genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
521453--521534	31	2.6	31	88	0	110	37	14	19	28	1.91
522537--522587	25	2.0	25	92	0	84	68	3	1	25	1.17
526093--526155	31	2.0	31	87	0	90	42	4	4	47	1.45
529294--529352	29	2.0	31	86	6	86	44	5	0	50	1.24
546903--546952	20	2.5	20	83	3	55	26	2	32	40	1.67
556234--556344	47	2.4	47	82	0	150	35	19	11	33	1.88
568666--568691	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
570356--570394	17	2.2	19	86	9	55	51	2	0	46	1.14
578403--578473	26	2.6	26	91	6	106	45	5	15	33	1.70
580170--580229	23	2.7	22	75	14	61	68	5	3	23	1.24
580332--580363	15	2.1	16	94	5	57	53	6	0	40	1.26
582386--582424	2	19.5	2	83	0	51	43	2	5	48	1.38
582437--582489	3	19.0	3	81	11	60	30	1	1	66	1.13
582402--582481	29	2.7	28	79	14	72	36	3	1	58	1.24
584593--584771	84	2.1	84	92	0	304	41	18	8	31	1.80
596715--596740	11	2.4	11	100	0	52	76	0	7	15	0.99
596789--596875	9	9.1	9	71	20	61	66	1	3	28	1.15
596789--596832	17	2.4	18	88	11	63	70	2	2	25	1.10
596792--596858	10	6.7	10	72	14	50	65	1	2	29	1.16
596789--596948	48	3.3	46	76	10	119	61	2	3	31	1.26
596965--597007	18	2.3	19	84	11	54	18	6	0	74	1.04
597081--597178	36	2.7	38	83	9	114	32	2	2	63	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597090--597178	39	2.4	36	82	10	101	34	2	1	61	1.15
597090--597181	17	5.1	17	65	14	51	35	2	1	60	1.16
598057--598122	34	1.9	34	96	0	123	24	7	31	36	1.83
600443--600553	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
613524--613549	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
614699--614748	19	2.6	19	96	3	91	60	0	2	38	1.09
617816--618400	104	5.8	92	80	12	379	38	26	5	28	1.79
617897--618459	104	5.4	104	87	1	779	38	26	5	28	1.79
617907--618449	209	2.6	208	88	1	800	38	26	5	28	1.79
626012--626040	14	2.0	15	93	6	51	3	6	6	82	0.93
642910--642964	24	2.4	22	81	6	56	12	5	30	50	1.63
643014--643053	18	2.2	18	100	0	80	37	5	17	40	1.72
643007--643095	18	4.6	18	72	15	70	30	6	19	43	1.76
643032--643119	42	2.1	42	84	0	113	27	6	21	44	1.77
644115--644176	21	3.0	21	80	7	72	25	1	29	43	1.64
644131--644204	34	2.1	34	82	2	85	29	0	25	44	1.54
644914--645053	64	2.2	63	85	2	183	38	19	7	34	1.81
644827--645275	137	3.2	137	82	5	470	39	18	8	33	1.80
644983--645275	73	4.0	73	78	2	307	39	20	7	32	1.82
648424--648465	18	2.3	19	88	12	61	38	0	2	59	1.10
653183--653249	18	3.7	18	80	4	64	7	46	0	46	1.31
653195--653247	15	3.5	15	82	7	54	9	43	0	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
655676--655731	24	2.3	23	79	11	60	64	5	0	30	1.16
661954--662020	14	4.7	14	83	3	89	40	5	14	38	1.71
668336--668786	100	4.5	100	82	2	503	36	23	13	26	1.92
668336--668760	200	2.1	200	87	0	609	37	22	13	26	1.91
669397--669454	23	2.5	24	83	5	66	27	3	1	67	1.17
669635--669682	25	1.9	25	100	0	96	41	8	8	41	1.65
672550--672594	15	2.9	16	78	18	51	42	0	0	57	0.98
673698--673787	44	2.0	44	100	0	180	37	11	15	35	1.83
677247--677337	43	2.1	43	87	4	130	43	7	12	36	1.71
677411--677457	16	3.0	15	79	17	51	46	2	2	48	1.25
678179--678322	32	4.0	34	72	22	125	38	20	13	26	1.90
678213--678334	33	3.0	45	66	28	135	39	18	14	27	1.90
678181--678334	77	2.0	77	100	0	308	38	19	14	27	1.90
698970--699020	18	2.7	18	71	17	50	35	0	1	62	1.06
700389--700418	6	5.0	6	100	0	60	83	0	16	0	0.65
703933--703978	24	1.9	24	82	8	58	58	2	4	34	1.30
708996--709027	16	1.9	17	93	6	57	43	3	15	37	1.63
711199--711266	29	2.3	30	80	10	77	32	5	11	50	1.63
714092--714132	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
717899--717941	20	2.0	23	86	13	65	65	2	2	30	1.18
723620--723651	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
729010--729034	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729122--729159	20	1.9	19	85	15	51	23	15	15	44	1.85
729452--729962	150	3.5	149	82	7	552	27	9	24	38	1.86
729712--729962	138	1.8	138	93	1	441	25	8	28	37	1.85
734502--734610	26	4.2	26	94	2	166	33	5	23	36	1.78
734502--734610	51	2.1	52	89	1	166	33	5	23	36	1.78
737534--737588	14	3.7	14	78	9	56	29	18	23	29	1.98
737602--737688	22	3.9	22	71	4	66	31	9	27	32	1.88
737667--737702	18	2.0	18	88	0	54	30	11	27	30	1.91
737805--737857	15	3.6	15	75	10	56	22	20	30	26	1.98
737804--737837	14	2.3	15	85	5	52	20	20	29	29	1.98
738909--739027	37	3.0	40	74	9	118	26	15	22	35	1.94
741548--741606	15	3.5	17	76	17	61	32	6	1	59	1.34
744298--744327	12	2.6	11	90	10	51	50	0	0	50	1.00
888074--888112	18	2.2	18	85	0	51	25	7	25	41	1.82
897632--897998	46	7.6	49	86	8	431	34	14	22	28	1.93
897632--897998	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	28	1.93
897962--898107	37	4.0	37	91	1	233	36	15	22	24	1.93
897632--898003	144	2.6	143	87	7	373	34	14	22	28	1.94
901793--901932	45	3.1	45	91	0	226	28	25	22	22	1.99
901925--902065	38	3.7	38	92	0	201	29	26	21	21	1.99
903807--903847	20	2.0	21	90	4	66	34	9	9	46	1.70
906469--906520	20	2.6	21	81	6	63	26	11	17	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907053--907077	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
910482--910535	20	2.5	22	77	17	69	51	7	3	37	1.48
910840--910882	22	2.0	22	85	0	59	20	13	9	55	1.66
920292--920321	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
941287--941312	13	2.0	13	100	0	52	23	38	0	38	1.55
944589--944752	77	2.1	77	90	0	256	22	5	25	46	1.73
956170--956202	15	2.3	14	94	5	57	36	0	0	63	0.95
957476--957543	29	2.3	29	87	10	93	27	5	10	55	1.56
958233--958290	13	4.5	13	75	16	57	39	27	6	25	1.81
960637--960772	70	1.9	70	100	0	272	38	16	18	26	1.92
963856--963894	20	2.0	20	94	0	69	35	7	12	43	1.72
965544--965568	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
968895--969287	196	2.0	196	92	2	664	28	5	19	46	1.72
969091--969484	218	1.8	219	92	1	675	29	5	20	44	1.73
969132--969639	218	2.3	216	82	7	575	31	5	20	42	1.76
976137--976161	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
979556--979630	37	2.0	37	100	0	150	30	16	10	42	1.81
980343--981093	163	4.5	165	76	9	602	30	17	13	39	1.88
980534--980953	162	2.5	166	81	10	458	28	16	14	40	1.87
980731--981093	165	2.2	170	84	5	452	30	17	12	38	1.88
984901--984945	22	2.0	23	86	4	65	53	0	2	44	1.13
990910--990980	37	1.9	37	94	0	124	35	1	4	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
990920--990978	19	3.2	19	67	13	50	35	1	3	59	1.24
991000--991084	41	2.1	41	97	0	161	50	12	4	31	1.61
990984--991078	41	2.4	38	86	8	136	48	15	4	31	1.64
1001594--1001631	19	2.1	18	85	14	51	34	0	7	57	1.28
1002369--1002405	11	3.5	11	85	10	51	64	0	0	35	0.94
1009466--1009589	59	2.1	59	87	0	176	38	12	11	37	1.78
1014657--1014939	50	5.5	50	86	6	388	35	16	21	26	1.94
1014917--1015063	31	4.7	31	87	0	204	27	19	26	25	1.99
1016202--1016263	29	2.1	30	93	3	108	58	9	4	27	1.50
1019593--1019626	15	2.5	13	90	9	50	41	2	0	55	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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