genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8433341--8433623	122	2.3	123	88	3	403	20	25	20	32	1.97
8435674--8435717	22	2.0	22	100	0	88	45	9	0	45	1.35
8439666--8439718	7	7.4	7	81	10	63	43	30	1	24	1.65
8445535--8445577	2	21.5	2	85	0	50	0	48	0	51	1.00
8451588--8451625	18	2.2	18	90	9	62	21	5	2	71	1.19
8455147--8455172	12	2.2	12	100	0	52	0	7	0	92	0.39
8458392--8458431	19	2.1	19	90	0	62	60	5	0	35	1.19
8464343--8464390	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
8464385--8464447	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
8464414--8464443	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
8465522--8465665	43	3.3	43	86	3	189	29	28	15	26	1.96
8468961--8469016	8	6.2	9	86	12	53	19	1	0	78	0.84
8468965--8468997	8	4.0	8	96	4	57	24	0	0	75	0.80
8468967--8469016	9	5.4	9	83	4	64	16	2	0	82	0.77
8468963--8469030	21	3.5	21	75	15	58	20	4	0	75	0.98
8469102--8469129	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8469134--8469158	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
8470282--8470376	41	2.3	40	89	1	136	18	20	25	35	1.95
8475103--8475127	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
8475922--8475984	18	3.6	18	79	8	60	47	0	6	46	1.28
8476167--8476208	7	6.0	7	81	10	50	42	0	0	57	0.99
8478913--8478997	41	2.0	43	84	8	113	27	23	2	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8479262--8479305	21	2.1	21	83	8	54	45	15	11	27	1.81
8483150--8483358	111	1.9	109	82	5	260	28	20	21	29	1.98
8483775--8484095	90	3.6	88	79	4	333	24	4	14	56	1.56
8483852--8484095	89	2.7	89	78	3	258	24	4	13	56	1.56
8486370--8486521	67	2.2	69	80	10	179	32	16	29	21	1.95
8488466--8488552	21	4.0	23	77	10	83	16	21	24	37	1.93
8490563--8490695	27	5.0	27	88	6	191	34	23	24	17	1.96
8490559--8490695	54	2.5	54	94	2	240	35	22	24	17	1.95
8490799--8490863	26	2.4	28	82	5	80	26	10	26	36	1.89
8492257--8492364	26	4.2	26	93	0	189	35	25	8	30	1.86
8498625--8498703	27	3.0	27	90	5	117	34	24	25	16	1.95
8498809--8498871	26	2.3	26	83	5	72	30	9	25	34	1.88
8500068--8500092	12	2.1	12	100	0	50	52	16	24	8	1.70
8500277--8500332	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
8503952--8504122	25	7.4	21	68	25	71	23	14	0	61	1.32
8503953--8504031	22	3.5	22	72	16	79	22	13	0	63	1.30
8504045--8504082	20	1.9	19	89	5	58	28	7	0	63	1.23
8504064--8504284	27	8.3	27	70	24	166	25	13	0	60	1.36
8504065--8504284	110	2.0	111	91	4	356	25	12	0	60	1.35
8504114--8504235	62	2.0	62	90	0	190	28	11	0	59	1.38
8503940--8504315	47	8.0	48	80	12	360	23	13	0	61	1.35
8504271--8504329	21	2.8	22	82	10	61	28	13	1	55	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8505815--8505848	11	3.0	12	87	12	54	32	0	0	67	0.91
8505973--8506030	30	1.9	30	86	6	82	55	10	6	27	1.59
8506106--8506158	27	2.0	26	92	7	90	54	3	0	41	1.18
8506564--8506607	8	5.5	8	94	0	70	59	0	0	40	0.98
8511545--8511717	46	3.8	45	77	11	181	22	20	27	29	1.98
8511542--8511712	93	1.8	93	89	2	272	22	20	28	28	1.98
8511942--8511979	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
8518861--8518924	24	2.7	24	97	0	119	17	29	15	37	1.91
8519009--8519073	27	2.5	26	77	7	69	21	27	18	32	1.97
8519062--8519118	24	2.4	24	79	5	62	19	29	19	31	1.96
8521173--8521220	5	9.0	5	86	8	60	18	0	2	79	0.84
8521186--8521225	15	2.7	15	81	14	55	22	0	0	77	0.77
8529051--8529145	41	2.3	41	81	0	118	32	26	20	21	1.97
8530035--8530111	39	2.0	39	100	0	154	41	7	11	38	1.71
8533590--8533632	18	2.3	19	88	4	61	51	0	0	48	1.00
8533590--8533639	19	2.7	18	87	3	64	52	0	0	48	1.00
8537406--8537496	45	2.0	45	91	0	146	39	8	15	36	1.78
8542725--8542854	68	1.9	68	85	4	183	43	6	7	43	1.58
8550499--8550586	44	2.0	44	97	0	167	57	4	2	35	1.31
8550551--8550670	10	12.4	10	72	8	70	64	3	5	27	1.30
8550507--8550624	20	5.8	20	69	13	78	61	3	3	31	1.28
8550546--8550642	29	3.4	28	74	7	86	60	4	4	30	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8550617--8550669	18	2.8	19	78	16	74	64	3	5	26	1.33
8550590--8550669	37	2.1	38	90	2	126	62	2	6	28	1.32
8553343--8553459	58	2.0	58	86	0	162	44	10	11	33	1.75
8565478--8565513	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
8572910--8573355	223	2.0	223	93	1	770	25	21	18	34	1.96
8573726--8574088	105	3.5	105	83	4	399	33	14	17	34	1.90
8575357--8575750	196	2.0	196	95	0	716	42	17	9	30	1.81
8582164--8582276	13	9.6	13	73	20	106	38	46	0	15	1.45
8582202--8582270	35	2.0	35	91	0	111	39	49	0	11	1.39
8582164--8582261	48	2.0	48	88	0	142	39	45	0	14	1.45
8582657--8582743	33	2.4	39	79	12	96	33	13	0	52	1.41
8588795--8588836	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
8592948--8593221	105	2.6	104	83	5	313	32	16	24	27	1.96
8595093--8595182	37	2.5	37	78	10	96	56	1	2	40	1.19
8595143--8595184	22	1.9	22	85	9	59	59	0	2	38	1.10
8595409--8595457	16	3.1	15	77	11	53	46	0	0	53	1.00
8621290--8621323	17	2.0	17	88	0	50	32	5	5	55	1.48
8624725--8624774	17	2.9	17	79	5	57	40	22	18	20	1.92
8632136--8632267	39	3.4	39	84	2	140	33	28	20	18	1.96
8632141--8632410	40	6.8	40	86	2	312	28	26	22	21	1.99
8652511--8652597	27	3.1	27	75	20	90	39	6	16	37	1.75
8652510--8652604	31	3.2	31	78	10	83	37	6	15	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8657599--8657686	23	3.7	23	74	17	72	25	21	18	35	1.95
8659226--8659268	19	2.3	19	84	8	52	46	0	20	32	1.51
8662831--8662856	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
8663702--8663783	37	2.2	37	95	0	146	18	35	24	21	1.96
8666226--8666269	21	2.1	21	91	0	70	18	9	11	61	1.55
8668447--8668503	28	2.0	28	93	6	98	40	14	3	42	1.62
8668676--8668803	33	3.9	32	66	14	82	25	25	15	32	1.95
8668744--8668913	87	2.0	87	92	0	286	32	27	12	27	1.93
8672382--8672444	33	1.9	33	96	0	117	22	17	25	34	1.95
8675480--8675541	26	2.4	25	75	2	61	38	14	6	40	1.72
8675919--8676224	74	4.1	73	74	7	183	34	12	12	40	1.80
8680406--8680474	21	3.3	21	70	9	61	49	13	18	18	1.79
8680379--8680533	42	3.7	42	79	1	150	43	16	22	16	1.87
8684228--8684261	16	2.1	17	88	5	52	52	0	14	32	1.42
8685142--8685305	43	3.8	43	83	4	190	28	16	24	31	1.96
8685798--8685915	60	2.0	60	94	0	209	40	11	23	24	1.87
8686191--8686227	19	1.9	19	88	0	56	32	0	24	43	1.55
8688704--8688759	27	2.2	25	81	9	60	42	3	3	50	1.37
8704743--8704826	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
8709324--8709433	30	3.7	31	72	15	88	55	4	0	40	1.20
8710537--8710580	21	2.0	23	83	16	58	25	31	6	36	1.82
8711968--8711992	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712724--8712800	37	2.1	37	97	0	145	36	9	20	33	1.85
8720328--8720443	41	2.8	42	84	6	137	31	17	23	27	1.97
8722984--8723022	21	1.9	20	89	5	60	53	2	0	43	1.14
8724030--8724082	28	1.9	27	96	0	88	49	3	28	18	1.65
8724209--8724269	18	3.0	21	74	18	65	44	0	3	52	1.17
8731494--8731524	5	6.2	5	100	0	62	38	0	0	61	0.96
8731491--8731537	10	4.7	10	82	10	51	29	0	0	70	0.88
8732084--8732119	18	2.0	18	100	0	72	66	0	5	27	1.13
8732517--8732563	24	2.0	24	83	8	60	27	4	2	65	1.22
8736718--8736761	16	2.9	15	80	6	61	77	4	2	15	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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