genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76782506--76782568	20	3.2	20	90	0	99	36	12	19	31	1.89
76782622--76782746	24	5.2	24	85	6	173	32	18	20	28	1.96
76782958--76783021	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
76790621--76790683	20	3.2	20	88	0	90	36	12	20	30	1.90
76790737--76790880	24	6.0	24	86	8	195	29	20	21	28	1.98
76791073--76791136	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
76794261--76794579	48	6.6	48	80	4	329	21	27	20	29	1.98
76794260--76794592	144	2.3	142	85	5	427	22	27	20	29	1.98
76798041--76798097	27	2.0	29	83	12	75	33	3	26	36	1.74
76799285--76799373	43	2.1	43	93	4	153	46	10	19	24	1.80
76804820--76804880	20	3.3	18	76	13	61	42	3	4	49	1.40
76806553--76806668	42	2.7	42	83	1	124	19	36	19	24	1.95
76809123--76809191	32	2.2	32	100	0	138	42	17	2	37	1.64
76811403--76811435	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
76816823--76816862	20	2.0	21	90	5	64	17	2	0	80	0.83
76816823--76816880	10	5.8	10	80	13	57	15	5	0	79	0.90
76816823--76816905	30	2.7	30	80	12	89	16	6	1	75	1.06
76819800--76819832	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
76820668--76820905	29	8.3	28	78	8	196	24	13	23	37	1.92
76820676--76820859	58	3.2	58	85	2	237	21	15	24	38	1.92
76820668--76820875	87	2.4	86	84	6	276	23	13	24	38	1.91
76820668--76820905	58	4.1	57	80	6	223	24	13	23	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76825556--76825613	18	3.3	17	83	4	71	56	31	8	3	1.46
76833668--76833738	34	2.1	34	97	0	133	46	9	18	25	1.79
76842076--76842128	22	2.4	22	96	0	97	13	24	50	11	1.73
76845001--76845063	18	3.5	18	91	0	90	50	23	14	11	1.74
76847703--76847728	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
76854556--76854585	16	1.9	15	93	6	51	16	0	10	73	1.09
76869744--76869872	46	2.8	46	90	0	204	20	21	27	29	1.98
76875630--76875657	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
76876209--76876256	24	2.0	24	91	0	78	45	4	12	37	1.61
76882330--76882390	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76885945--76886089	40	3.7	40	91	3	215	24	20	26	28	1.99
76885948--76886153	78	2.6	79	81	6	222	23	20	28	28	1.99
76894054--76894260	79	2.6	80	83	6	242	23	20	27	28	1.99
76894050--76894260	40	5.3	40	87	5	259	23	20	27	28	1.99
76901523--76901571	24	2.0	24	96	0	89	32	32	20	14	1.92
76907794--76907853	26	2.4	24	83	8	75	68	3	0	28	1.05
76907824--76907882	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
76907929--76907961	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
76909222--76909264	17	2.4	17	84	7	50	30	2	4	62	1.28
76917935--76917994	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
76922915--76922996	34	2.5	33	84	11	105	4	23	2	69	1.20
76922915--76922979	19	3.7	18	70	17	55	6	24	1	67	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76926568--76926625	29	2.0	29	96	0	107	39	10	29	20	1.86
76931111--76931208	46	2.1	46	98	0	187	17	20	18	43	1.88
76931202--76931260	21	2.8	20	75	7	64	20	23	15	40	1.90
76931200--76931335	42	3.2	42	78	4	130	17	22	16	43	1.88
76936312--76936512	108	1.8	110	88	4	309	22	25	17	34	1.96
76936266--76936519	55	4.8	52	77	8	230	21	25	16	36	1.94
76937611--76937635	8	3.1	8	100	0	50	36	28	12	24	1.91
76939525--76939740	55	4.0	54	79	6	231	22	25	16	36	1.94
76944205--76944253	25	1.9	25	83	4	62	36	2	6	55	1.37
76949150--76949259	37	3.0	37	91	0	175	23	19	29	28	1.98
76950529--76951093	40	14.1	40	90	0	853	24	20	27	26	1.99
76953551--76953657	37	2.9	37	90	0	160	25	17	30	26	1.97
76957160--76957708	96	5.7	96	95	1	926	33	8	28	29	1.86
76957160--76957708	47	11.5	49	93	2	883	33	8	28	29	1.86
76960933--76960974	20	2.1	20	95	0	75	30	16	21	30	1.95
76975651--76975826	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
76975648--76975819	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
76983197--76983371	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
76989519--76990069	47	11.6	47	93	2	797	27	29	9	33	1.88
76991508--76991627	56	2.1	56	95	0	222	22	22	10	45	1.82
76992577--76992668	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
76992789--76992860	25	3.0	23	82	10	72	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76993684--76993747	27	2.4	27	84	5	85	21	25	17	35	1.95
76993801--76993887	27	3.1	27	74	19	88	36	9	14	39	1.79
76993865--76993961	27	3.6	26	79	10	90	25	7	22	44	1.78
76993983--76994098	27	4.4	25	79	11	99	36	7	22	33	1.83
76993993--76994084	27	3.4	27	88	5	132	39	6	25	29	1.81
77000814--77000881	34	2.0	34	100	0	136	29	5	23	41	1.78
77005480--77005540	30	2.1	30	81	9	72	40	0	24	34	1.55
77006694--77006735	18	2.1	21	87	12	63	9	4	28	57	1.51
77010973--77011127	43	3.6	43	71	11	120	28	16	25	29	1.97
77015303--77015347	20	2.3	20	96	3	83	62	8	11	17	1.53
77016192--77016353	43	3.8	42	80	11	168	23	19	25	31	1.98
77019264--77019294	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77019261--77019300	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
77019370--77019417	23	2.0	23	88	4	69	20	20	10	47	1.79
77019486--77019735	55	4.7	53	79	8	233	22	24	18	35	1.95
77019533--77019730	108	1.8	110	86	4	294	23	25	17	34	1.96
77024027--77024051	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
77026641--77026802	43	3.8	42	78	6	146	24	16	24	34	1.95
77026639--77026779	43	3.3	43	78	11	153	22	15	24	36	1.93
77031523--77031672	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
77031547--77031730	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
77038922--77039221	47	6.4	47	91	1	458	33	7	30	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77052602--77052677	37	2.1	37	100	0	152	31	25	10	32	1.89
77064656--77064728	34	2.1	34	97	0	137	50	12	15	21	1.76
77065383--77065496	37	3.1	37	89	0	174	26	31	20	21	1.98
77065659--77066032	47	8.0	47	88	1	534	25	29	12	32	1.93
77065644--77066032	141	2.8	141	91	0	609	26	29	12	32	1.92
77065811--77065939	25	5.4	25	62	23	80	27	28	11	31	1.92
77069865--77069916	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
77070092--77070489	39	10.2	40	83	7	487	26	26	21	26	1.99
77070092--77070512	116	3.6	116	84	6	480	26	26	21	26	1.99
77070079--77070489	155	2.6	153	87	6	549	26	26	20	26	1.99
77070092--77070489	76	5.1	77	86	8	504	26	26	21	26	1.99
77071771--77071883	37	3.1	37	89	2	174	25	31	20	22	1.98
77072046--77072419	47	8.0	47	88	1	534	25	29	12	32	1.92
77072063--77072419	141	2.5	141	93	0	599	26	29	11	32	1.91
77084779--77084899	41	2.9	41	90	3	170	29	14	22	33	1.94
77089049--77089207	22	7.1	23	92	5	256	28	22	20	28	1.98
77089257--77089317	20	3.0	20	92	0	104	34	21	11	32	1.89
77096826--77096889	31	2.1	31	87	0	92	25	21	15	37	1.93
77097083--77097224	24	6.0	24	86	5	191	27	22	21	28	1.99
77097082--77097224	47	3.0	47	91	4	216	27	22	21	28	1.99
77097274--77097334	20	3.0	20	95	0	113	34	19	11	34	1.88
77097274--77097329	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77097338--77097385	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
77103238--77103410	46	3.8	45	76	13	172	23	20	26	29	1.99
77103235--77103405	93	1.8	93	91	0	279	23	20	27	28	1.99
77104726--77104782	23	2.4	23	80	13	64	43	19	12	24	1.85
77104872--77104944	27	2.7	27	93	0	119	36	13	16	32	1.88
77107005--77107075	35	2.0	35	100	0	142	49	2	11	36	1.53
77111985--77112054	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
77116331--77116447	34	3.5	34	79	9	132	26	24	23	24	2.00
77116693--77116748	23	2.4	22	85	14	69	39	19	16	25	1.91
77119707--77119863	43	3.7	43	92	0	242	31	17	21	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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