genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119882356

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   

This is table  187  of  362  ( 43380 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62084570--62084624	25	2.2	26	78	15	62	41	9	0	49	1.34
62088183--62088245	31	2.0	31	96	0	117	30	6	23	39	1.80
62101109--62101251	42	3.4	41	90	3	198	28	34	22	13	1.93
62109295--62109498	40	5.2	40	88	4	281	24	21	27	26	1.99
62117564--62117807	40	6.2	40	91	3	370	24	22	27	26	2.00
62123035--62123072	19	2.0	20	89	5	60	71	2	7	18	1.23
62127144--62127310	83	2.0	83	92	0	280	28	20	18	32	1.96
62135296--62135334	20	2.1	19	85	9	53	61	15	17	5	1.51
62141653--62141739	27	3.3	26	87	4	120	36	21	22	18	1.95
62142154--62142183	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
62145439--62145548	27	4.0	27	77	8	116	37	18	22	21	1.94
62145652--62145714	26	2.4	26	91	2	99	30	6	26	36	1.81
62145652--62145725	26	2.8	26	87	2	85	29	5	24	40	1.77
62146801--62146828	10	2.8	10	100	0	56	53	0	46	0	1.00
62154976--62155012	19	1.9	19	94	0	65	40	24	0	35	1.55
62156181--62156206	12	2.2	12	100	0	52	0	34	0	65	0.93
62158346--62158618	47	5.7	48	76	9	220	21	29	20	28	1.98
62158340--62158623	94	3.0	95	80	10	305	22	29	20	28	1.98
62158938--62158995	30	1.9	30	96	0	107	25	25	15	32	1.95
62165922--62166192	93	2.8	93	80	12	243	24	28	18	28	1.98
62166516--62166572	30	1.9	30	96	0	105	26	22	17	33	1.96
62167552--62167598	24	2.0	24	100	0	94	34	4	31	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62167808--62168060	27	9.4	27	84	5	305	33	18	20	26	1.96
62167808--62168060	81	3.1	81	89	1	373	33	18	20	26	1.96
62170727--62170867	60	2.3	60	83	8	162	26	19	26	27	1.99
62175678--62175861	92	2.0	92	97	0	350	32	25	11	30	1.91
62179377--62179502	43	3.0	41	77	10	119	32	25	18	23	1.97
62179377--62179542	43	3.9	42	77	5	109	33	24	17	24	1.96
62181518--62181664	40	3.7	40	87	4	154	27	29	20	23	1.99
62183755--62183785	14	2.2	14	100	0	62	35	45	0	19	1.51
62187885--62187953	22	3.1	22	85	4	77	36	28	24	10	1.88
62188183--62188242	27	2.2	27	85	5	77	25	20	20	35	1.96
62188183--62188261	27	2.9	27	79	7	72	25	20	20	34	1.96
62191931--62191974	13	3.5	12	82	17	54	29	25	2	43	1.67
62192025--62192094	25	2.8	24	75	10	68	27	20	28	24	1.99
62192025--62192096	26	2.8	27	79	6	78	26	19	30	23	1.98
62197308--62197367	28	2.1	29	84	9	79	25	11	28	35	1.91
62198358--62198382	13	1.9	13	100	0	50	28	8	24	40	1.83
62200497--62200621	28	4.4	28	80	10	121	34	24	13	27	1.93
62208502--62208629	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
62208501--62208629	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
62213214--62213371	43	3.7	43	82	5	178	25	17	24	32	1.97
62215885--62215989	40	2.6	40	81	3	104	23	14	27	34	1.94
62215912--62216027	40	2.8	41	76	3	117	25	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62217815--62217961	40	3.7	40	87	4	154	27	29	20	23	1.99
62220048--62220078	14	2.2	14	100	0	62	35	45	0	19	1.51
62224178--62224246	22	3.1	22	85	4	77	36	28	24	10	1.88
62224476--62224535	27	2.2	27	85	5	77	25	20	20	35	1.96
62224476--62224554	27	2.9	27	79	7	72	25	20	20	34	1.96
62228222--62228265	13	3.5	12	82	17	54	29	25	2	43	1.67
62228316--62228385	25	2.8	24	75	10	68	27	20	28	24	1.99
62228316--62228387	26	2.8	27	79	6	78	26	19	30	23	1.98
62235735--62235814	27	3.0	27	83	7	108	32	18	21	27	1.97
62235795--62236141	81	4.3	79	78	7	315	41	19	9	29	1.82
62235795--62236141	27	12.9	27	77	6	263	41	19	9	29	1.82
62236409--62236527	41	2.9	41	90	3	179	21	22	29	26	1.99
62236617--62236803	25	7.5	25	78	0	194	18	14	27	39	1.89
62236614--62236803	50	3.8	50	92	0	317	18	14	27	40	1.89
62240608--62240645	20	2.0	20	89	5	60	21	7	23	47	1.77
62241064--62241190	43	3.0	43	80	6	159	24	19	25	29	1.98
62258002--62258171	46	3.7	46	77	10	193	31	28	19	21	1.97
62263505--62263680	46	3.8	46	75	10	151	30	27	19	22	1.98
62267447--62267609	40	4.1	40	82	3	161	23	23	27	25	2.00
62275202--62275351	72	2.1	72	97	0	282	37	11	14	36	1.82
62275551--62275732	40	4.6	40	90	1	267	23	19	26	30	1.98
62275551--62275800	40	6.3	40	84	1	249	24	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62278046--62278103	23	2.5	23	91	0	89	20	22	20	36	1.95
62283358--62283394	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
62283406--62283461	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
62283506--62283569	23	2.8	23	73	4	58	57	1	0	40	1.08
62301846--62301963	29	4.1	29	83	2	141	27	13	27	31	1.94
62306161--62306484	48	6.8	48	77	6	307	24	28	19	28	1.98
62306161--62306492	144	2.3	142	86	3	441	25	28	18	28	1.98
62309530--62309569	19	2.1	19	86	9	55	40	0	17	42	1.49
62313401--62313545	40	3.7	40	87	2	204	24	27	21	26	1.99
62314786--62314828	21	2.0	21	86	8	61	37	25	0	37	1.56
62314797--62314836	21	1.9	21	89	0	62	37	22	0	40	1.54
62321153--62321385	40	5.8	40	86	1	308	26	27	20	25	1.99
62322639--62322679	21	2.0	21	85	9	57	36	26	2	34	1.70
62322650--62322689	21	1.9	21	84	0	53	37	25	2	35	1.69
62324115--62324239	46	2.7	46	82	7	137	21	28	20	28	1.98
62330517--62330791	107	2.6	107	87	1	381	21	15	19	42	1.88
62330498--62330797	80	3.7	79	83	2	332	22	16	19	42	1.89
62330495--62330797	27	11.3	27	83	4	326	22	16	19	42	1.89
62337703--62337876	46	3.8	46	78	4	188	21	20	29	28	1.98
62337697--62337869	93	1.9	93	91	0	283	21	20	29	28	1.98
62341286--62341312	14	1.9	14	100	0	54	22	18	7	51	1.70
62345794--62345903	31	3.5	31	91	0	166	30	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62345929--62346018	42	2.1	42	95	0	162	40	21	11	27	1.87
62346163--62346285	26	4.8	26	86	1	169	27	21	22	27	1.99
62346163--62346285	52	2.4	51	93	2	203	27	21	22	27	1.99
62346335--62346401	20	3.3	20	93	4	109	32	19	10	37	1.86
62346335--62346390	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
62347369--62348104	47	15.6	47	93	1	1238	29	29	8	32	1.86
62347419--62347497	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
62351429--62351493	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
62351547--62351627	29	2.9	28	83	7	94	34	9	14	40	1.80
62351527--62351841	27	11.7	27	77	5	226	30	9	19	40	1.84
62351834--62352123	27	10.7	27	91	0	418	41	10	21	27	1.84
62353289--62353427	53	2.6	53	83	4	172	21	25	18	34	1.96
62353289--62353447	53	3.0	52	79	7	158	20	25	18	36	1.94
62353460--62353580	47	2.6	47	93	2	199	26	22	14	37	1.92
62355880--62356024	43	3.4	43	75	9	136	26	24	20	28	1.99
62355880--62355981	42	2.4	43	80	4	118	26	23	20	29	1.99
62359104--62359269	40	4.2	40	92	0	271	27	27	21	22	1.99
62372260--62372386	28	4.6	27	85	5	150	29	14	27	29	1.95
62372261--62372386	54	2.3	57	83	9	163	29	14	26	29	1.95
62372235--62372384	82	1.8	81	88	1	228	30	15	25	29	1.96
62378597--62378752	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
62378596--62378749	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62378597--62378752	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
62378589--62378773	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
62378589--62378773	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
62383223--62383377	28	5.6	26	75	14	114	30	14	25	29	1.95
62383255--62383315	30	2.0	30	96	0	113	36	9	21	32	1.86
62383255--62383328	30	2.6	29	89	8	109	33	9	24	32	1.87
62383207--62383377	56	3.1	55	73	9	166	30	15	24	29	1.95
62393364--62393523	40	3.9	40	78	4	142	28	15	26	30	1.96
62396345--62396397	26	2.1	26	82	3	63	15	11	22	50	1.75
62396533--62396641	54	2.0	54	100	0	218	27	35	9	27	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362