genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70931393--70931561	46	3.7	46	76	13	184	27	27	21	22	1.99
70931398--70931568	93	1.8	93	91	0	279	26	28	22	22	1.99
70931993--70932052	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
70932820--70932969	27	5.6	27	82	6	171	31	5	20	43	1.74
70935962--70936206	40	6.2	40	89	2	318	26	28	20	24	1.99
70938246--70938304	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
70945805--70946898	47	23.3	47	92	0	1794	27	28	9	33	1.88
70946491--70946613	22	5.3	22	63	18	61	27	28	10	33	1.90
70950710--70950769	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
70955350--70955535	41	4.6	40	88	4	214	24	25	24	25	2.00
70955350--70955533	81	2.3	82	81	7	223	23	26	24	25	2.00
70958630--70958721	35	2.6	35	82	0	103	29	22	16	31	1.96
70976083--70976142	31	1.9	31	100	0	120	20	36	26	16	1.93
70978118--70978484	48	7.9	48	68	13	196	26	18	24	29	1.98
70978126--70978496	137	2.7	138	89	3	541	27	18	24	30	1.98
70978299--70978479	90	2.0	90	83	2	229	28	16	23	30	1.96
70979483--70979655	83	2.1	83	96	0	319	28	26	23	21	1.99
70986338--70986395	30	1.9	30	100	0	116	37	6	24	31	1.82
70994827--70994866	21	1.9	21	94	0	71	35	17	17	30	1.93
70996289--70996614	48	6.9	48	75	5	297	28	19	24	28	1.98
70996297--70996555	138	1.9	138	87	0	383	29	17	24	28	1.97
70999684--70999766	43	1.9	43	87	0	121	30	15	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71003585--71003663	31	2.5	31	87	0	122	27	26	17	27	1.98
71003687--71003778	42	2.2	42	96	0	166	39	21	11	27	1.89
71003913--71003998	26	3.4	25	83	10	95	29	22	22	26	1.99
71003926--71003997	26	2.8	26	91	2	110	29	22	25	23	1.99
71004807--71004884	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
71004925--71005032	27	3.9	28	77	17	102	33	8	17	40	1.80
71005008--71005110	27	3.8	26	77	8	109	30	9	19	40	1.83
71005144--71005233	27	3.3	26	82	3	108	42	11	21	25	1.85
71008141--71008309	43	4.0	42	73	9	144	33	25	15	25	1.95
71013346--71013516	43	4.0	43	78	8	179	28	14	24	33	1.94
71016492--71016687	48	4.1	48	87	0	275	27	26	20	26	1.99
71024292--71024540	48	5.3	48	78	8	287	28	26	18	26	1.98
71030541--71030718	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71030542--71030697	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71030538--71030718	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71038621--71038798	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71038622--71038777	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71038618--71038798	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71040304--71040370	23	3.0	22	82	8	82	22	23	17	35	1.95
71049351--71049421	23	3.1	23	69	4	63	21	23	18	36	1.95
71057315--71057347	14	2.5	13	90	9	50	39	0	27	33	1.57
71059519--71059671	42	3.6	42	80	2	164	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71064775--71064831	27	2.1	27	83	0	69	24	22	19	33	1.97
71065024--71065088	33	1.9	34	84	3	87	27	21	23	27	1.99
71070283--71070396	48	2.4	47	85	2	149	28	21	14	35	1.93
71074604--71074724	46	2.6	47	81	2	127	28	21	14	36	1.92
71078883--71079002	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
71083174--71083287	48	2.4	47	85	2	149	28	21	14	35	1.92
71083174--71083294	46	2.6	47	84	2	136	27	21	14	37	1.92
71087729--71087924	40	4.9	40	92	1	324	29	26	21	22	1.99
71089339--71089366	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
71095562--71095727	40	4.2	40	90	2	255	28	27	22	21	1.99
71097143--71097170	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
71099079--71099143	27	2.4	27	89	0	94	35	18	21	24	1.96
71099278--71099328	27	1.9	26	84	4	66	21	23	21	33	1.97
71099278--71099334	27	2.2	26	80	3	60	24	22	19	33	1.97
71099517--71099600	33	2.8	28	70	16	69	26	22	23	27	2.00
71103077--71103106	12	2.5	12	94	0	51	16	26	6	50	1.70
71110509--71110564	21	2.6	21	85	2	76	19	23	12	44	1.84
71112770--71113036	46	5.7	47	77	11	223	23	30	18	27	1.98
71112767--71113044	94	3.0	93	79	14	306	25	30	17	26	1.98
71112770--71113036	140	1.9	141	83	7	355	23	30	18	27	1.98
71120289--71120325	19	1.9	19	94	0	65	27	32	16	24	1.96
71120770--71120829	27	2.2	27	85	5	77	60	0	3	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71121860--71121884	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
71126589--71126647	21	2.8	21	84	2	73	1	49	20	28	1.59
71127071--71127099	13	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
71130382--71130407	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
71132121--71132217	9	11.0	9	73	14	69	37	2	16	44	1.60
71132427--71132458	12	2.7	12	100	0	64	53	12	18	15	1.73
71132443--71132479	15	2.4	16	90	4	58	62	13	8	16	1.54
71133820--71133927	26	4.2	26	92	0	180	32	7	23	37	1.82
71135407--71135459	26	2.0	26	82	7	63	35	18	16	28	1.93
71137807--71137915	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
71138065--71138344	98	2.9	98	96	1	508	31	26	7	35	1.84
71138062--71138344	48	5.8	48	88	6	435	31	26	7	34	1.83
71138360--71138478	23	5.1	22	62	28	59	24	30	13	31	1.93
71138314--71138507	47	4.1	47	91	0	298	26	28	10	33	1.90
71138266--71138507	94	2.6	93	86	4	308	27	28	10	33	1.89
71141303--71141343	18	2.3	18	100	0	82	36	21	24	17	1.94
71142442--71142484	18	2.4	18	100	0	86	51	20	4	23	1.66
71143063--71143153	40	2.3	40	82	1	112	24	19	17	38	1.93
71143315--71143365	15	3.3	15	78	8	50	43	0	1	54	1.11
71143833--71143857	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
71144463--71144508	21	2.2	21	84	0	56	26	0	21	52	1.47
71144821--71145240	41	10.3	41	83	4	460	27	16	22	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71144821--71145230	81	5.0	81	79	9	422	27	16	22	34	1.95
71144829--71145240	122	3.4	122	83	2	531	27	16	22	33	1.95
71146549--71146592	21	2.1	21	83	8	54	34	20	43	2	1.64
71155186--71155247	32	1.9	32	93	0	106	12	45	30	11	1.78
71155736--71155785	3	17.0	3	78	12	50	36	2	0	62	1.07
71156173--71156242	30	2.4	29	83	4	86	30	5	8	55	1.53
71168826--71169022	87	2.4	83	83	6	249	24	16	22	36	1.95
71168987--71169126	53	2.6	54	96	1	264	30	15	20	33	1.94
71169287--71169423	54	2.5	54	90	0	211	32	15	16	35	1.90
71168900--71169455	300	1.9	298	86	4	796	26	16	18	37	1.92
71169636--71169783	79	1.9	79	97	0	278	27	17	22	32	1.96
71169877--71169987	54	2.1	54	96	0	204	27	12	18	41	1.86
71171798--71171864	3	23.0	3	86	6	93	34	1	0	64	1.03
71172253--71172324	30	2.4	29	84	4	90	30	5	8	55	1.52
71172339--71172378	21	2.0	20	85	5	53	35	7	5	52	1.51
71182297--71182326	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
71186441--71187674	140	9.0	140	86	5	1477	26	18	22	31	1.97
71187170--71187676	126	3.9	126	79	9	552	27	18	21	32	1.97
71186466--71187676	266	4.4	266	87	3	1240	26	18	22	31	1.97
71187968--71187998	7	4.4	7	91	0	53	3	0	48	48	1.17
71187958--71187998	21	2.0	21	90	0	64	9	0	46	43	1.36
71188985--71189067	35	2.4	35	97	0	157	14	43	21	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71192342--71192413	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
71192317--71192503	94	2.0	94	82	4	225	33	10	29	26	1.89
71192317--71192463	47	3.1	47	93	0	231	34	9	28	27	1.88
71194687--71194711	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
71196473--71196538	32	2.0	33	82	5	80	50	1	10	37	1.47
71196491--71196577	39	2.2	39	79	4	104	51	4	8	35	1.52
71197939--71198000	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
71197900--71198057	87	1.8	86	91	4	266	38	22	12	27	1.89
71197969--71198090	57	2.2	55	88	5	174	41	18	12	27	1.86
71197982--71198504	288	1.8	288	81	7	657	35	21	15	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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