genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18219909--18220086	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18219910--18220065	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18219906--18220086	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18228099--18228249	27	5.6	27	82	4	178	27	15	27	29	1.96
18228100--18228249	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	30	1.96
18233813--18233839	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
18245350--18245543	47	4.1	47	87	0	262	32	10	29	27	1.90
18245513--18246041	48	10.8	48	89	6	830	36	6	25	31	1.81
18245513--18246041	148	3.6	144	89	6	814	36	6	25	31	1.81
18245513--18246041	196	2.7	196	97	0	990	36	6	25	31	1.81
18246187--18246295	37	2.9	37	91	0	173	23	18	30	27	1.98
18251875--18252047	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
18251872--18252042	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
18257401--18257573	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
18257398--18257568	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
18270479--18270654	46	3.8	46	74	12	180	22	20	27	28	1.99
18270475--18270646	93	1.8	93	90	2	274	22	20	28	27	1.99
18270896--18270954	29	2.1	27	87	9	84	25	5	25	44	1.74
18273599--18273666	15	4.6	15	79	3	75	11	17	13	57	1.65
18273590--18273676	29	3.0	30	78	11	90	10	17	16	56	1.67
18273595--18273677	44	1.9	43	87	2	121	9	16	16	56	1.66
18338604--18338637	16	2.1	16	94	0	59	8	26	23	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18338893--18338932	21	1.9	21	84	0	53	37	22	10	30	1.87
18344912--18344967	26	2.2	26	93	0	94	37	25	7	30	1.82
18351813--18351845	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
18354750--18354948	27	7.4	27	85	0	272	24	21	18	36	1.95
18354750--18354948	54	3.7	54	91	0	308	24	21	18	36	1.95
18356968--18357006	17	2.4	17	86	4	53	20	30	12	35	1.90
18357809--18357872	33	1.9	33	87	6	94	25	23	25	26	2.00
18357835--18357900	28	2.4	28	79	2	71	28	22	24	24	1.99
18358251--18358449	27	7.4	27	84	0	254	24	21	19	35	1.96
18358251--18358449	81	2.5	81	83	0	281	24	21	19	35	1.96
18383578--18383619	8	5.4	8	88	8	52	54	21	19	4	1.62
18383726--18383762	19	2.0	19	89	5	58	24	16	40	18	1.90
18383873--18383947	29	2.6	29	79	10	91	25	20	33	21	1.97
18394296--18394386	17	6.3	15	72	19	61	17	4	1	76	1.00
18394293--18394386	21	4.4	21	76	14	79	17	4	1	77	0.98
18394293--18394386	5	18.8	5	74	19	65	17	4	1	77	0.98
18394302--18394386	12	7.2	11	74	18	73	17	4	1	76	1.02
18394302--18394366	6	11.2	6	85	6	73	15	4	1	78	0.99
18397275--18397307	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
18415757--18415807	22	2.3	23	82	3	59	45	11	3	39	1.59
18417753--18417795	17	2.5	17	82	14	52	74	9	4	11	1.20
18418467--18418532	34	1.9	34	100	0	132	33	16	12	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18421444--18421552	28	3.9	28	91	0	164	27	17	23	31	1.97
18423505--18423578	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
18432197--18432263	20	3.2	20	66	15	53	37	29	11	20	1.89
18432186--18432271	44	2.0	44	95	0	154	37	26	12	23	1.91
18435963--18436028	30	2.2	30	91	0	105	22	19	28	28	1.98
18445343--18445392	12	3.8	13	79	10	57	46	2	2	50	1.24
18445343--18445372	6	4.8	6	95	4	51	50	0	0	50	1.00
18465071--18465861	177	4.5	180	80	5	794	29	18	23	27	1.98
18465197--18465464	88	3.0	85	67	13	202	29	16	26	26	1.97
18465071--18465822	355	2.1	351	81	7	853	29	18	24	27	1.98
18465244--18465897	355	1.8	354	80	5	791	29	18	23	27	1.98
18466204--18466237	16	2.1	17	88	5	52	76	11	0	11	1.02
18470335--18470387	26	2.0	26	82	7	63	26	16	20	35	1.94
18471736--18471817	26	3.2	26	96	0	155	35	25	7	31	1.84
18483502--18483615	42	2.6	44	87	5	162	34	25	15	24	1.95
18486158--18486298	46	3.0	44	76	14	126	29	28	19	22	1.98
18488561--18488593	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18491451--18491549	5	19.0	5	71	22	64	76	1	4	18	0.99
18491449--18491549	32	3.0	33	83	11	118	75	1	3	18	1.06
18491451--18491549	12	7.8	12	69	20	60	76	1	4	18	0.99
18496935--18496967	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
18502249--18502284	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18502920--18503092	43	4.0	43	78	0	168	30	30	16	22	1.96
18503715--18503791	23	3.3	23	70	13	59	40	20	5	33	1.75
18503725--18503820	46	2.1	46	84	0	120	40	18	5	35	1.73
18503727--18503811	23	3.7	23	78	6	82	38	20	4	36	1.73
18508678--18509148	182	2.6	182	90	2	721	38	22	5	33	1.78
18508731--18509299	160	3.6	158	83	6	625	38	22	5	33	1.76
18508578--18509296	137	5.3	134	72	12	412	38	22	4	33	1.76
18508578--18509299	23	31.6	23	73	10	493	39	22	4	33	1.75
18511812--18512016	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
18520091--18520295	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
18526247--18526294	10	4.6	10	80	10	60	10	6	6	77	1.13
18526247--18526306	12	5.5	11	80	13	70	11	5	6	76	1.13
18526247--18526306	11	5.5	12	77	18	60	11	5	6	76	1.13
18527441--18531335	779	5.0	779	97	0	7259	32	18	19	28	1.96
18534276--18534334	29	2.0	29	84	12	77	20	6	16	55	1.63
18535594--18535686	46	2.0	46	97	0	177	33	18	10	37	1.85
18538408--18538442	12	2.9	12	86	0	52	2	8	2	85	0.79
18540300--18541098	401	2.0	401	98	0	1553	39	15	21	23	1.92
18542112--18542208	30	3.2	30	74	8	99	28	15	27	27	1.96
18542764--18542817	20	2.7	21	80	11	60	40	18	20	20	1.91
18546764--18546842	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
18546748--18547214	47	10.1	47	91	3	750	31	9	30	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18546748--18547214	139	3.4	140	92	3	723	31	9	30	27	1.89
18547333--18547410	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
18549260--18549362	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
18549344--18549417	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
18549728--18549922	40	4.9	40	80	6	175	26	22	26	24	2.00
18549732--18549923	80	2.4	80	81	6	212	26	22	26	24	2.00
18561417--18561621	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
18564673--18564701	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
18565083--18565145	21	3.0	21	78	2	72	31	0	23	44	1.54
18565084--18565150	14	4.7	15	73	14	52	31	0	22	46	1.52
18565067--18565151	36	2.4	37	82	9	104	28	0	24	47	1.53
18565497--18565788	40	7.3	40	84	1	363	25	19	20	33	1.97
18572759--18572822	27	2.3	29	78	10	71	51	3	3	42	1.33
18572936--18573070	56	2.4	57	78	14	145	61	0	4	33	1.21
18573000--18573036	12	3.0	12	84	7	56	59	0	5	35	1.20
18573000--18573033	13	2.7	13	86	4	52	58	0	5	35	1.22
18573032--18573073	9	4.8	9	86	13	61	69	0	0	30	0.89
18572936--18573072	58	2.4	58	77	15	142	61	0	4	33	1.21
18574643--18575061	44	9.6	44	87	1	563	28	27	14	30	1.95
18574643--18575510	88	9.6	88	78	9	786	28	26	14	29	1.95
18574643--18575510	132	6.4	132	79	8	861	28	26	14	29	1.95
18575038--18575085	24	2.0	24	95	0	87	31	20	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18574997--18575130	68	2.0	66	86	2	187	27	23	15	32	1.95
18575063--18575510	44	10.2	44	87	1	623	29	25	15	29	1.96
18583870--18583933	27	2.3	29	78	10	71	50	3	3	43	1.33
18584087--18584164	14	5.9	14	75	17	60	58	0	3	37	1.16
18584114--18584165	13	4.0	12	79	16	50	61	0	1	36	1.07
18584110--18584149	13	3.1	13	85	7	55	60	0	5	35	1.19
18584043--18584168	45	2.7	43	77	12	110	61	0	4	33	1.23
18585514--18585543	8	3.8	8	95	0	51	23	0	0	76	0.78
18586806--18586876	31	2.3	29	83	11	88	50	4	4	40	1.41
18598037--18598076	8	5.0	8	100	0	80	75	0	0	25	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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