genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.164.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54044391--54044694	47	6.4	47	91	1	437	27	29	8	34	1.86
54048056--54048278	40	5.6	40	87	1	322	25	27	22	24	2.00
54048056--54048278	79	2.8	80	91	1	349	25	27	22	24	2.00
54048043--54048275	119	2.0	119	88	0	349	25	27	22	24	2.00
54048336--54048409	38	2.0	38	89	2	114	24	27	17	31	1.97
54050840--54051143	47	6.4	47	91	1	437	27	29	8	34	1.86
54054499--54054717	40	5.6	40	86	5	313	25	27	22	25	2.00
54054499--54054717	78	2.8	78	92	2	341	25	27	22	25	2.00
54054772--54054846	39	2.0	39	82	10	93	24	26	18	30	1.98
54057278--54057581	47	6.4	47	90	3	421	28	29	8	34	1.86
54063206--54063243	19	2.0	19	100	0	76	36	21	10	31	1.87
54067211--54067369	50	3.1	51	81	7	191	39	12	13	33	1.83
54069949--54070120	93	1.8	93	87	0	254	28	28	19	23	1.98
54069941--54070116	46	3.8	45	77	7	165	29	27	19	23	1.98
54069996--54070135	46	3.0	46	74	13	126	30	28	18	22	1.98
54072061--54072133	18	4.1	18	77	15	71	9	21	1	67	1.28
54072077--54072133	16	3.2	17	73	24	55	8	21	0	70	1.14
54072094--54072148	21	2.7	20	84	13	76	9	21	1	67	1.28
54073003--54073051	10	4.8	10	77	5	53	8	10	4	77	1.10
54074239--54074397	50	3.1	51	80	7	173	39	11	14	34	1.82
54077801--54077895	38	2.5	38	82	3	111	30	24	21	24	1.99
54077830--54077908	38	2.1	38	83	9	99	29	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54082842--54082960	36	3.4	36	69	13	102	29	21	22	26	1.99
54089874--54089970	40	2.4	41	86	6	128	26	16	28	27	1.97
54098400--54098549	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
54119057--54119243	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
54124821--54124987	40	4.2	40	89	5	234	24	23	26	25	2.00
54124821--54124987	79	2.1	79	86	6	232	24	23	26	25	2.00
54131078--54131260	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
54131079--54131262	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
54131131--54131295	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
54137309--54137539	40	5.8	40	87	2	295	22	23	28	25	1.99
54137309--54137539	120	1.9	119	87	4	340	22	23	28	25	1.99
54144816--54144842	12	2.2	12	100	0	54	7	0	40	51	1.30
54145392--54145618	41	5.6	41	90	2	307	25	24	25	24	2.00
54149182--54149344	42	3.9	42	81	6	186	27	15	24	31	1.96
54153347--54153449	40	2.6	40	92	0	161	33	15	22	29	1.95
54153385--54153456	20	3.6	20	74	7	74	34	16	20	27	1.95
54153341--54153466	40	3.2	40	83	1	137	35	17	20	26	1.95
54159674--54159883	40	5.2	40	91	1	289	26	26	22	24	2.00
54159634--54159883	80	3.2	80	85	3	310	26	26	22	24	2.00
54167869--54168093	40	5.7	40	88	1	285	27	27	22	22	1.99
54172667--54172726	22	2.8	22	79	2	68	20	0	36	43	1.52
54172688--54172741	7	7.6	7	81	4	54	20	1	37	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54172660--54172741	43	1.9	42	82	2	101	19	2	36	41	1.65
54172933--54172989	21	2.7	20	83	5	69	28	0	31	40	1.57
54172953--54173007	28	2.0	28	89	7	85	27	0	32	40	1.57
54175245--54175289	14	3.5	14	77	22	62	44	13	4	37	1.64
54175240--54175288	24	2.0	24	96	0	89	44	10	4	40	1.57
54176179--54176225	23	2.0	23	95	0	85	42	2	12	42	1.55
54176182--54176241	23	2.6	22	82	12	68	48	1	10	40	1.47
54176534--54176631	49	2.0	49	97	0	187	40	13	1	44	1.50
54176973--54177268	9	33.6	9	77	7	214	47	14	1	36	1.51
54176969--54177127	44	3.6	44	93	0	273	47	13	1	37	1.51
54176992--54177268	35	7.9	35	78	8	197	48	14	1	36	1.51
54177071--54177251	62	2.9	62	80	8	199	47	14	1	37	1.51
54182409--54182437	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
54182860--54182900	21	2.0	21	90	0	64	26	24	48	0	1.51
54183273--54183408	43	3.2	41	76	12	148	30	20	22	27	1.98
54187648--54187706	30	2.1	29	84	15	79	52	6	3	37	1.45
54200347--54200371	11	2.3	11	100	0	50	44	0	8	48	1.32
54204055--54204124	25	2.8	25	77	14	63	57	4	5	32	1.42
54206050--54206123	37	2.0	37	97	0	139	32	17	10	39	1.84
54217103--54217243	43	3.3	43	82	3	167	28	15	24	31	1.95
54220501--54220537	19	2.1	19	85	10	51	51	0	8	40	1.32
54220601--54220625	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54222909--54222947	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
54222998--54223144	24	6.2	23	85	3	177	31	20	19	28	1.97
54222998--54223144	71	2.1	71	88	0	213	31	20	19	28	1.97
54222999--54223142	47	3.1	45	84	6	171	30	20	19	29	1.97
54223357--54223420	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
54225659--54225704	23	2.0	23	91	0	74	23	28	19	28	1.98
54225611--54225752	71	2.0	71	87	2	205	27	29	16	26	1.97
54225682--54225851	48	3.5	48	85	4	209	28	28	17	25	1.97
54228557--54228600	22	2.0	22	86	0	61	47	11	6	34	1.66
54231881--54232026	43	3.4	43	75	9	147	28	24	19	28	1.98
54235128--54235231	52	2.0	52	100	0	208	30	13	11	44	1.79
54242914--54242952	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
54243415--54243505	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
54243611--54243675	28	2.3	28	86	0	85	32	7	23	36	1.83
54250042--54250122	28	2.9	28	94	1	135	32	20	24	22	1.98
54250238--54250302	28	2.3	28	89	0	103	32	7	26	33	1.85
54250785--54250829	23	2.0	22	83	8	56	33	31	15	20	1.93
54255224--54255248	7	3.6	7	100	0	50	16	28	0	56	1.41
54256287--54256325	20	2.0	20	84	0	51	35	7	12	43	1.72
54257868--54257899	15	2.1	15	100	0	64	68	18	0	12	1.20
54263453--54263665	46	4.6	46	79	12	170	25	28	16	29	1.97
54263542--54263670	47	2.7	47	79	16	151	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54271115--54271242	47	2.7	47	75	13	129	25	28	18	27	1.98
54274582--54274619	20	2.1	18	85	14	51	31	0	13	55	1.38
54276289--54276318	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
54277428--54277570	33	4.3	33	90	0	205	42	35	6	14	1.73
54279492--54279524	15	2.1	16	88	5	50	54	0	24	21	1.45
54279482--54279553	20	3.6	20	92	3	110	50	0	26	23	1.50
54288044--54288094	20	2.6	19	81	9	66	15	17	19	47	1.83
54289067--54289152	41	2.1	41	97	0	163	29	32	5	32	1.81
54291373--54291654	48	5.9	48	85	3	383	12	28	11	47	1.76
54292512--54292564	26	2.0	26	92	0	88	35	16	15	32	1.90
54292629--54292667	12	3.2	12	85	0	51	30	12	23	33	1.92
54299138--54299512	47	8.0	47	89	0	552	32	12	29	26	1.92
54299213--54299288	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
54299401--54299476	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
54299138--54299512	94	4.0	94	91	0	624	32	12	29	26	1.92
54299138--54299512	141	2.7	141	88	3	610	32	12	29	26	1.92
54299138--54299554	141	3.0	138	76	12	445	31	11	29	26	1.92
54299675--54299826	37	4.1	37	93	0	241	21	19	33	25	1.97
54313509--54313750	48	5.1	48	87	2	310	11	26	10	50	1.71
54313509--54313750	95	2.5	96	86	2	319	11	26	10	50	1.71
54315611--54315742	67	2.0	67	87	0	192	29	31	16	22	1.96
54328903--54328947	16	3.1	16	70	29	55	42	26	17	13	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54340406--54340647	40	6.1	40	90	4	334	22	23	27	26	1.99
54348457--54348682	40	5.7	40	90	1	294	23	21	26	27	1.99
54354193--54354302	55	2.0	55	100	0	220	21	10	29	38	1.88
54358323--54358540	40	5.5	39	91	2	287	26	28	22	22	1.99
54364293--54364423	47	2.8	47	90	2	192	32	29	16	21	1.95
54366128--54366258	48	2.7	48	81	0	154	28	19	32	20	1.97
54371895--54371924	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
54372124--54372265	50	2.9	50	86	1	187	30	27	16	24	1.97
54374418--54374679	39	6.7	39	90	1	373	29	29	22	19	1.98
54374752--54374833	28	2.9	28	79	0	92	28	24	12	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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