genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13188186--13188250	21	3.0	21	86	10	71	10	9	12	67	1.42
13188186--13188229	21	2.1	21	100	0	88	9	9	11	70	1.34
13196255--13196301	24	1.9	25	83	12	62	70	0	0	29	0.88
13205710--13205767	26	2.2	26	82	11	66	44	0	1	53	1.10
13206002--13206116	61	1.9	59	80	7	133	36	16	5	41	1.71
13207621--13207669	20	2.4	21	83	10	57	71	4	2	22	1.13
13209147--13209280	71	1.9	71	89	3	207	44	0	29	25	1.59
13210561--13210644	43	2.0	43	87	0	123	22	25	34	17	1.96
13211973--13212042	33	2.1	33	82	10	81	40	1	4	54	1.29
13211998--13212064	33	2.0	33	82	5	82	47	0	5	46	1.27
13212294--13212328	18	1.9	18	88	0	52	68	0	31	0	0.90
13212290--13212333	12	3.6	12	84	9	54	72	0	27	0	0.85
13212885--13212997	45	2.5	45	89	2	174	20	19	19	40	1.91
13212870--13212989	45	2.5	51	76	18	146	20	20	20	40	1.92
13212975--13213009	18	1.9	18	88	0	52	17	25	17	40	1.90
13213739--13213777	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
13215771--13215904	49	2.9	46	83	8	150	29	26	14	29	1.95
13215810--13215904	49	2.0	48	95	2	172	30	27	14	27	1.95
13215815--13215989	47	3.7	47	84	3	165	32	25	14	28	1.94
13216004--13216152	31	4.8	31	92	0	253	26	27	19	26	1.99
13216128--13216256	50	2.5	51	88	2	197	26	23	15	34	1.94
13235000--13235102	49	2.1	49	90	0	161	33	38	13	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13235014--13235115	49	2.1	49	92	0	168	30	38	16	14	1.89
13235023--13235128	49	2.2	49	84	3	135	31	41	15	12	1.83
13237934--13238130	46	4.2	47	75	13	158	29	18	27	24	1.98
13238015--13238143	47	2.8	46	79	12	122	27	19	30	23	1.98
13238989--13239105	55	2.1	55	90	0	189	20	23	29	26	1.99
13245507--13245678	46	3.7	46	82	8	170	27	18	31	22	1.97
13246245--13246318	38	1.9	38	100	0	148	33	8	20	37	1.82
13250881--13250945	26	2.4	27	80	7	80	72	1	1	24	1.02
13254486--13254531	16	2.9	15	83	9	56	52	0	2	45	1.13
13254495--13254524	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
13254783--13254828	24	1.9	24	82	8	58	26	43	17	13	1.85
13259345--13259699	175	2.0	178	92	3	594	37	23	22	16	1.93
13261041--13261101	25	2.4	25	80	0	68	62	1	1	34	1.15
13261156--13261219	34	1.9	32	84	6	83	48	7	0	43	1.32
13262861--13262911	19	2.6	19	84	9	59	35	0	0	64	0.94
13270993--13271041	17	2.9	17	84	3	64	38	2	0	59	1.09
13271108--13271148	17	2.3	18	87	4	57	41	0	0	58	0.98
13279113--13279152	20	2.0	20	85	9	55	40	17	0	42	1.49
13281897--13282069	75	2.4	74	83	8	214	33	23	10	32	1.89
13281901--13282069	35	4.7	35	84	7	189	33	23	10	31	1.89
13286316--13286450	43	3.1	44	82	6	175	25	17	28	28	1.98
13286720--13286879	38	4.2	38	89	3	207	21	22	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13286872--13287044	45	3.9	45	82	6	192	23	22	28	25	1.99
13287239--13287269	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
13291905--13291929	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
13301149--13301178	14	2.1	14	100	0	60	16	20	33	30	1.94
13304223--13304408	92	2.0	92	96	0	345	33	17	19	29	1.94
13306840--13306901	13	4.9	13	79	11	58	37	25	6	30	1.81
13309431--13309746	47	6.7	47	73	13	213	22	28	19	28	1.98
13309533--13309791	46	5.5	44	74	13	164	22	28	18	29	1.98
13309533--13309798	94	2.8	94	78	7	283	22	28	18	29	1.98
13309422--13309791	140	2.6	139	77	8	329	22	27	20	29	1.98
13318069--13318178	53	2.1	51	93	3	184	28	18	24	29	1.98
13318069--13318178	26	4.2	26	95	2	186	28	18	24	29	1.98
13323273--13323414	39	3.6	39	86	5	182	22	23	28	24	1.99
13323272--13323434	78	2.1	77	80	11	183	22	23	28	25	1.99
13329818--13329914	19	5.1	19	92	7	162	38	10	15	36	1.82
13329807--13329914	36	2.9	37	87	10	134	38	10	14	36	1.80
13336684--13336765	1	82.0	1	75	0	65	86	0	9	3	0.68
13336687--13336765	8	9.6	8	79	16	74	86	0	10	3	0.70
13336685--13336765	23	3.7	21	82	11	74	86	0	9	3	0.69
13336687--13336765	29	2.7	28	84	9	104	86	0	10	3	0.70
13337664--13337943	44	6.2	44	68	16	162	27	17	26	28	1.98
13337664--13337894	94	2.5	94	89	5	350	27	18	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13337739--13337888	50	3.1	50	65	21	138	26	16	27	29	1.97
13337874--13337966	44	2.1	44	90	4	143	31	15	27	25	1.95
13337991--13338655	205	3.2	205	95	0	1188	30	19	21	27	1.97
13338712--13338802	45	2.0	45	89	2	139	30	12	30	26	1.92
13338730--13338821	45	2.0	45	85	0	121	29	11	30	28	1.92
13339177--13339293	19	6.2	19	92	6	193	37	9	16	36	1.81
13339177--13339293	36	3.1	38	90	7	193	37	9	16	36	1.81
13339183--13339293	55	2.0	56	94	3	197	37	9	15	36	1.81
13346885--13346923	20	2.0	20	90	5	62	33	15	25	25	1.95
13351771--13351811	21	2.0	20	85	4	55	31	26	24	17	1.97
13353713--13353771	16	3.6	16	84	11	66	16	3	1	77	0.98
13353712--13353770	22	2.7	21	82	10	64	16	3	1	77	0.98
13353709--13353771	10	5.8	11	80	14	51	17	3	1	77	0.97
13353718--13353771	6	9.2	6	81	6	58	16	3	1	77	1.00
13359731--13359765	17	2.1	16	89	5	52	37	2	17	42	1.64
13362054--13362086	15	2.3	15	94	5	59	33	12	27	27	1.92
13362632--13362693	30	2.1	30	93	0	106	33	27	12	25	1.93
13363832--13363856	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
13366369--13366425	22	2.6	22	86	5	80	22	29	31	15	1.95
13368141--13368186	20	2.3	20	88	0	65	34	13	2	50	1.53
13377047--13377079	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
13392560--13392629	34	2.0	35	86	2	97	30	20	25	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13396372--13396417	20	2.3	20	85	7	58	34	10	4	50	1.57
13405615--13405664	21	2.4	21	89	0	82	12	30	32	26	1.92
13408526--13408584	30	2.0	30	86	6	84	64	1	5	28	1.24
13431921--13431976	17	3.4	16	78	11	60	5	16	3	75	1.13
13435985--13436367	128	3.0	129	89	2	565	22	27	8	42	1.82
13441904--13442328	221	1.9	222	87	3	624	35	13	15	35	1.87
13450784--13450925	51	2.9	50	80	4	162	26	19	24	29	1.98
13467799--13467855	25	2.3	24	82	14	64	19	14	1	64	1.36
13478404--13478571	43	4.0	42	76	7	160	27	19	23	29	1.98
13480238--13480452	46	4.6	47	82	4	222	29	20	27	22	1.98
13480282--13480452	94	1.8	94	85	2	245	28	19	28	22	1.98
13481661--13481701	22	1.9	21	85	5	55	12	43	24	19	1.85
13483955--13483991	20	1.9	20	88	5	58	29	8	5	56	1.51
13490723--13490768	6	7.7	6	80	0	56	13	8	0	78	0.97
13499698--13499730	17	1.9	17	93	0	57	24	21	9	45	1.80
13501157--13501229	26	2.9	26	75	18	82	36	23	1	38	1.64
13507439--13507563	49	2.5	50	87	3	164	27	31	16	24	1.97
13507432--13507750	46	6.7	47	76	14	236	25	30	18	26	1.98
13507432--13507748	140	2.2	142	81	8	369	25	30	18	26	1.98
13509482--13509519	19	1.9	19	89	5	58	7	13	13	65	1.46
13516781--13516913	65	2.0	65	92	0	221	36	23	6	33	1.81
13519821--13519856	17	2.0	19	89	10	58	11	36	0	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13536175--13536210	18	1.9	19	94	5	65	77	0	0	22	0.76
13541458--13541485	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13542158--13542316	43	3.7	43	82	10	200	31	27	18	22	1.97
13542158--13542316	86	1.9	85	85	9	225	31	27	18	22	1.97
13556079--13556113	16	2.2	16	89	0	52	40	5	2	51	1.40
13556166--13556199	16	2.1	17	88	5	52	70	0	2	26	1.01
13572775--13572803	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
13583639--13583716	36	2.2	36	100	0	156	10	19	10	60	1.57
13586553--13586619	30	2.2	31	94	2	118	41	10	4	43	1.59
13590163--13590191	14	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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