genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27126994--27127074	26	3.2	26	63	25	64	28	16	25	29	1.96
27126936--27127280	99	3.5	99	83	1	431	26	17	26	29	1.97
27126944--27127286	150	2.3	150	90	1	546	26	17	25	30	1.97
27129252--27129308	29	2.0	29	96	0	105	21	21	35	22	1.96
27137959--27137992	15	2.3	15	100	0	68	58	23	11	5	1.55
27142327--27142375	25	2.0	25	100	0	98	55	8	8	28	1.58
27143243--27143273	7	4.4	7	100	0	62	25	25	32	16	1.96
27143183--27143278	48	2.0	48	85	0	129	23	20	32	22	1.98
27143192--27143273	21	4.0	21	70	9	69	25	23	31	19	1.98
27143188--27143329	14	10.2	14	67	13	69	26	19	30	23	1.98
27143910--27143966	24	2.3	25	82	8	73	56	3	0	40	1.17
27148036--27148089	26	2.1	26	96	0	99	33	22	29	14	1.94
27149067--27149127	30	2.0	30	83	0	77	39	6	24	29	1.80
27158374--27158510	50	2.7	51	88	5	199	35	17	22	24	1.95
27158478--27158626	31	4.8	31	88	0	226	26	18	27	26	1.98
27158643--27158766	47	2.7	47	88	1	169	29	16	25	29	1.96
27158738--27158852	42	2.7	43	85	4	144	33	13	25	28	1.93
27163144--27163244	42	2.4	42	86	3	130	36	23	12	26	1.91
27163119--27163244	43	3.0	41	79	10	128	35	23	14	26	1.93
27163144--27163263	42	2.8	42	81	8	109	36	25	13	25	1.92
27164853--27164984	61	2.2	61	95	0	237	15	9	40	33	1.81
27188216--27188363	38	3.9	37	84	10	165	20	21	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27188187--27188363	76	2.3	77	80	8	200	22	22	25	30	1.99
27197214--27197424	40	5.3	40	85	4	286	26	27	22	22	1.99
27199977--27200149	38	4.5	38	83	5	188	19	22	26	31	1.98
27199968--27200149	76	2.4	77	83	6	233	20	21	26	30	1.98
27201801--27202158	47	7.6	47	92	1	554	29	29	7	33	1.85
27201851--27201929	25	3.3	24	66	16	65	31	30	5	32	1.79
27207529--27207567	14	2.9	14	82	17	55	53	2	5	38	1.37
27211578--27211638	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27214990--27215070	39	2.1	39	83	2	101	49	11	9	29	1.70
27215399--27215453	25	2.2	25	77	6	58	10	9	29	50	1.68
27225707--27225774	24	2.8	24	84	2	91	30	22	22	25	1.99
27226557--27226619	30	2.1	30	100	0	126	31	9	19	39	1.83
27237824--27238004	40	4.6	40	88	2	249	25	24	23	25	2.00
27247388--27247528	69	2.0	68	84	8	178	48	12	14	23	1.78
27249414--27249470	29	2.0	29	82	6	71	31	12	24	31	1.92
27249823--27250019	46	4.2	45	78	14	179	27	19	28	23	1.98
27265817--27265985	46	3.6	48	80	13	183	28	18	30	22	1.98
27265869--27266028	46	3.4	47	83	5	184	26	18	31	23	1.97
27269575--27269603	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
27270552--27270607	25	2.1	28	83	9	73	48	3	3	44	1.37
27272083--27272126	15	2.7	15	83	13	52	68	0	0	31	0.90
27272085--27272126	18	2.5	17	81	14	52	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27278266--27278294	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
27281912--27282035	63	2.0	63	90	0	194	24	14	8	52	1.70
27282489--27282531	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
27282574--27282641	14	4.9	14	70	20	52	60	5	0	33	1.21
27282570--27282647	18	4.0	18	72	18	66	60	6	0	33	1.22
27285148--27285195	6	8.0	6	95	0	87	35	0	64	0	0.94
27294287--27294324	19	2.0	19	89	0	58	28	31	5	34	1.80
27299093--27299190	35	2.8	35	82	0	124	43	18	9	28	1.80
27303700--27303783	43	2.0	43	95	0	150	27	30	19	22	1.98
27304385--27304410	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
27305122--27305173	21	2.4	22	83	3	61	21	9	23	46	1.80
27309476--27309756	39	7.2	39	91	0	445	23	28	23	24	1.99
27309476--27309756	117	2.4	117	95	0	508	23	28	23	24	1.99
27318902--27318926	11	2.3	11	100	0	50	8	0	12	80	0.92
27325689--27325754	31	2.2	30	88	2	96	34	22	16	25	1.95
27325720--27325860	44	3.2	44	88	4	198	30	26	19	24	1.98
27329201--27329310	43	2.6	42	80	5	141	30	18	23	27	1.97
27333943--27334014	34	2.1	34	82	5	83	29	20	16	33	1.95
27338886--27339072	100	1.9	100	87	2	277	35	11	13	39	1.81
27338811--27339083	50	5.5	50	77	8	241	33	11	16	38	1.84
27346415--27346627	50	4.3	50	80	4	223	30	11	18	38	1.86
27361268--27361325	25	2.2	27	75	6	66	36	3	1	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27361270--27361327	26	2.2	27	81	9	66	34	3	1	60	1.24
27365444--27365533	44	2.0	44	100	0	180	23	4	33	38	1.75
27370851--27371018	43	3.9	43	79	6	196	23	18	27	29	1.98
27379270--27379428	27	5.9	27	82	11	166	33	20	24	20	1.97
27379270--27379431	54	3.0	53	86	4	218	33	20	24	20	1.97
27381025--27381158	26	5.2	26	95	0	232	36	23	7	32	1.83
27387356--27387514	27	5.9	27	79	11	157	34	19	25	20	1.96
27387374--27387517	54	2.7	54	89	2	218	34	20	25	19	1.96
27389084--27389217	26	5.2	26	93	0	223	36	24	7	31	1.83
27394474--27394503	14	2.1	14	100	0	60	30	0	43	26	1.55
27396488--27396524	17	2.1	19	90	10	60	40	16	24	18	1.90
27398498--27398561	28	2.3	28	88	0	92	17	17	39	26	1.91
27398877--27399056	27	6.7	27	87	4	247	39	20	10	30	1.85
27398877--27399082	54	3.8	55	85	5	251	38	19	11	30	1.87
27402242--27402445	27	7.7	26	80	4	203	37	21	9	30	1.86
27402264--27402445	53	3.4	52	78	6	197	37	20	9	31	1.86
27417186--27417259	37	2.0	37	91	0	121	29	9	22	37	1.86
27417769--27417851	41	2.0	41	100	0	166	33	9	21	34	1.86
27420222--27420446	40	5.7	40	81	6	224	24	28	21	25	1.99
27420189--27420446	40	6.5	38	78	9	200	24	27	21	26	1.99
27420378--27420455	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27427757--27428013	40	6.5	39	80	8	236	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27427945--27428022	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27533811--27533988	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
27533811--27533988	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
27533832--27533987	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
27559220--27559249	7	4.3	7	100	0	60	56	0	0	43	0.99
27560278--27560340	27	2.3	28	81	8	76	33	3	3	60	1.28
27565167--27565297	65	2.0	65	100	0	262	41	18	15	24	1.88
27567448--27567633	68	2.8	66	78	7	191	26	27	15	29	1.96
27586395--27586419	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
27586403--27586515	51	2.2	52	85	1	156	28	18	7	46	1.75
27588036--27588220	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
27588017--27588220	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
27596845--27596932	44	2.0	44	97	0	167	31	21	4	42	1.73
27602811--27602887	39	2.0	39	94	0	136	44	12	12	29	1.81
27602891--27602916	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
27604522--27604561	21	1.9	21	89	0	62	0	20	5	75	0.99
27604545--27604600	6	9.2	6	73	11	51	5	14	0	80	0.88
27604527--27604582	25	2.2	25	90	3	85	1	16	3	78	0.97
27604524--27604600	25	3.0	24	80	17	77	3	15	2	77	1.02
27607152--27607228	39	2.0	39	97	0	145	45	12	10	31	1.76
27612961--27613001	20	2.0	20	95	0	73	24	21	7	46	1.77
27613417--27613528	54	2.1	54	100	0	224	29	19	16	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27617424--27617538	29	4.0	29	81	6	128	29	27	14	27	1.95
27617414--27617525	58	1.9	58	85	1	154	28	27	15	28	1.96
27617749--27617800	8	6.5	8	84	0	68	9	25	19	46	1.80
27622764--27622814	23	2.2	23	96	0	93	17	11	25	45	1.83
27624468--27624526	30	2.0	30	83	6	75	40	10	16	32	1.82
27630987--27631093	37	2.9	37	83	5	126	34	3	4	57	1.38
27631016--27631072	25	2.3	24	85	11	71	33	1	1	63	1.15
27631004--27631075	13	5.7	12	72	18	65	33	1	1	63	1.11
27635896--27636205	23	13.5	23	83	5	349	31	24	20	22	1.98
27637567--27637625	18	3.2	19	76	7	59	64	1	1	32	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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