genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  69  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21471996--21472084	42	2.1	42	83	4	108	30	31	25	12	1.92
21480672--21480890	37	5.9	37	94	0	375	25	30	18	25	1.98
21481097--21481580	47	10.1	47	86	4	653	25	30	13	31	1.93
21481097--21481580	145	3.3	141	89	4	664	25	30	13	31	1.93
21481097--21481580	98	5.0	94	90	2	653	25	30	13	31	1.93
21481405--21481482	25	3.2	25	63	17	65	28	33	11	26	1.91
21483758--21483936	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
21485385--21485493	57	1.9	58	88	1	166	28	28	19	23	1.98
21485711--21486016	40	7.7	40	92	0	468	25	29	22	23	1.99
21487271--21487414	37	3.9	37	94	1	245	25	30	19	24	1.98
21487623--21488106	47	10.1	47	87	4	680	26	30	12	30	1.93
21487623--21488106	242	2.0	239	93	2	835	26	30	12	30	1.93
21487623--21488106	145	3.3	145	91	2	751	26	30	12	30	1.93
21490307--21490437	41	3.1	41	61	25	92	29	25	9	35	1.87
21490279--21490457	85	2.1	85	96	0	331	26	28	7	36	1.84
21495345--21495405	28	2.2	28	81	0	77	29	4	13	52	1.61
21499333--21499547	67	3.1	67	65	17	161	42	7	6	44	1.57
21499279--21499557	138	2.0	137	91	0	450	40	8	5	45	1.59
21501583--21501704	62	2.0	62	90	0	190	45	12	18	24	1.83
21506728--21506867	37	3.8	37	95	0	244	25	32	18	23	1.97
21507040--21507588	48	11.4	48	97	0	974	30	27	6	34	1.83
21509908--21510165	47	5.5	48	74	12	187	27	19	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21517466--21517772	47	6.5	45	72	13	201	28	19	28	23	1.98
21517466--21517772	94	3.3	94	79	8	333	28	19	28	23	1.98
21527042--21527143	52	2.0	52	86	0	141	34	25	18	21	1.96
21527101--21527285	44	4.2	44	81	2	208	32	27	16	22	1.96
21527114--21527290	89	2.0	89	89	0	273	33	27	17	21	1.96
21527735--21527785	20	2.7	18	82	14	59	37	19	0	43	1.51
21530146--21530180	12	2.9	12	100	0	70	8	25	40	25	1.84
21530184--21530223	13	3.1	13	92	0	71	30	35	25	10	1.88
21534806--21534842	18	2.1	18	89	0	56	75	2	2	18	1.04
21550663--21550700	11	3.7	10	86	13	51	68	2	0	28	1.03
21552342--21552379	19	2.0	19	85	10	51	18	15	0	65	1.27
21563722--21563887	43	3.9	41	74	11	156	32	24	16	25	1.96
21567115--21567159	19	2.4	18	85	10	56	28	17	8	44	1.79
21567598--21567804	53	3.8	54	76	1	200	21	23	17	37	1.94
21569960--21570032	36	2.0	36	94	0	128	31	8	16	43	1.77
21573357--21573572	46	4.6	46	78	10	172	22	27	19	30	1.98
21580207--21580302	42	2.3	43	85	3	142	27	33	23	15	1.95
21581031--21581186	46	3.4	47	78	7	124	24	28	19	28	1.98
21586001--21586044	23	2.0	22	82	13	54	45	4	0	50	1.22
21587270--21587321	19	2.6	20	77	17	54	42	0	0	57	0.98
21587270--21587318	20	2.4	21	76	10	57	40	0	0	59	0.98
21587272--21587322	21	2.4	21	76	23	54	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21588362--21588399	18	2.1	19	90	5	60	52	10	5	31	1.58
21588456--21588514	23	2.5	23	83	2	73	49	5	6	38	1.52
21588853--21588894	16	2.4	18	84	7	52	59	0	40	0	0.97
21589957--21590123	91	1.8	91	87	2	246	34	20	19	25	1.96
21589994--21591393	164	8.8	163	77	13	783	32	19	16	31	1.94
21590051--21591557	317	4.8	303	83	10	1527	32	18	16	31	1.94
21590302--21591393	238	4.6	235	82	10	1062	32	19	16	32	1.94
21590772--21591386	73	8.0	72	78	13	486	32	19	16	31	1.94
21590045--21591564	555	2.7	550	84	8	1793	32	18	16	31	1.94
21591089--21591394	75	4.0	76	87	1	416	32	18	15	33	1.92
21590783--21591407	154	4.1	149	80	10	640	33	19	16	31	1.93
21591319--21591483	90	1.8	90	90	2	269	33	18	15	32	1.93
21591404--21591557	76	2.0	75	88	1	227	33	18	15	31	1.93
21591246--21591557	166	1.9	165	85	2	428	32	18	14	33	1.92
21599886--21599921	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
21599882--21599913	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
21601852--21601915	25	2.5	25	79	2	74	51	4	6	37	1.48
21601877--21601977	39	2.8	37	75	10	100	58	4	4	31	1.41
21602260--21602303	18	2.4	18	84	0	52	61	0	38	0	0.96
21605613--21605659	23	2.0	23	87	0	67	12	17	25	44	1.84
21607184--21608091	453	2.0	451	95	2	1615	32	13	18	35	1.90
21608825--21608858	16	2.2	15	89	5	50	38	14	17	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21621729--21621831	38	2.7	38	83	3	118	22	22	25	30	1.99
21621829--21621940	43	2.6	43	98	0	215	9	25	33	30	1.88
21637107--21637133	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
21642472--21642551	11	6.5	12	71	22	51	21	7	0	71	1.10
21642512--21642542	13	2.4	13	94	0	53	19	6	0	74	1.03
21642479--21642542	27	2.4	28	75	21	66	18	9	0	71	1.12
21642801--21642826	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
21646987--21647059	34	2.1	34	100	0	146	28	21	16	32	1.95
21662854--21663021	64	2.6	64	85	8	232	34	10	11	42	1.76
21668009--21668129	43	2.8	43	79	7	122	28	25	20	25	1.99
21670456--21670492	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
21671153--21671187	18	1.9	18	88	11	54	40	5	0	54	1.24
21672193--21672240	22	2.2	22	81	7	53	4	8	6	81	0.98
21673060--21673178	26	4.7	25	73	14	91	29	5	2	62	1.32
21673077--21673173	50	1.9	51	85	4	135	28	4	3	63	1.27
21673088--21673360	26	10.6	26	70	8	148	30	5	3	60	1.36
21673113--21673278	77	2.2	75	80	2	179	28	6	3	62	1.34
21673161--21673350	103	1.8	102	80	7	222	31	6	3	58	1.40
21673295--21673367	25	2.8	26	71	10	60	31	4	1	63	1.22
21673427--21673511	26	3.3	26	81	4	100	30	1	7	61	1.30
21673427--21673507	27	3.0	27	83	3	101	29	1	7	61	1.31
21675708--21675732	12	2.1	12	100	0	50	16	0	44	40	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21678038--21678093	12	4.7	12	76	12	53	12	21	0	66	1.25
21682801--21682829	4	7.2	4	100	0	58	51	0	24	24	1.48
21686686--21686739	21	2.6	19	76	18	63	53	9	3	33	1.50
21686906--21686986	41	1.9	43	82	5	103	58	2	6	33	1.36
21686956--21686999	18	2.4	18	88	3	61	59	2	0	38	1.10
21687057--21687081	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
21687102--21687225	21	5.5	22	69	22	62	58	4	4	33	1.38
21687183--21687257	24	3.0	24	78	16	80	56	4	4	36	1.37
21687148--21687228	37	2.2	38	84	6	103	56	4	1	37	1.29
21687296--21687387	18	5.8	16	68	22	52	59	5	2	32	1.32
21687869--21687901	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
21695313--21695342	6	5.0	6	100	0	60	33	16	33	16	1.92
21695977--21696011	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21696171--21696265	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
21696244--21696303	16	3.8	16	95	0	102	30	36	0	33	1.58
21706969--21707186	40	5.5	40	87	2	298	25	26	23	24	2.00
21708580--21708712	66	2.0	66	98	0	257	36	15	3	45	1.61
21715151--21715368	40	5.5	40	88	2	307	25	27	22	24	2.00
21718418--21718470	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
21719955--21720062	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
21720763--21721135	94	3.9	95	83	9	436	27	19	29	23	1.98
21720763--21721135	50	7.8	48	77	11	322	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21724251--21724295	21	2.2	20	84	4	54	42	13	11	33	1.79
21727339--21727484	74	2.0	74	91	4	242	36	10	15	37	1.82
21727350--21727502	74	2.1	71	84	8	191	35	11	17	35	1.87
21727564--21727590	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
21728783--21728809	6	4.5	6	100	0	54	55	0	29	14	1.40
21730169--21730193	9	2.8	9	100	0	50	24	8	20	48	1.76
21730468--21730528	26	2.3	26	86	8	88	40	3	21	34	1.69
21732396--21732500	54	1.9	54	84	3	140	17	29	19	34	1.94
21732406--21732508	27	3.8	26	75	11	91	18	28	18	34	1.94
21745325--21745374	21	2.4	20	80	9	55	60	4	8	28	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362