1.97
31431173--31431274	42	2.4	43	80	6	109	31	23	16	28	1.96
31435515--31435548	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
31436647--31436771	29	4.3	29	87	1	171	29	32	13	24	1.94
31441529--31441615	28	3.1	28	88	3	113	22	17	34	25	1.96
31441887--31442200	27	11.7	27	82	4	357	39	20	9	30	1.84
31442098--31442240	27	5.3	27	84	1	110	40	18	11	29	1.85
31442179--31442270	27	3.4	27	83	0	94	39	19	14	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31441921--31442246	81	4.0	81	79	3	210	39	20	10	30	1.85
31444140--31444231	32	2.9	31	87	6	107	26	27	32	14	1.94
31444156--31444231	32	2.4	32	93	0	134	26	26	32	14	1.94
31448428--31448999	285	2.0	285	99	0	1135	29	14	20	34	1.92
31454176--31454302	47	2.7	49	82	11	149	28	18	29	22	1.98
31455286--31455380	42	2.3	42	96	0	172	21	25	43	10	1.84
31457265--31457305	18	2.3	18	91	0	64	39	17	12	31	1.86
31458450--31458490	4	9.8	4	84	10	55	2	29	0	68	1.03
31460766--31460923	39	4.1	39	84	0	181	31	5	20	41	1.76
31460895--31460947	23	2.3	23	96	0	97	30	1	13	54	1.49
31471761--31471978	41	5.3	41	87	1	276	29	27	15	27	1.96
31474111--31474143	17	1.9	17	100	0	66	57	12	0	30	1.35
31476750--31476836	40	2.1	41	87	2	122	28	19	25	26	1.99
31476737--31476894	41	3.9	41	75	9	153	23	20	27	27	1.99
31477421--31477446	13	2.0	13	100	0	52	15	15	7	61	1.55
31479350--31479573	40	5.7	39	82	5	229	24	20	28	26	1.99
31479350--31479573	79	2.8	78	81	5	245	24	20	28	26	1.99
31479429--31479606	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	25	1.99
31482562--31482703	40	3.6	40	90	2	216	24	22	26	26	2.00
31494741--31494848	50	2.2	50	83	3	137	44	13	12	29	1.80
31518983--31519035	23	2.4	23	78	9	58	33	13	20	32	1.91
31520547--31520595	21	2.3	21	80	16	57	30	14	6	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31537693--31537772	30	2.7	30	76	7	81	56	11	17	15	1.67
31537693--31537746	15	3.6	15	82	9	74	57	11	16	14	1.65
31540697--31540863	46	3.6	45	74	15	162	27	28	22	22	1.99
31540696--31540868	93	1.9	93	90	2	276	27	28	21	21	1.99
31547841--31547881	20	2.0	20	85	9	55	29	9	17	43	1.80
31549335--31549770	40	10.9	40	92	0	692	22	21	28	27	1.99
31549934--31549984	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
31551219--31551251	4	8.0	4	96	3	57	72	3	0	24	0.98
31554071--31554306	118	2.0	118	98	0	454	30	20	21	27	1.98
31555331--31555396	34	1.9	34	90	0	105	27	22	21	28	1.99
31562307--31562365	20	3.0	20	85	5	66	76	5	18	0	0.97
31565296--31565378	9	8.9	9	83	7	103	24	1	19	55	1.50
31567273--31567455	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
31567274--31567457	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	1.99
31567326--31567480	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
31570989--31571104	38	3.0	39	87	3	164	47	11	9	31	1.71
31575592--31575628	19	2.0	19	89	5	58	21	13	13	51	1.75
31582270--31582491	40	5.7	39	80	9	213	27	21	27	24	1.99
31582270--31582524	40	6.5	38	78	10	171	27	21	27	23	1.99
31582352--31582524	76	2.2	78	81	5	190	26	21	28	23	1.99
31590120--31590301	39	4.7	37	80	14	122	25	21	28	25	1.99
31590170--31590337	39	4.3	40	87	5	229	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31590170--31590337	79	2.2	76	85	7	223	25	21	27	25	1.99
31590196--31590370	76	2.3	78	83	5	203	26	21	28	24	1.99
31595221--31595398	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
31595222--31595377	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
31595218--31595398	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
31603051--31603228	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
31603052--31603207	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
31603048--31603228	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
31615872--31616109	49	4.8	49	78	5	244	30	26	17	26	1.97
31616029--31616109	26	3.2	26	62	22	64	34	28	12	24	1.92
31620474--31620501	14	2.0	14	100	0	56	21	28	21	28	1.99
31622828--31622907	40	2.0	40	97	0	151	26	22	13	37	1.91
31626434--31626472	19	2.0	21	90	10	64	35	10	10	43	1.73
31626615--31626687	9	8.6	9	71	25	61	24	0	19	56	1.42
31626634--31626687	23	2.5	22	87	6	74	25	0	18	55	1.43
31632150--31632193	21	2.2	20	81	14	56	2	15	2	79	0.93
31636426--31636486	30	2.1	29	90	9	97	29	13	22	34	1.92
31646602--31646662	30	2.1	29	93	3	104	27	13	24	34	1.93
31648526--31648706	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
31648523--31648706	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
31656362--31656582	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
31656402--31656582	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31656399--31656582	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
31659470--31659514	20	2.2	20	80	0	54	28	13	28	28	1.94
31669075--31669112	15	2.5	15	95	0	67	10	26	7	55	1.61
31669211--31669302	18	5.2	17	70	14	51	14	26	4	55	1.57
31672329--31672416	23	3.8	23	75	8	90	23	20	21	34	1.97
31672330--31672418	46	1.9	46	90	4	144	22	20	21	35	1.96
31672347--31672464	46	2.6	45	82	5	121	25	20	18	35	1.95
31679668--31679771	41	2.5	43	78	10	117	24	27	20	27	1.99
31679753--31679874	45	2.7	45	84	5	131	33	26	13	26	1.94
31682616--31682726	27	4.2	26	85	5	141	16	25	21	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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