genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92043863--92043916	26	2.0	27	82	10	67	59	20	9	11	1.59
92046078--92046205	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
92046078--92046205	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
92051173--92051300	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
92051173--92051300	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
92054836--92054941	56	1.9	56	90	0	167	27	14	25	33	1.94
92056371--92056548	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
92056392--92056547	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
92058741--92058782	15	2.8	15	92	0	66	21	2	23	52	1.59
92060315--92060374	27	2.2	27	82	5	77	40	16	10	33	1.82
92060327--92060422	27	3.6	27	78	0	93	38	17	10	33	1.84
92060399--92060608	27	7.8	27	88	3	255	28	20	9	42	1.82
92060399--92060607	81	2.6	81	86	0	285	28	19	9	43	1.81
92060560--92060783	27	8.2	27	73	9	107	40	20	6	33	1.78
92060587--92060727	54	2.6	54	75	4	142	41	21	6	31	1.78
92060587--92060782	81	2.4	83	82	1	225	41	20	6	31	1.78
92060533--92060785	27	9.3	27	76	8	104	38	19	7	34	1.79
92060843--92060901	27	2.2	28	84	9	86	33	22	25	18	1.96
92060852--92060912	27	2.3	27	94	0	104	29	24	26	19	1.99
92060852--92060934	27	3.1	27	81	10	98	30	25	24	20	1.99
92061648--92061719	26	2.8	26	93	2	119	26	23	23	26	2.00
92061864--92061957	42	2.2	44	88	3	138	29	13	20	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92061981--92062086	31	3.5	30	80	8	117	30	17	23	28	1.97
92070696--92070740	15	3.0	15	90	0	72	22	4	24	48	1.68
92073303--92073399	42	2.3	42	85	3	124	35	15	19	29	1.93
92075932--92076167	48	4.9	48	97	0	436	33	6	27	31	1.82
92076314--92076413	37	2.7	37	92	0	155	23	20	34	23	1.97
92079534--92079571	20	1.9	20	100	0	76	34	13	21	31	1.91
92079622--92079721	48	2.1	48	98	0	191	32	19	21	28	1.97
92079624--92079720	23	4.1	23	93	5	167	29	19	21	28	1.98
92079622--92079738	48	2.4	48	91	5	175	29	20	23	26	1.99
92079935--92079998	31	2.1	31	91	5	103	37	15	25	21	1.93
92085189--92085236	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
92085280--92085337	20	2.9	20	97	0	107	34	12	20	32	1.90
92085284--92085337	11	5.3	11	70	17	53	35	12	20	31	1.90
92085390--92085530	23	6.1	23	93	3	239	28	20	19	31	1.97
92085745--92085846	38	3.1	31	78	17	114	38	14	22	24	1.92
92085762--92085869	38	2.8	38	95	4	191	37	12	24	25	1.91
92089133--92089231	43	2.3	42	82	3	126	30	17	24	28	1.97
92097110--92097150	18	2.2	19	86	4	57	39	0	34	26	1.57
92102172--92102316	40	3.6	40	82	4	166	22	25	24	27	2.00
92110140--92110284	40	3.6	40	83	4	175	24	25	23	26	2.00
92114045--92114081	16	2.3	16	100	0	74	29	43	10	16	1.82
92119808--92119920	27	4.2	26	84	8	136	35	23	24	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92119808--92119920	55	2.1	54	86	5	156	35	23	24	16	1.95
92120024--92120072	25	2.0	25	84	8	64	24	18	24	32	1.97
92129378--92129467	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
92129573--92129637	28	2.3	28	97	0	121	32	6	27	33	1.82
92130607--92130640	16	2.1	16	88	5	50	5	11	29	52	1.61
92138416--92138644	40	5.8	40	95	0	370	27	28	20	24	1.99
92138458--92138710	80	3.3	75	87	6	246	26	29	20	24	1.99
92146367--92146559	40	4.9	40	93	1	300	27	28	19	24	1.98
92146367--92146559	79	2.4	79	90	1	298	27	28	19	24	1.98
92146370--92146634	79	3.3	79	84	5	237	26	29	19	24	1.99
92148260--92148295	17	2.1	18	89	5	56	41	5	5	47	1.50
92155642--92155675	18	1.9	18	88	5	52	32	20	14	32	1.93
92156733--92156818	28	3.0	28	83	3	109	26	30	15	27	1.96
92160630--92160723	43	2.2	43	81	11	113	36	23	13	26	1.92
92161352--92161443	47	2.0	47	95	0	166	40	22	1	35	1.62
92166907--92166962	27	2.1	27	100	0	112	48	28	0	23	1.51
92168136--92168166	16	1.9	16	93	0	53	35	19	3	41	1.67
92168355--92168456	42	2.4	44	79	9	122	36	22	13	27	1.92
92174399--92174429	14	2.2	14	100	0	62	22	6	16	54	1.64
92174432--92174462	16	1.9	16	100	0	62	45	0	6	48	1.28
92181832--92182011	39	4.5	39	84	6	213	25	21	27	25	1.99
92189973--92190197	40	5.7	39	79	9	206	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92189973--92190197	80	2.8	80	82	7	262	26	21	26	25	1.99
92190047--92190230	80	2.3	80	83	5	214	27	21	25	25	1.99
92189980--92190203	119	1.9	119	81	8	267	28	20	25	25	1.99
92194903--92194927	10	2.5	10	100	0	50	8	0	16	76	1.02
92197092--92197140	23	2.1	23	81	7	55	6	30	4	59	1.41
92203878--92204028	43	3.5	44	87	4	218	27	14	25	33	1.94
92206574--92206618	19	2.3	20	88	3	65	48	11	11	28	1.73
92208865--92208990	29	4.4	28	77	9	121	28	32	11	27	1.91
92208880--92209008	29	4.5	28	80	9	129	27	32	10	28	1.91
92208880--92209006	57	2.2	56	83	10	159	27	33	11	28	1.91
92209071--92209120	19	2.8	18	87	6	57	18	38	22	22	1.94
92209079--92209125	19	2.5	19	89	3	69	17	36	17	29	1.92
92209222--92209264	16	2.7	16	88	0	68	11	20	16	51	1.75
92217171--92217293	43	2.9	42	77	8	140	36	26	15	21	1.93
92219403--92219553	28	5.4	28	89	1	214	27	11	26	33	1.92
92236919--92237015	43	2.3	43	79	13	110	28	16	24	29	1.97
92238497--92238561	4	16.2	4	100	0	130	24	0	24	50	1.49
92238884--92238986	54	1.9	54	87	0	152	35	23	17	23	1.95
92244581--92244633	27	2.0	27	100	0	106	49	11	9	30	1.70
92244624--92244652	15	1.9	15	100	0	58	72	0	13	13	1.13
92246703--92246756	24	2.3	23	87	9	74	48	1	0	50	1.11
92246789--92246832	17	2.5	17	85	10	54	54	4	0	40	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92247702--92247762	10	6.0	10	78	1	50	29	4	1	63	1.24
92253555--92253602	25	1.9	25	91	0	78	33	25	16	25	1.96
92253556--92253619	25	2.6	24	78	9	67	35	23	15	25	1.94
92253519--92253642	50	2.5	50	81	4	133	37	21	15	25	1.92
92254255--92254561	153	2.0	153	95	1	553	32	26	11	30	1.91
92262895--92263079	67	2.9	64	76	8	187	29	16	31	22	1.96
92269894--92270024	42	3.2	40	69	12	111	29	19	27	23	1.99
92269834--92270055	84	2.6	84	92	0	354	29	18	26	25	1.98
92269832--92270066	43	5.6	43	68	9	151	28	17	27	25	1.98
92280646--92280698	25	2.0	27	86	13	76	16	15	20	47	1.83
92281483--92282135	254	2.6	252	80	8	716	37	10	7	44	1.67
92282277--92282313	9	4.1	9	89	0	56	48	10	10	29	1.72
92283238--92283263	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
92288386--92288420	18	1.9	18	94	0	61	37	2	0	60	1.12
92289342--92289520	63	2.8	62	80	8	193	24	20	30	25	1.98
92290637--92290717	30	2.9	28	75	12	76	41	1	2	54	1.21
92290690--92290744	19	2.9	18	76	10	56	45	1	1	50	1.22
92294401--92294521	30	4.0	30	81	8	131	39	2	5	52	1.39
92299628--92299668	21	2.0	21	95	0	73	21	19	19	39	1.93
92301080--92301118	20	1.9	20	84	5	51	43	2	12	41	1.56
92301310--92301352	19	2.3	19	83	0	50	34	0	4	60	1.17
92315073--92315106	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92315320--92315366	21	2.2	21	88	0	67	38	0	19	42	1.51
92316028--92316161	22	6.0	22	75	11	112	23	21	17	36	1.95
92316002--92316136	44	3.0	43	81	7	137	22	21	18	37	1.95
92316278--92316489	105	2.0	105	100	0	424	33	2	20	43	1.67
92323003--92323042	21	1.9	21	94	0	71	37	0	22	40	1.54
92323090--92323133	15	3.0	14	83	9	52	50	0	20	29	1.49
92323702--92323778	23	3.4	23	85	7	104	19	24	20	35	1.96
92327167--92327296	48	2.7	48	89	1	188	31	21	25	21	1.98
92327166--92327388	48	4.7	49	75	8	149	29	21	27	22	1.99
92330009--92330155	37	4.0	37	95	0	249	26	31	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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