Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  295  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99151164--99152204
84
12.2
84
88
1
1273
19
23
21
35
1.96
99151522--99151654
43
3.1
43
62
23
109
18
24
20
36
1.95
99151164--99152204
335
3.1
336
87
3
1345
19
23
21
35
1.96
99152322--99152411
46
2.0
45
84
2
117
31
21
16
31
1.95
99152213--99152805
178
3.3
177
88
1
799
29
21
18
31
1.96
99152390--99152487
44
2.2
45
77
15
105
29
20
17
32
1.95
99152501--99152597
45
2.2
44
85
7
124
27
22
18
30
1.97
99155791--99155975
47
4.0
46
76
5
151
25
17
28
28
1.97
99157640--99157675
18
2.1
16
90
10
54
0
11
5
83
0.80
99159875--99160251
186
2.0
186
91
1
612
20
23
21
33
1.97
99162739--99162792
23
2.5
23
82
8
60
61
7
0
31
1.24
99163008--99163116
29
3.8
28
72
23
66
63
2
8
25
1.36
99162987--99163116
15
9.0
14
71
17
63
64
2
7
25
1.32
99163506--99163537
5
6.4
5
100
0
64
81
0
0
18
0.70
99174311--99174337
3
9.0
3
100
0
54
66
33
0
0
0.92
99178594--99178630
19
2.0
20
89
10
60
72
5
8
13
1.24
99184288--99184339
26
2.0
26
92
0
86
50
15
19
15
1.79
99185222--99185585
71
5.1
71
78
3
311
33
18
22
25
1.97
99185490--99185585
35
2.7
35
71
9
86
33
18
25
22
1.97
99185205--99185585
142
2.7
141
79
1
431
33
18
22
24
1.97
99192053--99192200
71
2.1
71
80
2
163
35
28
12
23
1.92
99194198--99194307
26
4.2
26
97
0
184
33
5
24
36
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99195927--99196039
27
4.2
27
84
3
120
17
23
22
36
1.95
99195925--99196039
54
2.1
54
87
3
160
17
23
22
36
1.95
99196101--99196140
19
2.0
22
85
14
59
17
2
47
32
1.61
99198168--99198205
3
12.7
3
100
0
76
34
31
0
34
1.58
99199032--99199061
11
2.7
11
94
0
51
16
0
3
80
0.85
99200350--99200425
4
19.0
4
97
0
143
51
23
0
25
1.49
99202746--99202877
57
2.3
57
77
0
138
34
19
4
41
1.72
99203632--99203727
42
2.3
42
81
3
113
21
28
26
23
1.99
99207355--99207442
20
4.4
19
70
9
59
35
20
28
15
1.94
99207329--99207486
80
2.0
80
84
2
210
36
17
27
18
1.93
99207330--99207498
40
4.2
40
84
0
185
35
17
27
19
1.94
99210273--99210324
26
2.0
26
96
0
95
46
25
7
21
1.77
99212017--99212093
23
3.4
22
76
7
73
11
25
23
38
1.89
99212750--99212774
11
2.3
11
100
0
50
28
16
28
28
1.97
99213328--99213399
36
2.0
36
100
0
144
50
2
19
27
1.62
99216176--99216301
22
5.6
22
77
7
146
25
23
17
34
1.96
99216165--99216291
45
2.8
45
86
2
184
25
23
18
33
1.97
99225585--99225642
19
3.1
18
73
11
55
55
0
0
44
0.99
99228679--99228822
72
2.0
71
97
2
272
29
15
11
43
1.82
99231040--99231067
14
2.0
14
100
0
56
71
0
0
28
0.86
99231220--99231258
18
2.4
17
84
16
55
56
0
0
43
0.99
99231288--99231329
7
5.9
7
81
15
50
66
2
0
30
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99233885--99233934
25
2.0
25
100
0
100
40
12
12
36
1.79
99234437--99234482
19
2.3
20
81
11
58
32
10
6
50
1.63
99234448--99234490
19
2.3
19
91
0
68
32
9
9
48
1.67
99235106--99235169
27
2.4
26
75
15
67
71
4
7
15
1.26
99238205--99238376
93
1.8
93
96
0
317
27
29
21
20
1.98
99238198--99238373
46
3.8
46
79
12
216
28
29
21
20
1.98
99239682--99239808
41
3.1
41
82
4
132
30
25
23
19
1.98
99246581--99246620
17
2.3
18
86
4
55
25
5
20
50
1.68
99259701--99259751
25
2.0
25
96
0
93
31
9
17
41
1.82
99262191--99262231
19
2.1
20
86
4
57
41
2
0
56
1.13
99271040--99271085
18
2.6
18
82
0
56
26
0
4
69
1.07
99271052--99271088
18
2.1
18
90
5
58
29
0
5
64
1.15
99281686--99281720
4
8.8
4
93
0
61
51
2
0
45
1.16
99285313--99285337
6
4.2
6
100
0
50
48
16
0
36
1.46
99287368--99287414
21
2.2
22
92
3
78
21
38
19
21
1.94
99293436--99293592
20
7.8
20
84
0
206
39
25
20
14
1.91
99293590--99293660
36
2.0
36
82
0
88
19
30
21
28
1.97
99300709--99300758
12
4.2
12
84
0
64
32
46
10
12
1.74
99305759--99305795
19
1.9
19
100
0
74
37
24
5
32
1.78
99317552--99317621
35
2.0
35
97
0
131
28
21
11
38
1.88
99319072--99319268
56
3.5
57
84
4
247
28
16
21
32
1.95
99334389--99334656
58
4.7
56
85
4
340
29
17
21
32
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99334389--99334659
114
2.4
116
86
4
367
29
17
21
32
1.96
99338376--99338431
26
2.2
26
93
0
94
33
7
25
33
1.83
99344805--99344916
27
4.1
27
81
3
109
17
23
22
36
1.95
99346568--99346596
5
5.8
5
100
0
58
58
0
0
41
0.98
99350342--99350464
26
4.8
26
90
2
196
27
21
21
28
1.99
99350517--99350569
20
2.8
20
88
11
76
33
18
9
37
1.83
99350521--99350569
5
10.2
5
75
16
50
36
20
6
36
1.78
99354005--99354106
43
2.4
42
86
6
134
24
18
24
32
1.97
99356227--99356282
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
99356216--99356282
20
3.3
20
93
0
116
34
11
20
32
1.90
99356331--99356450
23
5.0
24
85
9
156
30
20
20
29
1.98
99356644--99356707
31
2.1
31
85
2
85
39
15
21
23
1.92
99364100--99364147
25
2.0
25
83
4
62
37
20
12
29
1.90
99364196--99364251
11
5.5
11
71
16
57
35
12
19
32
1.89
99364185--99364251
20
3.3
20
93
0
116
34
11
20
32
1.90
99364300--99364419
23
5.0
24
84
9
147
29
17
24
29
1.97
99364300--99364405
46
2.2
49
90
6
164
30
16
24
29
1.96
99364613--99364676
31
2.1
31
84
0
83
37
15
21
25
1.93
99367930--99368089
43
3.7
43
81
8
184
25
15
25
34
1.94
99373083--99373210
66
1.9
66
84
3
168
43
18
26
10
1.83
99375391--99375526
40
3.4
40
89
0
191
24
19
22
33
1.97
99387438--99387531
48
2.0
48
87
8
138
40
27
12
19
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99389946--99390039
48
2.0
48
87
8
138
40
27
12
19
1.88
99405687--99405711
6
4.2
6
100
0
50
52
0
16
32
1.44
99410539--99410569
14
2.2
14
94
0
53
61
0
3
35
1.12
99411501--99411566
19
3.7
19
69
17
52
66
1
0
31
1.01
99418587--99418662
5
14.8
5
72
20
59
76
3
17
2
1.06
99418587--99418661
22
3.4
22
70
20
66
76
4
17
2
1.06
99419769--99419971
96
2.1
96
96
0
372
39
5
20
34
1.75
99423054--99423086
14
2.5
13
95
5
57
75
0
24
0
0.80
99425649--99425695
13
3.6
13
91
0
67
46
2
6
44
1.40
99426599--99426671
29
2.7
27
81
10
85
42
4
1
52
1.29
99426660--99426738
35
2.2
36
77
4
88
49
5
3
41
1.43
99431383--99431502
60
2.0
60
98
0
231
23
25
18
32
1.97
99432699--99432757
27
2.2
27
100
0
118
44
0
6
49
1.29
99432699--99432772
27
2.7
27
89
4
87
47
0
6
45
1.29
99441796--99441844
25
2.0
25
83
0
62
42
10
18
28
1.83
99449565--99449609
23
2.0
23
86
0
63
68
6
0
24
1.13
99449565--99449625
30
2.0
31
87
3
88
63
6
1
27
1.28
99450129--99450155
4
6.8
4
100
0
54
77
0
0
22
0.76
99459868--99459931
32
2.0
32
100
0
128
40
12
15
31
1.85
99466576--99466660
45
1.9
43
90
4
134
20
11
17
50
1.77
99467478--99467534
16
3.6
16
69
9
53
17
0
26
56
1.41
99469694--99469915
46
4.8
46
79
11
220
31
27
18
22
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99471914--99472005
47
2.0
46
80
6
105
36
19
8
34
1.83
99474716--99474769
20
2.7
20
82
0
63
24
33
14
27
1.94
99476398--99476438
20
2.1
20
86
4
57
41
14
12
31
1.83
99476528--99476632
47
2.2
47
89
0
174
43
18
16
21
1.87
99481919--99481964
18
2.6
18
89
3
67
19
30
32
17
1.95
99481916--99481969
18
3.1
18
86
2
65
18
25
37
18
1.94
99482579--99482620
19
2.0
20
82
13
50
71
2
21
4
1.16
99493261--99493304
17
2.6
17
100
0
88
4
29
0
65
1.12
99495858--99495948
35
2.6
35
75
8
103
69
3
4
23
1.22
99499167--99499203
14
2.5
15
87
12
51
70
0
2
27
1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362