genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75934837--75935318	27	18.0	27	79	4	350	32	8	19	39	1.83
75934834--75935317	54	9.0	54	78	7	434	32	8	19	39	1.82
75935617--75935717	28	3.6	28	90	0	148	25	33	13	26	1.94
75936826--75936908	43	1.9	43	80	9	98	24	14	27	33	1.94
75938971--75939069	28	3.5	28	87	4	119	27	15	27	30	1.96
75950201--75950252	26	2.0	26	100	0	104	53	7	19	19	1.68
75954199--75954274	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
75954174--75954320	47	3.1	47	89	0	213	32	10	29	27	1.90
75966333--75966734	47	8.6	47	91	1	628	32	8	29	29	1.87
75974175--75974213	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
75976967--75977168	50	4.0	51	77	8	198	25	19	24	30	1.98
75979655--75979827	93	1.9	93	86	0	247	21	18	29	30	1.97
75981762--75981913	27	5.6	27	82	6	180	27	13	27	30	1.94
75989671--75989821	27	5.6	27	81	4	160	27	13	26	31	1.94
75989671--75989821	55	2.8	54	83	5	171	27	13	26	31	1.94
76000703--76000756	26	2.1	26	92	0	90	27	24	18	29	1.98
76002528--76002751	67	3.4	64	76	11	204	23	29	16	30	1.97
76004557--76004621	32	2.0	32	90	0	103	36	16	23	23	1.94
76025099--76025362	46	5.6	46	78	9	241	27	19	29	22	1.98
76025096--76025367	94	2.9	94	79	10	281	27	19	29	22	1.98
76030640--76030728	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
76030640--76030722	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76030651--76030728	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
76033637--76033807	93	1.8	93	93	0	297	27	29	21	21	1.99
76033629--76033804	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
76102091--76102416	180	1.8	180	91	1	537	31	19	10	38	1.85
76102741--76102772	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
76102981--76103466	50	9.6	50	81	4	487	30	26	17	25	1.97
76103154--76103234	24	3.3	24	66	24	69	30	32	13	23	1.93
76102976--76103416	151	2.9	151	85	1	562	30	26	17	25	1.97
76102981--76103410	201	2.1	201	89	0	671	30	26	16	25	1.97
76103818--76103864	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
76106426--76106485	15	4.1	14	80	8	66	53	13	20	13	1.72
76106427--76106485	30	2.0	30	83	6	75	52	13	20	13	1.74
76110136--76110472	50	6.7	51	78	6	330	30	27	16	25	1.96
76121336--76121419	44	1.9	44	90	0	132	33	29	14	22	1.93
76121965--76121990	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
76125238--76125349	24	4.7	24	80	9	131	23	12	30	33	1.92
76125238--76125349	48	2.3	49	92	3	183	23	12	30	33	1.92
76126138--76126162	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
76131670--76131703	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
76133022--76133107	24	3.6	24	84	9	113	20	16	33	29	1.95
76133881--76133906	9	2.9	9	100	0	52	88	0	0	11	0.52
76139092--76139276	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76139073--76139276	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
76145050--76145118	34	2.1	34	97	2	131	28	30	20	20	1.97
76147086--76147270	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
76147067--76147270	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
76162271--76162447	67	2.7	66	80	8	164	32	16	29	22	1.95
76170524--76170572	25	2.0	23	81	14	55	18	22	22	36	1.95
76171752--76171908	73	2.2	73	85	0	206	22	28	24	24	1.99
76171768--76171931	73	2.2	73	79	2	177	23	25	25	26	2.00
76176528--76176646	46	2.6	46	93	0	202	24	30	10	35	1.88
76176620--76177044	47	9.1	47	89	0	584	25	27	12	34	1.91
76181503--76181678	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	28	1.99
76181499--76181670	93	1.8	93	92	0	290	21	22	29	27	1.99
76184645--76184713	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
76184636--76184723	30	3.0	30	80	11	92	11	17	14	56	1.66
76186665--76186836	46	3.7	45	79	10	195	20	22	28	28	1.99
76186661--76186832	93	1.8	93	93	0	299	20	22	29	27	1.98
76191546--76191584	11	3.5	11	86	6	60	38	0	0	61	0.96
76191547--76191582	12	3.1	12	88	4	56	36	0	0	63	0.94
76191648--76191824	94	1.9	92	84	4	239	28	19	19	32	1.96
76192525--76192560	14	2.5	14	95	4	63	22	0	5	72	1.05
76210874--76210924	19	2.7	19	84	6	59	31	3	27	37	1.75
76212887--76212957	33	2.1	34	87	7	101	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76217035--76217207	94	1.8	94	84	0	238	30	18	26	24	1.98
76217228--76217352	49	2.5	49	87	3	171	25	21	30	22	1.99
76218521--76218562	21	2.0	20	86	4	57	11	35	23	28	1.91
76229252--76229388	40	3.5	39	89	5	195	25	22	28	23	1.99
76237170--76237387	40	5.5	40	91	1	341	23	22	27	25	2.00
76242219--76242361	40	3.6	40	82	7	166	24	20	27	26	1.99
76242626--76242855	49	4.9	40	94	2	136	32	9	30	28	1.88
76242579--76242890	47	6.6	47	93	1	498	33	8	29	28	1.86
76246318--76246344	13	2.1	13	100	0	54	0	22	37	40	1.54
76247869--76248093	40	5.7	40	82	6	242	25	28	21	25	1.99
76248025--76248102	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
76252526--76252586	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76253406--76253498	27	3.5	27	78	7	91	39	18	5	36	1.73
76253411--76253587	27	6.7	26	70	5	86	38	20	7	33	1.82
76253557--76253878	53	6.1	51	72	15	180	36	18	19	25	1.95
76253579--76253918	26	13.0	26	81	8	354	35	18	21	24	1.95
76253579--76253918	79	4.3	79	83	8	336	35	18	21	24	1.95
76253579--76253918	105	3.2	104	79	10	379	35	18	21	24	1.95
76276520--76276688	43	4.0	42	77	7	171	24	17	27	29	1.98
76276531--76276688	84	1.9	84	84	2	210	25	18	27	28	1.98
76280888--76280946	29	2.0	31	80	12	70	38	1	18	40	1.61
76283085--76283128	17	2.8	17	77	16	51	36	0	27	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76283307--76283378	36	2.0	36	97	0	135	36	15	13	34	1.87
76286220--76286402	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
76286221--76286404	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
76286273--76286437	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
76294393--76294577	40	4.6	41	80	7	204	24	22	27	25	2.00
76294432--76294584	79	1.9	79	81	6	184	26	21	27	24	1.99
76299221--76299418	99	2.0	99	98	0	387	39	22	15	22	1.91
76300805--76300919	29	4.0	29	81	6	119	28	13	27	30	1.94
76302952--76303136	50	3.7	50	86	1	237	29	25	18	26	1.98
76302952--76303136	101	1.8	99	86	2	262	29	25	18	26	1.98
76303941--76304001	30	2.0	30	83	0	77	29	26	4	39	1.77
76305839--76305889	26	2.0	26	92	7	86	39	25	15	19	1.91
76317781--76317924	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
76321650--76321872	46	4.8	46	84	7	299	29	29	20	21	1.98
76323263--76323365	29	3.6	29	88	1	154	26	17	29	27	1.98
76323259--76323374	57	2.0	57	91	3	189	26	16	30	26	1.97
76323648--76323698	26	2.0	25	85	7	68	47	21	15	15	1.83
76331641--76331705	34	1.9	32	84	12	85	26	3	21	49	1.64
76333773--76333991	46	4.8	46	71	15	143	22	30	17	28	1.97
76337840--76338083	49	4.9	49	81	3	308	29	26	18	25	1.98
76337854--76338083	100	2.3	98	87	2	325	30	26	17	25	1.98
76338732--76338791	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76344442--76344501	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
76348033--76348314	41	6.9	41	92	1	406	34	21	23	20	1.97
76348330--76348447	54	2.2	53	79	10	123	50	31	0	18	1.48
76349513--76349542	14	2.1	14	93	0	51	46	43	0	10	1.37
76349608--76349636	14	2.1	14	100	0	58	20	37	0	41	1.53
76354781--76354996	40	5.4	40	88	4	305	25	28	22	23	1.99
76360827--76360904	24	3.3	23	75	12	77	39	17	26	15	1.90
76360846--76360932	24	3.6	23	73	14	68	37	17	26	18	1.92
76370827--76370868	20	2.1	20	86	8	59	42	7	4	45	1.52
76371579--76371749	85	2.0	85	82	2	209	26	14	19	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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