genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57140605--57140720	56	2.1	55	80	9	128	18	24	22	34	1.96
57141149--57141189	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
57155122--57155286	43	3.9	42	73	12	138	24	18	23	33	1.97
57155462--57155501	19	2.1	19	100	0	80	42	5	27	25	1.75
57168216--57168342	47	2.7	46	80	7	141	29	23	25	21	1.99
57169525--57169565	22	1.9	22	95	5	75	9	43	29	17	1.80
57173180--57173271	27	3.4	27	83	0	121	28	22	7	41	1.81
57173180--57173283	54	1.9	53	84	5	138	29	21	8	40	1.83
57173303--57173399	27	3.6	27	81	2	115	45	21	5	27	1.73
57173298--57173401	54	1.9	54	86	7	149	43	20	7	28	1.79
57173411--57173462	27	1.9	27	88	7	79	40	11	13	34	1.81
57174298--57174358	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
57174298--57174374	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
57174406--57174463	24	2.4	25	78	16	68	31	18	22	27	1.97
57180275--57180320	15	2.8	17	80	16	60	43	2	0	54	1.12
57182351--57182394	22	2.0	22	100	0	88	27	27	13	31	1.94
57185018--57185183	40	4.2	40	90	3	257	24	21	27	27	1.99
57193138--57193263	40	3.2	40	88	3	184	24	22	26	26	2.00
57202019--57202057	8	4.8	8	84	6	51	35	25	0	38	1.56
57206131--57206228	40	2.5	40	88	5	137	22	28	25	23	1.99
57214221--57214365	40	3.6	40	92	0	245	26	26	23	23	2.00
57217500--57217606	55	1.9	55	88	0	160	29	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57217500--57217631	55	2.4	55	83	6	153	31	26	16	25	1.96
57218381--57218692	47	6.6	46	75	12	244	25	29	18	26	1.98
57218381--57218690	141	2.2	140	80	8	335	25	29	19	26	1.98
57218422--57218692	94	2.9	91	77	9	298	25	29	18	26	1.98
57220728--57220754	6	4.5	6	100	0	54	29	0	18	51	1.46
57221973--57222056	42	2.0	42	100	0	168	26	11	16	45	1.82
57225947--57225983	5	7.6	5	88	11	51	13	2	0	83	0.74
57225932--57225983	14	3.7	13	80	10	50	9	7	0	82	0.84
57228731--57228912	94	1.9	93	89	1	283	31	13	23	31	1.93
57229732--57229763	14	2.3	14	94	0	55	6	0	43	50	1.27
57230607--57230680	25	2.9	25	87	2	112	32	32	4	31	1.77
57233699--57233738	19	2.2	19	90	4	64	30	2	0	67	1.04
57233665--57233846	62	3.1	59	72	16	166	38	4	2	54	1.34
57233724--57233992	104	2.7	100	89	6	416	39	5	2	51	1.42
57234102--57234145	9	5.1	9	86	10	65	47	13	0	38	1.43
57234110--57234309	16	12.0	16	66	11	89	45	14	3	37	1.60
57234235--57234309	25	2.9	26	75	18	75	52	14	0	33	1.43
57241311--57241566	40	6.4	41	90	3	357	26	27	22	23	1.99
57251540--57251747	48	5.0	38	73	18	148	29	23	16	30	1.96
57251579--57251717	48	2.9	48	86	1	190	29	21	17	31	1.96
57255855--57255890	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
57256286--57256324	7	5.6	7	87	0	60	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57269622--57269649	11	2.5	11	100	0	56	39	0	7	53	1.28
57277958--57278020	24	2.6	24	74	2	72	25	19	20	34	1.96
57284528--57284612	45	1.9	44	85	2	116	21	21	18	38	1.93
57285503--57285578	37	2.1	37	97	0	143	25	22	19	32	1.97
57287378--57287477	45	2.2	45	83	3	130	25	22	12	41	1.88
57292377--57292580	27	7.6	27	85	4	241	27	13	27	30	1.94
57300415--57300618	27	7.6	27	85	4	241	27	13	27	30	1.94
57309147--57309262	39	3.0	39	88	0	169	25	20	25	27	1.99
57309147--57309290	78	1.8	78	80	5	175	25	22	25	26	2.00
57319556--57319584	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
57323081--57323139	28	2.1	28	100	0	118	35	6	16	40	1.76
57326691--57326784	42	2.2	41	75	5	98	25	26	20	27	1.99
57326844--57327076	48	4.9	48	87	0	322	27	30	17	25	1.97
57330587--57330633	23	2.1	22	84	7	60	36	2	0	61	1.08
57332071--57332212	75	1.9	73	86	8	187	59	0	9	29	1.34
57333659--57333761	44	2.3	44	78	3	109	29	15	18	36	1.92
57333839--57333988	44	3.4	43	72	6	120	30	20	16	32	1.95
57333975--57334132	50	3.1	50	71	15	171	28	20	19	31	1.97
57334015--57334181	51	3.3	49	72	14	151	27	20	17	34	1.95
57333957--57334193	101	2.3	101	91	0	384	28	20	18	32	1.96
57334166--57334325	45	3.6	44	80	4	169	30	22	18	28	1.97
57347766--57347938	46	3.7	46	77	13	192	21	21	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57347763--57347933	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
57353985--57354009	13	1.9	13	100	0	50	24	16	24	36	1.94
57356429--57356473	22	2.0	22	86	0	63	31	6	13	48	1.68
57360594--57360801	55	3.8	53	76	8	161	22	25	16	35	1.95
57364887--57364965	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
57365083--57365516	49	9.1	49	91	4	692	29	30	8	31	1.87
57365083--57365516	238	1.8	238	94	0	769	29	30	8	31	1.87
57365083--57365516	96	4.6	96	93	4	693	29	30	8	31	1.87
57373546--57373576	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
57373543--57373582	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
57374957--57375196	55	4.5	53	80	9	215	21	24	17	37	1.94
57374996--57375196	108	1.8	110	86	4	291	21	25	16	36	1.94
57376593--57376793	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	33	1.96
57376497--57376800	49	5.8	54	83	6	274	21	24	17	36	1.94
57378758--57378865	57	1.9	57	88	0	162	34	22	4	38	1.75
57381015--57381060	19	2.5	19	89	3	67	26	17	36	19	1.94
57381133--57381244	28	4.0	28	83	2	127	26	15	30	27	1.96
57381131--57381241	56	2.0	57	83	5	145	27	15	30	27	1.96
57381529--57381581	27	2.0	26	85	3	70	49	18	13	18	1.80
57389025--57389086	20	3.1	20	77	9	72	12	32	19	35	1.90
57389025--57389102	40	2.0	40	92	0	129	11	26	20	41	1.87
57389035--57389098	20	3.2	20	79	0	74	10	26	20	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57389034--57389116	40	2.1	40	83	0	103	14	26	20	38	1.91
57394025--57394321	121	2.5	121	92	3	476	25	26	22	25	2.00
57394025--57394323	161	1.9	159	92	4	512	25	26	23	25	2.00
57394025--57394323	40	7.5	40	94	1	485	25	26	23	25	2.00
57396836--57396892	26	2.2	24	80	17	62	52	17	8	21	1.71
57403047--57403078	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
57403100--57403176	25	3.0	26	65	14	70	25	14	27	32	1.94
57403044--57403338	50	5.9	50	79	6	301	26	16	25	31	1.97
57403095--57403338	101	2.4	99	84	1	308	26	18	25	29	1.98
57403051--57403333	151	1.9	152	88	3	401	25	16	26	31	1.97
57407798--57407928	41	3.2	40	76	17	124	32	25	13	28	1.94
57407792--57407953	83	2.0	83	82	7	204	33	25	14	26	1.95
57412420--57412563	40	3.6	40	93	0	243	23	18	28	29	1.97
57417281--57417357	26	3.0	26	76	0	82	37	27	19	15	1.92
57417514--57417574	27	2.2	29	82	5	72	24	9	22	42	1.84
57422324--57422389	29	2.3	29	81	5	71	28	27	1	42	1.64
57425708--57425764	27	2.1	27	87	6	80	40	14	12	33	1.83
57425957--57426016	23	2.7	23	94	2	104	26	8	45	20	1.79
57433226--57433277	17	2.9	17	91	5	77	19	30	38	11	1.87
57435824--57435993	68	2.6	64	78	11	182	31	14	27	27	1.95
57436027--57436111	28	3.2	28	69	24	94	27	16	27	29	1.97
57435970--57436154	50	3.7	50	83	2	212	27	18	24	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57435970--57436154	101	1.8	99	84	2	253	27	18	24	29	1.98
57455231--57455291	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57457195--57457253	21	2.8	21	86	0	73	27	6	28	37	1.82
57457214--57457261	21	2.3	21	85	0	60	33	6	22	37	1.80
57459083--57459139	30	1.9	30	85	7	80	45	8	22	22	1.80
57469368--57469547	78	2.4	75	86	2	261	29	15	19	36	1.92
57469368--57469547	25	7.1	25	81	3	198	29	15	19	36	1.92
57472320--57472368	17	2.9	17	80	17	57	28	2	0	69	1.00
57472320--57472373	9	6.0	9	78	6	56	27	1	0	70	0.98
57477857--57477900	20	2.2	20	95	0	79	38	31	0	29	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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