genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34101306--34101489	40	4.6	40	85	2	253	25	26	23	25	2.00
34101272--34101489	80	2.8	80	84	6	268	25	27	22	24	2.00
34103323--34103576	137	1.8	137	84	5	343	31	23	21	22	1.98
34106526--34106588	31	2.0	31	100	0	126	42	15	9	31	1.79
34107455--34107630	48	3.7	48	80	1	120	26	22	20	30	1.98
34107439--34107633	96	2.0	96	83	2	239	25	22	20	31	1.98
34107481--34107633	48	3.2	48	83	1	191	26	22	19	31	1.98
34114195--34114236	17	2.5	17	100	0	84	35	11	19	33	1.88
34121517--34121680	43	3.8	43	76	7	165	33	26	15	24	1.95
34123172--34123322	42	3.6	42	76	7	153	29	21	17	31	1.96
34127432--34127467	13	2.8	13	95	0	63	36	44	11	8	1.70
34131040--34131193	76	2.0	76	96	0	281	39	25	9	24	1.86
34141680--34141740	32	1.9	32	100	0	122	24	24	9	40	1.85
34141997--34142114	48	2.5	48	81	5	123	29	26	16	27	1.97
34143227--34143269	13	3.3	13	96	0	77	20	25	25	27	1.99
34146736--34146767	15	2.1	16	94	5	57	34	6	0	59	1.23
34146714--34146784	26	2.8	25	73	14	65	35	4	0	60	1.16
34147080--34147147	31	2.2	31	82	10	77	29	5	1	63	1.27
34148692--34148730	21	2.0	21	90	10	64	61	0	2	35	1.10
34160326--34160500	49	3.5	49	81	6	235	30	26	17	24	1.97
34160307--34160505	100	2.0	100	92	0	335	31	26	18	24	1.97
34161509--34161650	29	4.9	29	81	5	135	22	24	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34161518--34161650	58	2.3	58	82	0	167	22	24	12	40	1.88
34161520--34161665	29	5.0	29	81	0	85	21	24	13	39	1.90
34164351--34164377	8	3.4	8	100	0	54	55	11	22	11	1.66
34165050--34165118	33	2.1	34	86	8	97	21	18	26	33	1.97
34170131--34170252	39	2.9	42	80	14	135	31	25	13	29	1.93
34170136--34170214	39	2.0	39	100	0	158	27	26	12	32	1.93
34175015--34175047	16	2.0	17	88	5	50	42	18	12	27	1.85
34180197--34180420	39	5.7	39	91	0	358	20	20	29	29	1.98
34189881--34189923	20	2.2	20	95	0	77	18	16	13	51	1.77
34192398--34192426	15	1.9	15	100	0	58	79	0	6	13	0.93
34192463--34192505	4	10.2	4	85	9	59	69	0	30	0	0.88
34192463--34192505	13	3.4	13	90	3	70	69	0	30	0	0.88
34192463--34192505	17	2.5	17	92	0	77	69	0	30	0	0.88
34193494--34193621	51	2.5	51	87	0	184	21	23	20	35	1.96
34193797--34193831	18	1.9	18	88	0	52	45	14	17	22	1.84
34196632--34196672	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
34199146--34199294	40	3.7	40	88	3	228	25	26	22	25	2.00
34204326--34204470	40	3.6	40	85	4	184	22	26	24	25	2.00
34206532--34206654	24	5.2	24	91	3	205	29	20	19	30	1.97
34206534--34206653	23	5.1	23	91	3	195	30	20	20	30	1.97
34206534--34206654	47	2.6	47	95	0	215	29	19	19	30	1.97
34206706--34206770	20	3.2	20	91	0	103	32	21	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34214352--34214415	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
34214609--34214750	24	6.0	24	91	5	227	28	21	21	28	1.99
34214630--34214749	23	5.1	23	95	3	213	30	20	20	28	1.98
34214630--34214750	47	2.6	47	98	0	233	29	20	20	28	1.98
34214802--34214866	20	3.2	20	91	0	103	30	21	13	33	1.92
34219289--34219329	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
34227991--34228132	57	2.5	59	80	5	148	32	22	16	28	1.96
34233124--34233184	30	2.0	30	87	0	86	29	24	4	40	1.76
34252659--34252711	26	2.0	26	100	0	106	43	11	11	33	1.76
34256518--34256553	17	2.1	17	89	0	54	69	2	11	16	1.29
34259683--34259865	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
34259684--34259867	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
34259736--34259900	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
34267854--34268036	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
34267855--34268038	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
34267907--34268071	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
34275989--34276171	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
34275990--34276173	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
34276042--34276206	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
34288439--34288615	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
34288460--34288614	81	1.9	81	86	5	224	29	28	15	26	1.96
34395592--34395673	25	3.4	24	82	12	80	25	20	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34395728--34395826	21	4.8	21	85	10	125	37	17	12	33	1.86
34405077--34405224	46	3.2	46	66	22	128	31	29	16	22	1.95
34405014--34405224	93	2.3	93	94	0	368	31	29	16	22	1.96
34405022--34405184	47	3.5	47	68	20	142	31	30	15	22	1.95
34407662--34407847	40	4.7	40	77	9	157	24	27	22	25	2.00
34407779--34407856	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
34416095--34416181	20	4.3	20	97	0	165	35	11	19	33	1.88
34416106--34416181	11	7.5	11	74	16	83	35	11	19	32	1.88
34416232--34416314	25	3.4	24	86	8	105	28	22	22	25	1.99
34416524--34416613	38	2.7	31	77	22	110	33	16	25	24	1.96
34420340--34420364	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
34422905--34422951	3	15.7	3	90	0	76	27	0	38	34	1.57
34423556--34423607	26	2.0	26	100	0	104	42	26	15	15	1.87
34425293--34425473	82	2.2	81	84	4	222	37	22	17	23	1.94
34425295--34425463	41	4.1	41	82	5	198	36	23	17	23	1.95
34425789--34425823	14	2.4	15	95	4	63	42	25	0	31	1.55
34426067--34426107	21	2.0	21	90	9	66	9	0	31	58	1.31
34426303--34426344	21	2.0	21	85	0	57	21	7	33	38	1.81
34426322--34426401	7	11.4	7	70	5	54	20	3	32	43	1.69
34426314--34426407	21	4.5	21	81	5	127	21	5	28	44	1.74
34426505--34426702	84	2.4	84	79	5	222	36	14	25	23	1.93
34426595--34426842	122	2.0	123	84	2	320	36	13	24	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34427487--34427517	16	1.9	16	93	0	53	12	12	22	51	1.74
34429457--34429494	9	4.3	9	83	3	51	44	15	0	39	1.47
34429462--34429627	9	18.6	9	75	14	121	44	22	0	31	1.58
34429465--34429599	56	2.3	59	86	6	186	44	21	0	33	1.58
34434378--34434403	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
34438603--34438739	38	3.6	38	76	6	141	20	19	25	34	1.96
34440836--34440950	43	2.8	41	82	2	149	24	17	26	31	1.97
34441295--34441323	15	1.9	15	100	0	58	17	13	0	68	1.20
34443115--34443156	22	1.9	23	85	9	61	38	4	28	28	1.77
34443511--34443667	43	3.7	42	77	12	133	24	19	24	31	1.98
34447248--34447276	14	2.1	14	100	0	58	27	17	27	27	1.97
34459928--34459959	13	2.5	13	100	0	64	12	31	31	25	1.92
34462645--34462786	67	2.1	67	84	5	176	29	20	28	21	1.98
34467679--34467743	27	2.4	27	89	2	96	24	33	29	12	1.92
34479834--34480005	38	4.5	38	87	2	220	19	20	25	34	1.96
34485750--34485907	43	3.7	42	77	10	151	24	16	26	32	1.96
34487385--34487437	6	8.7	6	80	12	63	49	15	18	16	1.80
34489146--34489267	43	2.9	42	81	7	156	31	23	15	29	1.95
34502857--34503114	40	6.5	40	88	4	337	25	27	23	23	2.00
34511965--34512222	40	6.5	40	90	4	355	25	28	23	22	2.00
34514347--34514794	47	9.6	47	89	4	640	30	28	8	32	1.87
34514409--34514794	98	4.1	96	92	4	656	30	28	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34534275--34534326	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
34534198--34534567	104	3.6	104	94	1	627	18	20	30	30	1.97
34541860--34541910	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
34541781--34542146	104	3.6	104	93	3	609	19	19	30	30	1.97
34542062--34542114	26	2.0	26	96	0	97	15	22	33	28	1.94
34554026--34554099	37	2.0	37	100	0	148	48	13	13	24	1.78
34559690--34559908	40	5.6	40	83	3	257	25	26	22	24	2.00
34559910--34559949	19	2.0	21	85	9	57	42	22	7	27	1.80
34567641--34567856	40	5.4	40	80	6	235	25	27	22	24	2.00
34580150--34580207	30	2.0	29	96	3	107	31	25	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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