genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83057440--83057504	32	2.0	32	100	0	130	26	12	27	33	1.92
83059182--83059211	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
83060874--83060960	44	2.0	45	84	6	115	24	20	28	26	1.99
83060883--83061038	43	3.6	43	80	3	145	26	19	28	25	1.99
83060972--83061119	40	3.6	40	75	6	102	28	20	27	24	1.99
83063841--83064013	46	3.7	46	80	10	217	21	21	27	28	1.99
83063838--83064008	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
83069619--83069884	46	5.7	46	78	13	285	22	20	27	30	1.98
83069616--83069879	93	2.8	93	96	0	474	22	20	27	29	1.98
83076928--83077027	40	2.5	40	88	1	157	48	27	14	11	1.77
83081653--83081706	25	2.2	25	83	6	65	55	11	5	27	1.57
83083489--83083522	13	2.5	14	85	4	52	55	0	0	44	0.99
83084001--83084031	11	2.8	11	95	0	53	70	6	0	22	1.09
83089869--83089911	12	3.2	13	80	12	52	30	9	6	53	1.59
83092009--83092119	29	3.8	28	75	16	109	30	0	21	46	1.57
83092491--83092541	22	2.4	22	83	9	61	47	19	17	15	1.83
83099509--83099780	135	2.0	135	97	0	517	35	18	12	34	1.88
83105281--83105425	53	2.7	53	80	6	157	43	20	22	14	1.87
83106598--83107546	176	5.4	176	87	2	1397	30	18	25	25	1.98
83107373--83107456	43	1.9	45	85	9	120	30	10	32	26	1.90
83110290--83110390	29	3.5	28	86	5	132	27	14	27	29	1.96
83117718--83117811	41	2.2	43	85	7	122	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83117786--83117835	25	2.0	25	96	0	91	24	30	18	28	1.97
83117828--83118107	43	6.5	41	81	8	274	30	26	16	27	1.97
83117815--83118107	86	3.4	85	84	5	367	29	26	16	26	1.97
83117827--83118107	129	2.2	128	83	5	352	29	26	16	27	1.97
83120744--83120777	13	2.6	13	90	0	50	47	11	0	41	1.40
83123681--83123744	6	10.5	6	83	8	67	78	0	6	15	0.95
83123681--83123744	19	3.5	19	78	16	73	78	0	6	15	0.95
83128905--83128933	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
83134319--83134397	28	2.8	28	84	0	104	34	11	25	29	1.91
83142752--83142919	84	2.0	83	81	9	198	25	16	24	33	1.96
83149551--83149583	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
83151642--83151691	26	1.9	26	87	0	73	38	22	22	18	1.94
83151825--83151878	27	2.0	28	86	13	78	29	18	22	29	1.97
83159379--83159455	26	2.9	27	76	3	86	36	22	22	19	1.95
83159588--83159641	27	2.0	28	82	13	69	29	16	22	31	1.96
83164756--83164831	40	1.9	40	86	5	109	32	14	22	30	1.94
83164755--83164843	40	2.2	40	80	13	103	32	14	24	28	1.95
83166453--83166543	35	2.6	36	82	5	105	48	10	15	25	1.77
83166458--83166543	18	4.8	18	73	8	59	50	10	15	24	1.75
83166852--83167183	27	12.4	27	80	3	314	39	20	13	25	1.90
83170376--83170591	40	5.4	39	90	3	285	25	27	22	24	2.00
83184311--83184341	14	2.2	14	100	0	62	25	22	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83191594--83191675	33	2.4	34	90	6	123	29	25	19	25	1.99
83195001--83195174	46	3.8	46	77	10	183	29	27	20	22	1.98
83195007--83195177	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	22	1.99
83207300--83207332	16	2.1	16	94	0	57	18	3	27	51	1.60
83214982--83215110	46	2.8	46	93	0	213	20	21	27	30	1.98
83220384--83220444	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83230853--83230977	46	2.6	48	83	7	146	29	14	24	32	1.94
83235767--83235948	40	4.6	40	87	2	242	25	21	25	26	2.00
83243765--83244020	40	6.6	40	86	6	366	23	22	26	26	2.00
83243771--83243986	114	1.9	114	95	0	387	23	21	27	27	1.99
83256386--83256418	16	2.1	16	100	0	66	27	30	12	30	1.92
83260238--83260292	25	2.1	26	80	12	60	45	18	1	34	1.60
83261795--83261830	17	2.2	17	90	9	58	0	30	0	69	0.89
83261944--83261976	14	2.4	14	94	0	57	66	0	9	24	1.20
83262084--83262127	23	1.9	23	82	17	56	29	22	0	47	1.51
83264869--83264905	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
83267168--83267224	30	1.9	30	85	0	78	33	26	7	33	1.83
83271469--83271499	10	3.2	10	95	4	55	74	0	0	25	0.82
83273027--83273064	18	2.1	19	85	9	53	34	0	2	63	1.09
83277107--83277134	13	2.2	13	100	0	56	21	14	14	50	1.78
83287988--83288092	40	2.6	40	89	0	147	20	17	26	35	1.95
83288080--83288176	28	3.5	28	84	5	142	23	12	34	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83291787--83291819	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
83292888--83293007	28	4.3	28	92	2	197	34	28	7	30	1.85
83293113--83293202	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
83293123--83293213	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
83294293--83294326	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
83300785--83300872	28	3.2	28	96	1	160	34	27	7	30	1.85
83300978--83301067	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
83300988--83301078	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
83302162--83302193	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
83310695--83310799	53	2.0	53	82	0	129	19	24	19	37	1.94
83322207--83322254	21	2.3	21	96	0	87	31	20	27	20	1.98
83322230--83322281	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
83322937--83323031	25	3.9	26	78	15	105	25	21	18	34	1.96
83322950--83323031	26	3.4	23	80	16	80	24	20	19	35	1.96
83332597--83332657	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
83333363--83333512	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
83333387--83333570	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
83334940--83335024	42	2.0	42	100	0	170	29	9	14	47	1.75
83337718--83337920	55	3.8	53	81	6	212	21	25	17	34	1.95
83343760--83344009	55	4.7	52	81	7	256	22	25	17	35	1.95
83343807--83344007	108	1.8	110	90	4	327	22	25	17	34	1.96
83345383--83345550	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83345406--83345550	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
83353354--83353521	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
83353377--83353521	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
83360791--83360832	20	2.1	20	100	0	84	33	9	0	57	1.31
83361693--83361801	40	2.7	40	78	16	111	23	26	24	24	2.00
83365631--83365683	28	2.0	27	92	7	90	50	13	3	32	1.59
83365673--83365896	120	1.9	119	81	7	274	48	4	10	36	1.59
83366909--83367016	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
83373953--83374060	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
83378305--83378487	3	62.3	3	66	13	51	62	3	8	26	1.39
83378319--83378366	21	2.2	20	85	10	60	56	2	10	31	1.45
83378308--83378443	24	5.6	24	74	11	91	61	3	9	25	1.43
83378366--83378442	39	2.0	39	84	5	102	66	5	9	19	1.39
83378380--83378463	39	2.2	37	79	8	87	64	5	8	21	1.43
83378445--83378492	15	3.1	15	80	16	53	64	2	4	29	1.23
83378450--83378495	16	2.9	15	81	9	56	67	0	4	28	1.10
83379939--83380091	44	3.5	44	78	7	148	24	21	23	30	1.99
83380311--83380435	45	2.8	44	84	7	155	29	24	16	28	1.97
83380321--83380435	44	2.6	45	87	6	155	29	25	18	26	1.98
83380454--83380580	52	2.4	52	90	0	209	33	16	15	34	1.91
83380695--83380798	44	2.4	44	80	6	104	27	26	17	27	1.98
83380729--83381696	133	7.3	133	84	3	1103	25	26	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83382864--83383207	169	2.0	169	100	0	688	30	19	17	31	1.95
83387956--83388084	40	3.3	40	81	3	102	24	27	23	25	2.00
83387991--83388134	40	3.6	40	85	5	184	23	26	24	25	2.00
83395156--83395201	19	2.4	19	96	3	83	36	10	0	52	1.37
83395985--83396152	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
83396008--83396152	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
83399349--83399381	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
83402295--83402335	19	2.2	18	86	4	55	80	0	9	9	0.91
83406133--83406165	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
83407961--83407999	21	1.9	20	89	5	60	41	23	7	28	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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