genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  116  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38078941--38078991	21	2.4	21	74	6	50	74	1	17	5	1.11
38084261--38084313	15	3.5	15	92	0	88	54	16	15	13	1.71
38088218--38088305	43	2.1	42	89	2	131	31	31	15	20	1.94
38088233--38088333	42	2.4	43	81	1	114	34	32	15	16	1.91
38088643--38088740	49	2.0	49	97	0	187	44	19	6	29	1.74
38090129--38090187	23	2.6	22	84	5	82	35	16	20	27	1.94
38090181--38090266	23	3.7	24	75	16	83	38	22	19	19	1.94
38090192--38090257	23	2.8	23	83	2	87	39	21	21	18	1.93
38092261--38092324	33	1.9	33	90	0	101	26	32	15	25	1.95
38093527--38093568	15	2.9	15	80	13	52	78	4	0	16	0.91
38093525--38093566	22	2.0	20	86	9	57	73	9	0	16	1.08
38095019--38095057	20	2.0	20	90	10	62	38	7	0	53	1.30
38095455--38095583	65	2.0	65	90	0	204	27	10	17	43	1.83
38095632--38095674	15	2.7	15	89	7	59	69	2	0	27	1.00
38095620--38095676	17	3.4	17	73	9	62	70	1	0	28	0.98
38099273--38099320	14	3.5	13	78	18	53	33	6	14	45	1.70
38101980--38102150	47	3.6	47	80	4	175	31	28	15	24	1.96
38101998--38102204	47	4.2	48	80	7	177	31	28	15	24	1.96
38104719--38104758	15	2.7	15	80	0	53	65	12	12	10	1.49
38108398--38108501	47	2.2	47	91	1	165	32	27	14	25	1.94
38108350--38108555	46	4.2	48	80	9	177	31	28	15	24	1.96
38113156--38113214	21	2.8	22	80	7	61	22	1	6	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38113185--38113234	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
38116349--38116411	33	1.9	33	83	0	81	52	7	1	38	1.40
38116588--38116623	6	6.0	6	100	0	72	0	0	66	33	0.92
38130774--38130935	45	3.7	42	84	12	120	25	26	20	26	1.99
38130820--38130952	45	3.0	45	95	0	239	29	26	22	21	1.99
38131707--38131895	47	4.0	46	91	2	290	43	14	12	30	1.82
38138414--38138619	45	4.6	45	92	2	310	28	25	23	22	1.99
38139374--38139562	47	4.0	47	91	0	299	42	15	12	28	1.84
38142417--38143037	48	12.9	48	94	1	1044	35	6	27	30	1.82
38142933--38143013	28	3.2	28	60	26	70	35	6	29	28	1.81
38143178--38143280	37	2.8	37	89	2	154	22	19	33	25	1.97
38149371--38149410	20	2.0	20	85	4	55	35	20	12	32	1.90
38160811--38161035	40	5.6	40	84	1	263	23	26	24	25	2.00
38160775--38161035	80	3.3	80	83	3	303	24	26	23	26	2.00
38160775--38161035	120	2.2	120	82	6	307	24	26	23	26	2.00
38166366--38166537	46	3.7	46	78	13	190	23	19	27	29	1.98
38166359--38166529	93	1.8	93	91	0	279	23	21	27	28	1.99
38171739--38171963	40	5.6	40	85	2	290	23	27	24	25	2.00
38171703--38171963	80	3.3	80	83	3	312	23	26	24	25	2.00
38177000--38177056	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
38177481--38177656	46	3.8	46	78	16	202	20	19	29	30	1.97
38177478--38177647	93	1.8	93	94	2	306	21	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38184684--38184859	46	3.8	46	78	16	202	20	19	29	30	1.97
38188398--38188566	93	1.8	93	93	0	293	28	29	19	21	1.98
38188390--38188565	46	3.8	46	81	10	214	29	29	19	21	1.98
38199862--38199908	20	2.3	20	74	0	58	38	14	23	23	1.92
38204257--38204393	41	3.2	41	66	25	111	33	24	15	27	1.95
38204224--38204444	88	2.5	88	92	0	352	30	23	15	29	1.96
38204478--38204825	45	7.9	45	80	8	340	25	24	19	31	1.98
38204740--38204878	45	3.1	45	80	0	152	27	20	17	35	1.94
38210357--38210456	5	20.2	5	68	19	50	58	3	4	35	1.32
38213562--38213608	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
38213958--38214139	101	1.8	101	86	2	267	25	18	24	31	1.97
38213957--38214200	50	4.9	50	76	3	247	26	18	24	30	1.97
38217948--38218017	33	2.1	33	94	0	122	44	20	5	30	1.74
38232621--38232753	55	2.4	55	78	3	142	29	30	25	15	1.95
38232750--38232793	20	2.2	20	100	0	88	18	29	29	22	1.97
38239778--38239824	22	2.1	22	100	0	94	42	0	17	40	1.49
38240370--38240409	18	2.2	18	90	4	62	32	2	7	57	1.40
38241850--38241895	21	2.2	21	88	7	67	23	21	36	17	1.94
38247461--38247493	13	2.6	13	90	4	50	69	0	0	30	0.88
38247982--38248052	36	2.0	36	97	2	135	36	2	8	52	1.47
38253806--38258940	746	6.9	746	98	0	9716	29	14	20	35	1.92
38268103--38268276	43	4.0	43	72	11	149	24	16	27	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38271163--38271244	43	1.9	43	97	0	155	39	14	14	31	1.87
38275775--38275958	67	2.8	64	78	7	201	29	16	29	23	1.96
38280201--38280455	55	4.8	54	80	9	269	36	17	24	21	1.94
38280208--38280408	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
38280524--38280568	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
38280647--38280677	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
38291474--38291609	42	3.2	42	76	7	105	28	14	24	32	1.95
38301988--38302208	45	5.0	45	74	6	177	31	26	16	25	1.97
38303426--38303459	17	2.0	17	88	0	50	32	20	0	47	1.51
38306940--38307335	198	2.0	194	90	1	621	36	19	10	33	1.85
38310553--38310624	30	2.3	32	76	7	76	56	2	2	37	1.28
38320662--38320734	37	2.0	37	100	0	146	46	8	16	28	1.76
38328174--38328213	20	2.0	21	85	9	57	42	0	0	57	0.98
38333306--38333341	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
38333718--38333867	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
38333742--38333925	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
38342793--38342842	24	2.1	24	88	0	73	32	30	12	26	1.92
38342798--38343173	94	4.0	94	95	0	662	38	19	11	30	1.87
38343917--38344162	122	2.0	122	99	0	483	37	18	4	39	1.72
38357513--38357591	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
38357709--38358236	47	11.5	47	93	2	817	28	29	8	32	1.87
38357709--38358236	233	2.3	226	89	5	815	28	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38361763--38361860	40	2.5	40	78	9	110	22	27	24	25	2.00
38362170--38362244	30	2.5	30	87	10	102	25	33	16	25	1.95
38362226--38362328	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
38364199--38364277	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
38364396--38364934	47	11.5	47	95	0	898	28	30	8	32	1.87
38367354--38367571	48	4.5	48	75	10	169	22	28	20	29	1.98
38367396--38367571	95	1.9	95	84	7	241	22	28	19	28	1.98
38376788--38376989	47	4.3	47	77	13	170	23	28	18	30	1.97
38383433--38384692	630	2.0	630	97	0	2362	32	12	18	36	1.88
38385408--38385578	93	1.8	93	89	2	272	21	20	29	28	1.98
38385411--38385583	46	3.7	46	77	10	174	21	20	28	29	1.98
38390937--38391084	43	3.4	43	83	5	149	25	21	27	25	1.99
38390973--38391086	43	2.7	43	87	0	165	26	20	28	24	1.99
38405023--38405064	22	2.0	20	82	13	50	45	2	4	47	1.36
38407115--38407167	17	3.4	17	65	20	51	30	28	24	16	1.97
38416086--38416126	20	2.0	20	86	9	57	41	14	2	41	1.59
38418436--38418473	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
38424767--38424804	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
38426670--38426749	27	3.0	27	75	14	103	31	21	23	23	1.98
38426656--38426737	25	3.2	25	73	14	85	31	21	25	20	1.98
38432328--38432544	40	5.5	40	87	4	280	25	27	22	25	2.00
38437767--38437842	28	2.7	28	87	0	107	36	9	22	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38440660--38440711	26	2.0	26	100	0	104	34	26	11	26	1.91
38453944--38453996	18	2.8	18	75	18	54	33	7	1	56	1.38
38459381--38459464	44	1.9	44	85	9	118	38	11	25	25	1.90
38459603--38459778	47	3.6	47	71	18	169	35	13	22	27	1.92
38459603--38460049	108	4.3	101	89	3	443	34	15	24	24	1.95
38459757--38460061	55	5.6	54	83	6	386	35	17	25	21	1.95
38459765--38460061	108	2.7	108	94	0	513	34	17	25	21	1.96
38460082--38460199	58	2.0	58	100	0	236	45	16	23	13	1.83
38470229--38470465	48	4.9	48	85	0	303	28	29	16	25	1.96
38477939--38478125	96	1.9	96	86	0	266	28	31	13	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362