genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90991124--90991307	100	1.8	100	96	0	341	25	17	28	27	1.98
90991125--90991312	49	3.8	49	80	8	227	26	17	28	27	1.98
90997921--90997951	16	1.9	16	100	0	62	48	38	6	6	1.55
90999431--90999516	28	3.1	28	75	12	86	37	10	25	26	1.88
91003883--91003969	28	3.1	29	88	3	133	28	14	28	27	1.96
91003886--91003994	28	3.9	28	82	7	114	27	14	30	27	1.95
91003881--91003989	56	1.9	57	85	5	150	28	14	30	26	1.95
91016227--91016307	36	2.2	37	95	4	146	38	7	18	35	1.79
91024665--91024731	29	2.2	30	79	12	75	46	7	0	46	1.31
91024761--91024800	16	2.4	16	83	4	53	75	5	0	20	0.99
91024766--91024804	21	1.9	20	89	5	60	71	7	0	20	1.10
91033379--91033533	43	3.7	42	76	13	133	27	16	23	32	1.96
91033379--91033518	41	3.3	41	75	14	124	26	15	24	34	1.94
91033379--91033533	84	1.8	85	82	6	199	27	16	23	32	1.96
91034225--91034267	23	1.9	22	90	4	68	16	4	27	51	1.64
91034225--91034271	10	4.4	10	82	15	58	17	4	27	51	1.64
91043016--91043100	43	2.0	43	95	0	152	38	5	24	30	1.79
91043517--91043686	43	4.0	42	76	13	159	25	18	23	32	1.97
91044371--91044413	23	1.9	22	90	4	68	16	4	27	51	1.64
91044371--91044417	10	4.4	10	82	15	58	17	4	27	51	1.64
91051305--91051342	18	2.1	18	95	0	67	36	7	34	21	1.82
91057790--91057827	7	5.4	7	81	12	51	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91057790--91057834	14	3.2	14	83	0	63	68	0	0	31	0.89
91060837--91060867	16	1.9	16	100	0	62	19	0	9	70	1.14
91072636--91072826	50	3.8	51	76	8	135	30	10	18	40	1.84
91072636--91072838	99	2.0	100	82	4	241	30	10	17	41	1.83
91074082--91074192	46	2.4	46	83	5	127	34	19	18	27	1.95
91075102--91075133	7	4.6	7	100	0	64	28	0	56	15	1.40
91088407--91088490	42	2.0	42	80	2	96	35	27	16	20	1.94
91088418--91088499	42	1.9	43	82	2	103	36	25	18	19	1.94
91100165--91100450	142	2.0	142	99	0	563	46	8	16	29	1.76
91110001--91110180	40	4.6	40	88	4	260	21	27	24	26	1.99
91110001--91110180	79	2.3	79	86	6	258	21	27	24	26	1.99
91111912--91111943	17	1.9	16	93	6	55	37	0	15	46	1.46
91115792--91115919	31	4.3	31	80	5	140	18	17	36	27	1.93
91115792--91115919	62	2.1	58	85	5	166	18	17	36	27	1.93
91117387--91117423	13	2.8	13	91	4	56	24	2	0	72	0.97
91120595--91120653	30	1.9	32	86	6	86	55	1	3	38	1.26
91120635--91120680	20	2.4	20	85	7	60	65	0	2	32	1.05
91120632--91120687	19	3.0	19	75	17	55	62	0	3	33	1.12
91122211--91122279	31	2.3	31	97	2	131	30	18	8	42	1.81
91122753--91124183	298	4.8	298	88	2	1978	32	18	18	30	1.95
91133597--91133653	26	2.2	26	83	0	69	40	1	3	54	1.28
91138066--91138313	49	5.2	48	78	10	249	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91151556--91151580	11	2.3	11	100	0	50	0	12	0	88	0.53
91153998--91154076	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
91162325--91162403	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
91172792--91172919	47	2.7	47	82	2	150	25	15	27	32	1.96
91174829--91174912	29	2.9	29	89	1	125	29	29	16	23	1.96
91175131--91175175	16	2.9	16	83	3	56	13	17	15	53	1.73
91178141--91178199	21	2.6	22	76	23	61	66	1	1	30	1.12
91178538--91178736	88	2.3	87	83	0	245	58	11	10	19	1.60
91178534--91178736	45	4.6	44	79	7	207	58	11	10	19	1.61
91178593--91178748	21	7.2	21	69	15	77	56	13	8	21	1.64
91179430--91179694	45	6.1	45	81	7	257	56	10	10	21	1.65
91179465--91179706	42	5.6	42	82	7	256	54	11	11	21	1.67
91179748--91179928	90	2.0	90	92	0	299	35	14	19	29	1.92
91184216--91184306	28	3.2	28	88	0	119	21	13	37	27	1.91
91184624--91185023	27	14.7	27	79	5	383	38	19	11	31	1.86
91184702--91184778	34	2.2	35	86	4	102	44	14	10	31	1.79
91184666--91184831	87	1.9	88	91	1	271	37	18	12	30	1.88
91192279--91192331	27	2.0	27	100	0	106	64	7	16	11	1.48
91207665--91207698	9	3.9	9	88	3	52	52	2	0	44	1.16
91207866--91207904	20	1.9	21	84	5	53	56	2	5	35	1.35
91209680--91209719	19	2.0	20	85	4	55	45	0	27	27	1.54
91210139--91210266	47	2.7	46	77	14	127	28	20	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91213246--91213367	47	2.6	46	84	8	142	24	27	17	31	1.97
91213338--91213451	46	2.5	46	81	4	122	21	35	19	24	1.96
91226521--91226634	47	2.5	44	80	13	122	28	19	28	24	1.98
91226648--91226777	47	2.7	50	83	7	169	27	19	28	24	1.98
91231274--91231304	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
91234594--91234768	49	3.5	49	79	9	219	29	24	18	28	1.98
91234586--91234782	100	2.0	101	91	2	324	28	25	18	26	1.98
91236286--91236409	27	4.6	28	82	10	123	41	19	8	30	1.82
91236286--91236409	54	2.3	53	82	6	151	41	19	8	30	1.82
91236320--91236422	54	1.9	54	82	4	127	38	19	13	28	1.90
91238664--91238821	68	2.3	68	97	0	266	31	14	30	24	1.95
91243925--91244109	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	25	2.00
91243925--91244107	79	2.3	80	83	8	230	25	27	21	25	2.00
91245945--91246047	27	3.8	27	85	5	136	40	22	7	29	1.82
91248333--91248391	30	1.9	31	86	10	86	23	1	35	38	1.65
91249779--91249905	27	4.8	27	88	1	168	40	18	10	31	1.84
91249779--91249905	53	2.4	53	88	2	175	40	18	10	31	1.84
91249809--91249920	53	2.1	54	81	5	129	40	18	12	28	1.87
91250659--91250716	27	2.1	27	84	6	73	24	17	22	36	1.95
91253584--91253645	31	2.0	31	96	0	115	35	4	9	50	1.57
91253923--91254121	73	2.7	73	89	3	285	36	14	24	25	1.93
91253877--91254131	108	2.4	108	84	6	322	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91253889--91254121	35	6.5	35	83	7	270	36	14	24	24	1.93
91256503--91256920	140	3.0	139	80	3	428	30	20	20	28	1.98
91257598--91257727	57	2.3	57	82	7	158	48	4	19	27	1.68
91257634--91257738	57	1.9	55	81	11	128	45	7	19	27	1.77
91257886--91257939	28	2.0	26	85	7	72	40	0	16	42	1.48
91259875--91259970	38	2.5	38	86	0	129	31	17	18	32	1.95
91259908--91260002	38	2.5	38	84	0	118	31	16	23	28	1.96
91262164--91262331	86	2.0	84	93	5	288	38	4	20	36	1.74
91266037--91266091	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
91266147--91266221	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
91266153--91266215	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
91266238--91266367	23	5.6	24	74	7	90	55	2	6	36	1.38
91266166--91266275	29	4.0	28	73	15	97	58	4	6	30	1.43
91266234--91266293	25	2.4	25	80	0	75	55	1	5	38	1.32
91266649--91266687	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
91266834--91266931	30	3.3	30	94	0	169	19	6	50	24	1.70
91269836--91269901	32	2.1	32	85	0	87	45	1	1	51	1.19
91270456--91270544	16	5.4	17	67	17	53	55	1	0	43	1.07
91270482--91270536	15	3.9	14	72	18	51	50	0	0	49	1.00
91270460--91270544	27	3.4	25	78	9	84	55	1	0	43	1.07
91270480--91270534	27	2.0	27	92	0	92	52	0	0	47	1.00
91272009--91272057	24	2.1	24	88	3	73	26	12	2	59	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91276964--91277075	48	2.3	47	85	11	147	36	9	4	49	1.56
91278099--91278123	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
91282227--91282595	126	2.9	126	89	2	544	27	20	18	34	1.95
91290693--91290764	29	2.5	29	84	4	92	18	22	27	31	1.97
91290710--91290772	29	2.2	29	82	0	81	22	23	23	30	1.99
91291333--91291404	17	4.8	16	65	26	50	65	0	25	9	1.23
91291332--91291400	21	3.3	21	66	28	56	65	0	24	10	1.24
91291314--91291400	42	2.1	42	95	0	156	64	0	26	9	1.23
91292048--91292117	33	2.1	33	97	0	131	24	20	12	42	1.86
91293290--91293328	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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