genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87786466--87786646	92	2.0	92	84	2	238	40	14	23	21	1.90
87794648--87794707	28	2.1	28	90	0	93	28	3	13	55	1.54
87794847--87794893	22	2.1	22	88	0	67	12	2	25	59	1.45
87805364--87805681	163	2.0	163	88	1	476	30	13	10	45	1.77
87805729--87806021	74	4.0	73	83	4	344	27	13	12	45	1.81
87805727--87806014	147	2.0	144	84	7	377	28	13	12	45	1.80
87806114--87806335	84	2.7	84	85	4	308	33	9	10	46	1.70
87809981--87810021	20	2.2	19	87	12	59	26	2	4	65	1.25
87809981--87810029	18	2.7	20	84	12	61	30	2	6	61	1.32
87812972--87813055	42	2.0	42	88	0	123	30	17	23	27	1.97
87813396--87813450	22	2.5	22	75	0	56	32	3	7	56	1.44
87813517--87813590	32	2.3	32	93	6	125	56	6	1	35	1.34
87820960--87821001	19	2.2	19	86	4	57	54	9	4	30	1.53
87826655--87826730	26	2.9	26	82	5	91	64	1	5	28	1.23
87835117--87835241	65	1.9	65	85	3	171	41	13	10	34	1.79
87836100--87836128	14	2.1	14	100	0	58	24	6	13	55	1.63
87848953--87849003	26	2.0	24	82	14	59	54	1	0	43	1.11
87849507--87849536	10	3.0	10	100	0	60	20	10	10	60	1.57
87853368--87853396	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
87854617--87854649	2	16.5	2	93	0	57	3	51	0	45	1.16
87857337--87857376	17	2.4	18	80	16	50	52	0	0	47	1.00
87878144--87878274	49	2.7	49	83	4	158	24	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87878292--87878505	46	4.5	48	76	5	197	23	27	19	29	1.98
87878292--87878505	94	2.3	93	82	4	252	23	27	19	29	1.98
87882433--87882699	130	2.1	130	90	0	417	40	16	6	37	1.74
87897945--87897980	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
87898600--87898648	12	3.8	13	78	21	59	61	2	0	36	1.08
87899168--87899226	23	2.5	24	82	17	72	44	1	1	52	1.21
87903793--87904012	47	4.7	48	76	15	201	25	30	17	26	1.97
87903790--87904014	93	2.4	91	79	11	233	25	30	17	26	1.97
87911251--87911468	47	4.6	45	78	11	183	23	29	19	27	1.98
87911257--87911420	46	3.5	45	80	8	177	23	29	18	28	1.98
87911251--87911468	93	2.3	92	79	10	219	23	29	19	27	1.98
87913972--87914050	25	3.2	24	75	15	72	39	1	5	54	1.30
87915165--87915223	29	2.0	30	83	3	75	50	15	6	27	1.68
87916355--87916493	59	2.4	59	92	0	224	36	12	18	31	1.89
87916922--87916970	21	2.3	21	85	0	62	8	20	34	36	1.82
87917627--87917804	43	4.2	43	88	4	240	43	20	9	26	1.82
87917631--87917804	85	2.1	83	86	8	237	43	20	9	25	1.82
87919446--87919474	15	1.9	15	100	0	58	41	37	6	13	1.72
87919779--87919947	48	3.6	47	85	2	230	46	17	10	25	1.80
87919966--87920051	6	14.3	6	78	0	73	54	17	6	20	1.66
87920063--87920109	12	3.9	12	80	8	51	57	10	10	21	1.62
87931741--87931784	20	2.2	20	84	8	54	47	0	29	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87936872--87936971	40	2.5	40	82	6	105	30	17	25	28	1.97
87938843--87938885	21	2.0	21	95	0	77	34	4	25	34	1.77
87941183--87941207	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
87946595--87946641	17	2.8	16	84	9	58	17	6	2	74	1.12
87949495--87949519	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
87958434--87958658	40	5.6	40	80	6	249	25	23	26	24	2.00
87958434--87958658	80	2.8	80	84	3	274	25	23	26	24	2.00
87958434--87958658	120	1.9	121	84	6	305	25	23	26	24	2.00
87966598--87966858	40	6.5	42	77	8	235	25	23	26	25	2.00
87966598--87966858	80	3.3	79	81	4	267	25	23	26	25	2.00
87966598--87966858	120	2.2	120	83	6	325	25	23	26	25	2.00
87973811--87973841	7	4.4	7	95	0	53	32	22	12	32	1.92
87973877--87973918	21	2.0	21	85	4	57	38	21	11	28	1.89
87979175--87979214	19	2.1	20	86	9	57	57	2	35	5	1.34
87981046--87981166	38	3.2	38	86	2	163	33	28	19	18	1.96
87981095--87981171	22	3.8	22	66	25	69	35	25	20	18	1.95
87982796--87982903	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87986223--87986729	27	18.7	26	80	10	313	22	21	12	43	1.86
87986208--87986729	54	9.6	53	76	11	366	22	21	11	43	1.85
87986223--87986724	81	6.2	79	76	12	446	22	21	12	43	1.86
87986269--87986705	163	2.7	163	83	7	500	22	21	12	43	1.86
87988265--87988348	37	2.3	36	81	8	89	28	13	22	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87988302--87988399	25	3.9	25	82	0	106	26	14	23	35	1.93
87989253--87989313	28	2.2	28	79	5	70	39	16	22	21	1.92
87991589--87991618	9	3.2	9	95	4	51	60	0	3	36	1.14
87991777--87991844	34	2.0	34	100	0	136	44	2	8	44	1.50
88024327--88024471	75	1.9	76	92	1	247	23	22	21	33	1.98
88032350--88032404	21	2.6	21	100	0	110	18	36	30	14	1.91
88034337--88034412	31	2.5	30	77	6	73	39	13	13	34	1.83
88038735--88038828	47	2.0	47	95	0	170	34	21	12	31	1.91
88041182--88041221	18	2.2	18	86	0	53	30	2	15	52	1.55
88041616--88041649	18	1.9	18	88	5	52	44	5	11	38	1.65
88041715--88041783	22	3.2	22	64	22	56	57	7	2	31	1.40
88041695--88041782	42	2.1	42	89	0	131	54	10	3	31	1.51
88047282--88047316	11	3.2	11	91	0	61	45	28	0	25	1.54
88050856--88051214	46	7.8	46	92	1	531	21	23	15	38	1.92
88053357--88053408	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
88055664--88055701	13	3.0	13	80	3	51	42	0	0	57	0.98
88065664--88065780	62	1.9	62	84	5	159	50	4	3	41	1.38
88065764--88065811	12	4.0	13	79	17	50	56	0	4	39	1.19
88065750--88065809	29	2.1	29	90	6	95	58	1	5	35	1.30
88071940--88072056	56	2.1	57	88	4	175	41	13	14	29	1.84
88075022--88075066	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
88079618--88079662	22	2.0	22	86	0	63	48	13	2	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88083380--88083405	12	2.2	12	100	0	52	34	23	11	30	1.90
88095073--88095103	15	2.1	15	100	0	62	22	0	25	51	1.48
88101527--88101652	40	3.2	40	90	3	193	23	22	27	26	1.99
88103143--88103241	40	2.5	40	80	8	119	19	29	16	35	1.93
88108268--88108320	13	4.1	13	80	9	72	30	7	26	35	1.84
88112768--88112824	30	1.9	30	96	0	105	33	29	24	12	1.92
88113040--88113097	30	1.9	30	86	6	82	18	29	22	29	1.98
88114950--88115080	47	2.8	47	83	0	163	34	29	14	22	1.93
88132567--88132645	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
88132763--88132997	49	4.7	49	89	8	357	30	29	8	30	1.88
88132763--88132997	104	2.3	101	92	7	381	30	29	8	30	1.88
88136527--88136823	40	7.5	40	82	6	313	24	27	23	24	2.00
88136527--88136823	157	1.9	158	80	6	352	24	27	23	24	2.00
88136531--88136827	117	2.5	116	81	7	280	24	27	23	23	2.00
88137129--88137207	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
88137189--88137291	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
88139154--88139231	36	2.1	37	88	2	113	25	32	17	24	1.97
88139349--88139664	47	6.7	47	97	1	580	30	29	8	31	1.88
88139527--88139605	25	3.3	25	64	10	74	34	27	5	32	1.79
88145134--88145224	31	2.9	31	70	6	78	23	18	15	42	1.88
88154297--88154334	17	2.4	17	82	8	53	65	0	0	34	0.93
88161667--88161719	16	3.2	16	94	5	97	26	0	35	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88161700--88161790	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
88161955--88161989	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
88162195--88162229	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
88162713--88162911	66	3.2	66	69	21	210	49	4	3	43	1.38
88162912--88162948	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
88161938--88162949	120	8.4	120	96	0	1787	48	5	2	44	1.38
88162990--88163043	15	3.9	15	72	16	53	51	1	0	46	1.11
88162995--88163130	71	1.9	73	92	4	231	47	3	2	46	1.35
88167547--88167626	41	1.9	42	82	7	101	20	33	25	21	1.97
88169402--88169445	17	2.6	17	82	3	54	45	4	0	50	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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