genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33742771--33742803	16	2.1	16	100	0	66	45	6	18	30	1.73
33742775--33742811	16	2.3	16	90	0	56	51	8	13	27	1.69
33747682--33747798	42	2.8	42	79	7	121	28	23	17	31	1.96
33752558--33752622	27	2.4	27	89	0	94	32	12	20	35	1.89
33752578--33752895	27	12.0	27	75	8	167	31	8	19	41	1.80
33752585--33752718	55	2.5	54	81	3	162	29	7	18	44	1.77
33756069--33756220	40	3.8	40	87	3	200	21	23	30	25	1.99
33765024--33765077	26	2.1	26	89	0	81	20	24	20	35	1.96
33778780--33778822	15	2.9	15	89	0	59	41	11	16	30	1.83
33778780--33778829	15	3.3	15	81	10	57	44	10	18	28	1.81
33780787--33781006	40	5.6	40	87	5	297	22	26	23	27	1.99
33780787--33781006	79	2.8	80	84	6	306	22	26	23	27	1.99
33788832--33789048	40	5.6	40	89	4	311	22	26	23	27	2.00
33788832--33789048	78	2.8	79	87	4	318	22	26	23	27	2.00
33792402--33792457	29	1.9	29	92	0	94	33	14	23	28	1.94
33792842--33793115	46	5.8	48	75	11	210	27	18	30	24	1.98
33807215--33807374	78	2.1	78	96	0	293	28	16	24	31	1.96
33814122--33814197	37	2.1	37	92	0	125	47	11	21	19	1.81
33815578--33815620	21	2.0	21	100	0	86	18	4	27	48	1.68
33816454--33816494	20	2.0	20	95	0	73	39	2	19	39	1.65
33819077--33819109	18	1.9	17	88	11	50	27	21	12	39	1.88
33819706--33819731	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33820102--33820166	27	2.4	27	84	0	85	32	12	18	36	1.88
33820482--33820538	29	2.0	29	86	6	80	31	29	17	21	1.96
33820760--33820794	16	2.2	16	89	0	52	5	17	25	51	1.67
33850516--33850611	6	15.7	6	77	16	90	50	13	16	19	1.78
33850536--33850615	31	2.6	31	93	0	142	51	12	16	20	1.76
33851018--33851590	27	21.3	27	88	1	738	25	22	19	32	1.97
33851575--33851921	27	12.9	27	81	1	354	30	7	21	40	1.81
33851572--33851957	27	14.3	27	80	4	321	30	8	22	39	1.83
33851909--33851970	27	2.3	27	97	0	115	35	6	24	33	1.81
33854026--33854091	6	10.8	6	80	9	80	48	15	18	18	1.81
33854017--33854091	18	4.1	18	72	13	64	48	17	16	18	1.82
33854026--33854146	37	3.3	37	86	0	179	47	13	18	20	1.81
33854545--33855036	27	18.3	27	89	0	680	24	22	19	32	1.97
33855021--33855367	54	6.4	54	86	0	406	29	7	21	41	1.81
33855018--33855362	81	4.3	81	83	0	395	28	8	21	41	1.82
33855018--33855367	27	13.0	27	83	0	358	29	8	21	40	1.82
33855355--33855416	27	2.3	27	94	0	106	35	4	24	35	1.77
33855245--33855414	81	2.1	80	79	3	178	32	5	22	39	1.76
33855421--33855515	27	3.5	26	81	8	100	30	7	20	42	1.79
33857458--33857541	6	13.7	6	78	14	82	51	15	17	15	1.77
33857954--33858342	26	14.6	27	80	10	401	25	22	18	33	1.96
33857953--33858342	79	4.9	79	79	11	406	25	22	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33858157--33858342	25	7.2	26	83	13	235	24	23	19	32	1.98
33857954--33858342	105	3.7	104	81	10	439	25	22	18	33	1.96
33858018--33858275	139	1.9	139	86	4	378	24	21	19	34	1.96
33861477--33861514	17	2.2	17	86	9	51	34	2	15	47	1.60
33893763--33893788	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
33898367--33898403	6	6.2	6	100	0	74	16	0	0	83	0.64
33902987--33903203	40	5.5	40	90	3	298	24	28	23	23	2.00
33902987--33903200	79	2.7	78	88	4	288	25	28	23	23	2.00
33902987--33903203	119	1.8	119	86	4	312	24	28	23	23	2.00
33904457--33904491	17	2.1	17	88	0	52	0	14	0	85	0.59
33910962--33911176	40	5.5	40	91	4	307	25	28	23	22	1.99
33910962--33911176	79	2.7	78	89	5	303	25	28	23	22	1.99
33912027--33912082	27	2.1	27	100	0	112	35	14	23	26	1.93
33912461--33912497	6	6.5	6	81	12	51	0	16	0	83	0.64
33912461--33912497	17	2.2	17	90	0	56	0	16	0	83	0.64
33913934--33914005	25	2.9	25	85	0	99	25	20	25	29	1.99
33914050--33914088	10	3.8	10	83	6	51	33	17	12	35	1.88
33914050--33914089	21	1.9	21	89	0	62	32	17	12	37	1.87
33914128--33914175	25	1.9	25	91	0	78	22	16	22	37	1.94
33923533--33923735	40	5.1	40	84	3	248	23	23	28	24	2.00
33925124--33925222	25	4.0	24	76	13	94	24	22	23	30	1.99
33925139--33925223	25	3.4	25	86	1	118	23	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33928250--33928293	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
33931274--33931339	23	2.7	26	77	11	77	28	18	18	34	1.94
33937218--33937347	43	3.1	41	77	10	136	32	25	14	27	1.95
33938502--33938545	21	2.1	21	95	0	79	29	15	22	31	1.95
33939655--33939743	40	2.2	40	100	0	178	37	6	14	41	1.72
33950362--33950439	38	2.1	38	95	0	138	29	16	24	29	1.97
33952427--33952598	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
33952420--33952595	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
33959993--33960164	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
33959986--33960161	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
33962682--33962733	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
33964146--33964209	19	3.4	19	65	8	58	43	9	20	26	1.82
33964133--33964208	38	2.0	38	97	0	143	40	11	18	28	1.86
33964698--33964928	115	2.0	115	94	0	408	30	18	9	41	1.82
33966224--33966262	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
33969854--33970030	39	4.5	39	83	7	189	25	20	28	24	1.99
33969807--33970030	79	2.8	78	80	9	215	25	21	28	25	1.99
33969887--33970063	79	2.2	80	82	4	200	25	22	28	23	1.99
33977373--33977544	79	2.2	78	83	7	213	25	22	28	24	1.99
33977320--33977542	40	5.6	39	79	7	207	25	21	27	24	1.99
33977400--33977577	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
33981594--33981653	27	2.3	27	91	2	104	36	18	16	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33987784--33987810	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
33988187--33988278	39	2.4	37	82	14	98	42	3	4	50	1.38
33988196--33988329	68	2.0	68	85	5	182	41	3	4	50	1.40
33990442--33990595	38	3.8	38	79	14	173	29	25	14	29	1.95
33991949--33992344	40	9.9	40	93	0	657	21	21	29	27	1.99
33992508--33992558	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
33996163--33996271	45	2.3	46	87	7	150	33	10	29	27	1.89
33996342--33996426	40	2.2	39	82	2	98	16	22	32	28	1.95
34006075--34006611	273	2.0	273	85	1	727	29	17	24	27	1.97
34014406--34014542	47	3.0	46	79	11	127	35	15	24	25	1.94
34014406--34014506	47	2.2	45	85	7	132	36	13	24	24	1.92
34021738--34021800	33	1.9	33	100	0	126	33	6	11	49	1.64
34027225--34027398	46	3.8	46	76	10	183	28	28	21	21	1.99
34027232--34027403	93	1.8	93	89	0	272	27	28	22	21	1.99
34029816--34029878	27	2.4	25	82	10	81	36	12	19	31	1.89
34030575--34031132	281	2.0	279	86	4	793	37	17	14	31	1.89
34037793--34037837	22	2.0	22	83	8	56	40	13	20	26	1.89
34038822--34038884	30	2.1	30	93	0	108	22	26	6	44	1.76
34041938--34042050	43	2.7	42	77	8	113	23	19	24	31	1.98
34057724--34057988	46	5.7	49	76	13	199	24	28	19	27	1.98
34057794--34057990	93	2.1	91	82	8	229	24	28	19	27	1.98
34060221--34060288	34	2.0	34	97	0	127	35	10	20	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34060524--34060587	31	2.1	31	96	0	119	35	15	10	37	1.83
34061794--34061902	37	2.9	37	94	0	182	26	31	18	23	1.97
34061961--34062299	48	7.0	48	90	4	538	30	26	6	35	1.82
34061961--34062304	98	3.5	98	93	2	595	31	26	6	36	1.82
34092900--34093083	40	4.6	40	84	2	244	25	26	23	25	2.00
34092864--34093083	80	2.8	79	84	4	257	25	25	23	25	2.00
34092864--34093083	120	1.8	118	87	3	325	25	25	23	25	2.00
34095459--34095568	55	2.0	55	98	0	211	27	22	21	28	1.99
34096611--34096791	26	6.7	27	81	8	190	27	15	27	29	1.96
34096617--34096791	53	3.3	53	81	9	194	26	15	28	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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